genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38908051--38908079	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
38915359--38915583	40	5.7	40	86	5	262	24	26	22	26	2.00
38915359--38915583	79	2.8	77	80	9	247	24	26	22	26	2.00
38917540--38917573	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
38918813--38918857	21	2.1	21	88	8	65	51	13	15	20	1.76
38920533--38920562	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
38931718--38931771	27	2.0	27	92	0	90	37	22	7	33	1.82
38934969--38935031	15	4.1	15	75	4	63	50	14	14	20	1.77
38939866--38939928	15	4.1	15	75	15	58	76	3	20	0	0.93
38939894--38939935	22	2.0	21	85	4	57	78	0	21	0	0.75
38939890--38939935	19	2.4	20	72	20	53	73	0	26	0	0.83
38941829--38941988	46	3.5	46	97	1	297	37	14	23	24	1.92
38955535--38955608	37	2.0	37	84	10	98	28	27	18	25	1.98
38958714--38958758	21	2.1	21	88	8	65	51	13	15	20	1.76
38960398--38960427	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
38971507--38971560	27	2.0	27	92	0	90	37	22	7	33	1.82
38974758--38974820	15	4.1	15	75	4	63	50	14	14	20	1.77
38979813--38979846	17	2.0	17	94	0	59	73	0	26	0	0.83
38979804--38979853	21	2.4	22	70	19	52	66	0	34	0	0.92
38981927--38982202	46	6.0	46	96	0	471	39	14	23	22	1.91
38981932--38982250	92	3.4	90	89	3	280	40	15	23	21	1.90
38983976--38984039	31	2.1	31	96	0	119	21	7	15	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38988723--38988757	17	2.1	17	100	0	70	28	22	0	48	1.51
38990033--38990070	20	2.0	20	84	5	51	55	0	2	42	1.14
38991032--38991069	20	2.0	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
38991053--38991099	21	2.4	19	86	10	60	63	2	0	34	1.06
39001105--39001237	69	1.9	70	89	1	205	31	14	16	37	1.89
39002012--39002614	119	5.1	118	84	3	735	22	23	26	27	1.99
39002012--39002543	79	6.7	79	84	4	615	22	23	27	27	1.99
39001996--39002522	198	2.7	198	92	1	860	22	22	26	27	1.99
39005733--39005826	43	2.2	43	90	0	143	28	31	24	14	1.95
39032205--39032245	20	2.0	20	100	0	82	46	0	14	39	1.45
39036523--39036743	67	3.4	67	90	2	315	23	31	16	28	1.96
39037477--39037537	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
39039334--39039786	47	9.6	47	91	1	699	29	29	8	33	1.86
39039339--39039786	239	1.9	237	93	0	770	29	29	8	33	1.87
39043220--39043473	40	6.3	40	85	0	328	26	26	21	25	2.00
39043220--39043473	120	2.1	120	94	0	445	26	26	21	25	2.00
39046320--39046542	47	4.7	47	90	1	322	31	8	30	28	1.88
39046661--39046739	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
39048107--39048212	40	2.7	40	94	1	178	23	31	21	23	1.99
39048266--39048340	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
39050478--39050779	47	6.4	47	88	5	382	30	29	7	32	1.85
39050754--39050805	26	2.0	26	100	0	104	30	26	3	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39050624--39050948	168	1.9	167	91	5	530	30	28	6	33	1.83
39050710--39050854	75	1.9	74	98	1	281	31	27	6	34	1.82
39050780--39051046	47	5.6	47	94	0	426	30	28	7	33	1.85
39058095--39058289	18	10.9	18	74	22	110	36	11	14	36	1.83
39058102--39058289	35	5.3	35	94	1	322	37	12	13	36	1.83
39064940--39065081	44	3.3	44	68	13	132	30	23	20	26	1.98
39064932--39065295	85	4.3	87	84	7	457	30	22	21	24	1.99
39064932--39065295	167	2.2	167	83	7	452	30	22	21	24	1.99
39065302--39066424	207	5.4	207	94	0	1912	29	17	23	29	1.97
39065302--39066419	413	2.7	413	93	1	1909	29	17	23	29	1.97
39066820--39066910	19	4.9	19	86	8	134	37	12	15	35	1.84
39066841--39066896	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
39066828--39066917	35	2.5	37	85	10	125	37	12	15	34	1.85
39072699--39072738	21	2.0	20	95	5	71	35	0	20	45	1.51
39072699--39072746	21	2.3	21	86	10	64	35	2	18	43	1.62
39077486--39077536	23	2.3	22	86	3	66	0	54	0	45	0.99
39077486--39077536	11	4.5	11	83	11	59	0	54	0	45	0.99
39078010--39078071	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
39078013--39078074	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
39078037--39078082	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
39078099--39078146	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
39079738--39079820	43	1.9	44	82	2	105	43	10	20	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39085943--39086081	69	2.0	69	97	0	260	28	32	12	26	1.92
39087219--39087478	129	1.9	137	81	8	320	39	23	16	20	1.92
39088275--39088324	25	2.0	25	100	0	100	52	20	4	24	1.63
39090266--39090299	6	5.7	6	100	0	68	35	32	32	0	1.58
39103186--39103265	39	2.1	39	95	0	142	36	11	18	33	1.87
39104170--39104223	22	2.5	22	84	0	81	42	24	18	14	1.88
39104426--39104485	22	2.7	22	80	10	61	35	20	21	23	1.96
39104632--39104756	42	3.0	42	88	1	171	28	31	20	20	1.97
39104994--39105328	54	6.2	54	78	6	284	32	8	19	39	1.82
39105024--39105123	28	3.6	28	78	9	98	31	7	17	45	1.75
39104996--39105363	81	4.5	80	76	8	280	32	8	18	39	1.82
39104993--39105338	27	12.8	27	78	8	242	32	9	18	39	1.83
39105142--39105363	27	8.3	26	76	7	135	32	8	19	39	1.82
39105352--39105428	27	2.9	27	90	0	118	28	22	16	32	1.96
39107981--39108031	25	2.0	25	100	0	102	27	47	3	21	1.68
39108148--39108198	22	2.3	22	89	0	75	47	17	19	15	1.83
39108608--39108764	41	3.8	41	88	0	224	26	26	22	24	2.00
39109008--39109315	27	11.4	25	73	13	145	30	8	20	40	1.82
39109091--39109323	54	4.3	54	79	4	177	30	7	21	41	1.80
39109093--39109323	81	2.9	79	82	4	246	29	7	21	41	1.80
39109308--39109387	27	3.0	27	80	7	90	26	20	20	33	1.96
39110703--39110759	22	2.5	21	80	13	60	15	3	7	73	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39113502--39113580	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
39113486--39113918	47	9.1	47	92	3	704	32	8	30	29	1.87
39113486--39113918	96	4.5	95	95	1	717	32	8	30	29	1.87
39113486--39113918	143	3.0	143	94	1	744	32	8	30	29	1.87
39114037--39114115	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39115982--39116084	43	2.4	43	98	0	197	21	15	35	27	1.93
39116066--39116139	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
39116450--39116592	40	3.6	40	78	8	130	25	23	27	23	2.00
39116569--39116723	40	3.9	40	82	0	157	23	20	29	27	1.98
39119471--39119905	47	9.1	47	92	4	690	31	8	31	29	1.87
39119471--39119905	49	9.1	49	92	3	692	31	8	31	29	1.87
39119471--39119905	96	4.5	97	93	2	688	31	8	31	29	1.87
39120024--39120102	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
39124278--39124339	3	20.7	3	80	9	65	30	3	1	64	1.19
39124278--39124350	18	4.5	17	74	16	57	27	4	1	67	1.17
39124296--39124350	15	3.5	15	75	22	51	23	3	1	70	1.12
39129032--39129208	51	3.5	52	84	7	215	29	15	28	26	1.96
39139436--39139481	24	1.9	24	86	0	65	54	2	8	34	1.43
39139728--39139792	32	2.0	32	96	0	121	32	4	15	47	1.66
39140233--39140274	22	1.9	22	85	0	57	42	4	9	42	1.58
39141469--39141556	27	3.2	27	76	16	74	65	2	10	21	1.33
39141574--39141681	39	2.7	39	80	5	110	69	5	7	17	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39142448--39142476	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
39149002--39149041	21	1.9	21	84	0	53	32	2	15	50	1.57
39158577--39158625	20	2.5	20	86	0	62	28	12	18	40	1.86
39158588--39158626	20	2.0	20	94	0	69	28	12	15	43	1.83
39158955--39159004	20	2.5	20	93	0	82	4	14	10	72	1.26
39163803--39163974	48	3.6	47	78	9	154	26	27	19	26	1.99
39163902--39164025	48	2.6	48	85	9	159	25	29	17	28	1.98
39165970--39166232	51	5.3	51	79	9	265	40	20	10	28	1.85
39166036--39166208	95	1.8	94	87	3	258	39	21	10	28	1.86
39167569--39167629	32	1.9	32	89	0	95	29	8	24	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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