Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

This is table  89  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27996071--27996268
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81
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0
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27996071--27996278
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1.99
27996498--27996599
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4.1
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20
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1.99
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3.5
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26
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3.0
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27999446--27999557
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4.0
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64
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0
0
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34
1.10
28013008--28013089
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8.7
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63
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1.10
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1
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0
0
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100
0
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22
0
11
66
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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53
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102
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1.9
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20
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22
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1.8
101
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16
2.0
16
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0
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25
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2.1
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2.1
17
89
0
54
22
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58
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1.85
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2.2
35
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4
104
11
11
32
44
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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15
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32
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3
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3.5
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30
3
0
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1.09
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2
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125
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15
15
28
1.89
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2.0
375
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15
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0
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13
16
26
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28131919--28132005
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0
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22
12
48
16
1.80
28147863--28147936
33
2.2
33
82
0
85
24
14
43
17
1.87
28152545--28152591
22
2.2
21
84
3
58
36
21
8
34
1.84
28152562--28152659
19
5.2
19
90
7
155
34
16
11
37
1.84
28152562--28152659
36
2.6
37
88
9
144
34
16
11
37
1.84
28153237--28154079
132
6.4
132
94
0
1389
27
23
17
31
1.97
28153229--28154074
88
9.6
89
72
12
534
27
23
17
31
1.97
28157519--28157571
14
3.7
14
79
20
65
43
11
22
22
1.85
28157590--28157618
14
2.1
14
93
6
51
41
6
6
44
1.58
28160547--28160615
19
3.5
19
82
9
84
40
15
7
36
1.76
28161030--28161078
21
2.5
20
80
6
55
4
22
0
73
1.00
28161029--28161098
31
2.3
30
80
9
79
2
24
1
71
1.08
28161230--28161316
32
2.7
32
78
5
86
24
17
41
17
1.90
28161364--28161411
22
2.2
22
96
3
89
18
29
10
41
1.84
28161376--28161415
12
3.5
12
80
13
57
17
27
12
42
1.85
28162814--28162857
11
3.9
11
90
3
70
81
11
0
6
0.86
28164224--28164278
16
3.4
16
78
9
58
38
5
1
54
1.34
28164601--28164813
56
3.3
64
77
12
176
30
4
11
53
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28164643--28164828
66
2.8
68
78
8
200
29
5
12
52
1.61
28168053--28168084
14
2.1
16
88
11
50
18
25
12
43
1.85
28195007--28195179
46
3.7
46
77
13
201
21
20
27
29
1.98
28195004--28195174
93
1.8
93
94
0
306
21
21
28
28
1.98
28200531--28200703
46
3.7
46
78
13
210
21
21
27
28
1.99
28200528--28200698
93
1.8
93
96
0
315
21
21
28
28
1.99
28203298--28203340
21
2.0
21
86
0
59
30
32
13
23
1.93
28206237--28206270
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
28209070--28209110
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
28211016--28211049
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
28217938--28217976
16
2.4
17
86
4
53
71
2
23
2
1.10
28222637--28222697
30
2.0
30
87
0
86
31
22
4
40
1.75
28227180--28227252
29
2.5
29
82
6
85
73
4
8
13
1.20
28236382--28236499
40
3.0
40
94
0
209
28
28
19
22
1.98
28237185--28237220
18
2.0
18
100
0
72
33
16
11
38
1.84
28241383--28241505
63
2.0
63
85
3
167
21
24
26
26
2.00
28242080--28242159
17
4.9
16
74
11
74
75
1
20
3
1.03
28242087--28242160
33
2.3
31
80
13
78
75
1
18
4
1.03
28245858--28245942
25
3.4
24
80
6
89
20
21
20
38
1.93
28245947--28246153
111
1.9
111
79
4
238
24
16
26
32
1.96
28255072--28255195
39
3.2
39
84
2
160
26
26
20
25
1.99
28266784--28266817
17
1.9
18
88
5
52
50
5
5
38
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28269730--28269773
22
2.0
22
86
0
61
38
2
4
54
1.33
28272293--28272514
67
3.4
64
74
11
198
31
16
27
24
1.96
28272265--28272514
68
3.8
63
75
8
189
31
16
28
24
1.96
28275331--28275480
46
3.2
46
80
11
130
23
27
19
30
1.98
28280185--28280329
40
3.6
40
85
4
193
25
24
26
23
2.00
28285921--28285998
25
3.1
25
78
9
86
24
25
20
29
1.99
28287208--28287259
22
2.5
20
75
12
50
63
1
3
30
1.23
28287255--28287298
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2.4
19
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14
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45
2
0
52
1.13
28295693--28295740
20
2.4
21
79
10
55
64
4
0
31
1.12
28300760--28300784
12
2.1
12
100
0
50
32
36
0
32
1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          353   354   355   356