genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  320  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103485580--103485626	24	1.9	25	83	12	62	61	4	0	34	1.15
103485603--103485665	22	2.8	23	84	13	78	60	0	3	36	1.13
103485613--103485695	25	3.4	25	73	14	68	62	2	6	28	1.31
103486821--103486858	17	2.3	17	95	4	69	15	7	39	36	1.77
103488056--103488131	29	2.6	30	75	12	77	30	9	0	60	1.28
103497176--103497213	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
103497190--103497214	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
103502868--103502946	36	2.2	36	97	2	151	43	13	24	18	1.87
103505487--103505520	17	2.1	16	89	10	52	26	0	5	67	1.13
103507305--103507330	9	2.9	9	100	0	52	11	0	7	80	0.89
103523577--103523676	40	2.5	40	96	1	184	31	33	19	17	1.94
103525166--103525202	17	2.2	18	90	9	60	67	2	0	29	1.04
103528575--103528787	107	2.0	108	93	2	367	29	27	15	28	1.96
103533671--103533722	18	3.1	16	82	15	61	67	3	0	28	1.08
103538082--103538143	27	2.3	27	86	8	90	35	0	3	61	1.12
103538078--103538130	18	2.9	18	80	2	61	33	0	3	62	1.13
103538119--103538158	19	2.2	17	91	8	62	45	0	0	55	0.99
103539173--103539232	27	2.3	27	97	2	113	15	6	30	48	1.70
103540590--103540690	9	10.7	9	70	12	60	43	0	2	52	1.23
103542195--103542228	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
103545027--103545067	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
103546973--103547006	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103547650--103547676	12	2.2	12	100	0	54	40	18	14	25	1.89
103548020--103548064	21	2.2	20	84	11	56	75	4	2	17	1.07
103556502--103556527	13	2.0	13	100	0	52	7	23	7	61	1.49
103558331--103558480	72	2.1	72	93	1	255	29	18	13	39	1.88
103562841--103562914	37	2.0	37	100	0	148	16	18	13	51	1.76
103569009--103569035	12	2.2	12	100	0	54	25	14	14	44	1.84
103574191--103574276	27	3.2	26	85	4	109	38	19	20	20	1.94
103575338--103575369	17	1.9	16	93	6	55	68	0	25	6	1.12
103579281--103579600	46	7.0	46	90	2	473	39	14	23	22	1.91
103587487--103587537	11	4.5	11	72	13	50	29	0	3	66	1.09
103592432--103592564	47	2.8	47	96	0	239	39	21	13	25	1.90
103593353--103593377	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
103603431--103603480	26	2.0	25	92	4	82	18	22	24	36	1.95
103603626--103603681	25	2.2	25	93	0	94	26	26	17	28	1.98
103626948--103627009	30	2.1	30	96	0	115	27	3	11	58	1.48
103631023--103631144	58	2.1	58	100	0	244	32	11	23	31	1.90
103634172--103634226	24	2.3	24	87	0	74	47	0	3	49	1.19
103634180--103634251	18	3.6	19	68	21	58	43	0	4	52	1.20
103639665--103639752	28	3.1	28	100	0	176	25	10	11	53	1.68
103640656--103640709	22	2.6	21	77	11	58	72	5	3	18	1.20
103640821--103640898	38	2.2	34	80	13	86	47	2	5	44	1.38
103643911--103643953	19	2.3	19	87	0	59	39	2	4	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103646073--103646110	3	12.3	3	94	5	67	68	0	31	0	0.90
103648873--103648958	24	3.5	24	68	14	59	52	2	3	41	1.31
103651753--103651832	41	2.0	41	89	0	124	27	7	32	32	1.85
103662962--103663028	28	2.5	26	81	9	80	37	0	4	58	1.19
103662962--103663028	27	2.5	27	83	7	82	37	0	4	58	1.19
103682146--103682206	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
103682298--103682411	3	37.7	3	71	15	65	57	1	7	34	1.36
103682411--103682442	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
103682546--103682588	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
103688420--103688808	134	2.9	134	81	4	464	24	16	19	39	1.91
103693579--103693653	3	25.0	3	80	0	78	0	40	26	33	1.57
103697551--103697652	53	1.9	53	90	2	161	30	16	9	43	1.80
103722479--103722528	20	2.5	20	90	3	82	52	12	10	26	1.70
103722711--103722759	20	2.5	20	83	12	57	28	2	4	65	1.22
103724771--103724855	30	2.8	30	89	3	127	16	48	7	28	1.72
103724950--103725044	49	1.9	49	97	0	181	42	2	21	34	1.65
103725093--103725152	29	2.1	29	96	3	113	55	6	20	18	1.65
103725425--103725513	3	29.3	3	74	18	71	30	3	1	65	1.16
103725425--103725517	18	4.9	18	81	12	98	31	3	1	64	1.16
103725425--103725515	27	3.4	27	77	17	91	30	3	1	64	1.16
103725540--103725582	18	2.6	16	85	7	50	20	9	4	65	1.40
103735691--103736157	86	5.4	86	90	2	670	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103735792--103736106	44	7.3	44	67	17	203	34	21	23	20	1.96
103736086--103736376	43	6.7	43	73	9	239	36	21	20	20	1.95
103736000--103736283	130	2.2	131	82	6	344	34	21	21	22	1.97
103736173--103736327	44	3.5	44	74	11	163	38	23	21	17	1.93
103736912--103736997	30	2.9	30	91	3	138	17	50	6	25	1.71
103737089--103737187	49	2.0	49	98	0	189	43	2	20	34	1.63
103737554--103737633	3	26.3	3	72	20	53	30	5	1	63	1.23
103737548--103737633	24	3.4	24	75	12	75	29	4	1	65	1.20
103739762--103739799	20	1.9	20	88	0	58	15	26	26	31	1.96
103742628--103742678	16	3.5	14	82	10	59	56	3	0	39	1.18
103743863--103744175	125	2.5	125	88	1	448	38	19	15	27	1.91
103744724--103744775	25	2.0	26	85	3	70	61	3	3	30	1.32
103744998--103745059	24	2.7	22	80	11	72	59	1	11	27	1.41
103745391--103745429	17	2.3	17	100	0	78	23	0	48	28	1.51
103745630--103745711	20	4.2	19	78	17	69	24	2	29	43	1.67
103752381--103752469	43	2.1	43	100	0	178	33	2	15	48	1.58
103752837--103752880	22	2.0	23	90	4	72	47	0	2	50	1.13
103757454--103757513	30	2.0	31	83	3	77	45	3	8	43	1.50
103761139--103761172	13	2.8	12	82	8	50	44	0	2	52	1.16
103767346--103767396	26	2.0	26	84	7	68	54	7	7	29	1.57
103794075--103794643	61	9.3	61	83	2	633	29	20	17	33	1.95
103799039--103799105	27	2.4	28	82	5	82	55	5	2	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103806744--103806801	23	2.5	23	94	0	98	51	0	18	29	1.47
103808225--103808260	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
103808673--103808705	17	1.9	17	88	11	50	51	3	0	45	1.16
103809255--103809283	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
103809678--103809740	30	2.1	30	93	0	108	23	3	14	58	1.50
103820775--103820822	25	2.0	24	88	12	71	47	2	20	29	1.61
103833223--103833300	24	3.2	24	63	20	63	34	12	10	42	1.77
103833215--103833310	48	2.0	48	100	0	192	33	12	12	41	1.80
103835145--103835175	15	2.1	15	100	0	62	32	0	25	41	1.56
103845058--103845117	30	2.0	30	83	9	77	45	3	5	46	1.41
103845118--103845150	16	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
103845108--103845152	23	2.0	22	82	4	54	48	2	0	48	1.13
103852603--103852664	31	2.0	31	84	3	81	38	6	12	41	1.69
103852859--103852952	48	2.0	48	95	0	170	45	14	5	34	1.68
103859559--103859593	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
103862437--103862471	7	5.0	7	96	0	61	68	0	0	31	0.90
103866386--103866446	31	2.0	31	87	6	88	11	36	6	45	1.66
103874669--103875088	141	3.0	140	89	2	619	34	25	10	29	1.89
103876618--103876748	40	3.3	38	78	10	145	31	19	25	23	1.98
103876636--103876750	40	2.9	40	84	3	169	32	20	22	25	1.98
103883833--103883869	17	2.2	17	100	0	74	64	18	0	16	1.29
103886231--103886335	3	36.3	3	69	12	51	59	4	1	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103886199--103886334	11	11.9	11	70	20	59	59	3	3	33	1.32
103889666--103889690	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
103890542--103890575	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
103890670--103890712	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
103890777--103890982	3	68.0	3	69	12	82	33	7	2	56	1.43
103891028--103891088	22	2.8	22	80	2	61	18	6	6	68	1.33
103894846--103894910	32	2.1	32	83	13	82	35	4	4	55	1.41
103898407--103898456	24	2.1	24	100	0	100	46	8	8	38	1.63
103899605--103899644	12	3.1	13	79	13	55	37	25	5	32	1.77
103900068--103900135	27	2.7	24	82	11	66	26	8	7	57	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356