genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  202  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65915276--65915330	22	2.5	22	85	11	85	38	30	21	9	1.85
65921582--65921818	42	5.6	42	88	0	321	33	24	17	24	1.96
65926288--65926363	40	1.9	40	83	0	98	19	14	32	32	1.92
65930393--65930526	40	3.4	39	88	5	180	30	26	21	20	1.98
65945530--65945795	42	6.4	42	81	5	281	30	23	19	26	1.98
65951433--65951610	27	6.6	27	81	5	171	28	28	15	27	1.96
65951459--65951609	82	1.9	81	87	4	223	27	28	15	27	1.96
65957314--65957389	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
65957510--65958189	47	14.2	47	88	4	1000	30	29	7	32	1.86
65957510--65958189	96	7.1	96	95	0	1175	30	29	7	32	1.86
65959819--65959896	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
65961947--65962067	40	3.0	40	82	0	152	26	29	20	23	1.99
65961963--65962280	40	7.9	40	82	2	302	25	28	20	26	1.99
65962295--65962373	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
65962355--65962614	43	6.0	43	95	0	457	26	34	17	21	1.95
65964481--65964556	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
65964677--65965455	47	16.2	47	88	4	1135	30	29	7	32	1.86
65964677--65965455	96	8.1	96	94	1	1319	30	29	7	32	1.86
65964677--65965455	291	2.7	289	94	1	1357	30	29	7	32	1.86
65967086--65967163	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
65972282--65972349	35	1.9	35	88	5	102	27	13	27	30	1.94
65975218--65975247	12	2.4	13	88	11	53	6	16	0	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65976392--65976496	27	3.9	27	84	2	129	39	20	9	30	1.85
65976392--65976495	55	1.9	54	84	2	136	39	20	9	30	1.84
65976912--65977005	27	3.5	26	70	8	64	19	19	19	42	1.89
65980841--65980925	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
65980996--65981104	47	2.4	45	84	7	130	28	28	10	33	1.89
65983651--65983691	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
65987072--65987098	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
65988204--65988255	15	3.2	15	73	19	50	44	0	0	55	0.99
65991955--65992063	29	3.8	30	75	8	102	25	31	15	27	1.96
65991962--65992074	58	2.0	57	80	5	129	26	29	14	30	1.95
65992147--65992193	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
65993533--65993565	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
66001323--66001368	22	2.1	22	83	0	56	45	0	4	50	1.21
66004658--66004813	42	3.7	42	81	5	170	28	15	25	30	1.96
66009680--66010045	48	7.7	47	73	13	256	27	19	29	23	1.98
66014572--66014657	45	1.9	45	92	4	147	36	24	13	25	1.93
66024468--66025200	46	16.0	46	92	1	1040	40	14	22	21	1.90
66025481--66025513	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
66028250--66028378	30	4.3	30	96	0	231	25	50	6	17	1.69
66028864--66028993	25	5.6	24	74	10	83	33	6	3	56	1.42
66029007--66029048	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
66029013--66029077	26	2.5	25	85	5	76	29	4	6	60	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66031704--66031971	40	6.7	40	94	0	464	30	20	26	22	1.98
66040100--66040404	40	7.8	40	91	4	482	29	19	27	23	1.98
66040100--66040404	117	2.6	117	91	4	501	29	19	27	23	1.98
66040100--66040404	77	3.9	80	89	5	482	29	19	27	23	1.98
66042618--66042652	18	1.9	18	88	11	54	37	22	17	22	1.94
66058963--66059004	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
66059101--66059148	23	2.1	22	88	3	69	58	8	2	31	1.39
66059104--66059169	3	21.3	3	72	6	51	62	7	1	28	1.32
66059773--66059806	18	1.9	17	88	5	50	17	2	5	73	1.16
66060873--66061028	47	3.3	47	81	4	183	33	8	28	28	1.87
66061099--66061183	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
66072941--66073322	99	3.9	98	78	11	394	25	16	19	38	1.92
66073232--66073835	75	8.2	73	83	8	717	31	16	19	32	1.94
66073245--66073829	147	4.0	147	87	4	724	31	16	19	32	1.94
66073906--66073938	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
66073742--66074282	87	6.0	89	79	7	474	27	16	17	38	1.92
66073742--66074337	179	3.4	177	77	9	538	28	16	18	37	1.92
66073763--66074349	87	6.6	88	78	10	418	28	16	18	36	1.93
66076262--66076390	46	2.8	46	93	0	204	31	28	19	20	1.97
66077678--66077806	30	4.3	30	93	0	213	25	50	6	17	1.69
66077688--66077743	18	3.4	18	68	27	61	25	50	7	17	1.72
66078289--66078422	23	5.7	24	72	9	87	34	5	3	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66078366--66078425	25	2.4	26	78	13	72	35	5	1	58	1.30
66078383--66078491	27	4.0	28	75	14	104	31	5	4	58	1.41
66078420--66078502	25	3.4	23	78	15	78	30	6	6	57	1.47
66078373--66078491	26	4.4	26	73	17	91	31	5	4	57	1.41
66078566--66078621	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
66079485--66079588	39	2.7	39	80	0	118	32	4	22	40	1.75
66083657--66083714	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
66088506--66088569	29	2.2	29	91	0	101	62	7	3	26	1.38
66104214--66104297	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
66104166--66104403	49	4.8	49	87	2	314	25	17	27	29	1.98
66104164--66104403	99	2.4	100	86	2	331	25	17	27	29	1.98
66114990--66115108	42	2.8	41	75	7	112	29	23	15	31	1.95
66121508--66121551	21	2.0	22	91	4	72	43	25	22	9	1.82
66140372--66140563	40	4.8	40	90	1	269	24	23	29	22	1.99
66147344--66147413	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
66147344--66147441	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
66147888--66147913	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
66151943--66152125	40	4.6	40	92	1	269	24	26	27	21	1.99
66157568--66157667	28	3.5	28	79	1	101	27	30	14	29	1.95
66165900--66166022	58	2.1	58	80	4	133	34	19	16	29	1.93
66170273--66170529	40	6.5	40	91	3	387	23	23	27	24	2.00
66170273--66170529	79	3.2	80	90	3	387	23	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66179534--66179645	27	4.1	27	79	12	113	16	23	21	38	1.93
66185221--66185583	47	7.6	47	92	3	550	33	8	29	28	1.87
66185221--66185583	143	2.6	143	90	3	572	33	8	29	28	1.87
66189827--66190012	27	6.9	27	86	2	239	30	23	7	39	1.82
66189815--66190012	81	2.4	80	86	3	263	29	23	7	39	1.82
66190044--66190141	27	3.7	26	89	5	126	42	21	6	29	1.77
66190002--66190140	54	2.6	54	77	10	124	38	22	10	28	1.86
66190096--66190198	27	3.8	27	78	13	104	41	18	8	31	1.81
66190097--66190202	26	3.9	26	75	12	88	39	17	9	33	1.82
66190243--66190320	27	2.9	26	75	11	77	38	21	17	21	1.93
66191125--66191194	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
66191342--66191475	42	3.2	42	91	0	214	32	15	18	33	1.93
66191499--66191582	31	2.7	31	90	1	134	28	17	25	28	1.98
66199353--66199533	27	6.7	27	85	2	229	26	12	18	42	1.86
66199353--66199532	81	2.2	81	86	2	263	26	11	18	42	1.85
66201668--66201748	28	2.9	28	77	1	81	25	16	30	27	1.96
66202047--66202410	27	13.6	27	82	6	393	40	19	8	31	1.82
66202047--66202427	53	7.1	53	83	4	408	39	18	9	32	1.82
66202283--66202451	27	6.3	26	78	6	90	38	18	11	31	1.87
66206021--66206281	27	9.7	27	86	0	342	25	15	17	42	1.88
66206025--66206281	81	3.2	81	93	1	435	24	15	17	42	1.88
66215251--66215363	46	2.4	46	85	8	140	25	15	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66222479--66222515	19	2.0	19	89	5	58	40	16	0	43	1.48
66222813--66222873	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
66229272--66229413	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
66229343--66229394	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
66230075--66230190	27	4.3	27	85	6	128	25	16	18	38	1.92
66230075--66230190	53	2.2	54	82	4	137	25	16	18	38	1.92
66233867--66233924	20	2.9	20	74	5	64	20	3	5	70	1.21
66235635--66235711	24	3.2	24	88	0	118	36	3	38	20	1.71
66237106--66237191	27	3.2	26	80	9	93	17	23	22	37	1.94
66243435--66243511	24	3.2	24	88	0	118	35	3	38	22	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356