genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11438216--11438952	153	4.8	148	77	12	606	31	17	18	32	1.94
11438665--11438835	93	1.8	93	87	2	254	26	20	19	32	1.97
11438736--11439330	88	7.2	77	71	17	360	27	16	18	36	1.93
11438735--11438949	79	2.7	77	84	5	261	30	18	17	33	1.94
11438757--11439119	79	4.5	77	75	10	260	28	17	19	33	1.95
11438517--11439330	254	3.3	240	82	7	867	28	17	19	35	1.94
11439101--11439162	30	2.1	30	87	6	90	19	11	29	40	1.86
11454268--11454442	46	3.8	45	78	11	185	20	20	30	29	1.97
11454264--11454435	92	1.9	93	92	1	292	20	20	30	27	1.98
11457355--11457423	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
11457348--11457433	30	2.9	30	77	8	86	10	17	15	56	1.65
11457355--11457434	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
11459945--11460120	46	3.8	45	76	10	176	21	19	29	29	1.98
11459942--11460113	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
11462602--11462661	25	2.4	25	80	0	66	25	30	16	28	1.97
11464195--11464297	49	2.1	50	85	1	136	21	33	17	28	1.96
11465290--11465333	22	2.0	22	100	0	88	31	18	9	40	1.81
11467495--11467588	48	2.0	47	95	2	170	7	20	17	55	1.65
11468270--11468333	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
11470321--11470372	14	3.7	15	85	10	74	40	13	3	42	1.62
11472151--11472248	23	4.3	23	89	2	153	32	25	21	20	1.97
11472158--11472246	45	2.0	45	93	0	151	32	25	22	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11472397--11472543	75	2.0	75	97	1	278	33	21	8	36	1.84
11478347--11478444	23	4.3	23	89	2	153	32	25	21	20	1.97
11478354--11478442	45	2.0	45	93	0	151	32	25	22	19	1.97
11478593--11478740	75	2.0	75	98	0	287	33	20	8	37	1.84
11483237--11483264	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
11491550--11491574	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
11492732--11492772	21	2.0	21	85	9	57	14	12	26	46	1.80
11501548--11501573	6	4.3	6	100	0	52	34	15	50	0	1.45
11515660--11515694	17	2.0	18	94	5	63	68	0	2	28	1.04
11515737--11515787	19	2.7	18	84	9	57	66	0	1	31	1.03
11515758--11515782	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
11525274--11525304	14	2.2	14	94	0	53	25	9	29	35	1.88
11532824--11532893	6	11.7	6	88	11	108	15	1	0	82	0.73
11533001--11533093	42	2.2	42	82	5	107	32	34	12	20	1.91
11533857--11534069	118	1.8	118	95	0	390	22	17	31	28	1.96
11534191--11534231	21	1.9	21	85	5	55	70	0	0	29	0.87
11534233--11534265	14	2.4	14	90	10	50	81	0	18	0	0.68
11536753--11536791	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
11537641--11537690	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
11538325--11538365	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
11538313--11538352	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
11556836--11556990	43	3.6	43	69	14	131	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11558717--11558770	27	2.0	27	100	0	108	33	18	7	40	1.78
11559222--11559396	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	20	1.97
11559230--11559400	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
11559951--11559987	20	1.9	19	89	10	58	35	18	0	45	1.50
11562430--11562487	24	2.5	23	77	5	64	37	1	8	51	1.43
11563701--11563966	103	2.6	104	89	3	410	20	20	29	29	1.97
11587490--11587582	46	2.0	46	100	0	186	34	19	8	37	1.82
11588437--11588549	51	2.2	50	85	3	145	38	16	21	23	1.93
11593922--11593951	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
11594830--11595079	82	3.1	80	63	24	175	45	3	4	46	1.40
11594833--11595142	157	2.0	157	93	0	530	47	4	3	43	1.42
11595272--11595339	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
11595896--11595929	16	2.1	17	94	5	61	23	5	11	58	1.55
11598263--11598356	47	2.0	47	97	0	179	25	7	38	28	1.83
11607889--11608783	206	4.4	206	89	3	1320	32	17	20	29	1.96
11610568--11610601	16	2.1	17	88	5	52	26	5	8	58	1.51
11612533--11612604	29	2.5	28	79	2	72	29	5	0	65	1.15
11612547--11612602	28	2.0	29	82	3	69	28	7	0	64	1.20
11612723--11612758	14	2.5	15	90	4	56	33	8	2	55	1.44
11612596--11612842	118	2.1	122	79	9	267	27	8	2	61	1.37
11614736--11614887	53	2.9	51	82	6	160	32	16	25	25	1.96
11618243--11618288	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11618250--11618294	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11625968--11626013	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
11625975--11626019	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11627743--11627777	18	1.9	18	100	0	70	25	11	11	51	1.71
11629454--11629601	25	6.0	25	82	4	138	22	23	19	34	1.97
11629481--11629633	50	3.0	50	79	6	141	23	22	20	33	1.97
11631745--11631780	18	2.0	18	100	0	72	5	33	11	50	1.61
11633370--11633642	46	5.9	46	91	0	377	20	22	14	42	1.88
11635774--11635820	11	4.2	11	76	12	51	65	0	0	34	0.93
11635768--11635822	24	2.3	24	87	0	74	61	1	0	36	1.06
11639553--11639585	14	2.3	15	89	5	50	57	3	0	39	1.14
11639985--11640059	18	4.2	17	77	16	64	58	1	1	38	1.15
11648323--11648366	21	2.1	21	83	8	54	54	0	4	40	1.21
11648352--11648397	20	2.3	21	77	11	51	60	0	2	36	1.09
11648338--11648393	28	1.9	30	89	7	89	58	0	1	39	1.08
11648405--11648489	10	8.5	10	71	18	52	51	1	4	42	1.30
11648770--11648814	20	2.2	20	88	7	65	37	0	2	60	1.09
11648896--11648954	9	6.6	9	75	14	59	28	5	0	66	1.13
11648837--11648938	19	5.6	18	72	16	68	36	5	0	57	1.23
11648896--11648954	17	3.3	18	83	9	68	28	5	0	66	1.13
11648894--11648960	17	3.7	18	74	8	55	28	4	0	67	1.10
11649479--11649515	15	2.3	17	86	9	51	16	10	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11651137--11651227	40	2.3	40	80	0	101	12	16	30	40	1.85
11651231--11651288	25	2.3	25	87	3	80	22	17	22	37	1.93
11654086--11654110	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
11656670--11656708	18	2.1	19	85	4	53	30	17	0	51	1.46
11657209--11657241	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
11657522--11657978	46	10.0	46	87	2	598	22	22	14	40	1.90
11660645--11660894	46	5.9	39	80	17	261	36	16	24	23	1.94
11660684--11660938	46	5.7	46	83	9	303	38	15	23	22	1.92
11660634--11660938	84	3.5	84	88	3	412	37	15	23	22	1.93
11661199--11661245	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
11665145--11665178	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
11665166--11665281	6	19.3	6	82	7	146	48	15	17	18	1.82
11665634--11665697	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
11665677--11665810	27	5.0	27	87	0	178	23	19	20	36	1.95
11665691--11665842	81	1.9	81	82	5	191	25	16	21	36	1.94
11665677--11665845	54	3.1	54	82	3	153	25	17	20	37	1.93
11665803--11666341	27	20.3	27	79	4	279	31	7	20	39	1.81
11666014--11666324	54	5.8	54	84	2	315	30	8	20	40	1.82
11666022--11666324	81	3.8	79	85	3	356	30	8	20	40	1.82
11672513--11672543	14	2.2	14	100	0	62	25	12	29	32	1.93
11684405--11684472	9	7.6	9	83	6	77	26	8	19	45	1.79
11684862--11684936	20	3.5	20	65	16	51	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11684844--11684935	45	2.0	45	100	0	184	35	17	17	29	1.93
11687136--11687231	48	2.1	47	84	5	124	35	13	22	28	1.92
11693379--11693564	93	2.0	93	94	0	327	43	11	11	33	1.77
11700169--11700250	24	3.4	24	78	8	85	35	17	29	18	1.93
11700169--11700278	25	4.5	24	75	10	80	34	18	28	19	1.95
11700273--11700338	27	2.6	24	75	15	69	31	19	25	22	1.98
11704002--11704124	43	2.9	43	85	1	149	25	30	20	23	1.98
11706048--11706077	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
11711390--11711533	55	2.6	55	73	4	146	30	28	25	15	1.96
11712681--11712720	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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