genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66244923--66245033	27	4.2	26	78	5	105	16	22	25	36	1.94
66246885--66247139	55	4.8	54	79	7	238	36	17	24	21	1.95
66246892--66247094	108	1.9	110	83	4	268	33	17	25	23	1.96
66254644--66254743	48	2.0	50	84	7	134	35	18	25	22	1.96
66260360--66260407	22	2.3	20	85	7	60	45	0	8	45	1.33
66268804--66268871	17	4.0	17	76	14	52	41	8	1	48	1.43
66272528--66272554	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
66275486--66275655	40	4.3	40	87	3	227	24	28	21	24	1.99
66283398--66283567	40	4.3	40	86	3	218	25	28	21	24	1.99
66288153--66288202	24	2.1	24	81	7	57	62	8	4	26	1.41
66293352--66293596	48	5.2	48	80	7	245	26	22	23	26	2.00
66293446--66293626	48	3.8	48	87	2	168	27	24	22	25	2.00
66293357--66293626	96	2.9	96	74	6	250	27	22	22	27	2.00
66302260--66302328	23	3.3	23	63	32	64	55	13	2	28	1.52
66302255--66302336	39	2.1	39	100	0	164	51	13	2	32	1.54
66304431--66304610	48	3.9	48	76	10	201	26	20	25	28	1.99
66312298--66312340	22	2.0	21	86	9	59	46	0	13	39	1.44
66317110--66317155	23	2.0	23	100	0	92	34	13	17	34	1.88
66324166--66324265	40	2.5	40	88	3	148	22	26	29	23	1.99
66324247--66324283	18	2.1	18	100	0	74	21	29	37	10	1.88
66324208--66324321	58	2.0	58	96	0	210	23	24	30	21	1.99
66324265--66324361	40	2.5	40	86	5	135	26	23	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66324167--66324361	98	2.0	97	86	5	268	24	24	28	22	1.99
66337970--66338186	40	5.5	40	86	3	262	22	23	28	26	1.99
66337970--66338186	79	2.7	79	82	4	233	22	23	28	26	1.99
66351257--66351432	46	3.8	46	74	12	171	21	19	28	30	1.97
66351253--66351424	93	1.8	93	88	0	263	21	19	29	29	1.98
66354011--66354080	37	1.9	36	85	8	97	51	2	2	42	1.31
66359259--66359532	46	6.0	46	89	0	370	21	22	14	40	1.90
66370735--66370918	49	3.7	47	74	11	172	27	18	23	30	1.98
66370730--66370916	100	1.9	100	89	2	295	27	19	23	29	1.98
66374373--66374415	8	5.4	8	82	0	59	44	18	2	34	1.63
66378659--66378834	46	3.8	46	77	14	191	21	19	28	30	1.98
66378656--66378827	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
66385979--66386247	46	5.8	46	78	15	295	21	20	29	29	1.98
66385976--66386240	93	2.8	93	97	1	496	21	20	29	28	1.98
66388580--66388606	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
66389170--66389386	39	5.6	39	86	0	308	37	13	9	39	1.77
66389166--66389394	78	2.9	78	92	0	368	37	13	9	39	1.77
66389279--66389389	18	5.8	19	72	13	93	36	14	7	41	1.73
66394414--66394596	79	2.3	81	83	7	223	24	23	27	24	2.00
66394415--66394598	40	4.6	39	82	9	203	23	23	28	24	2.00
66394467--66394631	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	24	1.99
66407329--66407822	247	2.0	247	92	0	819	37	10	23	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66415595--66415686	44	2.1	45	95	2	168	27	13	16	43	1.84
66417814--66417851	18	2.1	18	85	9	51	63	2	18	15	1.43
66422797--66422904	26	4.2	26	89	0	171	31	7	24	37	1.83
66429873--66429980	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
66435594--66435625	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
66435588--66435638	19	2.8	18	80	17	61	39	5	21	33	1.78
66435982--66436053	24	2.9	24	83	4	90	25	23	19	31	1.98
66435982--66436071	24	3.8	23	81	8	85	26	24	18	30	1.98
66435982--66436074	46	1.9	48	85	12	129	25	23	19	31	1.98
66444091--66444198	37	2.9	37	92	0	171	25	31	18	24	1.97
66444339--66444628	48	6.0	48	90	0	454	31	25	6	36	1.82
66450010--66450141	47	2.8	47	81	3	158	25	15	25	33	1.95
66458606--66458877	94	2.9	93	77	8	284	22	29	19	27	1.98
66462532--66462719	40	4.7	40	94	0	322	31	19	27	21	1.98
66468951--66469005	21	2.6	21	94	0	101	21	25	36	16	1.94
66470089--66470221	49	2.7	50	83	3	171	24	31	18	25	1.98
66470088--66470255	49	3.5	49	78	10	170	25	30	18	26	1.98
66476027--66476068	21	2.0	20	86	13	59	28	0	28	42	1.56
66477356--66477423	21	3.3	21	70	12	68	33	17	29	19	1.95
66477353--66477584	41	5.6	41	78	3	232	39	15	24	20	1.91
66477525--66477587	21	3.0	21	66	13	58	33	17	30	19	1.95
66477360--66477584	83	2.7	82	81	5	274	38	15	24	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66481200--66481345	38	3.8	38	86	5	190	23	23	24	28	1.99
66481338--66481449	43	2.6	43	97	0	206	11	25	32	31	1.91
66481338--66481462	43	2.9	43	93	0	205	13	24	32	30	1.93
66487967--66488013	23	2.0	23	100	0	94	19	8	25	46	1.77
66491842--66491871	16	1.9	15	93	6	51	63	10	0	26	1.26
66503953--66503993	21	2.0	21	95	4	75	51	4	9	34	1.56
66504332--66504386	21	2.6	21	100	0	110	40	0	0	60	0.97
66507512--66507603	37	2.5	37	85	0	121	39	21	16	22	1.92
66507768--66508167	200	2.0	200	96	0	728	38	18	9	33	1.84
66509526--66509617	43	2.1	43	85	0	121	25	11	23	39	1.89
66511110--66511332	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
66511185--66511367	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
66525250--66525275	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
66545458--66545839	133	2.9	131	78	4	331	28	18	19	33	1.95
66546756--66546780	9	2.8	9	100	0	50	24	32	0	44	1.54
66552151--66552320	46	3.7	46	77	4	189	30	30	18	21	1.97
66552159--66552330	93	1.8	93	89	0	272	29	30	19	21	1.97
66552202--66552345	46	3.1	46	69	14	116	30	29	18	21	1.97
66559808--66559985	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66559829--66559984	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66562151--66562184	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
66562780--66562817	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66562903--66563024	43	2.9	42	81	2	145	29	23	15	31	1.95
66570021--66570097	27	3.1	27	60	21	67	14	22	29	33	1.93
66570015--66570185	48	3.6	48	91	0	261	17	20	30	30	1.96
66571665--66571740	37	2.1	37	100	0	152	30	15	23	30	1.96
66572578--66572623	22	2.1	22	95	0	83	30	6	17	45	1.73
66574084--66574213	40	3.3	39	80	4	152	43	27	16	13	1.85
66603753--66603897	47	3.1	47	95	0	254	29	11	14	44	1.79
66604675--66604894	45	5.0	45	87	3	270	25	20	25	28	1.99
66606676--66606869	53	3.7	51	82	8	194	39	17	10	32	1.84
66606646--66606934	27	10.8	27	75	8	200	38	18	10	32	1.85
66606722--66606907	80	2.3	80	79	4	189	37	19	10	32	1.85
66606890--66607290	27	14.9	27	82	5	377	38	17	19	24	1.93
66606899--66607290	54	7.3	54	80	5	425	38	17	19	24	1.93
66606899--66607290	81	4.8	81	89	2	468	38	17	19	24	1.93
66606890--66607290	108	3.7	108	90	2	581	38	17	19	24	1.93
66607278--66607304	14	1.9	14	100	0	54	40	22	7	29	1.81
66607251--66607330	41	2.0	41	90	5	126	35	20	18	26	1.95
66607294--66607345	27	1.9	27	88	0	77	30	19	23	26	1.98
66607754--66607818	22	3.0	22	80	13	80	20	23	23	33	1.97
66607977--66608084	27	4.0	26	85	5	135	17	23	23	36	1.95
66608202--66608289	6	14.3	6	68	17	56	18	19	13	48	1.80
66610246--66610474	27	8.7	27	74	11	172	38	20	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66610246--66610474	53	4.3	53	76	6	189	38	20	9	31	1.84
66610466--66610787	27	12.0	27	84	1	387	35	17	20	26	1.95
66611214--66611278	22	3.0	22	82	8	78	23	24	20	32	1.98
66611429--66611542	27	4.3	26	82	7	104	19	22	18	39	1.92
66611429--66611544	54	2.2	53	81	3	126	18	22	19	38	1.93
66623243--66623340	43	2.3	43	87	0	142	28	24	20	26	1.99
66633774--66633996	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
66633928--66634005	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
66650638--66650965	47	6.9	47	92	1	512	32	8	30	28	1.87
66650638--66650965	143	2.3	143	91	2	529	32	8	30	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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