genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56331128--56331389	79	3.3	80	90	4	381	24	27	23	24	2.00
56331126--56331389	119	2.2	121	82	7	326	24	27	23	24	2.00
56331107--56331389	40	7.1	40	79	9	303	24	27	22	25	2.00
56333625--56333678	16	3.4	16	86	0	81	37	3	29	29	1.75
56333660--56333752	44	2.1	46	86	8	129	34	4	24	36	1.75
56343798--56343974	56	3.1	56	97	1	336	45	9	22	22	1.80
56345103--56345327	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
56345103--56345334	119	1.9	119	82	6	290	25	21	28	25	1.99
56353475--56353758	59	4.7	58	67	18	150	43	2	4	49	1.36
56353468--56353758	120	2.4	122	89	4	462	43	2	4	49	1.35
56353702--56353738	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
56353903--56353993	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
56353974--56354075	16	6.2	16	95	4	186	37	38	0	24	1.56
56353974--56354075	33	3.1	33	98	1	197	37	38	0	24	1.56
56353974--56354075	49	2.1	49	96	3	188	37	38	0	24	1.56
56355188--56355338	41	3.8	40	82	5	162	33	23	19	23	1.97
56357766--56357795	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
56363750--56363849	43	2.3	42	81	8	112	25	25	22	28	1.99
56370437--56370530	26	3.6	26	79	2	89	27	5	8	58	1.49
56372565--56372618	2	28.0	2	81	7	67	46	0	3	50	1.19
56372821--56372868	22	2.2	22	85	7	62	64	8	8	18	1.46
56375162--56375224	30	2.1	30	100	0	126	33	3	6	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56378721--56378765	20	2.2	20	84	7	56	37	15	2	44	1.59
56380213--56380254	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
56411975--56412181	104	2.0	104	94	1	362	18	18	30	31	1.96
56412101--56412252	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
56417873--56418022	76	2.0	76	94	0	264	42	24	10	22	1.84
56429053--56429080	11	2.5	11	100	0	56	42	0	28	28	1.56
56431732--56431781	24	2.1	24	100	0	100	26	16	18	40	1.90
56435393--56435428	17	2.1	17	94	0	63	41	11	19	27	1.85
56442249--56442305	18	3.3	18	68	22	59	43	10	17	28	1.82
56444627--56444730	25	4.2	25	74	6	95	33	20	25	20	1.97
56444823--56444882	26	2.3	26	88	0	93	41	21	18	18	1.90
56446211--56446380	93	1.8	92	94	1	304	28	28	20	22	1.99
56446206--56446382	46	3.8	46	77	12	202	28	28	20	23	1.99
56446800--56446859	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
56453459--56453499	20	2.0	20	100	0	82	26	14	29	29	1.95
56458589--56458822	130	1.8	130	86	0	342	24	12	20	41	1.87
56461455--56461492	6	6.5	6	93	6	69	0	0	15	84	0.63
56463920--56463989	23	3.2	21	84	9	86	38	41	7	12	1.71
56477709--56477971	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
56477709--56477918	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
56477712--56477971	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
56477903--56477980	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56481681--56481741	27	2.3	26	83	8	79	52	0	0	47	1.00
56481687--56481731	24	1.9	23	90	4	72	48	0	0	51	1.00
56481960--56482025	16	4.2	16	82	3	89	27	31	4	36	1.77
56483747--56483859	43	2.7	42	78	5	120	26	25	16	30	1.97
56485188--56486214	345	2.9	347	84	4	1303	32	22	14	31	1.94
56495435--56495574	38	3.7	38	90	3	219	20	21	25	33	1.97
56495425--56495607	76	2.4	78	86	4	255	20	20	25	33	1.97
56501356--56501577	47	4.7	47	92	0	336	28	30	8	32	1.87
56501423--56501867	47	10.0	42	81	11	224	30	28	8	32	1.86
56501500--56501650	72	2.1	72	96	0	284	32	29	5	33	1.80
56501547--56501602	25	2.2	25	96	0	103	37	30	0	32	1.58
56501453--56501696	119	2.1	119	97	0	461	31	29	6	32	1.83
56501572--56501874	47	6.4	47	95	1	534	30	29	8	32	1.86
56501572--56501874	143	2.1	141	93	2	543	30	29	8	32	1.86
56505417--56505515	40	2.5	40	79	9	112	22	28	24	25	1.99
56509693--56509821	64	2.0	64	100	0	258	31	23	15	30	1.95
56510338--56510416	29	2.7	29	84	5	97	27	31	16	24	1.96
56519560--56519600	21	1.9	22	85	14	59	41	9	2	46	1.50
56521649--56521716	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
56521823--56521890	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
56521992--56522070	29	2.7	29	82	2	104	29	31	15	24	1.95
56521538--56522039	174	2.9	174	98	0	959	30	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56530958--56531002	19	2.3	20	78	17	51	33	2	0	64	1.06
56535609--56535822	46	4.6	46	75	8	171	25	25	18	30	1.98
56542920--56543046	49	2.6	49	83	2	157	27	22	26	23	1.99
56545496--56545544	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
56545508--56545553	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
56554024--56554048	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
56554066--56554116	27	1.9	27	96	4	95	47	13	0	39	1.43
56558544--56558719	46	3.8	45	76	10	176	21	19	29	29	1.98
56558541--56558712	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
56559660--56559835	46	3.8	45	76	10	176	21	19	29	29	1.98
56559657--56559828	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
56562753--56562830	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
56565222--56565397	46	3.8	46	78	10	196	20	20	30	28	1.98
56565219--56565390	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
56567893--56567931	17	2.3	17	86	0	51	35	20	12	30	1.90
56574400--56574460	32	1.9	32	96	3	115	59	13	21	6	1.57
56594026--56594090	23	2.9	22	84	6	78	15	6	40	38	1.72
56596286--56596463	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
56596287--56596442	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
56596283--56596463	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
56596368--56596474	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
56597866--56598478	44	13.9	44	73	8	426	30	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56597866--56598480	132	4.7	132	94	0	1014	30	26	16	27	1.97
56599338--56599364	10	2.7	10	100	0	54	0	0	7	92	0.38
56622748--56622779	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
56625255--56625347	48	1.9	48	91	4	152	25	18	30	25	1.98
56625267--56625385	48	2.4	47	83	10	141	26	16	29	26	1.97
56631186--56631236	20	2.6	20	87	3	77	13	29	35	21	1.92
56635359--56635391	16	2.1	16	94	0	57	15	21	27	36	1.93
56647144--56647220	34	2.3	34	86	0	109	18	25	33	22	1.96
56668631--56668787	46	3.4	46	75	15	142	21	17	29	31	1.96
56673931--56674063	42	3.2	42	76	8	128	28	25	16	29	1.97
56673900--56674063	42	3.9	42	76	6	118	28	25	16	29	1.97
56678373--56678634	39	6.7	40	84	9	310	25	22	26	25	2.00
56683511--56683550	16	2.3	18	83	12	57	50	32	2	15	1.57
56684693--56684730	16	2.4	16	95	0	67	52	26	18	2	1.58
56684945--56685057	29	4.0	28	83	2	118	27	15	29	27	1.96
56684958--56685068	57	1.9	57	83	1	141	27	16	29	27	1.97
56685342--56685395	27	2.1	26	82	6	65	44	20	16	18	1.87
56689345--56689528	27	6.8	27	81	2	82	32	21	7	38	1.82
56689345--56689519	54	3.2	54	83	3	226	31	21	8	38	1.82
56689366--56689518	81	1.9	81	90	0	243	29	21	9	39	1.84
56689500--56689666	81	2.1	80	82	2	199	40	20	7	31	1.80
56689498--56689661	54	3.1	53	76	6	152	42	20	6	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56689498--56689651	27	5.7	27	75	9	134	41	19	6	32	1.77
56689539--56689666	27	4.8	27	80	6	127	41	21	7	29	1.81
56689651--56689868	27	8.1	27	85	0	283	36	19	20	23	1.95
56689622--56689866	54	4.6	53	87	3	303	37	18	19	24	1.94
56690073--56690167	25	3.8	25	94	0	163	26	25	22	26	2.00
56692145--56692221	29	2.7	29	97	0	145	25	16	28	28	1.97
56693120--56693159	15	2.7	15	88	0	53	32	2	5	60	1.32
56693326--56693360	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
56697890--56698000	52	2.1	52	93	0	195	20	18	23	36	1.95
56699903--56699934	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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