genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  177  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57652859--57653245	45	8.7	43	74	10	214	32	18	21	27	1.96
57655506--57656070	127	4.4	128	79	7	569	27	15	18	38	1.91
57655506--57656070	257	2.2	252	82	6	694	27	15	18	38	1.91
57657110--57657148	18	2.1	18	85	9	51	30	0	2	66	1.05
57657168--57657211	17	2.5	18	85	3	63	36	2	2	59	1.23
57657172--57657212	18	2.5	17	81	14	50	34	2	2	60	1.23
57657322--57657387	23	2.9	23	74	14	57	30	3	7	59	1.41
57657525--57657576	22	2.5	19	74	14	50	34	3	5	55	1.42
57657702--57657734	11	3.2	11	87	12	52	36	0	6	57	1.23
57669776--57670229	74	6.1	74	82	8	564	29	17	20	32	1.95
57669788--57670232	147	3.0	148	89	3	651	28	17	21	32	1.96
57670905--57670948	18	2.5	18	96	3	81	47	38	0	13	1.43
57671368--57671409	10	4.2	10	88	8	59	78	0	0	21	0.75
57671489--57671521	11	3.1	11	86	8	50	0	42	0	57	0.98
57672455--57672528	24	3.2	21	78	19	69	31	1	9	58	1.38
57672469--57672534	23	2.9	23	78	14	66	30	1	7	60	1.33
57674104--57674346	126	1.9	125	94	0	432	37	14	18	29	1.91
57675144--57675182	11	3.4	11	85	7	51	41	30	0	28	1.57
57675144--57675193	23	2.1	23	82	10	57	38	34	2	26	1.68
57675260--57675297	18	2.2	18	95	4	69	23	0	52	23	1.47
57675278--57675352	37	2.0	37	94	0	132	18	2	52	26	1.59
57675323--57675381	29	2.0	29	83	6	75	18	1	47	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57675594--57676702	133	8.3	133	91	1	1698	27	22	20	29	1.99
57675870--57676340	43	10.7	43	64	14	181	27	24	20	28	1.99
57678141--57678323	40	4.6	39	81	4	179	26	27	20	25	1.99
57678255--57678332	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
57685613--57685744	40	3.3	40	87	2	176	26	27	21	25	1.99
57685613--57685790	40	4.5	39	80	9	128	26	26	20	26	1.99
57685729--57685806	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
57688607--57688687	25	3.1	25	79	11	83	1	18	3	76	1.00
57688606--57688677	5	14.0	5	74	18	51	0	20	4	75	0.97
57688622--57688665	17	2.8	16	83	10	54	0	18	2	79	0.83
57688622--57688671	16	3.1	16	80	11	57	0	20	2	78	0.86
57688644--57688687	21	2.1	22	83	8	56	2	18	2	77	0.98
57688622--57688685	27	2.4	27	82	12	78	1	18	3	76	1.00
57688612--57688689	38	2.1	36	81	13	88	1	17	2	78	0.94
57691205--57691249	21	2.1	21	84	8	56	20	24	17	37	1.93
57694745--57694987	126	1.9	125	93	2	416	37	15	18	28	1.91
57695448--57695478	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
57695450--57695486	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
57695803--57695848	11	4.0	11	83	8	56	41	34	0	23	1.55
57695798--57695847	23	2.1	23	85	10	66	40	34	0	26	1.56
57695811--57695868	12	4.8	12	85	6	64	37	39	0	22	1.54
57695827--57695873	12	4.0	12	88	2	69	34	44	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57695931--57695966	18	2.0	18	100	0	72	16	0	61	22	1.35
57699655--57699902	43	5.8	42	82	5	273	30	29	19	20	1.97
57699674--57699902	85	2.7	84	82	9	284	31	29	19	20	1.97
57699655--57699902	128	1.9	128	84	4	331	30	29	19	20	1.97
57701834--57701971	61	2.2	61	88	5	197	46	23	0	28	1.58
57701849--57701978	61	2.1	62	91	2	208	46	23	0	29	1.57
57702139--57702175	14	2.6	14	95	0	65	45	35	0	18	1.50
57702337--57702402	21	3.1	21	70	20	64	30	12	0	57	1.35
57702430--57702473	20	2.3	19	80	7	52	61	4	6	27	1.41
57702496--57702711	41	5.3	41	87	0	279	29	30	20	19	1.97
57708082--57708253	93	1.8	93	96	2	319	29	29	20	20	1.98
57708075--57708250	46	3.8	46	80	14	218	30	29	19	20	1.97
57715122--57715267	46	3.2	46	73	13	122	30	28	18	22	1.97
57721512--57721556	18	2.5	18	92	0	72	26	37	15	20	1.92
57728981--57729114	49	2.7	52	81	9	170	26	18	31	23	1.97
57736525--57736697	46	3.7	45	75	11	136	30	19	27	23	1.98
57736570--57736844	46	5.8	48	71	16	155	28	20	30	21	1.98
57738325--57738392	30	2.3	30	76	0	73	33	7	23	35	1.83
57741767--57741835	29	2.4	29	90	2	104	52	0	33	14	1.42
57742438--57742468	14	2.2	14	94	0	53	35	6	16	41	1.74
57761811--57761852	17	2.5	18	85	11	54	14	7	7	71	1.29
57763643--57763814	40	4.3	40	92	2	267	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57763643--57763871	79	2.9	79	83	6	257	25	27	20	25	1.99
57764994--57765113	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57771571--57771795	40	5.7	40	85	5	269	25	28	22	24	2.00
57771573--57771795	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
57772924--57773043	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57775176--57775804	94	6.7	91	79	7	459	28	19	16	34	1.94
57775183--57775806	188	3.3	185	78	8	541	28	19	16	35	1.94
57775394--57775805	50	8.9	44	66	17	174	28	20	16	34	1.94
57776063--57776089	13	2.1	13	100	0	54	25	14	7	51	1.68
57777171--57777299	64	2.0	64	83	0	159	22	19	21	36	1.95
57789168--57789235	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
57789337--57789415	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
57797683--57797740	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
57798011--57798119	49	2.3	47	93	4	182	32	7	30	30	1.85
57798237--57798315	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57813870--57814092	79	2.8	78	81	11	258	25	27	21	25	2.00
57813870--57814092	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
57817988--57818138	41	3.7	41	72	6	137	43	16	23	17	1.88
57818205--57818295	37	2.6	34	80	13	96	31	32	0	35	1.58
57818291--57818321	14	2.2	14	94	0	53	35	38	6	19	1.77
57818465--57818520	27	2.1	27	93	0	94	28	14	17	39	1.89
57819044--57819102	29	2.0	29	100	0	118	44	6	10	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57822442--57822476	9	3.9	9	96	0	61	42	0	2	54	1.15
57830668--57830778	42	2.6	42	78	5	143	28	17	23	30	1.97
57835581--57835686	42	2.6	41	77	4	106	28	27	13	31	1.94
57841102--57841256	42	3.7	42	82	1	166	30	16	23	29	1.96
57841145--57841256	43	2.6	42	81	2	134	29	17	24	28	1.97
57843731--57844309	44	12.7	44	67	13	188	36	17	18	27	1.93
57843633--57844241	92	6.6	92	84	3	618	37	17	17	27	1.92
57843633--57844241	183	3.3	183	82	3	666	37	17	17	27	1.92
57849335--57849393	25	2.4	25	91	0	91	25	22	22	30	1.99
57855788--57855813	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
57858275--57858365	42	2.2	42	100	0	182	9	21	6	61	1.50
57860610--57860760	79	1.9	79	82	5	189	31	15	9	43	1.80
57868585--57868760	87	2.0	87	97	0	334	25	23	21	30	1.99
57874351--57874387	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
57875122--57875176	28	2.0	28	85	7	76	23	34	27	14	1.94
57885803--57886051	125	2.0	125	96	0	455	32	8	18	40	1.81
57890996--57891027	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
57892634--57892797	89	1.8	90	85	6	235	34	20	19	25	1.96
57892671--57893206	89	6.5	85	74	15	341	32	19	16	31	1.94
57892893--57893120	74	3.1	73	82	6	291	32	19	16	32	1.94
57892725--57894698	234	8.6	231	81	13	1755	33	19	16	30	1.94
57893128--57893368	74	3.3	72	85	5	315	34	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57893362--57894705	73	18.2	72	78	15	1113	34	19	16	29	1.94
57893895--57894348	84	5.8	80	77	18	455	33	20	17	28	1.95
57892671--57894698	607	3.3	605	88	8	2678	33	19	16	30	1.94
57894288--57894698	66	6.0	67	76	19	352	34	19	15	30	1.93
57894488--57894698	76	2.9	74	78	20	212	36	19	14	28	1.91
57894488--57894630	77	1.9	77	84	14	197	37	18	14	28	1.91
57912851--57913100	125	2.0	125	96	0	464	32	8	18	40	1.81
57918063--57918095	17	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
57918776--57918829	15	3.6	15	92	0	90	59	5	18	16	1.56
57919792--57920098	90	3.5	88	76	8	295	33	18	15	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356