genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14124686--14124726	21	2.0	21	85	0	55	26	14	26	31	1.95
14127298--14127361	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
14127298--14127363	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
14127732--14127789	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
14129075--14129117	10	4.2	10	84	3	50	69	2	0	27	1.00
14129130--14129158	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
14132283--14132316	18	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
14133140--14133190	18	2.7	18	85	11	66	66	0	5	27	1.14
14133140--14133193	19	2.9	18	82	17	58	68	0	5	25	1.11
14133533--14133580	19	2.6	18	78	18	53	33	4	0	62	1.14
14159012--14159053	18	2.3	18	88	12	59	47	0	16	35	1.47
14159835--14159897	19	3.4	19	80	8	76	65	0	0	34	0.93
14159826--14159895	17	3.9	18	76	9	63	67	0	0	32	0.91
14159865--14160001	29	4.7	28	72	10	98	61	0	5	32	1.25
14159845--14159929	19	4.6	19	74	11	70	61	0	1	37	1.04
14159827--14160026	9	21.2	9	68	15	77	62	1	4	32	1.22
14159865--14160026	10	16.7	10	67	19	67	60	1	5	32	1.28
14173070--14173122	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
14178517--14178722	38	4.9	38	72	17	133	30	24	15	30	1.95
14178562--14178690	48	2.7	48	85	1	179	31	23	14	30	1.94
14193011--14193052	19	2.2	19	87	8	59	66	4	11	16	1.40
14195405--14195450	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14195412--14195456	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
14203144--14203189	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
14203151--14203195	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
14206101--14206245	72	2.0	72	90	0	227	34	18	25	21	1.96
14208355--14209341	152	6.5	151	89	3	1457	28	6	8	56	1.54
14209146--14209180	15	2.2	17	90	10	56	34	0	0	65	0.93
14209169--14209204	13	2.8	13	87	4	56	22	0	2	75	0.94
14209862--14209912	15	3.4	15	83	5	59	0	39	3	56	1.18
14210065--14210105	12	2.9	15	86	13	52	14	12	9	63	1.52
14215364--14215527	42	3.7	42	82	8	177	28	26	14	29	1.95
14215434--14215539	49	2.2	48	91	3	167	30	27	14	28	1.95
14218592--14218709	31	3.8	31	93	0	200	26	28	18	26	1.98
14220990--14221051	16	3.9	16	93	0	106	40	4	33	20	1.74
14221031--14221127	44	2.2	44	87	5	133	31	5	28	34	1.79
14221282--14221318	16	2.2	17	86	13	51	59	0	0	40	0.97
14221275--14221314	14	2.9	15	82	14	50	52	0	0	47	1.00
14221302--14221520	101	2.2	102	94	0	386	51	4	1	43	1.29
14221461--14221652	59	3.3	59	69	24	156	54	3	1	41	1.23
14221403--14221711	117	2.6	119	95	2	543	51	4	1	42	1.31
14221686--14221726	21	2.0	21	100	0	82	56	9	0	34	1.32
14229300--14229415	51	2.3	51	84	0	151	27	19	10	42	1.84
14233824--14233895	36	2.0	36	86	5	101	45	13	4	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14234989--14235016	12	2.3	12	100	0	56	53	7	25	14	1.66
14256071--14256105	6	5.8	6	86	0	52	2	28	14	54	1.54
14258861--14258900	21	1.9	21	94	0	71	25	17	27	30	1.97
14258975--14258999	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
14259935--14260014	36	2.2	36	97	2	151	43	7	22	26	1.79
14260777--14260831	9	6.3	9	81	10	53	80	0	12	7	0.91
14260799--14260832	13	2.6	13	85	0	50	85	0	11	2	0.71
14262076--14262112	18	2.1	18	89	0	56	45	10	16	27	1.80
14262080--14262122	18	2.4	19	80	11	54	46	9	13	30	1.75
14263977--14264134	42	3.8	42	79	3	165	32	14	20	32	1.93
14265788--14265870	43	1.9	43	80	9	98	19	24	34	21	1.96
14267847--14267988	43	3.3	43	86	3	171	30	14	22	32	1.94
14268290--14268425	68	2.0	68	98	0	263	26	18	14	40	1.89
14273626--14273650	7	3.6	7	100	0	50	32	0	28	40	1.57
14280538--14280781	123	2.0	121	93	1	416	27	13	18	40	1.88
14289024--14289303	148	1.9	143	90	3	443	28	18	11	40	1.86
14290050--14290116	30	2.2	30	86	0	89	23	32	23	19	1.97
14291170--14291453	138	2.1	138	97	0	534	21	11	11	54	1.68
14298726--14299004	46	5.9	48	77	15	244	22	30	19	27	1.98
14298520--14299623	305	3.6	305	94	0	1965	23	28	20	27	1.99
14299033--14299301	46	5.7	48	71	16	170	23	29	18	27	1.98
14299340--14299653	46	6.7	46	73	15	184	22	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14299387--14299653	94	2.8	92	78	14	287	22	28	20	28	1.98
14299344--14299651	140	2.2	140	83	10	378	22	28	20	28	1.98
14301244--14301278	18	2.0	17	88	5	52	20	8	5	65	1.40
14301319--14301356	15	2.5	16	87	8	53	26	2	5	65	1.27
14303149--14303232	41	2.0	41	100	0	168	52	9	9	28	1.65
14304309--14304338	12	2.4	13	88	11	53	63	6	23	6	1.43
14308836--14308895	31	1.9	31	89	3	93	58	3	5	33	1.36
14308823--14308907	31	2.9	29	79	16	88	60	3	5	30	1.38
14310364--14310402	21	1.9	20	84	5	51	17	2	10	69	1.28
14311652--14311684	16	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
14311985--14312032	25	1.9	25	82	0	60	16	22	25	35	1.95
14314126--14314193	26	2.7	25	76	14	77	16	23	22	38	1.93
14316016--14316288	48	5.6	48	76	7	248	30	18	25	25	1.98
14316016--14316288	96	2.8	96	88	2	395	30	18	25	25	1.98
14321705--14321745	21	2.0	20	85	4	55	78	0	0	21	0.76
14323339--14323381	9	4.8	9	85	0	59	62	0	9	27	1.25
14323348--14323384	18	2.1	18	100	0	74	67	0	5	27	1.12
14330198--14330283	42	2.0	42	95	4	156	39	9	12	38	1.76
14330208--14330274	22	3.1	22	66	30	63	38	10	11	38	1.77
14334052--14334334	157	1.8	156	88	0	431	34	19	19	25	1.96
14335088--14335121	18	1.9	17	88	5	50	47	0	2	50	1.16
14335313--14335660	165	2.1	166	86	3	477	35	13	23	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14335313--14335660	83	4.2	82	81	5	378	35	13	23	27	1.92
14338494--14338716	46	4.8	46	75	10	188	29	28	20	22	1.98
14338501--14338716	93	2.3	93	93	0	369	28	28	20	22	1.99
14338548--14338720	47	3.7	46	77	7	197	28	27	19	23	1.98
14342405--14342448	19	2.4	19	92	3	72	31	2	0	65	1.05
14342319--14342545	118	1.9	116	88	5	341	37	5	2	54	1.38
14342425--14342587	49	3.4	47	66	19	120	37	7	3	52	1.45
14342319--14342503	62	3.1	60	73	15	177	36	5	2	55	1.37
14342315--14342795	202	2.3	208	89	6	719	37	6	3	53	1.42
14342431--14342795	104	3.6	102	92	5	588	37	6	3	51	1.46
14342429--14342795	97	3.7	98	92	5	621	38	6	3	51	1.46
14342881--14342977	16	6.1	16	72	13	74	44	14	3	38	1.61
14342899--14343010	30	3.6	30	71	13	100	43	13	4	38	1.64
14342875--14343015	64	2.2	64	94	0	246	45	12	3	38	1.60
14342873--14342980	9	12.1	9	73	16	82	44	13	2	38	1.59
14343148--14343219	9	8.2	9	80	9	69	47	16	0	36	1.47
14343141--14343215	34	2.2	34	85	4	98	49	16	0	34	1.46
14349174--14349233	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
14349715--14349812	18	5.5	18	86	4	137	36	12	11	39	1.78
14349715--14349821	35	3.0	35	93	4	169	37	13	10	39	1.78
14350652--14350691	21	1.9	21	89	0	62	30	17	50	2	1.59
14350925--14350985	31	2.0	31	93	0	104	16	8	19	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14357932--14358243	46	7.0	46	83	9	335	40	14	23	21	1.90
14358020--14358088	34	2.0	34	100	0	138	39	11	23	26	1.88
14357974--14358226	80	3.0	80	84	8	290	41	14	23	20	1.89
14357931--14358180	126	2.0	126	88	0	374	39	14	24	22	1.90
14358524--14358556	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
14370954--14370992	17	2.3	17	100	0	78	10	17	10	61	1.55
14376596--14376657	31	2.0	31	93	0	106	45	14	8	32	1.74
14377298--14377336	17	2.2	18	86	4	53	33	10	7	48	1.66
14377878--14377925	11	4.4	11	81	5	53	37	0	2	60	1.09
14380488--14380535	24	2.0	24	100	0	96	37	12	12	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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