genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86695116--86695414	77	3.9	77	89	2	449	36	14	2	46	1.56
86695534--86695567	15	2.3	15	89	0	50	44	2	26	26	1.69
86705440--86705487	19	2.5	19	80	10	53	60	0	4	35	1.16
86705530--86705576	21	2.2	23	82	17	66	70	0	29	0	0.88
86709455--86709479	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
86710195--86710238	9	5.0	9	77	5	54	72	0	2	25	0.96
86718067--86718238	93	1.8	93	92	0	290	28	27	20	22	1.99
86718063--86718235	46	3.7	46	77	13	192	29	27	20	22	1.99
86719659--86719701	20	2.1	20	86	4	59	62	0	20	16	1.32
86720456--86720480	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
86721025--86721202	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
86721026--86721181	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
86721022--86721202	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
86721107--86721213	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
86727689--86727731	20	2.1	20	86	4	59	62	0	20	16	1.32
86728482--86728506	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
86729049--86729226	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
86729050--86729205	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
86729046--86729226	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
86729131--86729237	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
86732840--86732934	43	2.2	43	81	5	102	15	32	21	30	1.94
86736205--86736232	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86738886--86738932	24	2.0	24	83	4	60	44	2	4	48	1.34
86739153--86739216	13	4.9	13	80	0	83	28	7	26	37	1.84
86740290--86740335	22	2.1	22	84	15	60	58	0	0	41	0.98
86744412--86744591	90	2.1	87	81	12	210	39	15	10	35	1.80
86744666--86744732	19	3.5	19	76	11	66	67	1	1	29	1.09
86744727--86744787	19	3.2	19	83	4	61	59	3	4	32	1.35
86744688--86744846	29	5.4	29	74	10	119	59	1	5	33	1.32
86745091--86745120	10	2.8	11	90	10	53	43	0	0	56	0.99
86748289--86748360	28	2.5	28	82	6	74	38	2	0	58	1.13
86748574--86748796	87	2.5	87	88	5	324	35	10	16	37	1.83
86750586--86750613	13	2.2	13	100	0	56	14	28	25	32	1.94
86751721--86751761	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
86754941--86754965	13	1.9	13	100	0	50	16	32	24	28	1.96
86755605--86755848	121	2.0	121	100	0	488	43	15	9	31	1.78
86757969--86757995	13	2.1	13	100	0	54	70	14	0	14	1.17
86766544--86766696	65	2.4	65	85	4	227	32	24	22	20	1.98
86768356--86768384	15	1.9	15	100	0	58	41	6	20	31	1.79
86772636--86772807	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
86772629--86772804	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
86775148--86775184	18	2.1	18	89	0	56	43	18	21	16	1.88
86776025--86776053	7	4.1	7	100	0	58	72	0	13	13	1.13
86783367--86783413	18	2.7	18	90	3	69	46	4	12	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86783666--86783741	40	1.9	40	94	0	134	21	15	30	32	1.94
86783752--86783805	28	1.9	28	84	0	72	29	11	29	29	1.91
86797728--86797817	27	3.3	28	81	10	105	40	21	18	20	1.92
86798051--86798195	27	5.4	27	89	0	137	28	20	17	33	1.95
86798187--86798531	27	12.8	27	80	6	342	39	7	22	30	1.82
86798188--86798558	135	2.8	135	83	2	381	38	7	22	30	1.82
86798899--86799960	533	2.0	533	95	0	1901	28	28	14	28	1.95
86808211--86808399	94	2.0	94	98	0	369	24	19	24	31	1.98
86813851--86813880	14	2.1	14	100	0	60	20	30	0	50	1.49
86832066--86832194	48	2.7	48	83	0	159	25	24	19	30	1.98
86834101--86834171	35	2.0	35	88	0	106	36	11	22	29	1.89
86835055--86835101	16	2.7	17	80	12	51	36	8	21	34	1.84
86836073--86836191	41	2.9	41	91	0	193	24	28	24	22	1.99
86836453--86836737	27	10.7	27	76	6	138	31	11	19	37	1.87
86836733--86836832	27	3.7	27	77	7	105	29	16	17	38	1.91
86850111--86850280	46	3.7	46	76	13	195	29	28	20	22	1.98
86850116--86850286	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
86868979--86869017	17	2.3	17	95	0	69	64	10	5	20	1.44
86874361--86874419	21	2.8	21	78	0	55	20	30	32	16	1.95
86878350--86878452	42	2.4	43	82	6	111	31	22	18	28	1.97
86880882--86880921	21	1.9	21	84	0	53	25	2	25	47	1.64
86887968--86888011	7	6.1	7	83	2	52	13	50	0	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86887969--86888010	21	2.0	22	85	4	59	14	47	0	38	1.44
86887968--86888011	14	3.1	15	84	15	58	13	50	0	36	1.42
86895737--86896060	165	2.0	165	91	0	531	30	22	14	32	1.94
86897799--86897835	19	1.9	19	100	0	74	32	16	10	40	1.83
86898210--86898470	41	6.4	41	91	0	362	32	22	22	22	1.98
86898512--86898559	22	2.1	22	84	3	60	50	25	0	25	1.50
86898877--86898928	14	3.6	15	82	7	72	26	1	23	48	1.62
86898946--86899018	21	3.6	20	75	14	69	17	0	47	34	1.48
86898946--86899036	14	6.6	14	72	6	69	20	0	43	35	1.52
86898946--86899050	7	15.1	7	71	16	58	20	0	42	36	1.53
86899192--86899234	22	2.0	22	86	9	61	20	0	30	48	1.50
86899410--86899455	23	2.0	24	82	4	58	63	8	0	28	1.24
86899474--86899525	22	2.5	20	73	20	52	65	0	9	25	1.23
86902387--86902447	30	2.0	30	90	0	95	27	16	14	40	1.88
86903874--86903914	21	2.0	21	100	0	82	26	19	53	0	1.45
86904212--86904440	43	5.3	43	84	2	264	24	17	24	33	1.96
86904212--86904439	85	2.7	85	88	0	321	25	17	24	33	1.96
86917222--86917396	52	3.5	51	89	4	257	26	13	30	28	1.94
86926293--86926343	24	2.1	24	96	0	93	31	11	21	35	1.90
86926788--86926855	29	2.3	29	94	0	118	20	26	30	22	1.98
86931784--86931885	48	2.1	48	85	3	134	26	21	23	28	1.99
86932748--86932818	33	2.2	33	100	0	142	29	11	15	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86937168--86937307	51	2.8	51	85	4	196	25	20	26	28	1.99
86937168--86937313	49	2.9	50	85	4	206	26	19	26	28	1.99
86942560--86942703	51	2.9	49	85	2	189	26	19	25	28	1.99
86947783--86948013	48	4.9	48	76	14	212	26	19	26	28	1.99
86977201--86977465	119	2.2	121	82	6	326	26	27	21	24	1.99
86977201--86977465	40	6.7	40	86	5	313	26	27	21	24	1.99
86985227--86985412	40	4.6	40	92	2	284	27	26	20	25	1.99
86985227--86985465	119	2.0	121	80	5	270	27	25	21	25	1.99
86998967--86999057	45	2.0	45	97	0	173	13	20	27	38	1.90
87010484--87010528	22	2.0	22	86	0	63	37	0	2	60	1.09
87011472--87011511	21	1.9	20	85	10	53	72	17	0	10	1.11
87011632--87011687	18	3.5	15	81	18	60	37	10	14	37	1.81
87011638--87011701	17	3.6	17	87	8	92	37	12	12	37	1.81
87011638--87011701	18	3.6	18	91	4	94	37	12	12	37	1.81
87011630--87011701	19	3.9	19	87	10	114	37	11	13	37	1.81
87011630--87011710	17	4.2	22	84	13	69	38	9	14	37	1.80
87011993--87012026	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
87020171--87020341	44	3.9	44	82	1	173	31	15	25	27	1.96
87020171--87020341	88	1.9	88	82	2	209	31	15	25	27	1.96
87020465--87020564	44	2.4	41	79	11	112	34	14	24	28	1.93
87020479--87020622	44	3.3	44	81	0	164	32	15	22	29	1.95
87020487--87020649	88	1.9	88	82	2	211	33	15	23	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87020029--87021164	308	3.6	308	89	3	1743	31	17	22	28	1.96
87020813--87020847	14	2.5	14	90	0	52	51	11	20	17	1.75
87020827--87020915	44	2.0	44	91	0	142	31	12	25	30	1.92
87020517--87021135	322	1.9	322	93	0	1076	31	16	23	27	1.96
87021152--87021368	78	2.8	77	85	4	274	32	17	23	25	1.97
87021385--87021581	89	2.2	90	85	8	278	33	13	28	24	1.93
87021308--87021581	45	6.1	45	74	8	252	31	14	27	26	1.95
87021931--87022021	19	4.9	19	89	8	152	37	9	16	36	1.82
87022000--87022044	23	2.0	22	82	4	54	37	8	17	35	1.81
87024824--87024936	42	2.7	43	82	6	149	31	29	15	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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