genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101250769--101250852	20	4.3	20	71	13	77	57	2	0	40	1.12
101250802--101250853	20	2.6	20	88	8	79	63	1	0	34	1.06
101255320--101255353	17	2.0	17	88	11	52	70	2	0	26	1.01
101260559--101260594	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
101264783--101264964	46	4.0	46	91	1	276	21	21	15	40	1.91
101267334--101267401	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
101270481--101270526	19	2.4	18	82	10	65	26	2	2	69	1.11
101272988--101273042	23	2.3	23	78	6	56	50	1	1	45	1.22
101273146--101273189	21	2.1	21	83	8	54	50	2	0	47	1.13
101278671--101278800	47	2.8	47	83	2	163	23	16	26	32	1.96
101281446--101281587	25	5.7	25	71	8	85	34	18	29	17	1.94
101283845--101284007	42	3.7	42	82	7	184	28	25	14	31	1.95
101283915--101284008	48	1.9	49	93	2	163	28	27	14	28	1.96
101284026--101284143	31	3.8	31	90	0	191	27	27	18	26	1.98
101284119--101284295	50	3.5	50	86	0	255	24	20	17	37	1.94
101284601--101284669	35	2.0	35	94	0	120	31	18	4	44	1.69
101290222--101290256	18	2.0	17	88	5	52	45	0	28	25	1.54
101290381--101290447	28	2.4	28	94	0	116	41	8	16	32	1.79
101298088--101298180	18	5.2	18	90	0	141	30	17	24	27	1.97
101298088--101298180	36	2.6	36	92	0	159	30	17	24	27	1.97
101300661--101300814	76	2.0	76	100	0	308	37	19	10	33	1.86
101310327--101310374	23	2.1	23	84	3	62	33	6	0	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101310341--101310392	23	2.2	24	83	10	63	38	0	0	61	0.96
101312544--101312602	30	2.0	30	96	0	109	42	16	10	30	1.82
101314843--101314997	57	2.8	56	93	2	265	31	7	12	48	1.68
101318208--101318507	156	1.9	157	93	0	512	27	18	19	36	1.94
101318733--101318758	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
101318851--101318885	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
101319368--101319418	21	2.5	21	90	3	77	29	7	0	62	1.23
101319822--101319851	7	4.3	7	100	0	60	46	13	13	26	1.80
101321590--101321634	24	2.0	24	86	8	67	62	2	0	35	1.08
101321673--101321706	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
101324382--101324567	73	2.5	73	98	0	354	41	24	5	27	1.78
101324568--101324593	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
101328921--101328955	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
101330919--101330959	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
101330960--101331145	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
101335385--101335570	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
101336560--101336688	43	2.9	44	79	6	136	36	17	20	24	1.95
101339968--101340020	21	2.7	20	82	11	65	66	3	1	28	1.20
101340067--101340104	20	2.0	20	90	10	62	52	7	5	34	1.53
101340116--101340165	20	2.5	20	76	0	55	62	0	4	34	1.14
101340084--101340183	21	4.8	22	72	18	81	57	3	3	37	1.30
101342061--101342141	27	3.0	26	75	10	67	58	2	6	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101342535--101342585	26	2.0	26	92	0	84	25	15	3	54	1.58
101350472--101350560	42	2.1	42	91	0	142	50	13	5	30	1.64
101354936--101354987	26	2.0	26	82	14	63	55	1	9	32	1.43
101356957--101356981	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
101367543--101367611	24	2.8	24	74	14	68	39	2	13	44	1.58
101367543--101367645	51	2.0	51	88	0	152	38	4	10	45	1.60
101386988--101387018	16	1.9	16	93	0	53	54	12	6	25	1.62
101392003--101392029	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
101392439--101392646	53	3.9	54	80	5	224	24	23	16	36	1.94
101392440--101392638	108	1.8	109	85	3	285	24	23	16	35	1.95
101392425--101392638	54	4.0	54	80	8	213	22	23	15	37	1.93
101392625--101392746	47	2.6	47	94	0	208	27	24	13	35	1.92
101392886--101392969	44	1.9	44	85	0	114	23	27	11	36	1.90
101393508--101393565	30	1.9	31	89	3	91	31	22	8	37	1.84
101394971--101395026	29	1.9	29	100	0	112	39	23	5	32	1.77
101400313--101400387	19	3.8	19	73	16	55	73	2	2	21	1.08
101400308--101400387	40	2.0	41	85	7	110	72	2	3	21	1.12
101400634--101400690	30	1.9	30	92	0	96	19	29	29	21	1.97
101407136--101407202	35	1.9	35	87	0	98	28	2	25	43	1.69
101407260--101407389	35	3.9	34	78	15	153	38	0	19	42	1.51
101407373--101407424	21	2.4	22	90	3	79	42	1	15	40	1.58
101407259--101407495	34	7.7	29	69	22	121	38	0	18	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101407311--101407488	85	2.1	88	88	3	263	39	1	17	41	1.57
101407586--101408092	126	4.0	126	90	1	759	38	17	16	27	1.91
101407586--101408092	251	2.0	253	89	1	777	38	17	16	27	1.91
101411097--101411178	25	3.0	28	68	26	75	51	6	0	42	1.26
101411614--101411672	30	2.0	30	93	0	100	6	13	45	33	1.70
101418676--101419288	307	2.0	307	99	0	1199	38	16	13	31	1.87
101425223--101425326	39	2.7	39	86	0	145	47	22	1	28	1.62
101427494--101427562	6	11.5	6	100	0	138	50	17	0	31	1.46
101433110--101433165	28	2.0	28	85	3	76	23	41	17	17	1.90
101437727--101437863	40	3.4	40	81	0	139	29	11	21	37	1.89
101437828--101438058	78	2.9	78	86	6	331	32	13	20	32	1.92
101440265--101440294	15	2.0	15	93	0	51	70	6	3	20	1.25
101441807--101441893	37	2.4	37	81	9	99	41	21	9	27	1.84
101445252--101445340	40	2.2	40	86	2	117	17	19	37	25	1.94
101450047--101450094	12	3.8	12	79	15	60	62	14	0	22	1.32
101450042--101450098	27	2.1	27	100	0	114	57	14	0	28	1.37
101453174--101453232	28	2.1	28	93	0	100	44	6	6	42	1.57
101466629--101466669	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
101468575--101468608	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
101470729--101470762	17	2.0	17	88	0	50	32	8	0	58	1.29
101474393--101474436	15	2.9	15	75	0	52	31	0	0	68	0.90
101475769--101475814	14	3.5	14	80	17	62	4	32	0	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101475769--101475816	25	1.9	25	95	0	87	4	31	0	64	1.12
101481266--101481300	18	1.9	18	88	0	52	37	11	0	51	1.38
101483099--101483179	39	2.1	39	81	4	92	59	3	4	32	1.36
101488103--101488140	18	2.1	18	90	5	58	47	2	42	7	1.46
101488096--101488210	62	1.9	60	85	7	160	43	4	41	10	1.59
101488292--101488400	38	2.8	40	91	5	186	17	22	20	40	1.91
101488292--101488413	38	3.1	40	88	7	178	17	20	18	43	1.88
101488411--101488468	22	2.7	21	82	15	73	32	1	0	65	1.03
101489022--101489088	14	4.7	14	87	3	89	38	14	5	40	1.71
101489229--101489361	7	18.7	7	75	9	56	42	36	0	20	1.58
101489246--101489290	14	3.2	14	90	6	65	37	44	0	17	1.49
101489229--101489361	21	6.2	21	75	9	72	42	36	0	20	1.58
101489309--101489369	7	8.6	7	80	3	59	49	26	1	22	1.59
101489647--101489695	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
101490307--101490462	41	3.8	40	85	3	222	21	27	19	31	1.97
101490307--101490485	82	2.2	82	86	5	247	20	25	19	34	1.96
101492036--101492080	22	2.1	21	91	4	72	35	11	2	51	1.50
101492382--101492451	34	2.1	34	91	5	115	48	24	0	27	1.51
101495909--101495956	21	2.3	21	96	0	87	0	58	20	20	1.40
101502329--101502378	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
101505974--101506029	27	2.1	27	83	6	69	50	30	0	19	1.48
101506317--101506372	7	8.0	7	77	0	58	42	39	1	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101506729--101506794	14	4.7	13	75	9	51	50	30	0	19	1.48
101506767--101506801	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
101509231--101509288	25	2.3	23	82	11	62	63	1	6	27	1.29
101516867--101516923	23	2.5	22	80	5	60	66	7	5	21	1.36
101517164--101517282	44	2.7	44	82	10	120	57	1	9	31	1.40
101517113--101517281	3	55.7	3	71	13	105	59	1	7	31	1.36
101517411--101517455	23	1.9	23	86	4	63	62	0	8	28	1.25
101519539--101519608	13	5.1	14	84	8	83	44	45	1	8	1.43
101522654--101522720	27	2.5	25	79	13	71	61	4	1	32	1.25
101522798--101522841	20	2.2	21	84	8	56	50	2	0	47	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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