genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93172690--93172747	30	1.9	30	82	6	73	22	13	6	56	1.61
93172906--93172962	29	2.0	29	92	0	96	33	0	0	66	0.92
93172944--93173145	17	11.4	17	70	19	78	35	1	0	61	1.14
93172996--93173145	5	30.2	5	70	25	88	33	1	0	64	1.07
93172995--93173142	55	2.8	53	86	9	203	33	1	0	64	1.07
93172994--93173150	72	2.2	71	82	11	187	33	1	1	63	1.10
93173528--93173562	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
93173604--93173817	112	1.8	112	83	6	275	29	5	12	52	1.61
93178188--93178262	25	3.0	25	90	0	123	38	25	17	18	1.92
93185337--93185883	45	12.2	45	65	12	178	31	14	27	26	1.95
93185374--93185960	90	6.5	90	89	1	829	31	14	27	26	1.95
93187402--93187509	26	4.2	26	89	0	171	31	6	25	37	1.81
93189135--93189271	27	5.1	26	85	7	175	17	23	23	35	1.95
93189135--93189271	54	2.5	53	94	2	229	17	23	23	35	1.95
93189142--93189289	27	5.5	27	77	18	148	18	24	21	35	1.96
93190492--93190548	29	2.0	29	92	0	96	33	0	0	66	0.92
93190580--93190746	32	5.4	29	77	19	128	33	1	1	64	1.09
93190576--93190738	67	2.5	66	82	10	183	34	1	0	63	1.07
93190580--93190752	55	3.3	53	79	12	189	33	1	1	64	1.09
93191122--93191156	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
93191198--93191411	115	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.60
93192793--93192900	26	4.2	26	90	0	171	34	7	22	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93192793--93192900	52	2.1	52	96	0	198	34	7	22	36	1.82
93197703--93197747	19	2.3	20	84	3	56	53	2	6	37	1.40
93199171--93199207	18	2.1	18	100	0	74	48	0	10	40	1.38
93227641--93227702	31	2.0	31	90	0	97	24	6	22	46	1.75
93234793--93234963	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
93234797--93234968	46	3.7	46	78	13	199	21	21	28	28	1.99
93236293--93236333	16	2.5	17	84	8	57	63	2	0	34	1.08
93236745--93236806	18	3.4	18	78	14	65	35	6	0	58	1.24
93238276--93238366	19	4.9	19	88	8	134	37	13	15	34	1.86
93238283--93238366	35	2.3	37	87	8	127	36	14	15	33	1.88
93242665--93242842	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
93242666--93242821	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
93242662--93242842	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
93250516--93250693	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
93250517--93250672	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
93250513--93250693	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
93261799--93262168	78	4.8	78	88	2	510	32	18	23	25	1.97
93261799--93262168	155	2.4	156	87	1	528	32	18	23	25	1.97
93262240--93262615	78	4.7	78	84	5	414	33	17	22	26	1.96
93262548--93262747	45	4.5	45	85	1	276	33	15	27	25	1.95
93262548--93262747	89	2.2	90	86	1	285	33	15	27	25	1.95
93263097--93263194	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93263097--93263187	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
93263166--93263210	23	2.0	22	82	4	54	37	8	17	35	1.81
93269394--93269438	19	2.3	20	84	3	56	53	2	6	37	1.40
93271696--93271806	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
93271719--93271869	40	3.7	40	84	5	187	23	26	24	25	2.00
93273036--93273180	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
93282577--93282604	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
93287020--93287052	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
93290867--93290914	14	3.4	15	77	13	57	62	0	2	35	1.07
93291196--93291307	47	2.4	46	77	11	111	56	0	6	36	1.31
93291339--93291457	25	4.9	24	70	18	79	57	0	8	33	1.35
93299241--93299299	30	2.0	30	93	0	100	25	13	28	32	1.94
93299230--93299335	36	3.1	36	75	18	118	25	12	30	32	1.92
93317724--93318095	78	4.8	78	86	1	503	32	18	23	25	1.97
93318169--93318383	78	2.8	78	89	2	324	30	20	24	25	1.98
93317882--93318412	287	1.9	287	89	0	839	31	18	24	25	1.97
93318397--93318590	45	4.3	45	88	2	266	31	14	29	24	1.95
93318413--93318582	89	1.9	89	90	2	270	28	14	30	25	1.95
93318948--93319045	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
93318948--93319038	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
93318948--93319061	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
93319328--93319362	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93320570--93320598	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
93327158--93327202	19	2.3	20	84	3	56	53	2	6	37	1.40
93327127--93327202	10	7.5	10	69	18	50	47	2	10	39	1.52
93331500--93331590	19	4.9	19	82	8	125	36	16	8	38	1.80
93331979--93332772	207	3.8	207	91	0	1232	29	23	16	29	1.96
93332778--93333048	84	3.2	83	81	8	323	24	23	20	30	1.98
93334008--93334073	7	9.1	7	75	18	64	3	15	0	81	0.80
93334008--93334055	16	3.1	16	82	11	64	2	16	0	81	0.79
93334008--93334075	23	3.0	22	83	10	84	2	14	0	82	0.79
93334011--93334073	22	3.0	22	84	13	87	3	14	0	82	0.79
93334018--93334073	20	2.7	19	84	15	67	3	14	0	82	0.81
93334010--93334058	15	3.2	16	80	8	66	2	14	0	83	0.73
93334011--93334074	21	3.0	21	82	11	76	3	14	0	82	0.78
93339130--93339163	18	1.9	17	94	5	59	52	0	8	38	1.33
93339808--93339925	18	6.6	18	86	5	159	36	15	11	37	1.83
93339808--93339928	17	6.8	17	85	7	152	36	14	10	38	1.82
93339808--93339928	35	3.4	35	94	3	197	36	14	10	38	1.82
93364518--93364672	66	2.3	66	79	8	163	30	10	25	32	1.89
93366118--93366151	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
93366405--93366480	22	3.7	21	73	15	59	40	17	5	36	1.72
93366441--93366531	19	4.9	19	89	8	143	36	14	9	39	1.79
93366453--93366523	35	2.0	36	94	2	126	36	12	11	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93366887--93367080	45	4.3	45	84	1	228	26	27	13	32	1.94
93366895--93367064	89	1.9	89	88	0	259	27	28	13	30	1.94
93367094--93367778	78	8.8	78	89	1	917	25	23	17	32	1.97
93368987--93369035	17	2.8	17	78	6	53	24	8	0	67	1.18
93369272--93369307	17	2.2	16	90	5	54	30	2	5	61	1.33
93370818--93370866	17	2.8	17	78	6	53	24	8	0	67	1.18
93371099--93371134	17	2.2	16	90	5	54	30	2	5	61	1.33
93371496--93371529	14	2.4	14	85	0	50	23	0	0	76	0.79
93372472--93372938	220	2.1	220	91	0	745	27	21	18	32	1.97
93374941--93375185	49	4.9	49	84	3	319	28	26	18	26	1.98
93374940--93375185	100	2.5	99	85	2	332	28	26	18	26	1.98
93375833--93375892	30	2.0	30	83	6	77	30	25	5	40	1.77
93377940--93377978	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
93380736--93380960	49	4.5	49	84	3	306	29	27	17	25	1.98
93380736--93380967	100	2.3	99	86	2	322	29	27	18	25	1.98
93381616--93381675	30	2.0	30	90	6	95	28	26	6	38	1.81
93393187--93393222	18	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
93393477--93393534	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
93393513--93393603	19	4.9	19	89	8	152	36	15	12	36	1.85
93393513--93393603	35	2.5	37	89	8	141	36	15	12	36	1.85
93393722--93393761	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
93409319--93409348	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93409863--93409890	12	2.3	12	100	0	56	10	17	46	25	1.80
93410920--93410966	17	2.8	17	74	3	51	8	8	4	78	1.07
93416415--93416627	62	3.4	62	81	3	223	27	26	25	20	1.99
93418705--93418775	30	2.3	31	85	11	92	46	2	0	50	1.16
93420549--93420627	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
93420746--93420968	47	4.7	47	91	1	331	27	30	8	32	1.88
93422800--93422919	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
93423538--93423608	35	2.0	35	97	0	133	14	23	33	28	1.94
93431040--93431079	13	3.0	13	85	7	53	80	0	10	10	0.92
93431804--93431870	35	1.9	35	93	0	116	13	22	35	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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