genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72779333--72779423	44	2.0	46	91	4	150	26	5	30	37	1.79
72779333--72779440	46	2.5	44	84	11	136	28	4	31	35	1.78
72779582--72779620	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
72779587--72779620	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
72779653--72779692	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
72779544--72779739	54	3.4	54	71	17	144	54	3	1	41	1.23
72781185--72781288	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
72783425--72783458	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
72785385--72785409	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
72786419--72786472	21	2.5	22	77	22	69	59	1	5	33	1.31
72786646--72786681	14	2.6	14	90	0	54	30	16	5	47	1.70
72792820--72793173	50	7.3	49	80	8	334	28	18	27	25	1.98
72795598--72795635	19	2.0	19	100	0	58	26	0	15	57	1.38
72796257--72796303	23	2.0	23	84	8	60	8	17	8	65	1.44
72796440--72796480	21	2.0	21	85	9	57	17	14	9	58	1.62
72799829--72799854	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
72801713--72801772	21	2.9	21	92	0	102	30	26	10	33	1.89
72811358--72811522	79	2.1	79	98	0	321	29	19	15	36	1.92
72832513--72832562	26	1.9	26	87	0	73	42	20	16	22	1.89
72836093--72836180	44	2.0	44	100	0	176	34	13	18	34	1.90
72837591--72837678	42	2.1	42	95	0	158	21	30	28	19	1.97
72839143--72839196	26	2.1	25	82	3	63	40	25	12	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72842707--72842958	48	5.2	48	90	0	387	34	5	27	32	1.81
72843089--72843191	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
72846328--72846390	22	2.9	22	80	0	72	42	14	26	15	1.86
72846771--72846836	32	2.1	32	100	0	132	39	24	3	33	1.71
72851180--72851341	38	4.2	38	80	6	175	22	20	24	32	1.98
72851171--72851353	76	2.4	78	83	2	226	21	19	25	33	1.97
72853181--72853217	18	2.1	18	100	0	74	16	21	16	45	1.84
72855154--72855235	34	2.4	34	100	0	164	24	21	8	45	1.80
72858492--72858705	47	4.6	47	90	0	329	32	12	28	27	1.92
72858627--72858702	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
72858492--72858739	94	2.6	94	85	2	302	31	11	30	26	1.92
72858461--72858705	47	5.2	47	87	0	319	31	11	28	28	1.91
72868154--72868251	40	2.5	40	88	5	137	22	29	23	24	1.99
72871759--72871788	15	1.9	16	93	6	53	30	3	13	53	1.56
72874885--72875089	40	5.1	40	89	1	304	25	27	23	22	2.00
72879969--72880004	17	2.1	17	100	0	72	36	30	22	11	1.89
72880847--72880874	8	3.5	8	100	0	56	21	28	39	10	1.87
72883619--72883648	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
72890992--72891025	16	2.1	16	100	0	68	29	17	17	35	1.93
72895792--72895837	23	2.0	24	83	12	60	2	43	0	54	1.12
72897509--72897555	17	2.8	17	80	6	51	12	8	2	76	1.09
72907687--72907716	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72913900--72914006	33	3.2	33	85	0	142	31	25	18	24	1.98
72914151--72914202	26	2.0	26	88	0	77	46	21	17	15	1.84
72914180--72914280	27	3.8	26	77	10	87	36	20	19	22	1.95
72927503--72927892	48	7.9	49	89	7	585	36	6	25	31	1.82
72927503--72927892	98	3.9	98	94	3	649	36	6	25	31	1.82
72928044--72928152	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
72937126--72937263	33	4.2	33	85	0	168	29	27	19	23	1.98
72937421--72937499	27	2.9	27	84	3	97	32	20	24	22	1.97
72941059--72941187	67	1.9	66	80	12	147	34	20	25	19	1.96
72941952--72942081	42	3.1	42	86	5	185	29	26	16	28	1.97
72944404--72944517	29	4.0	28	81	8	131	28	28	15	27	1.96
72944395--72944503	58	1.9	57	86	1	155	27	29	15	27	1.96
72946480--72946559	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
72946690--72946940	47	5.4	47	88	2	337	26	31	10	31	1.90
72946697--72946970	94	2.9	93	84	4	250	27	31	9	31	1.89
72946690--72946971	141	2.0	140	81	9	328	27	31	9	31	1.89
72951232--72951809	40	14.6	40	92	2	929	25	28	21	24	1.99
72953587--72953666	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
72953796--72954040	47	5.3	46	85	8	331	26	32	9	31	1.89
72953796--72954040	91	2.7	92	89	4	354	26	32	9	31	1.89
72953796--72954071	138	2.0	136	80	10	307	27	31	9	31	1.88
72958791--72958833	17	2.5	17	96	0	77	41	18	20	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72959670--72959706	16	2.2	17	95	4	67	43	24	0	32	1.55
72961596--72961818	46	4.8	44	75	16	168	25	29	18	26	1.98
72961691--72961815	47	2.6	48	78	14	134	24	30	17	28	1.97
72961642--72961815	94	1.9	92	84	4	233	23	29	18	28	1.98
72962164--72962223	29	2.1	29	84	3	77	33	25	13	28	1.93
72967195--72967462	40	6.7	40	94	0	457	24	21	27	25	1.99
72967195--72967495	80	3.8	80	91	1	473	25	21	27	25	1.99
72974704--72974982	40	7.1	40	91	3	460	25	21	26	26	1.99
72974704--72974982	78	3.5	80	92	3	469	25	21	26	26	1.99
72974965--72975002	20	1.9	20	100	0	76	26	13	21	39	1.89
72974927--72975042	60	2.0	58	93	3	196	25	17	25	31	1.97
72974985--72975065	40	2.1	38	93	4	135	23	19	28	28	1.98
72974887--72975065	98	1.8	98	95	2	324	24	19	26	29	1.98
72979191--72979236	5	8.6	5	83	11	56	15	4	2	78	1.01
72979191--72979236	11	4.3	10	83	8	56	15	4	2	78	1.01
72994740--72994923	40	4.6	40	90	3	282	27	27	21	23	1.99
73000516--73000594	37	2.1	37	85	0	104	24	32	18	24	1.97
73000712--73000869	49	3.2	49	96	2	284	30	30	7	31	1.85
73001145--73001202	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
73003870--73004106	40	5.9	40	88	2	323	25	27	22	24	2.00
73003885--73004147	80	3.3	79	84	4	276	25	26	22	25	2.00
73003885--73004147	120	2.2	120	82	4	289	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73004491--73004569	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73004551--73004653	43	2.4	43	96	0	188	26	34	15	23	1.94
73006490--73006568	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73006686--73006848	54	3.2	49	88	10	249	30	31	7	30	1.85
73007119--73007176	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
73016183--73016211	15	1.9	15	100	0	58	44	0	20	34	1.52
73019367--73019440	29	2.6	29	82	4	87	27	17	29	25	1.97
73025517--73025544	8	3.5	8	100	0	56	64	0	10	25	1.26
73026189--73026217	7	4.3	7	95	4	51	41	0	27	31	1.56
73026951--73026977	11	2.5	11	100	0	54	44	14	0	40	1.46
73027182--73027225	18	2.4	19	84	3	54	43	6	2	47	1.42
73035128--73035154	11	2.5	11	100	0	54	44	14	0	40	1.46
73039811--73039962	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
73039811--73039987	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
73040442--73040467	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
73047357--73047478	24	5.0	24	83	2	145	23	22	16	36	1.94
73047355--73047449	48	2.0	48	100	0	190	25	24	12	37	1.90
73052342--73052456	27	4.3	26	86	7	149	18	21	21	38	1.94
73067781--73068003	40	5.6	39	90	1	293	21	24	28	25	1.99
73067781--73068003	120	1.9	120	88	3	342	21	24	28	25	1.99
73069943--73070055	27	4.2	26	87	8	147	18	23	21	36	1.95
73075586--73075655	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73075586--73075682	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
73083623--73083692	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
73083623--73083720	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
73100568--73100614	18	2.5	18	76	16	51	44	12	12	29	1.80
73101313--73101360	20	2.4	20	71	0	51	35	14	27	22	1.93
73106290--73106449	42	3.8	41	74	4	131	28	25	16	28	1.97
73107383--73107467	27	3.2	27	78	5	84	36	17	20	25	1.94
73107604--73107665	27	2.3	27	82	0	79	19	16	19	45	1.86
73109892--73110066	46	3.8	45	75	15	178	21	19	29	30	1.97
73109889--73110058	93	1.8	93	91	2	279	21	19	29	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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