genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91602394--91602458	29	2.4	27	82	7	69	33	7	4	53	1.50
91605460--91605507	23	2.1	23	92	3	80	18	14	8	58	1.61
91608558--91608592	17	2.0	18	88	5	54	22	5	0	71	1.07
91610242--91610519	92	3.0	92	75	8	246	33	16	23	27	1.95
91614949--91615011	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
91614978--91615007	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
91616384--91616464	34	2.4	34	77	8	83	28	24	22	24	1.99
91624866--91624897	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
91625651--91625702	20	2.6	20	87	0	77	1	26	19	51	1.57
91625604--91625690	15	5.4	15	68	17	50	5	22	18	52	1.66
91627266--91627530	26	10.2	26	78	8	216	41	26	16	15	1.88
91627251--91627530	52	5.4	52	80	6	271	40	27	16	15	1.89
91627266--91627530	78	3.4	75	80	5	244	41	26	16	15	1.88
91628136--91628173	16	2.3	17	82	17	53	31	15	2	50	1.58
91629989--91630034	19	2.4	18	82	10	56	58	0	0	41	0.98
91632351--91632422	36	2.0	36	100	0	144	33	11	30	25	1.90
91634381--91634429	21	2.4	20	80	10	55	8	20	24	46	1.77
91638054--91638186	67	2.0	67	95	0	239	24	16	30	29	1.96
91638998--91639060	32	2.0	32	100	0	126	25	3	22	49	1.65
91642113--91642183	34	2.1	34	97	0	133	28	1	15	54	1.49
91642122--91642198	34	2.3	33	82	8	102	28	1	15	54	1.49
91661605--91661661	29	1.9	30	85	3	80	56	7	1	35	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91663114--91663175	27	2.2	28	80	16	74	32	1	11	54	1.45
91663460--91663565	34	3.1	34	86	5	160	42	0	15	41	1.53
91663680--91664178	127	4.0	127	88	1	655	39	17	15	27	1.90
91665900--91665941	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
91668265--91668505	47	5.1	47	92	0	383	33	11	29	26	1.91
91668312--91668390	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
91668294--91668412	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
91668386--91668461	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
91668476--91668659	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
91668475--91668659	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
91668807--91668913	37	2.9	37	95	0	187	23	18	31	26	1.97
91678990--91679061	11	6.0	12	72	16	60	80	1	11	6	0.96
91678999--91679064	22	2.9	21	80	14	69	83	0	10	6	0.81
91679001--91679064	23	2.8	23	90	4	94	82	0	10	6	0.82
91680172--91680371	66	3.0	66	83	3	269	32	17	12	38	1.87
91681303--91681555	131	1.9	130	88	4	375	32	16	23	26	1.96
91686648--91686673	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91693398--91693548	28	5.4	28	91	1	214	33	27	12	25	1.92
91698760--91698800	20	2.0	21	86	9	59	56	2	0	41	1.13
91699284--91699358	38	2.0	38	84	5	98	38	20	22	18	1.93
91699400--91699740	149	2.3	148	80	7	363	39	13	17	29	1.88
91699451--91700010	108	5.1	107	76	8	422	38	14	20	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91699400--91700010	35	16.8	36	74	11	358	38	13	19	27	1.90
91699400--91699999	73	8.2	72	73	12	293	39	13	20	27	1.90
91701470--91701501	16	2.0	16	100	0	64	37	18	12	31	1.88
91702467--91703060	323	1.8	323	96	0	1109	38	20	12	28	1.88
91704426--91704493	31	2.2	31	81	5	84	42	7	7	42	1.60
91705501--91706257	266	2.8	266	84	4	945	32	23	17	26	1.97
91705862--91706259	127	3.0	126	77	11	429	31	24	16	27	1.97
91705982--91706279	140	2.1	141	86	3	404	31	24	16	27	1.96
91707611--91707770	32	5.0	31	69	16	103	28	0	3	66	1.13
91707666--91707699	10	3.5	10	84	8	52	35	0	2	61	1.11
91707668--91707763	19	4.7	19	69	20	77	31	1	4	63	1.20
91707682--91707730	26	2.0	26	84	8	66	30	2	6	61	1.32
91707657--91707781	64	1.9	65	93	1	216	28	1	4	64	1.23
91713767--91713796	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
91718080--91718502	176	2.4	176	86	4	561	28	23	17	30	1.97
91718757--91719065	64	4.8	64	92	0	485	39	14	17	28	1.89
91718750--91719064	127	2.5	127	90	1	486	39	15	17	28	1.90
91721739--91721819	27	3.0	27	87	1	99	20	23	18	37	1.94
91723025--91723067	13	3.4	12	84	12	59	11	4	0	83	0.78
91733726--91733766	18	2.3	19	83	8	50	75	12	4	7	1.16
91735147--91735197	27	1.9	26	84	4	66	27	7	31	33	1.85
91740728--91740798	35	2.0	35	91	5	117	26	23	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91741352--91741409	29	2.0	29	100	0	116	34	17	24	24	1.96
91745890--91745960	35	2.0	35	89	5	108	26	25	11	36	1.90
91747302--91747330	13	2.1	14	93	6	51	48	13	0	37	1.43
91749947--91749994	6	8.0	6	82	17	64	81	2	2	14	0.88
91749895--91749983	26	3.5	25	76	15	76	69	4	7	17	1.30
91755387--91755433	22	2.1	22	100	0	94	65	0	8	25	1.20
91758515--91758806	141	2.1	142	98	1	568	33	13	17	34	1.89
91765964--91766067	48	2.2	48	84	3	129	14	25	17	43	1.86
91765989--91766126	72	1.9	73	86	4	199	14	24	17	43	1.86
91770801--91770859	18	3.3	18	67	21	52	27	11	23	37	1.90
91770794--91770864	35	2.0	35	97	0	133	25	12	25	36	1.91
91774247--91774293	25	1.9	24	86	4	67	55	2	0	42	1.12
91774376--91774419	23	2.0	23	90	4	72	40	0	0	59	0.98
91776778--91776829	23	2.3	23	76	6	61	40	0	3	55	1.18
91776808--91776846	20	2.0	20	85	5	53	48	2	0	48	1.15
91783817--91783987	84	2.0	84	96	2	317	45	12	11	30	1.77
91786685--91786732	23	2.1	23	88	7	71	47	8	6	37	1.59
91787059--91787100	22	2.0	22	85	4	59	40	14	7	38	1.73
91789641--91789678	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
91789972--91790030	27	2.2	27	100	0	118	33	28	3	33	1.74
91790317--91790350	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
91791079--91791128	10	5.0	10	85	9	66	66	2	8	24	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91791079--91791138	20	3.0	19	80	9	66	68	1	8	21	1.25
91794406--91794509	37	2.8	37	82	0	127	20	20	21	38	1.94
91794687--91794823	26	5.2	26	77	2	112	32	17	21	29	1.96
91802147--91802178	3	10.7	3	93	0	55	31	37	0	31	1.58
91806680--91807075	169	2.3	170	88	1	562	36	9	12	41	1.76
91810545--91810583	11	3.7	11	83	13	55	41	7	10	41	1.68
91810545--91810583	20	2.0	20	94	0	69	41	7	10	41	1.68
91813091--91813128	2	19.5	2	89	5	60	52	0	0	47	1.00
91818858--91818934	30	2.6	30	77	4	75	19	23	29	27	1.98
91818952--91819100	30	5.0	30	70	9	97	18	26	30	24	1.98
91819220--91819341	30	4.1	30	70	6	95	18	23	35	22	1.96
91825230--91825296	30	2.1	32	78	13	77	40	0	7	52	1.30
91825231--91825296	31	2.1	31	83	10	82	40	0	7	51	1.30
91828142--91828213	27	2.7	27	83	10	87	72	8	18	1	1.17
91844963--91845042	41	2.0	40	85	7	108	25	33	18	22	1.97
91846870--91846990	60	2.1	59	87	6	174	37	16	9	37	1.81
91850097--91850166	31	2.3	30	82	4	86	41	12	12	32	1.82
91854599--91854766	74	2.3	74	83	4	196	35	12	14	37	1.84
91855145--91855264	59	2.0	59	100	0	240	48	10	16	25	1.77
91856266--91856298	17	2.0	17	88	5	50	45	0	15	39	1.46
91858612--91858925	48	6.6	49	84	6	385	28	28	16	27	1.97
91858612--91858925	96	3.3	96	88	3	429	28	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91858612--91858928	144	2.2	142	88	1	454	28	28	17	26	1.97
91861577--91861735	81	2.0	81	93	0	273	40	21	11	25	1.87
91863148--91863255	26	4.2	26	89	0	171	33	8	23	35	1.85
91865042--91865328	137	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
91867619--91867796	40	4.5	40	90	3	254	24	22	28	24	1.99
91873603--91873835	55	4.2	54	88	3	313	24	7	17	50	1.72
91878393--91878434	20	2.1	20	86	0	57	42	11	7	38	1.69
91878533--91878566	17	2.0	17	88	0	50	23	11	0	64	1.26
91880501--91880646	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
91880610--91880878	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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