genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88286951--88286998	18	2.7	18	90	0	78	47	10	35	6	1.63
88289239--88289300	25	2.5	25	84	7	74	24	9	16	50	1.75
88289475--88289513	19	2.1	19	85	0	51	15	7	7	69	1.35
88290020--88290086	33	2.0	33	100	0	134	52	14	8	23	1.70
88290561--88291119	138	4.1	138	89	0	832	40	7	6	45	1.57
88299711--88299933	41	5.5	40	76	11	150	37	16	26	20	1.93
88299708--88299938	81	2.9	81	81	4	252	37	16	26	19	1.93
88299905--88299970	21	3.2	20	75	10	71	36	18	28	16	1.93
88299792--88299969	81	2.2	81	79	2	205	35	17	27	19	1.94
88300678--88300751	31	2.4	31	95	2	130	25	20	10	43	1.84
88302743--88302791	25	2.0	25	88	8	73	40	10	14	34	1.79
88314864--88315035	46	3.7	44	76	13	132	25	20	30	22	1.98
88316748--88316971	40	5.7	40	82	8	262	24	22	27	25	2.00
88316748--88316971	79	2.8	79	83	6	267	24	22	27	25	2.00
88316829--88316990	40	4.1	40	88	5	136	24	21	29	24	1.99
88316748--88317004	79	3.3	79	80	8	213	25	21	27	24	1.99
88332171--88332208	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
88332433--88332603	93	1.8	93	88	0	261	29	27	19	22	1.98
88332428--88332597	46	3.7	46	77	10	175	30	27	19	23	1.98
88332478--88332619	46	3.1	45	71	18	114	29	28	19	23	1.98
88336632--88336856	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
88336632--88336889	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88344538--88344758	40	5.6	40	83	5	261	24	21	27	25	1.99
88344608--88344781	80	2.2	79	82	8	203	26	21	26	25	1.99
88353357--88353522	46	3.6	45	79	9	167	27	18	29	24	1.98
88356186--88356388	41	5.0	41	84	1	237	34	17	28	19	1.95
88356186--88356388	81	2.5	82	83	3	248	34	17	28	19	1.95
88356304--88356375	20	3.5	21	63	12	51	40	19	26	13	1.89
88365567--88365652	37	2.4	36	82	5	102	19	29	2	48	1.61
88366457--88366542	37	2.4	36	84	5	111	20	29	1	48	1.57
88368366--88368407	22	2.0	22	90	4	68	61	0	16	21	1.34
88369137--88369209	35	2.1	35	100	0	146	35	8	21	34	1.84
88372228--88372280	25	2.1	25	92	0	88	41	32	7	18	1.79
88374871--88374921	25	2.0	25	96	0	93	25	7	17	49	1.74
88377019--88377077	9	6.6	9	82	0	64	40	18	11	28	1.86
88377407--88377442	18	2.0	18	94	0	63	30	27	19	22	1.98
88384426--88384722	148	2.0	148	85	3	400	29	17	12	40	1.85
88390330--88390455	39	3.2	39	94	0	207	22	21	29	26	1.99
88390330--88390493	39	4.2	39	88	2	197	21	22	29	26	1.99
88390330--88390520	78	2.5	78	81	5	192	20	22	29	27	1.99
88390348--88390525	39	4.6	38	81	6	148	20	22	29	27	1.99
88392142--88392410	132	2.0	138	88	8	408	21	15	9	53	1.70
88392289--88392337	16	3.1	16	72	0	53	10	12	0	77	0.99
88393266--88393300	16	2.2	16	89	0	52	57	17	5	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88396839--88396869	15	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
88399212--88399265	23	2.6	21	83	13	67	38	7	14	38	1.75
88410227--88410253	12	2.2	12	100	0	54	14	0	48	37	1.45
88411750--88411795	18	2.6	18	100	0	92	10	23	21	43	1.84
88419475--88419598	43	2.9	43	77	4	135	29	14	24	31	1.94
88431457--88431483	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
88435780--88436002	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
88435780--88436002	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
88441866--88441973	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
88441969--88442000	10	3.2	10	100	0	64	31	9	9	50	1.66
88452989--88453050	21	3.0	21	70	0	52	17	27	17	37	1.93
88452989--88453082	42	2.2	42	82	0	107	15	23	18	42	1.88
88456532--88456632	44	2.4	43	80	14	120	26	17	20	34	1.95
88456499--88456652	43	3.6	42	72	11	123	25	17	24	33	1.96
88456689--88456719	5	6.2	5	92	0	53	45	19	16	19	1.86
88456975--88457016	19	2.2	19	86	0	57	59	23	2	14	1.47
88459878--88459944	30	2.2	30	94	0	116	55	4	7	32	1.48
88470799--88470876	25	3.1	25	100	0	156	32	3	3	60	1.33
88470884--88470924	22	1.9	22	85	5	57	60	4	2	31	1.30
88471305--88471345	20	2.0	20	95	0	73	43	4	2	48	1.37
88471609--88471664	30	2.0	29	86	10	80	42	3	7	46	1.48
88482356--88482394	16	2.4	17	82	4	53	61	12	7	17	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88482710--88482753	21	2.0	21	86	4	61	36	0	0	63	0.95
88483174--88483227	22	2.5	22	93	3	92	33	9	11	46	1.71
88495561--88495608	22	2.2	22	96	0	87	41	14	25	18	1.88
88502381--88502517	60	2.3	60	89	1	202	32	38	9	18	1.84
88510533--88510567	18	1.9	18	100	0	70	22	22	37	17	1.94
88510740--88510768	14	2.0	15	93	6	51	13	10	13	62	1.55
88515620--88515649	13	2.3	13	94	0	51	40	0	13	46	1.43
88516523--88516571	18	2.8	17	76	11	55	20	0	2	77	0.87
88518037--88518159	26	4.8	26	83	1	151	26	21	23	28	1.99
88518037--88518159	52	2.4	51	90	2	185	26	21	23	28	1.99
88518960--88519043	27	3.1	27	91	3	125	20	26	21	32	1.98
88519105--88519239	27	4.9	27	75	13	80	31	5	19	43	1.75
88519111--88519321	54	3.9	53	80	5	181	30	8	19	41	1.80
88519168--88519330	27	6.0	27	81	2	175	28	9	22	39	1.84
88519084--88519330	81	3.0	80	73	8	194	30	9	20	39	1.84
88520914--88521123	40	5.3	40	91	1	271	25	20	27	26	1.99
88520861--88521123	120	2.2	120	81	4	300	25	20	27	26	1.99
88520862--88521158	80	3.7	80	81	6	221	26	20	27	25	1.99
88528482--88528690	40	5.3	40	91	2	271	24	21	27	26	1.99
88530079--88530325	54	4.6	54	81	3	212	37	8	19	34	1.83
88530077--88530217	27	5.2	27	79	3	97	35	7	20	36	1.80
88530140--88530291	27	5.6	27	84	0	196	43	9	17	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88530133--88530309	81	2.2	81	79	2	203	40	9	18	31	1.82
88532181--88532234	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
88537032--88537094	28	2.2	29	85	5	83	65	0	1	33	1.03
88541340--88541369	15	1.9	16	93	6	53	40	0	33	26	1.57
88541801--88541835	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
88545540--88545621	25	3.2	25	76	10	92	26	2	12	58	1.46
88545564--88545609	9	4.9	10	78	21	55	21	0	17	60	1.35
88545602--88545689	21	4.3	21	69	13	76	29	2	10	57	1.44
88545538--88545689	30	5.3	30	80	7	158	28	1	11	57	1.45
88546050--88546083	17	2.0	17	94	0	59	29	14	14	41	1.86
88546115--88546168	26	2.1	26	89	0	81	20	5	22	51	1.67
88550190--88550231	22	2.0	21	85	4	57	47	2	0	50	1.14
88551814--88551846	11	3.2	11	91	8	52	63	0	6	30	1.18
88551849--88551880	16	2.0	16	93	0	55	50	3	9	37	1.51
88555214--88555269	26	2.3	24	87	9	78	58	0	1	39	1.08
88555743--88555807	24	2.7	23	78	4	67	26	4	3	66	1.26
88555762--88555799	19	2.0	19	89	0	58	26	5	2	65	1.27
88556050--88556089	21	2.0	21	85	5	55	55	25	2	17	1.55
88570632--88570657	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
88572477--88572522	15	3.0	16	78	9	60	67	0	0	32	0.91
88572477--88572523	16	3.0	15	81	6	58	68	0	0	31	0.90
88573219--88573265	23	2.0	25	87	8	71	65	8	0	25	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88573363--88573392	15	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
88578302--88578375	19	3.8	20	79	12	73	45	22	1	29	1.61
88581375--88581484	46	2.4	46	81	6	116	33	20	20	24	1.97
88583441--88583490	20	2.4	22	80	6	59	54	16	4	26	1.59
88588252--88588306	23	2.4	23	70	11	58	47	1	9	41	1.46
88596391--88596437	16	3.1	16	87	6	71	55	0	2	42	1.12
88596790--88596822	14	2.4	14	85	5	50	51	0	6	42	1.26
88598274--88598313	21	2.0	20	90	5	62	40	0	17	42	1.49
88600512--88600551	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
88600513--88600577	29	2.3	27	77	15	67	36	4	4	53	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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