genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90070777--90071775	212	4.7	214	83	5	1163	16	32	32	18	1.93
90070777--90071775	85	11.8	85	83	4	1153	16	32	32	18	1.93
90072086--90072157	35	2.1	35	89	0	108	37	12	23	26	1.90
90076098--90076169	35	2.1	35	86	0	99	37	9	25	27	1.87
90079236--90079269	5	7.2	5	87	12	54	20	38	17	23	1.93
90091219--90091311	42	2.2	43	84	1	125	16	27	35	20	1.94
90091298--90093605	43	54.6	43	79	5	2281	16	32	32	18	1.94
90091298--90093605	85	27.3	85	77	7	2100	16	32	32	18	1.94
90093133--90093193	32	1.9	32	89	0	95	19	42	26	11	1.85
90093006--90093326	159	2.0	159	84	2	412	17	34	30	17	1.94
90093326--90093605	84	3.3	85	74	6	201	17	32	32	17	1.94
90098307--90098476	46	3.7	46	74	16	161	31	29	18	20	1.96
90098349--90098501	46	3.3	46	69	15	116	31	30	17	20	1.96
90103770--90103808	15	2.6	15	88	8	53	43	0	2	53	1.14
90103759--90103795	19	2.0	19	94	5	67	40	0	0	59	0.97
90103943--90104000	23	2.4	25	86	11	77	60	3	6	29	1.39
90105137--90105257	58	2.1	59	88	1	181	29	23	21	24	1.99
90105625--90105689	24	2.7	24	80	7	78	6	33	33	26	1.81
90105626--90105701	24	3.2	25	74	7	77	9	34	31	25	1.87
90105948--90106938	43	23.6	43	78	8	930	16	32	32	18	1.94
90105948--90106817	85	10.3	83	75	10	578	17	32	32	18	1.94
90106038--90106107	19	3.4	19	67	17	50	20	35	30	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90106040--90106849	169	4.8	169	79	7	519	16	32	32	18	1.93
90106913--90107018	43	2.5	42	81	1	113	16	29	34	19	1.93
90113675--90113769	5	20.2	5	86	12	139	20	38	18	22	1.93
90113693--90113769	23	3.3	23	92	7	122	22	38	16	22	1.93
90113683--90113761	28	2.8	28	100	0	158	21	39	17	21	1.93
90114451--90114561	58	1.9	58	88	0	168	33	23	20	22	1.97
90119939--90120004	25	2.7	24	92	2	105	21	34	10	33	1.88
90119942--90120012	24	2.9	23	85	10	88	22	33	9	33	1.87
90123308--90123386	6	13.3	6	72	10	56	67	2	6	24	1.27
90123336--90123386	19	2.7	19	96	0	93	66	0	9	23	1.21
90129840--90130057	101	2.1	101	87	0	301	25	16	25	32	1.96
90130287--90130341	27	2.0	27	100	0	110	30	18	10	40	1.85
90130291--90130345	16	3.7	17	67	32	54	29	18	10	41	1.84
90132430--90132601	87	2.0	87	82	4	213	23	18	15	43	1.88
90132417--90132589	43	4.0	43	82	4	179	23	17	16	42	1.89
90132525--90132669	43	3.4	43	82	1	157	28	14	16	40	1.88
90132670--90132782	43	2.6	43	78	10	131	30	14	17	38	1.89
90136785--90136915	47	2.8	47	84	0	181	35	27	14	22	1.93
90137879--90137930	26	2.0	26	100	0	104	46	15	0	38	1.46
90153468--90153503	15	2.3	15	95	4	63	22	41	8	27	1.82
90155206--90155291	45	1.9	45	87	0	127	38	23	11	26	1.89
90158881--90158923	18	2.4	18	84	0	59	53	11	0	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90161636--90161748	43	2.7	42	84	5	138	27	17	23	30	1.97
90165469--90165583	43	2.7	43	90	0	185	30	24	19	26	1.98
90171999--90172216	40	5.5	40	92	1	350	26	27	21	24	1.99
90177788--90177816	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
90181837--90181884	23	2.1	23	100	0	96	29	25	16	29	1.97
90182901--90183011	9	12.0	9	74	15	84	36	0	17	46	1.48
90182899--90182992	36	2.5	38	86	11	149	37	0	15	46	1.47
90187945--90188241	39	7.6	39	88	1	389	22	20	26	30	1.98
90190429--90190530	43	2.4	43	91	0	159	30	15	19	34	1.93
90192459--90192509	18	2.9	17	74	25	61	31	0	29	39	1.57
90192658--90192782	41	3.1	41	88	1	180	26	24	16	32	1.96
90193125--90193193	22	3.1	21	78	15	68	44	33	1	20	1.60
90193126--90193194	7	9.3	7	73	16	50	46	33	1	18	1.58
90193126--90193187	15	4.1	15	71	10	54	45	33	1	19	1.60
90193661--90193695	17	2.0	17	88	5	52	65	14	0	20	1.26
90193866--90194013	41	3.6	41	85	1	154	26	16	20	37	1.93
90195399--90195479	42	1.9	43	85	7	112	32	27	17	23	1.97
90200180--90200308	65	2.0	65	100	0	258	49	3	15	31	1.60
90200979--90201021	15	2.8	15	78	3	50	67	2	16	13	1.33
90202833--90202885	23	2.3	23	100	0	106	26	20	3	49	1.66
90203875--90203918	23	1.9	23	90	0	70	38	18	20	22	1.93
90212105--90212142	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90212119--90212143	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
90212179--90212219	6	6.7	6	97	2	73	68	14	0	17	1.22
90212168--90212220	12	4.2	12	83	9	61	71	11	0	16	1.13
90212240--90212343	9	11.6	9	78	8	113	25	9	21	43	1.83
90212248--90212343	36	2.7	36	85	0	129	26	10	20	42	1.84
90221136--90221216	40	2.0	40	85	0	108	17	12	35	34	1.87
90225266--90225305	16	2.6	16	88	4	55	70	2	10	17	1.27
90228770--90228818	25	2.0	25	83	0	62	38	10	18	32	1.84
90234170--90234352	48	3.8	48	83	1	224	26	18	28	26	1.98
90234176--90234349	96	1.8	96	86	2	251	27	17	28	26	1.98
90243251--90243300	25	2.0	25	100	0	100	32	8	24	36	1.84
90248967--90249000	17	1.9	18	94	5	61	14	17	41	26	1.88
90251923--90252078	41	3.9	41	74	8	160	22	26	16	34	1.95
90252508--90252548	13	3.4	13	74	19	52	31	2	14	51	1.56
90253756--90253915	41	3.9	41	84	0	212	17	17	27	37	1.92
90253881--90253944	26	2.5	25	87	5	101	14	18	26	40	1.89
90253855--90254048	67	2.9	67	92	0	307	19	15	24	39	1.91
90253948--90254011	26	2.5	25	82	5	83	17	17	25	40	1.90
90253973--90254059	41	2.1	42	83	10	108	20	18	24	36	1.95
90267393--90267539	43	3.4	43	86	0	195	34	19	12	34	1.90
90276543--90276580	17	2.2	17	90	9	60	21	18	34	26	1.96
90277035--90277099	6	11.2	6	82	9	73	67	3	1	27	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90277044--90277101	25	2.4	25	88	2	82	67	3	3	25	1.22
90277044--90277130	6	14.3	6	78	7	50	70	2	4	22	1.18
90277101--90277138	19	2.0	20	84	5	51	73	2	7	15	1.17
90278700--90278732	12	2.8	12	90	9	50	75	3	15	6	1.11
90284938--90284964	13	2.1	13	100	0	54	40	22	0	37	1.54
90286657--90286810	28	5.5	28	96	0	265	32	29	12	25	1.93
90298875--90298910	17	2.1	17	89	0	54	16	11	5	66	1.40
90299638--90299687	23	2.2	23	86	13	68	18	8	24	50	1.73
90300858--90301038	47	3.8	48	93	2	312	49	6	7	36	1.56
90300858--90301037	95	1.9	94	95	1	324	49	6	7	36	1.57
90304897--90304953	26	2.3	25	82	11	64	64	5	0	29	1.15
90305042--90305103	18	3.5	18	77	14	58	54	0	1	43	1.09
90305160--90305194	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
90305341--90305445	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
90305339--90305448	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
90305427--90305464	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
90310370--90310536	68	2.5	67	97	1	309	25	10	5	58	1.55
90310374--90310478	32	3.2	32	64	15	86	27	10	5	56	1.56
90312912--90312952	19	2.2	19	100	0	82	48	14	0	36	1.44
90331082--90331249	27	6.2	27	86	0	228	39	20	8	30	1.83
90331082--90331330	81	3.1	81	82	2	277	39	20	8	30	1.83
90331082--90331333	27	9.3	27	78	5	206	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90331287--90331397	54	2.1	54	84	0	141	33	26	5	35	1.79
90331297--90331466	81	2.1	81	86	0	232	32	22	7	37	1.82
90331310--90331466	27	5.8	27	89	0	206	30	23	7	38	1.81
90331380--90331495	54	2.1	54	82	6	137	31	20	11	36	1.88
90331297--90331494	81	2.4	81	79	5	204	34	22	8	35	1.84
90331461--90331660	27	7.5	27	81	3	217	37	19	19	24	1.94
90332327--90332399	26	2.8	26	85	6	85	19	23	20	36	1.95
90332536--90332618	6	13.3	6	69	20	55	19	18	14	48	1.81
90332547--90332604	25	2.3	25	90	0	89	18	20	15	44	1.86
90334564--90334727	27	6.2	27	83	4	192	39	21	9	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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