genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  88  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27596742--27596840	39	2.5	39	91	0	153	13	24	25	37	1.91
27598585--27598616	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
27598566--27598646	21	4.2	19	74	15	67	61	1	8	28	1.33
27598601--27598714	29	3.9	29	68	4	77	62	2	7	27	1.36
27599195--27599219	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27607646--27608000	180	2.0	180	85	2	480	34	18	8	38	1.82
27608567--27608795	50	4.6	50	79	5	246	28	27	18	25	1.98
27608564--27608748	101	1.8	101	92	0	316	28	26	20	25	1.99
27615445--27615520	39	1.9	39	91	0	125	36	5	11	46	1.63
27616162--27616449	50	5.7	50	76	3	265	29	27	17	25	1.97
27616223--27616404	101	1.8	101	87	0	274	29	26	17	25	1.98
27616165--27616449	151	1.9	151	88	1	428	30	27	17	24	1.97
27628801--27628978	48	3.7	48	88	3	277	15	19	30	34	1.93
27628803--27628976	96	1.8	96	94	0	312	15	18	31	34	1.93
27631165--27631202	20	2.0	19	85	10	51	52	13	26	7	1.67
27631346--27631372	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27637320--27637458	43	3.3	42	79	9	140	24	19	23	32	1.98
27638543--27638668	66	1.9	66	83	6	166	16	23	30	29	1.96
27638659--27638687	13	2.2	13	100	0	58	20	37	20	20	1.94
27640733--27640923	48	4.0	48	85	5	251	17	19	29	33	1.95
27642581--27642625	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
27645518--27645555	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27652655--27652827	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
27652652--27652822	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
27653052--27653089	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
27666847--27667031	40	4.7	40	80	6	198	24	27	23	25	2.00
27666847--27667031	79	2.3	82	80	7	202	24	27	23	25	2.00
27670457--27670666	40	5.3	40	88	0	278	25	30	21	23	1.99
27670460--27670719	80	3.3	80	83	2	220	24	29	21	23	1.99
27670455--27670719	120	2.2	118	77	4	271	25	29	21	23	1.99
27678389--27678596	40	5.3	40	91	2	305	26	28	21	24	1.99
27678389--27678648	39	6.6	39	85	6	285	26	28	21	24	1.99
27678389--27678596	79	2.6	79	90	2	321	26	28	21	24	1.99
27678392--27678648	79	3.3	79	86	3	261	25	28	21	24	1.99
27681273--27681310	20	2.0	19	85	10	51	31	18	5	44	1.72
27688039--27688144	43	2.5	42	80	7	124	29	23	18	28	1.98
27691043--27691099	27	2.1	27	90	6	89	24	26	17	31	1.97
27691047--27691114	27	2.5	27	80	4	84	25	22	20	32	1.98
27691104--27691236	27	5.0	27	78	1	142	32	11	18	37	1.87
27703765--27703824	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
27717994--27718021	8	3.5	8	100	0	56	57	0	14	28	1.38
27718518--27718619	43	2.4	43	81	3	116	27	16	24	31	1.96
27721700--27721802	37	2.8	37	89	0	161	23	32	21	23	1.98
27721943--27722094	48	3.0	48	81	10	205	31	23	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27721943--27722094	54	3.0	50	83	9	209	31	23	6	38	1.81
27727353--27727494	55	2.6	54	83	6	153	29	29	24	16	1.96
27738213--27738555	50	6.8	50	75	5	287	31	25	16	26	1.97
27738222--27738550	101	3.3	101	85	2	367	31	25	16	26	1.96
27738220--27738501	151	1.9	149	85	3	361	31	25	16	26	1.97
27739163--27739221	30	2.0	30	86	0	82	25	25	6	42	1.79
27741501--27741560	15	4.1	14	81	10	66	53	15	18	13	1.73
27741502--27741560	30	2.0	30	86	0	82	52	15	18	13	1.74
27744182--27744288	53	2.0	53	100	0	214	35	21	11	31	1.89
27745882--27746122	50	4.8	50	78	4	261	29	26	17	25	1.98
27752839--27752869	15	2.1	15	93	0	53	22	25	45	6	1.76
27755710--27755747	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
27755978--27756147	93	1.8	93	93	0	295	29	28	20	21	1.98
27755972--27756144	46	3.7	46	78	13	201	30	27	20	21	1.98
27759074--27759118	24	1.9	24	86	4	65	31	13	13	42	1.82
27764975--27765054	41	1.9	42	87	7	119	22	26	31	20	1.98
27779060--27779380	50	6.4	49	81	4	340	24	18	28	28	1.98
27779060--27779380	99	3.2	99	81	6	317	24	18	28	28	1.98
27779053--27779392	149	2.3	150	92	2	567	24	19	27	28	1.98
27783169--27783378	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
27791095--27791304	40	5.3	40	91	0	305	23	21	29	25	1.99
27793644--27793685	21	1.9	23	90	9	70	38	23	9	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27797285--27797805	48	11.0	48	79	11	481	34	6	28	30	1.82
27797378--27797416	20	2.0	20	100	0	78	30	0	33	35	1.58
27797330--27797465	68	2.0	68	100	0	272	33	4	29	32	1.77
27797285--27797628	116	3.0	116	98	0	670	34	5	28	31	1.80
27797494--27797532	20	2.0	20	100	0	78	30	0	33	35	1.58
27797446--27797580	68	2.0	68	97	0	252	33	5	29	31	1.80
27797285--27797690	164	2.5	163	85	6	561	34	6	28	31	1.82
27797947--27798091	37	3.9	37	94	0	245	23	19	31	25	1.98
27799363--27800059	82	8.5	82	93	0	1173	23	20	28	26	1.99
27800223--27800273	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
27803715--27803821	20	4.9	20	70	20	81	32	2	29	34	1.72
27803670--27803869	68	2.9	68	98	0	382	34	4	28	34	1.76
27803806--27804094	48	6.0	48	94	0	470	34	7	27	30	1.84
27804236--27804344	37	2.9	37	91	2	175	22	18	31	27	1.97
27806642--27806819	31	5.7	31	87	1	232	30	17	24	27	1.97
27806642--27806813	93	1.8	93	90	2	274	30	16	25	27	1.97
27806859--27806985	33	3.8	33	87	0	182	35	8	20	35	1.83
27808887--27809010	43	2.9	43	81	9	164	31	24	15	29	1.95
27815839--27815948	43	2.6	42	86	5	141	36	25	13	24	1.92
27836230--27836267	17	2.2	17	95	0	67	18	5	13	63	1.48
27851313--27851351	20	2.0	20	100	0	78	53	20	10	15	1.70
27883364--27883602	50	4.8	49	78	8	241	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27883361--27883602	101	2.4	99	82	5	274	30	26	18	24	1.98
27892342--27892374	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27893909--27893977	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
27893964--27893994	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
27900491--27900575	6	14.3	6	76	11	68	14	7	1	77	1.03
27900504--27900553	25	2.0	25	92	4	82	18	4	0	78	0.91
27900502--27900570	31	2.3	29	85	9	95	15	4	1	78	0.98
27903894--27904150	40	6.4	40	87	3	340	26	28	22	22	1.99
27911974--27912145	40	4.3	40	84	5	224	26	26	22	24	2.00
27935293--27935363	35	2.0	35	94	0	124	52	12	12	22	1.73
27952773--27952890	62	1.9	62	89	0	182	25	23	28	22	1.99
27952775--27952904	62	2.1	62	83	0	161	26	26	26	20	1.99
27966490--27966526	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
27967132--27967169	19	2.0	19	89	0	58	36	10	21	31	1.87
27967357--27967410	26	2.0	26	85	7	72	59	20	3	16	1.52
27971162--27971186	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
27981393--27981479	17	5.1	17	80	0	102	47	13	8	31	1.72
27981546--27981588	23	2.0	22	86	9	61	37	25	11	25	1.90
27982147--27982221	18	4.2	18	75	11	73	48	18	1	32	1.57
27982609--27982680	29	2.5	29	78	13	76	48	18	0	33	1.48
27982606--27982670	30	2.2	29	88	2	94	50	18	0	30	1.47
27985956--27986022	32	2.1	31	83	8	82	37	5	0	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27987049--27987092	22	2.0	21	83	16	54	9	18	0	72	1.10
27991699--27991736	20	2.0	20	89	5	60	60	0	0	39	0.97
27995515--27995541	12	2.2	12	100	0	54	25	0	25	48	1.52
27995705--27996009	27	11.3	27	83	2	92	33	21	7	36	1.83
27995739--27995945	54	3.8	54	90	0	306	28	22	8	40	1.82
27995739--27995945	81	2.5	80	88	1	297	28	22	8	40	1.82
27995739--27995973	81	2.9	81	85	2	231	30	21	8	39	1.83
27995710--27995972	54	4.9	54	83	1	168	31	21	7	38	1.82
27995924--27996036	54	2.1	54	81	3	129	41	23	7	28	1.80
27995938--27996224	27	10.7	27	83	4	114	37	18	15	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356