genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94439701--94439803	23	4.5	22	76	14	84	37	18	22	21	1.94
94443059--94443142	44	1.9	44	95	0	150	48	14	7	29	1.70
94447196--94447236	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
94457810--94457884	38	2.0	38	89	0	114	22	22	26	28	1.99
94457856--94458087	43	5.4	43	89	3	335	13	23	33	29	1.93
94458404--94458511	45	2.5	42	82	8	110	23	22	26	27	1.99
94459799--94459847	22	2.2	22	86	10	73	69	4	2	24	1.17
94463211--94463263	16	3.3	16	76	10	63	54	18	16	9	1.69
94463225--94463269	24	1.9	24	86	4	65	53	17	17	11	1.72
94463376--94463413	9	4.1	9	83	16	51	31	13	34	21	1.91
94463481--94463599	29	4.2	29	76	8	111	28	13	28	29	1.94
94464451--94464493	20	2.2	20	100	0	86	27	9	11	51	1.69
94464653--94464687	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
94473712--94473771	30	2.0	31	83	3	77	40	0	40	20	1.52
94476310--94476386	39	2.0	39	92	0	127	28	15	19	36	1.92
94478077--94478101	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
94481150--94481205	21	2.7	21	100	0	112	25	28	12	33	1.92
94490697--94490774	39	2.0	39	94	0	138	33	17	15	33	1.92
94503221--94503276	13	4.5	13	74	17	55	46	1	7	44	1.41
94503214--94503288	37	2.0	38	97	2	143	46	2	5	45	1.40
94503411--94503447	19	1.9	19	88	0	56	43	2	2	51	1.30
94503424--94503512	38	2.4	36	80	14	99	35	6	3	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94503433--94503557	67	1.9	66	80	11	148	37	6	3	52	1.43
94512111--94512163	26	2.1	26	85	3	72	22	15	16	45	1.85
94512314--94512399	40	2.2	39	91	4	138	20	23	5	50	1.70
94523148--94523227	27	3.2	27	60	26	66	37	26	17	18	1.93
94523089--94523229	48	2.9	48	87	2	176	36	27	15	20	1.93
94525973--94526084	27	4.2	26	81	10	118	35	20	25	18	1.95
94525973--94526084	54	2.1	54	83	6	138	35	20	25	18	1.95
94533756--94533867	27	4.2	26	83	10	127	34	23	25	16	1.95
94533756--94533867	54	2.1	54	85	6	147	34	23	25	16	1.95
94542912--94543174	29	9.0	29	72	13	141	24	25	12	37	1.91
94542984--94543174	87	2.2	87	85	7	246	24	25	11	38	1.89
94542926--94543198	116	2.3	116	85	3	352	24	25	11	38	1.89
94543013--94543198	29	6.4	29	77	11	177	24	24	12	38	1.90
94546240--94546385	27	5.4	27	80	4	134	21	15	21	42	1.89
94547931--94548067	43	3.2	42	77	8	134	27	24	20	28	1.99
94547912--94548022	42	2.6	43	80	4	127	24	25	23	27	2.00
94547912--94548067	85	1.8	84	82	5	197	25	25	21	26	2.00
94572437--94572654	115	1.8	113	82	12	253	41	4	5	48	1.47
94578934--94579145	40	5.3	39	80	7	239	26	29	20	23	1.99
94578934--94579145	80	2.7	80	88	3	311	26	29	20	23	1.99
94586168--94586379	40	5.3	39	81	5	246	26	28	21	23	1.99
94586168--94586379	80	2.7	80	90	0	327	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94591243--94591284	21	2.0	21	95	0	75	28	30	9	30	1.89
94600469--94600687	29	7.6	29	96	1	377	24	34	16	24	1.96
94609956--94609999	23	2.0	24	82	13	58	4	18	20	56	1.58
94611190--94611258	9	7.2	9	73	15	50	36	8	20	34	1.83
94611189--94611263	20	3.8	20	89	6	102	36	8	20	36	1.82
94611208--94611246	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
94611313--94611448	26	5.3	26	81	4	154	30	20	21	27	1.98
94611313--94611448	52	2.7	52	87	5	181	30	20	21	27	1.98
94612250--94612293	22	2.0	22	100	0	88	13	36	18	31	1.90
94627802--94627954	28	5.5	28	91	1	229	31	29	13	25	1.94
94627802--94627954	83	1.8	83	88	2	236	31	29	13	25	1.94
94627801--94627979	56	3.2	55	88	2	232	31	30	13	25	1.94
94635933--94636084	27	5.6	27	95	1	250	30	28	14	26	1.95
94635933--94636084	83	1.8	82	92	1	259	30	28	14	26	1.95
94639716--94640013	40	7.5	40	86	6	374	25	27	22	24	2.00
94645302--94645353	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
94646115--94646197	30	2.7	31	87	3	125	21	25	21	31	1.98
94646405--94646464	25	2.4	23	81	13	66	26	23	20	30	1.98
94654309--94654343	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
94654587--94654678	29	3.2	29	80	4	105	29	15	29	26	1.96
94654563--94654667	29	3.6	29	79	11	108	30	15	28	25	1.96
94654576--94654687	58	1.9	58	85	3	154	29	16	29	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94677152--94677203	25	2.1	25	100	0	104	42	32	3	21	1.71
94678189--94678227	15	2.7	14	80	7	51	0	10	10	79	0.94
94690911--94690994	26	3.3	26	85	8	113	25	23	21	29	1.99
94691044--94691099	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
94691056--94691118	9	6.6	9	73	20	56	38	20	6	34	1.78
94691044--94691100	20	2.8	20	97	0	105	33	19	10	36	1.86
94691056--94691120	5	13.4	5	75	18	66	36	21	6	35	1.79
94707202--94707241	13	3.1	13	96	0	71	22	27	30	20	1.98
94718165--94718275	54	2.1	54	94	0	195	25	17	8	49	1.73
94726492--94726579	45	2.0	45	90	4	142	38	27	10	23	1.87
94730998--94731097	40	2.6	38	74	14	96	35	36	10	19	1.85
94736064--94736227	42	3.7	42	70	15	123	21	18	28	30	1.97
94739174--94739252	31	2.5	31	95	0	140	27	24	18	29	1.98
94739276--94739367	42	2.2	41	88	7	132	32	22	14	30	1.93
94739512--94739634	26	4.8	26	89	1	178	27	22	22	26	1.99
94739512--94739634	52	2.4	51	94	2	212	27	22	22	26	1.99
94740432--94740496	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
94740550--94740658	28	3.9	28	74	12	89	31	10	18	40	1.84
94740639--94740873	81	2.9	81	83	5	280	29	7	20	41	1.80
94740535--94740873	27	12.5	27	74	6	227	30	9	19	41	1.82
94740554--94740941	27	14.3	27	76	8	198	32	8	20	39	1.82
94740839--94740995	27	5.8	27	86	0	188	38	7	22	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94740838--94740995	54	2.9	54	86	0	217	37	6	22	32	1.81
94740857--94741040	81	2.3	81	76	0	188	36	6	21	35	1.79
94742026--94742081	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
94743309--94743471	39	4.2	39	91	0	245	28	31	19	20	1.97
94750494--94750623	39	3.3	39	93	0	215	29	29	20	21	1.98
94755386--94755436	25	2.0	25	88	7	77	27	31	13	27	1.94
94755567--94755674	43	2.5	43	87	3	155	35	32	22	10	1.87
94755691--94755806	40	2.9	40	92	0	187	27	29	22	20	1.99
94758108--94758253	37	3.9	37	93	0	238	26	32	17	23	1.97
94758400--94758534	48	2.8	48	95	0	243	29	28	8	34	1.86
94758550--94758672	22	5.3	22	63	30	60	25	30	13	30	1.93
94758504--94758697	47	4.1	47	91	0	298	26	28	11	32	1.91
94758464--94758697	94	2.5	94	86	4	303	26	28	11	33	1.91
94758619--94758698	25	3.3	25	68	16	69	31	28	8	31	1.87
94762632--94762894	40	6.7	40	87	1	352	26	28	20	24	1.99
94762632--94763410	80	9.9	78	85	5	927	26	27	21	25	1.99
94762632--94763410	120	6.6	120	88	5	1070	26	27	21	25	1.99
94762903--94763410	40	12.7	40	92	0	811	25	26	21	25	1.99
94764691--94764836	37	3.9	37	95	0	247	26	32	18	23	1.97
94764983--94765117	48	2.8	48	94	0	234	30	28	8	33	1.86
94765087--94765280	47	4.1	47	89	2	282	26	28	11	32	1.91
94765047--94765280	94	2.5	94	85	7	289	26	28	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94776432--94776597	46	3.6	46	74	15	162	21	20	28	29	1.98
94780062--94780197	69	2.0	69	95	0	245	30	17	15	36	1.91
94783733--94783820	45	2.0	45	93	0	149	37	26	12	23	1.90
94783749--94783818	21	3.2	21	64	18	52	35	25	14	24	1.93
94784181--94784213	16	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
94785253--94785302	15	3.0	15	83	16	55	42	2	14	42	1.56
94785272--94785309	20	1.9	20	89	10	60	36	5	13	44	1.66
94785645--94785776	18	7.3	18	82	0	102	37	10	15	35	1.83
94785645--94785776	54	2.4	54	87	0	183	37	10	15	35	1.83
94785696--94785795	18	5.6	18	80	0	65	35	11	17	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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