genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34138427--34138545	63	1.9	63	82	0	148	32	33	6	26	1.83
34138718--34138779	30	2.1	30	93	0	106	29	25	20	24	1.99
34146321--34146412	41	2.2	41	86	1	121	30	26	22	20	1.98
34146302--34146412	42	2.7	42	80	1	134	29	27	22	20	1.99
34146299--34146442	41	3.5	41	73	4	110	32	24	20	22	1.98
34151522--34151561	15	2.5	16	84	8	55	52	12	2	32	1.52
34151946--34151972	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
34158721--34158892	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
34158714--34158889	46	3.8	46	75	10	178	29	29	19	21	1.98
34158765--34158908	46	3.1	44	71	16	114	29	28	19	22	1.98
34161215--34161297	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
34161224--34161303	30	2.6	30	82	9	83	55	15	18	11	1.69
34164227--34164398	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
34164220--34164395	46	3.8	46	76	10	178	29	28	20	21	1.98
34164271--34164414	46	3.1	45	73	21	120	29	29	19	22	1.98
34171908--34172080	43	4.0	42	71	12	138	31	26	16	25	1.97
34176520--34176828	48	6.5	48	76	11	235	26	20	29	24	1.99
34176517--34176690	94	1.8	95	90	1	278	27	20	28	24	1.99
34181125--34181235	27	4.1	27	81	12	120	15	23	23	37	1.93
34181125--34181235	54	2.1	54	84	3	143	15	23	23	37	1.93
34183011--34183138	46	2.7	46	85	4	159	24	29	18	27	1.98
34187172--34187700	47	11.1	47	86	5	643	33	13	28	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34187495--34187700	103	2.0	103	93	0	349	32	12	29	25	1.93
34187674--34187764	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
34189261--34189417	40	3.9	40	87	0	233	22	21	28	28	1.99
34189260--34189415	80	2.0	80	93	0	267	23	21	26	28	1.99
34189358--34189479	62	2.0	62	91	0	199	23	22	27	26	1.99
34189645--34189697	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
34193197--34194006	47	17.1	47	87	3	1054	34	12	28	24	1.92
34193270--34193390	23	5.2	22	68	24	88	33	15	29	21	1.94
34193842--34193963	22	5.3	22	65	30	67	34	13	27	24	1.93
34193980--34194070	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
34196844--34196942	37	2.7	37	93	3	164	22	32	21	24	1.98
34197087--34197328	48	5.0	48	90	0	349	32	25	6	35	1.81
34203890--34204212	46	6.8	48	73	11	195	26	30	16	25	1.97
34205736--34205774	21	1.9	20	89	5	60	15	41	28	15	1.87
34211898--34212018	46	2.6	45	80	5	127	29	17	29	23	1.97
34211990--34212163	44	3.7	48	78	9	187	23	20	29	26	1.99
34214312--34214338	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
34215750--34215899	37	4.1	37	93	0	237	27	30	18	24	1.98
34216104--34216288	47	3.9	47	90	0	280	27	28	11	33	1.91
34216197--34216272	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
34219691--34219778	6	14.3	6	68	17	56	48	13	17	20	1.80
34219702--34219778	31	2.5	31	84	0	100	49	12	16	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34220199--34220502	27	11.3	27	89	4	472	24	22	20	32	1.98
34220203--34220502	134	2.2	134	91	2	487	24	22	20	33	1.97
34220485--34220628	27	5.4	27	83	5	139	28	6	23	40	1.80
34220485--34220637	54	2.9	53	79	3	155	29	7	22	41	1.80
34220640--34220945	27	11.4	27	88	0	434	40	8	22	28	1.82
34220632--34220989	27	13.3	27	86	1	387	38	7	22	31	1.82
34220640--34220945	81	3.8	81	92	0	506	40	8	22	28	1.82
34223198--34223369	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
34223200--34223422	40	5.6	39	82	5	207	25	27	21	26	1.99
34223354--34223431	40	1.9	41	82	10	97	28	28	19	24	1.98
34247535--34247656	44	2.8	43	76	6	122	22	17	27	33	1.96
34247595--34247708	43	2.7	43	72	14	101	26	17	24	31	1.97
34253609--34254045	50	8.9	49	85	4	510	29	18	27	24	1.98
34255032--34255143	27	4.2	26	82	7	116	35	23	24	16	1.95
34255032--34255143	54	2.1	54	86	3	154	35	23	24	16	1.95
34261344--34261453	42	2.6	43	78	4	134	26	19	23	30	1.98
34261289--34261442	43	3.6	42	73	11	125	26	16	23	33	1.96
34261305--34261461	43	3.7	43	74	7	149	26	18	24	30	1.98
34265641--34265816	87	2.0	87	94	0	307	27	21	31	19	1.97
34272431--34272457	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
34272815--34272852	14	2.9	13	81	11	51	15	10	10	63	1.52
34272817--34272846	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34286488--34286592	42	2.5	42	89	3	158	13	27	31	27	1.94
34293220--34293488	46	5.7	48	76	15	183	26	17	30	25	1.97
34296457--34296530	24	3.2	23	75	7	62	32	17	25	24	1.97
34301772--34301933	56	2.9	56	89	0	252	30	23	14	30	1.95
34306792--34306842	26	1.9	27	84	4	68	45	11	1	41	1.52
34309636--34309680	22	2.0	22	100	0	90	55	13	0	31	1.38
34315137--34315170	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
34318055--34318279	79	2.8	80	80	10	237	25	22	26	25	2.00
34318055--34318279	40	5.7	40	84	6	253	25	22	26	25	2.00
34318055--34318285	119	1.9	120	80	7	265	26	22	26	24	2.00
34318108--34318312	79	2.6	79	83	6	211	26	20	26	25	1.99
34337948--34338000	27	2.0	27	84	0	70	39	16	11	32	1.85
34338125--34338184	27	2.2	27	84	0	75	16	21	21	40	1.92
34343220--34343282	23	3.2	18	72	22	54	17	6	0	76	0.99
34343238--34343278	12	3.6	11	84	15	57	17	7	0	75	1.02
34343384--34343429	3	15.3	3	90	0	74	28	0	4	67	1.10
34343385--34343519	27	4.8	28	73	8	78	23	8	5	62	1.45
34344986--34345091	42	2.5	43	83	4	126	23	18	25	32	1.97
34353849--34353957	47	2.3	46	86	7	141	27	29	11	32	1.91
34356506--34356546	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
34357772--34358047	40	6.9	40	91	0	408	27	29	21	20	1.98
34358088--34358179	38	2.4	38	83	0	112	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34359887--34359990	47	2.2	48	84	8	133	21	28	20	29	1.98
34366700--34366729	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
34375731--34375968	49	4.8	49	76	5	228	30	26	18	25	1.98
34384795--34384972	27	6.6	27	85	3	205	30	28	14	26	1.95
34384816--34384971	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
34392610--34392787	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95
34400204--34400248	22	2.0	22	87	8	65	35	8	17	37	1.81
34400209--34400257	11	4.7	10	79	16	55	38	10	18	32	1.84
34402808--34402871	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
34403084--34403205	23	5.2	23	88	2	172	30	20	19	29	1.97
34403084--34403205	46	2.6	47	90	2	192	30	20	19	29	1.97
34403255--34403321	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
34419745--34419894	80	1.9	79	91	1	246	22	19	30	28	1.98
34419745--34419874	40	3.2	40	98	0	251	23	20	30	26	1.98
34424669--34424708	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
34426779--34426900	46	2.6	47	84	5	147	26	22	13	36	1.92
34435251--34435310	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
34445047--34445095	25	2.0	25	95	0	89	30	24	8	36	1.85
34445538--34445575	20	1.9	20	88	0	58	13	31	31	23	1.93
34445694--34446064	180	2.1	181	98	0	717	40	19	5	34	1.76
34455904--34455961	30	2.0	29	93	3	98	36	24	13	25	1.92
34457630--34457670	3	13.7	3	90	10	66	68	2	0	29	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34460402--34460688	49	5.8	50	75	5	208	27	16	25	31	1.97
34460451--34460633	101	1.8	100	84	9	255	27	18	24	30	1.98
34460402--34460682	150	1.9	150	85	4	388	26	17	25	31	1.97
34460403--34460717	150	2.1	150	80	4	341	26	16	25	30	1.97
34468528--34468700	46	3.8	45	78	7	172	22	20	27	29	1.99
34468525--34468695	93	1.8	93	90	5	274	22	21	28	28	1.99
34486113--34486191	31	2.5	31	97	0	149	27	25	18	27	1.98
34486215--34486311	47	2.2	42	83	9	113	34	19	15	30	1.93
34486444--34486579	26	5.3	26	88	3	190	26	22	22	28	1.99
34486444--34486579	52	2.7	51	93	5	224	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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