genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  254  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83300712--83300840	7	18.1	7	70	12	68	21	0	41	37	1.54
83306663--83306703	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
83312831--83312917	29	3.0	29	93	0	147	34	19	8	37	1.81
83314452--83314484	12	2.8	12	90	4	50	75	12	0	12	1.04
83319552--83319606	26	2.1	26	96	0	101	14	30	23	30	1.94
83326961--83327156	50	3.9	49	84	4	250	28	25	19	26	1.99
83326962--83327157	101	2.0	99	87	4	286	28	25	19	26	1.99
83333139--83333307	43	4.0	43	75	6	164	33	26	12	27	1.92
83338716--83338834	47	2.5	47	88	0	193	36	13	23	26	1.92
83338816--83339012	55	3.6	54	83	4	236	36	18	23	20	1.95
83339602--83339639	19	2.0	19	100	0	76	10	15	21	52	1.72
83340828--83340923	46	2.1	46	90	0	147	31	10	17	40	1.83
83343548--83343942	27	14.7	27	82	2	364	30	20	7	41	1.80
83343562--83343942	54	7.1	54	83	1	415	29	20	7	41	1.80
83343562--83343942	81	4.7	81	84	1	505	29	20	7	41	1.80
83343961--83344021	27	2.3	27	82	5	79	37	22	14	24	1.92
83343980--83344075	27	3.6	26	80	8	104	40	23	7	28	1.81
83344032--83344160	27	4.8	26	75	10	98	44	20	5	28	1.74
83345097--83345199	25	4.2	25	79	4	95	28	22	23	26	1.99
83345339--83345430	42	2.2	42	96	0	166	29	11	21	36	1.89
83350451--83350621	51	3.4	51	81	2	139	25	16	28	29	1.97
83350498--83350675	51	3.5	51	83	3	153	27	17	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83352989--83353097	50	2.2	50	88	0	164	24	11	20	43	1.85
83359571--83359741	42	4.0	41	78	4	180	29	14	26	29	1.95
83359571--83359741	85	2.0	84	86	3	236	29	14	26	29	1.95
83360740--83360816	25	3.1	25	86	1	102	27	20	20	31	1.98
83360983--83361040	27	2.1	27	93	0	98	31	25	24	18	1.98
83361697--83361754	27	2.1	27	100	0	116	18	25	20	34	1.96
83361697--83361775	27	2.9	27	88	3	88	20	21	21	36	1.95
83361828--83361983	54	2.9	54	83	3	161	33	7	17	42	1.76
83361881--83362003	27	4.6	27	87	2	158	29	5	21	43	1.76
83362035--83362153	27	4.4	27	86	0	175	41	9	22	26	1.84
83362019--83362191	81	2.2	80	76	10	183	36	10	20	31	1.88
83382040--83382164	43	2.9	43	90	0	205	13	24	32	28	1.94
83387397--83387454	11	5.8	10	90	10	84	60	0	0	39	0.97
83409201--83409254	27	2.0	27	96	0	99	20	29	9	40	1.83
83417640--83417956	39	8.1	39	80	2	305	31	17	30	20	1.95
83417644--83417956	117	2.7	117	80	7	341	31	16	30	20	1.95
83424951--83425097	43	3.4	41	77	9	134	29	24	15	29	1.96
83436414--83436456	8	5.4	8	85	0	59	55	20	20	2	1.54
83436671--83436750	27	2.9	27	85	5	97	27	16	28	27	1.97
83437903--83437961	26	2.3	26	91	2	93	16	30	6	45	1.74
83438125--83438185	30	2.1	30	90	3	97	36	19	18	26	1.94
83444809--83445055	40	6.2	40	82	5	272	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83452995--83453211	40	5.5	40	84	6	248	24	23	27	24	2.00
83452991--83453211	80	2.8	78	85	6	277	25	22	27	24	2.00
83454986--83455156	43	4.0	43	78	6	168	32	23	15	28	1.96
83458687--83458902	46	4.6	47	76	10	176	27	18	30	23	1.98
83463305--83463400	27	3.6	26	85	4	102	26	15	18	39	1.91
83463292--83463400	27	4.1	26	80	7	78	27	16	17	38	1.91
83463413--83463664	27	9.3	27	79	7	244	41	17	15	25	1.89
83464029--83464115	33	2.6	32	77	16	88	25	21	24	28	1.99
83481242--83481453	48	4.5	48	76	5	159	25	29	18	25	1.98
83481329--83481502	46	3.7	46	78	7	181	23	28	19	28	1.98
83481331--83481502	94	1.8	93	85	5	238	23	27	19	29	1.98
83491851--83492069	46	4.6	47	71	11	119	23	26	20	28	1.99
83491897--83492069	94	1.8	93	83	4	231	24	26	20	29	1.99
83498570--83499514	472	2.0	472	97	0	1773	31	25	17	25	1.97
83500108--83500317	46	4.5	47	77	10	180	23	26	20	30	1.98
83500002--83500175	92	1.9	94	85	7	248	25	28	20	25	1.99
83500144--83500326	46	3.9	46	79	10	185	24	27	19	29	1.98
83500148--83500327	94	1.9	94	81	4	220	24	27	18	29	1.98
83504531--83504722	40	4.8	40	84	3	228	23	19	27	28	1.99
83512307--83512499	40	4.8	40	83	1	228	26	19	27	25	1.99
83516372--83516463	42	2.2	42	88	0	130	33	20	15	30	1.93
83516596--83516757	26	6.3	26	84	2	206	29	22	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83516807--83516873	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
83517640--83517767	54	2.4	55	78	12	133	27	10	23	39	1.87
83517691--83517763	27	2.7	27	84	0	101	26	9	26	38	1.87
83517800--83517879	27	3.0	27	88	0	115	46	8	16	28	1.77
83517811--83518333	27	19.3	26	75	11	207	34	8	20	37	1.83
83524858--83525031	46	3.8	44	76	15	165	22	20	26	29	1.99
83524858--83524928	20	3.2	20	66	27	54	21	19	26	32	1.97
83524855--83525025	93	1.8	93	88	2	263	22	21	26	29	1.99
83544214--83544347	56	2.4	56	92	0	214	33	23	15	27	1.95
83551055--83551300	49	4.9	50	82	2	280	26	19	26	28	1.99
83554438--83554463	5	5.2	5	100	0	52	0	23	0	76	0.78
83559117--83559275	43	3.7	42	78	2	147	31	25	18	25	1.97
83559172--83559276	44	2.4	43	85	3	140	34	25	16	23	1.95
83566082--83566261	40	4.6	40	77	6	170	25	25	23	25	2.00
83570686--83570825	42	3.3	43	80	14	139	31	21	19	27	1.97
83570686--83570825	43	3.3	42	78	16	112	31	21	19	27	1.97
83572494--83572530	17	2.2	17	90	0	56	48	10	18	21	1.78
83572969--83573017	23	2.0	24	84	7	64	16	30	4	48	1.64
83572969--83573017	21	2.3	20	82	6	53	16	30	4	48	1.64
83573824--83573862	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
83579585--83579677	28	3.3	28	87	0	105	30	34	10	24	1.90
83580189--83580228	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83582300--83582406	27	4.0	27	83	0	115	27	15	16	40	1.89
83583062--83583095	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
83583083--83583145	6	10.3	6	80	10	74	49	14	17	19	1.80
83583605--83583826	78	2.8	78	89	0	336	32	27	19	19	1.97
83583832--83583914	27	3.1	26	83	10	96	37	19	22	20	1.94
83584138--83584542	27	15.0	27	86	1	553	24	20	20	34	1.96
83584534--83584595	27	2.3	27	88	5	90	32	12	17	37	1.88
83584156--83584603	81	5.5	82	84	4	495	25	19	19	34	1.96
83584546--83584689	27	5.3	27	88	2	191	30	11	19	38	1.86
83584561--83584710	54	2.8	53	84	4	151	28	9	22	40	1.85
83617866--83617925	31	1.9	31	89	0	93	45	20	15	20	1.86
83625161--83625250	28	3.2	28	93	0	144	22	14	38	24	1.91
83626989--83627106	29	4.2	28	73	15	100	26	31	13	28	1.94
83626991--83627102	57	2.0	57	82	3	136	25	32	14	28	1.94
83627317--83627367	8	6.5	8	80	10	52	5	19	21	52	1.66
83628592--83628622	16	1.9	16	93	0	53	12	3	29	54	1.53
83628902--83629376	27	17.7	27	83	3	444	38	20	10	30	1.86
83628915--83629350	81	5.4	81	82	7	489	38	20	10	30	1.86
83628902--83629296	134	2.9	134	84	4	517	38	21	9	30	1.85
83629288--83629390	54	1.9	54	84	4	136	37	17	15	29	1.91
83631741--83631857	29	4.1	29	93	2	184	25	15	31	27	1.96
83631741--83631857	57	2.1	57	90	3	182	25	15	31	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83633049--83633082	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
83636346--83636434	28	3.1	28	85	3	97	25	14	31	28	1.95
83637620--83637653	18	1.9	18	94	5	61	44	11	17	26	1.83
83638225--83638381	43	3.7	43	73	9	142	24	17	26	32	1.96
83643973--83644195	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
83644048--83644230	79	2.3	80	82	1	217	25	20	27	26	1.99
83653910--83654017	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
83654492--83655432	327	2.9	327	92	2	1466	40	12	11	35	1.79
83656054--83656091	20	2.0	20	89	5	60	55	10	10	23	1.65
83658476--83658568	42	2.2	44	88	5	145	18	21	18	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356