genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.353.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113103944--113104148	108	1.9	108	94	0	365	31	17	21	29	1.96
113108946--113108981	18	2.0	18	94	0	63	16	19	25	38	1.92
113114215--113114263	3	16.3	3	86	0	71	36	32	2	28	1.69
113116977--113117025	25	1.9	25	84	12	64	46	42	0	10	1.37
113118128--113118174	18	2.7	18	87	6	62	38	2	0	59	1.09
113118128--113118185	16	3.5	17	81	9	66	39	1	0	58	1.08
113118195--113118243	15	3.0	16	79	11	55	30	2	10	57	1.43
113120536--113120577	14	2.9	15	89	7	68	54	11	9	23	1.66
113126214--113126254	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
113140793--113140854	7	8.9	7	80	15	58	20	3	0	75	0.94
113140799--113140863	22	3.1	22	69	26	52	21	3	0	75	0.94
113140792--113140871	37	2.2	36	82	10	103	21	2	0	76	0.91
113141783--113142013	118	2.0	118	91	0	372	23	17	29	29	1.97
113158516--113158556	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
113171113--113171657	290	1.9	290	99	0	1081	28	24	14	31	1.95
113174934--113175149	107	2.0	108	96	0	398	42	8	5	43	1.59
113185239--113185313	39	1.9	39	91	0	123	48	4	22	25	1.68
113186444--113186799	129	2.7	128	80	7	369	28	17	17	36	1.93
113189603--113189638	16	2.2	17	90	5	56	33	0	0	66	0.92
113193059--113193092	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
113200431--113200547	58	2.0	61	83	5	150	38	5	12	43	1.65
113210833--113210924	36	2.6	36	89	0	148	27	21	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113210833--113210926	18	5.2	18	88	0	134	27	21	18	32	1.96
113218605--113218740	72	1.9	72	92	3	229	26	27	12	33	1.92
113221637--113221751	51	2.3	51	86	3	151	40	9	18	32	1.83
113222001--113222200	90	2.2	90	83	5	235	37	19	10	34	1.85
113222306--113222357	10	5.2	10	74	6	52	25	3	0	71	1.03
113222302--113222347	19	2.5	19	78	3	58	28	6	0	65	1.17
113222444--113222496	27	2.0	27	92	0	88	37	0	0	62	0.96
113222447--113222506	27	2.2	27	85	5	77	40	0	0	60	0.97
113224286--113224423	51	2.7	51	77	6	129	40	9	18	31	1.82
113224944--113225327	130	2.9	131	78	5	389	31	16	20	30	1.95
113228132--113228182	25	2.0	25	96	0	93	23	23	7	45	1.79
113228533--113228609	14	5.0	15	72	20	61	44	14	7	33	1.74
113228549--113228588	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
113228537--113228603	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
113229082--113229137	17	3.4	16	83	9	60	23	5	1	69	1.18
113244478--113244571	18	5.0	18	85	10	125	32	15	22	28	1.95
113244481--113244558	40	2.0	40	94	0	138	33	16	21	28	1.95
113248091--113248137	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
113255198--113255275	38	2.1	38	85	0	102	20	23	25	30	1.98
113269826--113269888	31	2.1	30	81	3	72	41	1	9	47	1.45
113271694--113271735	22	1.9	22	85	0	57	35	4	7	52	1.50
113271797--113271863	25	2.8	24	75	9	64	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113271971--113272012	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
113271975--113272011	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
113272182--113272225	5	8.8	5	85	9	63	79	0	0	20	0.73
113272178--113272230	15	3.7	14	80	11	63	75	0	1	22	0.90
113273272--113273297	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
113279920--113279945	8	3.2	8	100	0	52	0	11	0	88	0.52
113281481--113281532	10	5.4	10	84	9	63	40	0	7	51	1.30
113281481--113281532	18	2.9	18	88	0	68	40	0	7	51	1.30
113281481--113281532	16	3.2	16	86	0	68	40	0	7	51	1.30
113281481--113281515	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
113295753--113295858	53	2.0	53	100	0	212	33	26	7	32	1.84
113296925--113296965	15	2.6	16	82	14	50	58	2	0	39	1.11
113297031--113297100	20	3.3	20	73	21	54	54	4	0	41	1.20
113301501--113301535	17	2.1	17	88	0	52	42	2	14	40	1.60
113306499--113306588	45	2.0	45	100	0	180	31	6	26	35	1.82
113308232--113308273	19	2.3	19	79	4	50	14	28	2	54	1.52
113309681--113309712	9	3.6	9	95	0	55	40	25	9	25	1.85
113315891--113315970	39	2.1	39	100	0	160	20	28	10	41	1.84
113318218--113318257	16	2.4	18	80	12	50	35	0	7	57	1.27
113327844--113327916	32	2.4	32	78	13	82	27	1	6	64	1.27
113329023--113329233	102	2.1	102	87	1	298	36	12	12	39	1.80
113337714--113338103	209	1.9	207	86	2	557	20	13	16	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113338462--113338502	21	2.0	21	90	0	64	34	29	24	12	1.91
113343685--113343829	60	2.4	60	94	0	245	40	8	17	33	1.79
113351801--113351891	18	5.1	18	88	5	130	32	12	23	31	1.91
113358579--113358640	32	1.9	32	93	6	108	24	6	27	41	1.79
113359375--113359403	13	2.2	13	100	0	58	6	6	13	72	1.26
113359566--113359639	15	4.8	15	73	22	64	62	0	2	35	1.10
113359576--113359642	21	3.5	20	68	27	65	62	0	1	35	1.04
113359575--113359655	35	2.3	35	93	4	137	61	0	2	35	1.09
113365308--113365485	39	4.6	39	90	1	259	37	22	27	12	1.91
113365324--113365485	77	2.1	78	90	1	254	37	22	27	12	1.90
113365516--113365567	20	2.5	20	81	3	59	40	13	23	23	1.89
113369351--113369397	10	4.4	10	86	10	58	34	0	2	63	1.06
113369353--113369395	21	2.0	23	86	9	63	34	0	2	62	1.08
113370453--113370558	55	1.9	55	100	0	212	35	25	3	34	1.74
113376473--113376497	5	5.0	5	100	0	50	40	0	40	20	1.52
113376821--113376901	31	2.7	31	80	3	94	32	6	3	58	1.41
113384892--113384960	33	2.1	33	97	0	129	24	10	21	43	1.83
113389113--113389160	21	2.3	20	78	3	51	50	10	2	37	1.49
113391090--113391137	20	2.4	19	83	13	60	39	4	2	54	1.32
113394422--113394793	186	2.0	186	92	2	622	20	19	16	42	1.89
113396269--113396303	18	1.9	18	100	0	70	34	0	0	65	0.93
113399406--113399459	18	3.0	18	94	0	90	25	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113406861--113406913	21	2.5	22	84	3	63	26	1	1	69	1.09
113409569--113409616	21	2.3	20	78	3	51	50	10	2	37	1.49
113410169--113410227	31	1.9	31	86	10	86	30	13	10	45	1.76
113410167--113410233	31	2.2	29	80	12	82	29	11	8	49	1.70
113410708--113411075	186	2.0	186	93	2	632	22	19	16	42	1.89
113413359--113413806	147	3.0	147	87	1	592	36	10	16	36	1.83
113417831--113417917	43	2.0	43	95	0	156	43	11	16	28	1.82
113420851--113420910	30	2.0	30	100	0	120	33	16	26	23	1.96
113422199--113422231	17	1.9	17	100	0	66	36	0	24	39	1.56
113424274--113424300	12	2.2	12	100	0	54	48	14	7	29	1.71
113429049--113429130	30	2.6	31	74	16	89	28	4	2	64	1.26
113429392--113429448	30	1.9	30	82	7	71	42	0	5	52	1.24
113430068--113430228	84	1.9	84	87	0	232	27	25	29	17	1.97
113435364--113435417	10	5.7	10	74	12	60	50	9	7	33	1.62
113435808--113436033	119	1.9	118	84	3	301	36	11	7	44	1.69
113439017--113439047	15	2.1	15	93	0	53	48	22	0	29	1.51
113444466--113444544	40	2.0	40	100	0	158	40	22	15	21	1.90
113451722--113451827	32	3.5	32	68	19	100	42	4	13	39	1.65
113451700--113451816	58	2.0	58	98	0	225	41	5	11	40	1.66
113452829--113452975	42	3.3	42	83	8	170	29	26	13	30	1.94
113452882--113453065	49	3.8	49	82	10	193	31	26	13	28	1.93
113452897--113453065	47	3.6	46	83	3	185	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113453101--113453304	31	6.6	31	88	0	291	25	25	18	30	1.98
113453280--113453408	50	2.5	51	89	2	206	24	20	17	36	1.95
113458142--113458379	9	26.4	9	71	19	135	34	1	2	62	1.17
113458137--113458235	17	5.5	17	69	24	53	35	1	2	61	1.14
113458251--113458336	17	5.0	17	67	17	52	31	2	2	63	1.19
113458323--113458411	38	2.3	38	79	11	110	37	0	1	61	1.03
113458305--113458410	45	2.3	44	76	12	106	37	0	0	61	1.03
113458910--113458982	31	2.4	30	82	11	78	26	6	10	56	1.59
113461707--113461749	20	2.2	20	87	4	61	51	0	13	34	1.42
113463231--113463421	6	31.8	6	82	2	195	41	14	18	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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