genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  85  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26716853--26717008	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
26724667--26724844	27	6.6	27	80	7	164	29	28	16	26	1.97
26724688--26724843	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
26724667--26724844	54	3.3	54	80	8	184	29	28	16	26	1.97
26727589--26727621	17	1.9	17	100	0	66	42	18	15	24	1.88
26732045--26732178	46	2.9	46	85	4	189	27	25	14	32	1.95
26732035--26732191	46	3.4	46	78	6	174	26	24	15	34	1.95
26732578--26732748	53	2.8	64	70	20	166	49	8	19	22	1.76
26741077--26741111	15	2.3	15	90	9	54	77	0	0	22	0.78
26741077--26741112	11	3.5	11	85	14	51	75	0	0	25	0.81
26742946--26743057	46	2.5	46	80	1	127	31	17	19	31	1.95
26743166--26743523	143	2.5	143	83	1	457	28	22	19	29	1.98
26746921--26746959	20	2.0	20	85	10	53	5	33	7	53	1.51
26747578--26747619	15	2.7	16	79	20	61	54	14	7	23	1.64
26747578--26747616	14	2.5	15	84	15	53	56	12	7	23	1.62
26748901--26748939	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
26748900--26748940	14	2.7	15	85	7	57	80	0	4	14	0.87
26754391--26754443	26	2.1	25	96	3	97	45	3	24	26	1.70
26764556--26764689	26	5.2	26	96	0	232	32	5	25	36	1.80
26783094--26783198	25	4.2	26	90	9	173	31	6	25	36	1.82
26783094--26783198	49	2.1	52	94	5	189	31	6	25	36	1.82
26790163--26790270	26	4.2	26	96	0	198	29	6	26	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26796497--26796531	12	2.8	12	91	4	52	42	20	0	37	1.52
26796589--26796697	13	8.3	13	76	2	92	34	21	3	40	1.71
26796589--26796697	26	4.2	26	80	1	119	34	21	3	40	1.71
26800736--26800764	14	2.0	15	93	6	51	13	3	34	48	1.60
26801189--26801255	31	2.2	31	91	2	109	17	35	26	19	1.94
26802512--26802625	25	4.6	25	87	1	149	28	12	28	30	1.93
26803019--26803053	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
26809774--26809823	26	1.9	26	91	0	82	46	0	20	34	1.51
26814842--26814891	26	1.9	26	95	0	91	44	0	22	34	1.53
26824106--26824164	19	3.3	19	68	18	63	52	3	1	42	1.28
26824106--26824176	34	2.1	34	100	0	142	52	2	2	42	1.31
26829969--26830255	48	5.9	48	76	4	247	27	19	28	25	1.99
26829975--26830258	96	2.9	95	86	4	354	26	19	28	25	1.99
26836827--26837017	96	2.0	96	97	0	364	35	27	10	27	1.89
26839332--26839501	43	4.0	42	78	10	175	30	26	18	24	1.98
26841282--26841450	56	3.1	56	73	17	199	37	24	13	24	1.92
26841258--26841421	53	3.0	52	74	18	181	35	26	13	24	1.92
26842982--26843094	33	3.4	33	79	8	104	31	10	23	34	1.89
26846696--26846733	8	4.8	8	90	9	60	60	0	0	39	0.97
26846705--26846733	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
26846693--26846743	24	2.1	24	85	7	68	62	0	1	35	1.06
26846727--26846751	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26858784--26858822	21	1.9	21	85	15	55	69	0	28	2	1.02
26858786--26858853	25	2.8	24	89	10	102	70	0	25	4	1.05
26858794--26858841	13	3.8	13	83	5	71	70	0	25	4	1.04
26866473--26866497	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
26867701--26867792	33	2.8	33	77	8	107	31	10	23	33	1.90
26872414--26872492	42	1.9	41	84	2	104	44	20	18	16	1.87
26878829--26878874	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
26878836--26878880	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
26884721--26884773	20	2.6	21	81	6	63	24	20	13	41	1.88
26884758--26884838	43	1.9	42	89	2	126	18	18	18	44	1.87
26884743--26884875	42	3.2	42	82	2	142	18	21	17	42	1.90
26884722--26884879	21	7.5	21	71	5	86	19	22	17	41	1.91
26907868--26908176	126	2.5	126	93	1	521	26	18	16	38	1.92
26908296--26908344	24	2.0	24	84	7	64	51	24	0	24	1.49
26908308--26908342	16	2.1	17	94	5	63	54	22	0	22	1.45
26928394--26928452	19	3.1	19	82	2	64	66	0	5	28	1.13
26928385--26928544	47	3.4	46	74	9	119	59	1	5	33	1.30
26928504--26928548	21	2.1	21	88	8	65	57	2	8	31	1.41
26928461--26928554	47	2.0	47	81	10	111	59	1	5	34	1.27
26928785--26928822	20	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
26932370--26932394	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
26933709--26933744	17	2.1	17	100	0	72	38	11	16	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26933815--26933861	20	2.3	20	96	0	85	23	4	12	59	1.51
26934204--26934308	55	1.9	54	84	5	140	40	14	3	40	1.64
26937009--26937118	5	22.0	5	76	7	71	55	16	23	4	1.59
26937020--26937115	40	2.4	40	85	0	138	55	15	23	5	1.61
26937050--26937138	30	3.0	30	86	6	135	52	13	29	4	1.60
26937060--26937137	5	15.6	5	83	0	57	51	14	30	3	1.60
26937046--26937139	10	9.4	10	82	4	91	52	12	28	6	1.64
26940589--26940619	2	15.5	2	100	0	62	48	51	0	0	1.00
26943425--26943483	17	3.6	16	80	15	68	55	0	1	42	1.09
26943427--26943543	62	1.9	59	86	5	162	52	2	3	41	1.32
26943524--26943629	37	3.1	36	75	18	109	52	2	0	43	1.22
26943678--26943753	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
26943766--26943879	62	1.9	59	85	5	156	42	4	3	49	1.39
26952006--26952075	34	2.1	34	97	0	131	34	14	18	32	1.91
26952592--26952640	19	2.9	17	77	16	57	57	0	22	20	1.41
26953607--26953760	75	2.1	75	83	4	195	33	11	26	27	1.91
26959629--26959723	48	2.0	48	85	0	127	36	13	7	42	1.73
26964989--26965039	24	2.1	24	96	0	93	43	25	3	27	1.72
26967444--26967477	12	2.7	13	90	4	52	38	8	0	52	1.33
26971726--26971809	30	2.8	31	87	3	127	55	1	10	32	1.42
26972733--26972794	16	3.9	16	86	0	88	40	1	29	29	1.66
26972733--26972802	32	2.2	32	94	0	122	40	2	27	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26972749--26972803	16	3.4	16	87	0	74	43	3	23	29	1.71
26972788--26972875	44	2.0	45	88	6	135	35	5	22	36	1.78
26972974--26973126	58	2.5	60	77	12	150	51	4	1	42	1.30
26973042--26973081	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
26973105--26973150	22	2.1	21	88	11	67	65	2	0	32	1.05
26973253--26973287	13	2.8	12	91	8	61	60	0	8	31	1.27
26978015--26978056	16	2.5	17	76	11	50	16	0	4	78	0.91
26979679--26979713	16	2.1	17	89	5	54	34	8	0	57	1.29
26987000--26987024	4	6.2	4	100	0	50	0	48	28	24	1.52
26990959--26990983	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
26994541--26994647	33	3.3	33	80	5	110	36	11	21	30	1.88
26994630--26994746	33	3.6	33	82	1	137	29	15	27	27	1.96
27000720--27000746	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
27001694--27001748	27	2.0	27	96	0	101	40	12	10	36	1.79
27001959--27002033	33	2.3	33	84	6	107	37	9	21	32	1.85
27002009--27002132	33	3.8	33	78	0	122	31	13	25	29	1.94
27010608--27010698	32	2.8	31	76	20	82	40	7	7	43	1.62
27010738--27010775	18	2.1	18	85	9	51	52	10	7	28	1.64
27015685--27015787	44	2.3	45	84	3	127	30	23	13	33	1.93
27015705--27015792	46	2.0	44	90	4	140	28	27	13	30	1.94
27016130--27016187	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
27016724--27016781	25	2.3	25	77	16	66	3	24	5	67	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27016744--27016789	14	3.1	14	84	6	56	4	17	4	73	1.15
27016793--27016837	5	9.0	5	83	16	58	57	0	0	42	0.98
27016794--27016836	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
27016800--27016865	24	2.7	24	79	9	62	57	6	0	36	1.23
27021845--27021939	47	2.0	47	87	0	136	26	31	10	31	1.90
27022595--27022655	19	3.4	18	80	6	70	65	3	6	24	1.32
27022595--27022672	19	4.3	18	73	14	61	65	2	5	26	1.27
27022613--27022670	17	3.3	17	74	9	53	62	1	5	31	1.27
27022955--27022999	22	2.0	22	83	8	56	24	6	4	64	1.37
27034872--27034921	18	2.8	17	77	14	55	2	20	4	74	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356