genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35971053--35971124	28	2.8	25	78	12	81	27	1	6	63	1.28
35971143--35971399	26	9.8	26	72	9	164	32	6	3	57	1.39
35976464--35976502	19	2.1	19	90	0	60	30	20	5	43	1.73
35980965--35980994	12	2.5	12	100	0	60	33	36	6	23	1.81
35985089--35985261	46	3.8	45	79	7	179	23	20	26	29	1.99
35985086--35985256	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
35986870--35986944	36	2.1	36	97	0	141	32	2	24	41	1.69
35986886--35986944	18	3.2	20	72	18	72	32	3	22	42	1.70
35986870--35986930	16	3.6	16	73	16	59	31	1	24	42	1.64
35988607--35988850	44	5.5	44	78	4	224	29	19	24	26	1.98
35988599--35988884	89	3.2	89	78	4	274	29	19	23	26	1.99
35988556--35988853	133	2.2	132	85	2	375	30	20	23	26	1.98
35988644--35988884	88	2.7	87	78	7	252	29	20	24	26	1.99
36002247--36002542	27	11.0	27	84	2	249	37	20	11	30	1.88
36004295--36004565	132	2.1	132	91	2	447	35	18	9	37	1.82
36006223--36006301	25	3.2	25	85	7	115	31	21	16	30	1.95
36006293--36006350	25	2.3	25	85	11	75	31	27	15	25	1.96
36007930--36008105	52	3.5	49	82	9	198	27	13	30	28	1.94
36013622--36013654	12	2.8	12	100	0	66	24	42	24	9	1.83
36023862--36023938	34	2.3	34	84	8	95	29	7	23	38	1.83
36027513--36027544	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
36027510--36027729	51	4.3	51	78	1	199	27	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36027510--36027694	50	3.6	50	79	2	145	26	17	25	30	1.98
36027651--36027784	51	2.6	51	82	4	137	28	13	29	29	1.94
36033605--36033764	38	4.3	38	90	2	261	23	29	23	24	1.99
36033599--36033764	75	2.2	76	92	2	271	22	28	23	24	1.99
36036826--36037045	51	4.3	51	77	2	183	26	16	26	30	1.97
36045961--36046143	40	4.6	39	76	9	165	26	27	21	25	1.99
36045954--36046111	79	2.0	80	82	6	196	25	26	20	26	1.99
36045961--36046143	79	2.3	79	79	10	194	26	27	21	25	1.99
36054128--36054334	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
36054128--36054334	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
36061296--36061474	27	6.6	27	93	2	187	30	28	13	26	1.95
36061296--36061474	55	3.3	54	94	1	295	30	28	13	26	1.95
36061296--36061474	82	2.2	82	93	0	304	30	28	13	26	1.95
36063639--36063821	79	2.3	81	81	11	209	26	27	21	24	2.00
36063637--36063821	40	4.6	39	80	7	196	26	27	21	24	1.99
36066426--36066466	21	1.9	22	85	5	57	43	9	21	24	1.83
36069302--36069348	24	2.0	24	100	0	94	27	17	8	46	1.76
36069305--36069358	24	2.2	24	90	0	81	31	18	9	40	1.82
36070052--36070115	30	2.2	30	94	2	112	31	6	14	48	1.68
36075609--36075653	23	2.0	22	83	8	56	20	15	31	33	1.93
36076138--36076202	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
36076308--36076370	28	2.2	29	88	8	94	22	23	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36076319--36076381	28	2.2	28	85	2	81	25	25	19	30	1.98
36076833--36076871	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
36083951--36084015	28	2.3	28	89	0	94	33	26	7	32	1.85
36084121--36084183	28	2.2	29	86	8	85	20	23	23	31	1.98
36084131--36084194	28	2.2	28	83	2	74	23	26	18	31	1.98
36084647--36084685	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
36095923--36096126	40	5.1	40	93	2	313	21	24	29	25	1.99
36114492--36114716	40	5.7	40	82	4	222	24	21	27	26	2.00
36114567--36114749	79	2.3	80	80	1	208	26	21	26	25	2.00
36122422--36122591	40	4.3	40	88	0	207	24	21	27	26	1.99
36122369--36122593	80	2.8	79	81	3	227	24	21	27	26	1.99
36122444--36122626	79	2.3	79	81	3	215	25	21	27	25	1.99
36123975--36124016	21	2.0	22	90	4	68	45	0	21	33	1.52
36127885--36128245	46	7.7	45	72	12	203	28	20	28	22	1.99
36128077--36128244	49	3.5	48	75	14	186	30	22	25	22	1.99
36128025--36128244	94	2.4	94	92	1	354	30	21	26	22	1.99
36132670--36132761	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
36132909--36132978	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
36133780--36133843	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
36133959--36134030	27	2.7	27	80	6	83	27	4	23	44	1.72
36133987--36134048	27	2.3	27	83	10	74	25	8	22	43	1.80
36133980--36134089	27	4.1	27	69	12	73	30	10	19	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36134092--36134175	27	3.1	27	86	3	107	40	5	22	30	1.78
36134078--36134206	54	2.4	53	76	11	127	37	6	21	34	1.81
36138983--36139011	14	2.0	15	93	6	51	20	3	20	55	1.58
36143055--36143083	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
36143288--36143359	36	2.0	36	97	0	135	34	19	9	36	1.85
36148633--36148692	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
36156126--36156185	30	2.0	30	90	0	93	30	25	6	38	1.81
36165930--36166030	51	2.0	50	81	7	116	34	28	12	23	1.92
36171841--36171889	18	2.9	18	76	11	59	46	10	10	32	1.71
36186226--36186493	40	6.7	40	94	0	464	22	26	20	30	1.98
36192620--36192651	6	5.7	6	89	10	50	0	12	0	87	0.54
36192620--36192651	17	1.9	17	93	6	57	0	12	0	87	0.54
36193289--36193334	24	1.9	24	95	0	83	26	23	6	43	1.78
36199629--36199666	18	2.1	18	90	0	58	15	15	0	68	1.22
36204350--36204415	23	3.0	23	70	18	61	56	1	0	42	1.08
36207048--36207225	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
36210786--36210843	25	2.3	25	81	0	71	25	25	15	32	1.95
36223807--36223984	27	6.6	27	82	3	151	29	28	15	26	1.96
36223833--36223983	82	1.9	81	88	4	232	29	28	15	27	1.96
36232210--36232858	325	2.0	325	97	0	1235	36	20	12	30	1.90
36233806--36234041	50	4.7	50	84	4	323	30	27	17	24	1.97
36233803--36234084	150	1.9	150	88	2	433	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36236671--36236703	17	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
36238577--36238614	17	2.2	17	100	0	76	36	23	5	34	1.78
36250707--36250745	14	2.7	15	84	4	53	23	0	10	66	1.22
36252754--36252813	3	20.0	3	77	13	61	68	0	31	0	0.90
36252753--36252803	18	3.1	16	86	13	68	68	0	31	0	0.90
36252757--36252813	16	3.4	17	81	13	73	68	0	31	0	0.90
36253798--36253833	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
36253363--36254578	298	4.1	297	84	8	1518	56	6	7	29	1.54
36253355--36254578	443	2.8	436	83	10	1377	55	6	7	29	1.54
36253513--36254578	155	7.1	149	84	7	1251	56	7	7	28	1.54
36254395--36254433	18	2.1	19	90	4	62	66	0	7	25	1.18
36261980--36262022	17	2.5	17	84	0	59	0	25	0	74	0.82
36261986--36262064	16	4.9	15	74	18	54	1	31	0	67	0.99
36261980--36262035	16	3.3	16	75	20	51	0	30	0	69	0.89
36262142--36262211	27	2.6	27	88	0	113	15	32	31	20	1.94
36262227--36262276	23	2.3	22	83	10	66	6	10	6	78	1.10
36262935--36262977	21	2.1	20	86	4	59	39	0	6	53	1.28
36264182--36264207	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
36266478--36266543	30	2.2	31	83	8	82	50	15	10	24	1.75
36276946--36276970	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
36277719--36277772	27	2.0	27	88	0	81	24	31	37	7	1.83
36277887--36277925	3	13.0	3	94	0	69	35	0	64	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36277948--36277985	14	2.5	16	83	12	53	63	0	36	0	0.95
36277948--36278000	20	2.6	21	77	14	58	62	0	37	0	0.96
36278422--36279596	145	8.1	143	90	4	1726	58	7	6	27	1.49
36278422--36279608	143	8.2	141	86	7	1278	58	7	6	27	1.49
36285988--36286031	17	2.6	17	100	0	88	0	31	0	68	0.90
36286603--36286645	17	2.5	18	81	11	54	25	0	2	72	0.97
36288616--36288640	11	2.3	11	100	0	50	24	12	8	56	1.62
36290563--36290706	54	2.7	54	93	2	236	18	25	22	34	1.96
36290569--36290724	27	5.8	27	82	11	178	19	25	21	33	1.97
36290569--36290724	81	1.9	80	83	8	201	19	25	21	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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