genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38615117--38615295	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
38621873--38622185	47	6.7	48	74	13	203	23	30	18	27	1.98
38621872--38622141	46	5.7	47	77	10	207	22	31	20	26	1.98
38621921--38622193	94	2.9	94	78	10	249	23	30	18	27	1.98
38622017--38622185	46	3.7	44	77	12	144	22	29	18	29	1.97
38629699--38629881	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
38629697--38629881	40	4.7	40	81	9	209	25	28	22	23	1.99
38631048--38631226	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
38632672--38632790	38	3.1	38	89	4	177	31	26	21	19	1.97
38632624--38632790	76	2.1	79	83	7	207	32	27	20	19	1.96
38644258--38644335	40	2.0	40	100	0	156	34	14	12	38	1.84
38646782--38646867	24	3.8	24	77	14	69	46	0	1	52	1.08
38647023--38647108	44	1.9	46	88	4	131	36	26	6	30	1.83
38647097--38647151	16	3.4	16	80	9	67	30	27	5	36	1.79
38655084--38655204	43	2.8	44	78	9	133	23	16	27	33	1.96
38661432--38661602	46	3.7	46	72	16	145	31	26	19	22	1.98
38661485--38661656	47	3.7	47	73	13	183	30	28	18	22	1.97
38661439--38661649	93	2.3	93	90	0	332	30	27	18	23	1.98
38663724--38663777	29	1.9	28	85	7	74	40	9	25	24	1.85
38665404--38665709	40	7.7	40	88	4	415	26	27	21	25	1.99
38668254--38668287	12	2.8	12	90	0	50	32	0	35	32	1.58
38673220--38673442	40	5.6	39	79	8	175	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38673218--38673389	80	2.2	79	81	3	202	26	27	20	25	1.99
38673374--38673451	40	1.9	41	82	10	97	28	28	19	24	1.98
38687590--38687698	55	2.0	55	90	0	173	17	21	33	27	1.95
38687593--38687714	55	2.2	55	86	0	163	19	19	33	27	1.96
38703885--38704084	40	5.0	40	83	6	237	24	21	28	26	1.99
38703878--38704084	80	2.6	79	85	3	265	25	21	27	25	2.00
38715436--38715483	19	2.6	17	72	15	51	66	0	18	14	1.25
38716580--38717153	291	2.0	291	98	0	1112	31	19	9	39	1.84
38717708--38717907	53	3.7	54	81	2	204	22	25	17	35	1.95
38717727--38717921	54	3.6	54	81	4	205	22	25	16	36	1.94
38717898--38718016	47	2.5	47	93	0	202	26	26	11	36	1.90
38717992--38718033	18	2.3	18	95	0	75	19	21	14	45	1.85
38718170--38718255	43	2.0	43	86	4	120	24	24	13	37	1.92
38718794--38718850	30	1.9	30	89	7	89	31	26	7	35	1.83
38723565--38723684	46	2.6	46	84	5	143	28	20	28	22	1.99
38723614--38723730	46	2.6	43	82	10	119	28	19	27	24	1.99
38723705--38723931	50	4.6	50	80	11	220	28	21	27	22	1.99
38736258--38736564	46	6.5	46	73	14	195	28	17	28	25	1.97
38745826--38745893	24	2.9	24	80	8	77	44	19	16	20	1.87
38755579--38755625	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
38755673--38755756	25	3.4	25	85	6	100	28	20	23	27	1.99
38755965--38756026	31	2.0	31	87	0	88	35	12	24	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38763575--38763618	20	2.2	20	88	8	63	36	13	18	31	1.90
38763669--38763751	25	3.4	25	85	8	91	30	22	20	26	1.98
38763994--38764044	26	2.0	26	92	7	86	23	11	25	39	1.89
38772886--38772939	6	8.8	6	76	11	56	50	12	20	16	1.78
38773057--38773172	27	4.3	27	89	5	155	37	22	21	18	1.95
38773374--38773514	27	5.2	27	84	5	178	29	20	14	35	1.93
38778743--38778816	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38788010--38790670	522	5.1	522	98	0	5079	42	20	8	28	1.82
38790793--38790895	43	2.4	43	82	10	115	30	29	19	21	1.97
38795795--38795825	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
38795792--38795831	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
38803780--38803976	55	3.6	53	79	8	175	22	25	16	35	1.94
38804726--38804753	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
38805229--38805260	14	2.3	14	100	0	64	50	28	0	21	1.49
38809281--38809392	42	2.6	42	81	6	120	27	26	17	27	1.98
38809281--38809444	43	3.8	44	77	11	135	29	26	17	26	1.97
38810339--38810394	27	2.1	27	100	0	112	51	12	0	35	1.40
38813169--38813244	37	2.1	37	100	0	152	57	15	15	10	1.64
38817633--38817692	29	2.1	29	87	6	86	15	5	15	65	1.44
38828449--38828512	31	2.1	31	82	5	76	34	12	14	39	1.83
38829096--38829138	18	2.4	18	100	0	86	13	4	18	62	1.48
38832256--38832491	27	8.7	27	91	0	328	29	22	9	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38832515--38832639	27	4.6	27	86	4	155	37	24	10	28	1.88
38832484--38832639	81	1.9	81	81	2	188	39	22	8	28	1.84
38832515--38832661	54	2.7	54	86	2	197	38	21	9	29	1.85
38832536--38832661	27	4.7	27	87	0	180	38	19	10	30	1.85
38832515--38832692	54	3.3	54	81	3	173	38	21	9	30	1.86
38832680--38832894	27	8.0	27	77	4	191	36	17	20	24	1.94
38832681--38832894	54	4.0	54	83	1	232	36	17	21	24	1.94
38832673--38832894	81	2.7	81	81	1	275	37	17	20	24	1.93
38833099--38833189	25	3.6	25	89	0	137	28	26	20	24	1.99
38833098--38833218	50	2.4	49	78	9	131	27	23	22	26	2.00
38835578--38835643	27	2.4	27	92	0	105	24	25	10	39	1.87
38835598--38835841	27	9.1	27	84	0	274	30	22	8	38	1.83
38835601--38835841	54	4.5	54	85	2	306	30	21	8	39	1.83
38835607--38835843	81	3.0	80	85	0	321	31	22	7	38	1.82
38835619--38835879	81	3.2	80	83	1	290	32	22	7	37	1.82
38835834--38836010	27	6.7	27	80	5	173	40	20	7	31	1.81
38835834--38836013	53	3.4	53	80	6	195	39	20	8	32	1.82
38836003--38836242	27	8.9	27	84	5	299	36	17	20	25	1.94
38836446--38836511	25	2.6	25	92	0	105	27	27	22	22	1.99
38860694--38860860	43	3.9	43	90	1	237	26	29	17	25	1.98
38860694--38860898	85	2.4	85	83	3	241	26	28	17	26	1.98
38860694--38860896	43	4.8	41	82	6	181	26	29	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38865452--38865492	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
38865703--38865741	10	3.5	11	80	13	53	69	0	0	30	0.89
38865690--38865742	22	2.3	23	87	6	81	62	0	0	37	0.96
38865772--38865835	22	2.9	22	85	2	74	35	45	0	18	1.50
38865790--38865828	7	5.4	7	81	6	51	28	53	0	17	1.44
38865800--38865832	15	2.2	15	94	0	57	33	51	0	15	1.43
38865848--38865888	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
38865851--38865897	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
38866122--38866237	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
38866273--38866351	39	2.0	39	90	2	122	24	17	16	41	1.89
38866279--38866368	40	2.2	40	86	5	119	24	17	18	38	1.92
38868571--38868689	52	2.3	52	92	0	202	24	23	15	36	1.94
38868571--38868686	24	4.4	27	78	15	136	24	24	15	36	1.94
38874177--38874375	51	3.9	51	88	3	278	30	25	13	31	1.94
38874399--38874517	52	2.3	52	91	0	193	27	23	14	34	1.94
38874399--38874514	24	4.4	27	79	15	136	27	24	13	34	1.93
38881572--38881615	13	3.5	13	81	12	65	27	9	13	50	1.72
38881568--38881615	24	2.0	24	100	0	96	29	8	12	50	1.69
38881568--38881606	12	3.2	12	79	13	53	30	7	10	51	1.64
38887536--38887728	47	4.1	47	89	2	264	33	10	29	26	1.90
38887565--38887683	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
38887686--38887782	50	1.9	50	87	4	142	38	8	24	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38887936--38888047	37	3.0	37	90	0	179	20	17	33	28	1.96
38889318--38889430	23	5.4	23	59	23	61	23	23	28	24	2.00
38889310--38889581	40	6.8	40	92	0	436	24	22	28	25	1.99
38892689--38892832	47	3.1	47	88	3	202	34	10	28	27	1.90
38892718--38892789	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
38893039--38893110	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
38897529--38897659	65	2.0	65	98	0	253	41	19	6	32	1.78
38900457--38900679	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
38900532--38900714	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
38905637--38905812	46	3.7	47	82	7	171	27	19	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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