genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

This is table  161  of  356  ( 42641 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52058448--52058572	55	2.3	55	94	0	214	25	13	29	31	1.94
52070722--52070926	40	5.1	40	80	7	211	26	27	21	24	1.99
52078637--52078841	40	5.1	40	78	7	202	25	26	21	26	1.99
52085123--52085410	50	5.8	49	85	1	333	28	26	20	25	1.99
52085123--52085409	149	1.9	149	86	1	405	28	25	20	25	1.99
52088282--52088412	27	4.9	27	73	12	90	35	24	6	32	1.82
52088282--52088412	54	2.4	53	75	12	124	35	24	6	32	1.82
52088397--52088645	27	9.2	27	87	0	318	35	18	19	25	1.95
52088844--52088925	28	3.0	28	92	5	141	19	23	21	35	1.96
52088843--52088958	27	4.3	26	88	5	142	20	21	21	36	1.96
52089120--52089205	6	14.2	6	74	11	77	18	16	13	51	1.77
52101922--52101965	16	2.7	16	92	3	70	52	20	18	9	1.72
52102191--52102290	29	3.5	28	83	1	119	26	16	31	27	1.96
52108242--52108279	14	2.9	13	85	11	51	63	10	7	18	1.50
52109919--52110039	44	2.9	41	76	10	118	36	23	16	23	1.94
52112196--52112230	12	2.8	12	95	4	61	14	2	5	77	1.07
52116850--52116966	43	2.7	43	79	8	123	26	18	24	29	1.98
52119807--52119880	27	2.7	27	97	0	139	40	22	17	18	1.91
52123495--52123601	26	4.2	26	93	2	189	36	25	6	31	1.81
52123495--52123601	51	2.1	52	94	1	189	36	25	6	31	1.81
52123966--52124086	43	2.8	43	84	1	145	28	15	24	30	1.96
52127600--52127721	45	2.7	44	86	10	167	27	22	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52134678--52134946	46	5.7	45	73	11	159	26	20	30	23	1.98
52139071--52139156	43	1.9	44	84	15	115	29	27	17	25	1.97
52153686--52153735	25	2.0	25	100	0	100	40	8	16	36	1.77
52154141--52154188	23	2.1	23	100	0	96	31	4	20	43	1.71
52163165--52163298	54	2.5	54	73	0	133	26	18	18	36	1.94
52163165--52163298	27	5.0	27	77	0	97	26	18	18	36	1.94
52163638--52163685	18	2.7	18	80	0	60	22	20	14	41	1.89
52172800--52172930	47	2.7	47	81	8	149	26	19	28	25	1.98
52174903--52174986	41	2.0	41	97	0	159	33	17	4	44	1.70
52176879--52176947	24	2.9	25	81	10	74	46	20	17	15	1.84
52178663--52178785	43	2.9	42	81	8	151	27	15	26	30	1.96
52187287--52187510	47	4.8	46	75	10	190	25	29	18	26	1.98
52189254--52189474	48	4.7	47	76	12	204	27	18	28	24	1.98
52208118--52208145	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
52208373--52208480	25	4.4	25	87	5	132	27	22	21	28	1.99
52208528--52208594	20	3.3	20	91	4	109	35	19	8	35	1.83
52208513--52208592	40	2.0	39	83	13	101	37	18	8	35	1.82
52208528--52208585	11	5.6	11	78	15	70	36	18	8	36	1.82
52208536--52208592	9	5.8	10	80	15	66	38	21	5	35	1.76
52216192--52216219	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
52216447--52216554	25	4.4	25	86	5	132	27	21	22	28	1.99
52216602--52216657	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52216602--52216668	20	3.3	20	93	4	109	34	20	10	34	1.87
52216619--52216674	9	5.7	10	76	16	55	35	19	8	35	1.83
52216704--52216751	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
52223017--52223051	13	2.7	13	100	0	70	0	37	34	28	1.58
52223622--52223750	62	2.1	62	98	0	249	20	24	13	41	1.88
52223622--52223721	35	3.1	35	60	26	83	22	23	13	42	1.88
52229195--52229765	48	11.9	48	93	0	971	35	5	27	30	1.81
52229906--52230040	37	3.6	37	97	0	252	24	20	31	23	1.98
52240299--52240348	22	2.3	22	93	6	84	20	30	30	20	1.97
52246429--52246510	24	3.5	24	80	5	87	39	21	23	15	1.92
52248381--52249207	412	2.0	409	96	0	1530	30	20	13	35	1.91
52260500--52260539	21	1.9	21	84	0	53	50	5	7	37	1.53
52268310--52268483	45	3.9	45	79	1	161	39	14	21	24	1.90
52273210--52273263	20	2.7	20	94	0	90	18	33	31	16	1.93
52275680--52275719	19	2.1	19	90	0	62	35	12	12	40	1.81
52283138--52283220	42	2.0	42	88	4	123	36	24	10	28	1.89
52299380--52299642	40	6.6	40	87	3	309	26	27	20	24	1.99
52299574--52299651	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
52307031--52307254	46	4.8	46	79	5	227	24	19	25	30	1.98
52307077--52307247	93	1.8	93	89	0	270	23	19	26	29	1.98
52322416--52322601	40	4.7	40	86	5	216	24	20	26	27	1.99
52322469--52322634	80	2.1	79	84	5	210	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52330473--52330615	40	3.6	40	83	7	166	24	20	27	26	1.99
52335459--52335501	22	2.0	22	90	0	68	41	4	0	53	1.21
52339336--52339459	27	4.7	26	74	8	97	38	23	8	29	1.85
52339357--52339461	27	3.9	27	82	2	113	36	22	9	31	1.87
52339412--52339475	27	2.4	27	84	5	76	37	18	12	31	1.88
52339336--52339484	54	2.8	53	77	7	147	39	21	9	29	1.85
52339486--52339839	27	13.0	27	86	2	431	31	21	7	40	1.80
52339486--52339839	81	4.3	81	86	2	503	31	21	7	40	1.80
52340344--52340422	31	2.5	31	85	0	104	17	18	12	50	1.77
52340366--52340431	6	10.8	6	73	15	55	18	21	13	46	1.83
52340344--52340431	12	7.2	12	69	16	56	18	18	13	50	1.79
52342037--52342141	50	2.1	50	85	3	140	12	26	39	21	1.89
52343220--52343337	43	2.8	44	74	5	116	28	23	16	30	1.97
52345196--52345240	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
52346748--52347064	45	7.1	45	89	1	424	28	28	18	24	1.98
52354107--52354448	48	7.0	48	92	2	549	35	6	26	30	1.81
52354107--52354439	98	3.4	98	94	0	571	36	6	26	31	1.81
52354107--52354448	146	2.3	146	91	2	562	35	6	26	30	1.81
52354589--52354691	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
52356572--52356798	45	5.1	45	87	3	309	25	29	20	24	1.99
52360969--52361147	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
52363330--52363607	49	5.8	49	93	2	451	32	8	30	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52363726--52363804	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
52367470--52367504	17	2.1	16	89	5	52	42	0	22	34	1.54
52367975--52368041	18	3.8	17	80	4	71	29	19	11	38	1.88
52369019--52369081	31	2.0	31	90	0	99	36	15	4	42	1.69
52372484--52372559	23	3.2	25	68	24	81	43	9	7	39	1.66
52372454--52372573	47	2.6	47	100	0	240	40	11	8	40	1.72
52381309--52381373	27	2.4	27	92	0	112	33	23	18	24	1.96
52381309--52381384	27	2.8	26	86	7	107	36	19	18	25	1.94
52387326--52387350	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
52388430--52388581	24	6.0	24	84	14	198	38	15	21	24	1.92
52388419--52388593	52	3.4	52	94	3	291	36	14	24	25	1.93
52388430--52388581	76	2.0	75	85	12	204	38	15	21	24	1.92
52388617--52388815	51	3.9	51	92	1	319	31	13	27	28	1.94
52392525--52392636	27	4.2	26	84	10	136	16	25	23	35	1.94
52392525--52392636	54	2.1	54	88	6	165	16	25	23	35	1.94
52400185--52400248	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
52400353--52400456	27	3.9	27	86	5	131	17	25	24	33	1.96
52400353--52400464	54	2.1	54	85	6	147	16	24	25	33	1.96
52404049--52404107	26	2.2	26	84	6	73	37	23	8	30	1.85
52404217--52404328	27	4.2	26	77	10	109	17	23	23	35	1.95
52409220--52409382	43	3.8	43	73	13	115	26	15	23	34	1.94
52412421--52412499	34	2.3	34	82	0	86	24	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52417099--52417280	37	4.9	37	90	0	274	24	31	20	23	1.98
52417443--52417957	47	11.0	47	88	0	742	26	29	11	31	1.91
52417443--52417936	94	5.3	94	94	0	844	26	29	11	31	1.92
52417765--52417838	23	3.2	22	67	27	55	25	32	12	29	1.92
52430689--52431012	39	8.3	40	87	7	450	26	26	20	25	1.99
52432391--52432519	47	2.8	46	85	2	170	27	32	7	31	1.85
52436509--52436619	27	4.1	27	79	8	120	38	20	24	16	1.92
52436509--52436619	53	2.1	53	84	5	143	38	20	24	16	1.92
52440895--52441062	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
52440930--52441115	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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