genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88807597--88807929	61	5.4	63	67	17	245	40	2	6	50	1.42
88807559--88807971	120	3.4	120	95	1	704	41	2	5	50	1.38
88807680--88807714	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
88807800--88807834	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
88807920--88807954	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
88807663--88807968	54	5.2	54	65	22	170	41	1	5	50	1.37
88807908--88808182	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
88808067--88808101	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
88808263--88808357	45	2.1	45	86	1	129	31	27	6	34	1.82
88808338--88808389	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
88817616--88818089	231	2.1	231	85	2	630	26	32	5	36	1.79
88817620--88818149	231	2.3	231	82	3	595	26	31	5	35	1.80
88818716--88818746	6	5.2	6	100	0	62	35	16	48	0	1.46
88820115--88820173	24	2.5	24	80	0	73	18	33	1	45	1.60
88834047--88834277	41	5.7	41	75	6	227	22	22	26	28	1.99
88834118--88834251	40	3.3	40	77	2	169	24	25	25	24	2.00
88834062--88834277	81	2.7	81	94	0	369	22	22	26	28	1.99
88842427--88842479	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
88848771--88848836	27	2.5	27	92	2	107	42	21	22	13	1.88
88848771--88848854	27	3.1	27	81	5	100	41	20	22	15	1.89
88850288--88850364	24	3.2	24	84	0	100	22	38	3	35	1.72
88855850--88855973	43	2.9	43	84	7	153	27	16	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88874148--88874210	28	2.3	27	80	5	72	22	25	23	28	1.99
88875935--88876032	49	2.0	50	85	2	135	42	11	16	29	1.82
88876069--88876103	18	1.9	18	94	0	61	28	2	2	65	1.21
88885980--88886072	26	3.2	26	64	30	62	20	7	22	49	1.74
88885973--88886097	62	2.0	62	100	0	250	22	8	22	47	1.77
88888712--88888751	6	6.7	6	97	0	71	20	0	0	80	0.72
88892270--88892299	13	2.3	13	94	0	51	36	23	3	36	1.71
88892398--88892737	183	1.9	184	85	0	475	21	23	14	41	1.89
88892383--88892747	46	8.0	46	85	1	419	21	23	14	40	1.90
88898512--88898574	29	2.2	29	91	0	108	19	23	33	23	1.97
88903291--88903352	24	2.6	24	89	2	99	27	6	16	50	1.69
88908153--88908185	17	1.9	17	93	0	57	45	21	12	21	1.84
88909245--88909316	36	2.0	36	100	0	144	30	11	13	44	1.79
88917612--88917652	18	2.3	18	100	0	82	41	24	9	24	1.85
88919970--88920001	16	1.9	17	93	6	57	56	15	0	28	1.40
88924283--88924611	69	4.8	69	81	3	376	37	24	18	20	1.94
88924281--88924611	137	2.4	137	86	3	434	36	23	18	20	1.95
88924621--88924831	58	3.7	58	80	4	221	30	21	12	35	1.91
88925394--88925420	13	2.1	13	100	0	54	7	48	22	22	1.75
88937969--88938007	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
88939990--88940146	43	3.7	41	71	13	111	26	17	26	30	1.97
88942838--88943008	94	1.8	94	83	9	233	27	29	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88944736--88944777	8	5.2	8	85	8	50	45	0	0	54	0.99
88944798--88944844	22	2.1	22	84	7	60	70	2	2	25	1.10
88944922--88944968	17	2.8	16	81	15	58	51	0	6	42	1.27
88951346--88951398	19	2.8	19	82	5	63	56	1	1	39	1.21
88951420--88951472	22	2.5	22	78	6	56	67	1	5	24	1.22
88951586--88951641	25	2.4	23	77	13	62	41	1	1	55	1.21
88953563--88953624	18	3.3	18	72	12	61	37	24	24	14	1.93
88955233--88955323	5	18.6	5	72	22	61	60	1	4	34	1.24
88955233--88955329	24	4.2	24	68	25	68	60	1	4	34	1.22
88955372--88955414	19	2.2	19	83	8	50	65	0	2	32	1.06
88955359--88955424	28	2.3	30	82	12	77	60	0	4	34	1.17
88955371--88955434	28	2.2	28	78	13	69	64	0	4	31	1.14
88957000--88957392	44	8.9	44	74	10	259	28	25	15	30	1.96
88967374--88967436	31	2.0	32	84	9	85	47	0	4	47	1.23
88969164--88969274	45	2.5	45	86	2	161	21	18	18	42	1.89
88969149--88969274	45	2.6	50	76	17	138	21	19	18	41	1.91
88969454--88969639	18	10.3	18	75	9	110	35	11	13	38	1.82
88969526--88969638	54	2.1	54	80	9	124	34	11	13	40	1.80
88969442--88969644	72	2.8	72	79	4	178	36	11	14	37	1.82
88969544--88969724	54	3.2	55	73	16	154	33	12	16	37	1.86
88969506--88969737	18	12.5	18	70	9	90	35	11	15	37	1.83
88973326--88973414	5	17.6	5	72	21	62	61	1	2	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88973305--88973402	27	3.7	26	77	14	92	63	2	0	34	1.06
88973326--88973427	39	2.6	38	81	13	109	63	0	1	33	1.12
88973463--88973506	19	2.2	21	84	8	56	63	0	2	34	1.07
88973458--88973515	26	2.1	29	84	12	77	65	0	1	32	1.03
88982010--88982035	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
88988745--88988863	44	2.8	43	82	8	136	23	19	25	31	1.98
88988789--88988897	42	2.6	42	79	7	121	26	18	23	31	1.97
88994963--88995230	134	2.0	134	100	0	536	44	12	16	26	1.83
88996164--88996189	12	2.2	12	100	0	52	15	7	19	57	1.62
88998189--88998245	28	2.0	28	100	0	114	35	17	24	22	1.95
89014823--89014888	29	2.2	30	91	2	107	45	25	4	24	1.72
89041559--89041617	10	6.0	10	82	11	77	20	6	1	71	1.18
89042537--89042562	12	2.2	12	100	0	52	23	7	0	69	1.14
89047081--89047134	21	2.7	19	83	16	65	62	0	5	31	1.18
89047529--89047604	31	2.5	31	76	14	79	36	1	2	59	1.20
89047738--89047776	19	2.0	20	90	5	62	48	0	2	48	1.15
89069033--89069071	18	2.2	18	85	0	51	23	5	0	71	1.05
89072817--89072897	6	13.3	6	76	5	56	16	7	4	71	1.26
89076552--89076590	5	7.6	5	82	5	51	20	2	2	74	1.06
89082299--89082328	15	2.0	15	93	0	51	63	3	6	26	1.35
89084224--89084437	89	2.4	88	81	6	238	18	21	22	36	1.95
89084369--89084651	42	6.6	42	74	12	263	21	22	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89084467--89084696	44	5.3	44	74	14	201	19	25	21	33	1.97
89084425--89084695	86	3.2	86	95	1	463	20	24	20	34	1.97
89084331--89084565	128	1.8	128	87	3	348	20	21	21	36	1.95
89084372--89084651	128	2.2	127	78	8	291	21	22	21	34	1.97
89084292--89084702	42	9.5	44	73	10	244	20	22	21	35	1.96
89102846--89102885	20	2.0	20	100	0	80	45	20	5	30	1.72
89103838--89103908	34	2.1	34	92	2	117	42	22	7	28	1.79
89105442--89105547	20	5.3	20	70	10	74	37	17	29	15	1.91
89115990--89116091	28	3.6	28	89	0	141	37	8	23	30	1.85
89118072--89118204	29	4.6	29	80	1	169	18	16	36	28	1.92
89118072--89118259	86	2.2	86	91	1	295	19	17	34	29	1.94
89122135--89126716	989	4.7	988	88	2	6532	33	12	20	32	1.91
89132114--89132144	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
89132664--89132692	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
89133347--89138858	989	5.6	991	92	2	8800	33	12	20	33	1.90
89140577--89140669	28	3.3	28	93	0	159	34	27	7	30	1.85
89140775--89140889	27	4.1	28	83	5	119	19	23	20	36	1.95
89140775--89140875	28	3.6	28	83	4	123	20	24	20	33	1.97
89140775--89140889	55	2.1	56	83	4	144	19	23	20	36	1.95
89159823--89159849	8	3.4	8	100	0	54	55	0	0	44	0.99
89160015--89160056	17	2.5	17	81	11	50	38	4	0	57	1.20
89167011--89167086	34	2.2	34	88	2	107	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89170057--89170105	19	2.5	20	76	3	55	59	8	2	30	1.38
89172588--89172706	43	2.8	43	87	2	150	25	16	26	31	1.97
89184837--89184867	15	2.1	15	100	0	62	12	25	12	48	1.77
89190113--89190172	28	2.1	28	93	0	102	25	8	30	36	1.85
89190841--89190880	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
89192623--89192661	15	2.4	17	87	8	55	56	2	7	33	1.41
89193204--89193239	8	4.5	8	86	13	56	11	0	0	88	0.50
89193205--89193244	16	2.6	15	88	7	62	12	2	0	85	0.71
89194681--89194738	23	2.4	25	85	5	75	27	6	3	62	1.37
89195201--89195518	127	2.5	127	86	1	422	27	16	20	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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