genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33387060--33387121	24	2.6	24	85	7	81	33	27	16	22	1.95
33391981--33392071	38	2.4	38	88	0	137	21	19	25	32	1.97
33392068--33392222	43	3.6	43	91	0	256	14	25	30	29	1.95
33394925--33395142	41	5.3	41	91	1	305	32	22	24	20	1.98
33396374--33396446	14	5.1	14	80	3	56	64	1	0	34	1.02
33396373--33396412	7	5.7	7	87	0	53	80	0	0	20	0.72
33396420--33396453	7	4.7	7	96	3	59	41	0	2	55	1.15
33399367--33399397	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
33403594--33403639	23	2.0	23	95	0	83	17	8	36	36	1.81
33404502--33404543	16	2.7	16	78	14	52	4	16	4	73	1.17
33404518--33404563	21	2.2	21	84	3	58	2	15	6	76	1.09
33413174--33413223	23	2.2	23	82	3	57	48	0	4	48	1.20
33413174--33413217	23	1.9	23	85	0	61	45	0	2	52	1.13
33413364--33413438	39	1.9	39	88	0	114	41	5	16	37	1.71
33416672--33416708	19	1.9	19	94	0	65	21	10	29	37	1.88
33420828--33420942	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
33420853--33420942	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
33421048--33421112	28	2.3	28	91	0	103	29	7	29	33	1.85
33421360--33421390	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
33422832--33422901	28	2.5	28	85	2	86	30	14	32	22	1.94
33424136--33424169	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
33430636--33430714	39	2.0	39	90	0	122	26	24	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33436814--33436873	21	2.8	21	85	10	68	36	25	21	16	1.94
33436805--33436881	21	3.6	21	77	8	59	40	23	19	16	1.91
33437747--33437772	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
33438055--33438079	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
33438034--33438104	37	1.9	37	88	11	110	52	5	1	40	1.34
33449243--33449352	41	2.7	41	75	10	107	23	20	24	30	1.98
33461694--33461849	36	4.3	36	82	7	124	40	31	14	14	1.85
33475332--33475432	49	2.1	49	96	0	184	37	21	19	20	1.94
33476724--33476865	57	2.5	58	82	6	173	24	19	23	32	1.97
33479656--33479721	2	33.0	2	93	0	114	0	50	0	50	1.00
33481612--33481668	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
33481787--33481846	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
33481885--33481936	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
33482182--33482672	27	18.2	27	85	3	558	24	19	18	37	1.94
33482184--33482665	81	6.0	81	86	0	633	24	20	18	37	1.94
33482657--33482972	27	11.7	27	76	9	103	32	8	19	38	1.82
33482628--33483022	81	4.9	79	80	7	271	32	9	20	38	1.84
33482709--33483022	27	11.7	26	81	7	251	32	8	20	38	1.83
33487118--33487255	60	2.3	59	80	9	147	25	20	26	27	1.99
33489331--33489400	29	2.4	29	78	0	77	34	11	18	35	1.87
33491653--33491685	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
33492182--33492343	86	1.8	89	83	7	215	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33492212--33492343	45	3.0	45	94	2	223	24	28	23	23	1.99
33493148--33493288	47	3.0	47	94	2	241	44	14	12	27	1.82
33503938--33504032	29	3.3	29	71	14	97	27	21	26	25	1.99
33503938--33504102	57	2.9	57	85	0	186	31	18	23	26	1.97
33504110--33504162	27	1.9	27	81	11	63	32	11	26	30	1.91
33504173--33504257	28	3.0	28	78	0	98	31	14	22	31	1.93
33506712--33506837	46	2.7	46	82	4	137	30	9	12	46	1.74
33506712--33506866	47	3.3	47	77	3	143	31	9	13	45	1.76
33518207--33518240	15	2.4	14	90	9	52	64	5	0	29	1.17
33518845--33518925	41	2.0	41	100	0	162	39	17	19	23	1.92
33529308--33529337	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
33531205--33531368	43	3.8	43	90	0	240	23	20	32	23	1.98
33534343--33534484	51	2.9	48	76	13	137	33	3	9	53	1.51
33538977--33539024	20	2.5	20	90	6	73	54	0	2	43	1.12
33541924--33541967	22	2.0	23	86	4	63	43	9	2	45	1.48
33541973--33542089	56	2.1	56	95	0	207	55	11	5	26	1.59
33542862--33542890	8	3.8	8	90	9	51	89	0	0	10	0.48
33542861--33542890	15	2.0	15	100	0	60	86	0	0	13	0.57
33542993--33543063	32	2.1	34	87	5	101	66	1	2	29	1.15
33543026--33543089	24	2.8	22	77	11	65	65	0	1	32	1.02
33543018--33543096	32	2.5	31	81	8	79	65	0	2	31	1.06
33543083--33543130	22	2.0	25	84	15	66	64	2	4	29	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33553596--33553621	12	2.2	12	100	0	52	53	15	15	15	1.73
33555468--33555590	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
33569868--33570043	35	4.6	40	76	11	170	26	26	23	24	2.00
33579736--33579915	79	2.3	80	85	3	231	25	26	23	25	2.00
33579736--33579915	39	4.6	40	82	6	215	25	26	23	25	2.00
33589487--33589667	40	4.6	40	84	4	224	24	26	23	24	2.00
33589487--33589667	81	2.3	79	86	2	238	24	26	23	24	2.00
33593854--33594035	40	4.6	40	92	2	278	27	24	27	20	1.99
33595892--33595929	20	2.0	20	89	5	60	21	26	34	18	1.96
33596038--33596111	28	2.6	28	89	2	112	25	14	32	27	1.95
33596038--33596102	29	2.3	29	94	2	114	26	15	32	26	1.95
33596388--33596448	27	2.3	27	83	5	72	49	22	6	21	1.72
33596405--33596533	27	4.8	27	77	9	104	41	24	10	24	1.85
33603215--33603357	55	2.6	55	81	6	164	14	27	30	27	1.95
33611150--33611210	31	2.0	31	100	0	122	27	22	9	39	1.86
33612995--33613111	42	2.8	42	75	6	112	35	23	14	25	1.93
33615007--33615055	24	2.0	24	88	0	71	32	22	16	28	1.95
33617680--33617765	43	2.0	43	95	0	154	29	6	12	51	1.66
33617801--33617900	40	2.5	40	83	0	128	20	17	27	36	1.94
33619828--33619862	13	2.6	14	86	9	54	71	25	0	2	1.00
33624037--33624101	26	2.5	26	80	11	73	13	13	3	69	1.31
33643807--33643861	29	1.9	28	92	3	92	18	20	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33651070--33651249	49	3.8	48	80	10	201	21	29	20	28	1.98
33655826--33655905	42	1.9	42	82	5	99	22	33	26	17	1.96
33662744--33662789	17	2.7	17	80	6	58	21	19	19	39	1.93
33667516--33667569	22	2.5	21	77	11	56	14	35	35	14	1.88
33672291--33672336	17	2.7	17	80	6	58	19	19	21	39	1.93
33698703--33698775	20	3.7	20	80	7	85	10	26	21	41	1.86
33699728--33699775	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
33704785--33705189	27	15.0	26	90	3	515	34	18	20	27	1.95
33704785--33705190	81	5.0	80	88	4	575	34	18	20	27	1.96
33705415--33705504	28	3.3	28	84	7	123	18	20	22	38	1.93
33705414--33705524	27	4.1	26	84	12	127	19	20	20	38	1.93
33705414--33705524	54	2.1	54	84	6	145	19	20	20	38	1.93
33705827--33705883	27	2.1	27	87	6	80	15	22	24	36	1.94
33706028--33706090	31	2.0	31	84	0	81	23	22	9	44	1.82
33706071--33706111	6	6.8	6	82	0	55	19	17	12	51	1.76
33706099--33706132	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
33711638--33711671	11	3.2	11	95	4	61	26	0	17	55	1.42
33713410--33713541	48	2.7	48	89	2	192	18	16	30	34	1.93
33715285--33715380	40	2.4	40	81	6	106	35	23	14	26	1.93
33719573--33719638	29	2.2	30	75	5	71	36	13	9	40	1.76
33719827--33719883	24	2.4	24	96	0	105	14	0	28	57	1.37
33719889--33719987	28	3.6	28	90	4	141	48	1	16	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33720066--33720871	126	6.4	126	83	3	827	40	14	17	28	1.88
33726966--33727004	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
33736553--33736583	16	1.9	16	93	0	53	48	16	22	12	1.80
33737281--33737344	33	2.0	32	84	9	85	20	26	26	26	1.99
33738133--33738275	42	3.4	42	70	0	97	27	26	16	30	1.96
33738179--33738287	42	2.6	42	74	0	110	30	24	13	31	1.94
33750933--33750964	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
33752757--33752788	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
33754235--33754334	29	3.5	29	84	1	130	26	15	31	28	1.95
33754235--33754343	57	1.9	58	86	1	157	27	14	30	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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