genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86023289--86023368	26	3.0	26	81	3	97	38	20	23	17	1.93
86023527--86023591	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
86024019--86024539	27	19.3	27	81	5	515	24	19	17	37	1.94
86024023--86024530	54	9.4	54	86	1	653	24	20	17	37	1.94
86024048--86024537	81	6.1	81	90	3	727	24	20	17	37	1.94
86024522--86024940	81	5.3	81	74	11	318	31	8	20	39	1.82
86024522--86025036	27	19.6	27	74	14	284	30	9	20	40	1.83
86024591--86025036	27	17.1	27	78	12	382	30	9	19	40	1.84
86024669--86024904	123	1.9	123	85	8	329	31	9	18	40	1.82
86024587--86024983	203	2.0	204	84	7	531	30	9	18	40	1.83
86024558--86024985	230	1.9	230	91	2	707	30	9	19	40	1.83
86028244--86028410	40	4.2	40	90	1	246	24	22	25	26	2.00
86031215--86031262	23	2.1	22	84	3	60	20	2	2	75	1.02
86031218--86031276	12	4.8	12	76	16	50	23	5	1	69	1.18
86038659--86038686	13	2.2	13	100	0	56	21	32	28	17	1.96
86040684--86040853	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
86040706--86040888	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
86048592--86048761	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
86048614--86048796	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
86051504--86051555	27	2.0	27	85	7	72	55	11	9	23	1.64
86053617--86053645	11	2.5	12	94	5	51	24	0	0	75	0.80
86053618--86053665	24	1.9	26	83	8	64	25	2	2	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86059833--86060060	48	4.9	48	76	10	229	26	21	22	29	1.99
86059853--86060060	91	2.2	94	83	7	255	26	21	23	29	1.99
86059778--86060062	48	5.9	47	75	14	208	26	22	22	28	1.99
86061692--86061782	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
86061801--86061923	22	5.3	22	63	30	60	24	27	13	34	1.92
86061846--86061970	22	5.4	22	66	20	76	26	28	11	34	1.90
86061798--86062246	47	9.6	47	94	0	718	25	27	12	34	1.92
86069435--86069499	24	2.7	25	71	7	62	13	1	12	72	1.20
86075328--86075361	16	2.1	16	100	0	68	61	11	0	26	1.30
86078501--86078652	40	3.8	40	84	1	189	23	23	29	23	1.99
86098818--86098858	20	2.0	20	100	0	82	39	34	4	21	1.75
86105583--86105780	40	5.0	39	83	6	220	33	14	26	25	1.94
86105598--86105786	79	2.4	80	86	0	254	33	14	26	24	1.94
86110840--86110939	34	2.9	34	85	8	132	66	9	6	19	1.41
86113176--86113542	48	7.6	48	75	10	259	29	19	27	24	1.98
86113258--86113334	25	3.2	25	65	20	63	29	15	28	25	1.96
86113173--86113493	96	3.4	94	79	6	344	28	19	28	23	1.99
86113173--86113537	144	2.5	143	77	8	382	28	19	27	24	1.98
86113173--86113537	96	3.8	94	76	8	328	28	19	27	24	1.98
86117493--86117640	40	3.7	40	96	0	260	20	26	20	31	1.98
86120456--86120573	40	3.0	40	97	0	218	28	29	19	22	1.98
86122620--86122740	43	2.8	43	79	12	133	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86124773--86124812	21	2.0	21	95	5	73	10	37	25	27	1.88
86131000--86131270	48	5.7	47	74	6	224	29	19	26	23	1.99
86130987--86131270	96	3.0	95	81	6	340	28	19	27	25	1.99
86136800--86136840	21	2.0	21	85	9	57	46	2	0	51	1.14
86140336--86140413	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
86140366--86140693	174	1.9	174	96	0	611	30	15	24	30	1.95
86159877--86159971	29	3.3	27	76	17	86	54	3	2	40	1.28
86159906--86159971	27	2.3	30	82	10	86	54	1	1	42	1.18
86165628--86165667	20	2.0	20	90	0	62	32	15	2	50	1.57
86166893--86166964	36	2.0	36	100	0	144	19	13	11	55	1.68
86168935--86168982	22	2.2	22	100	0	96	22	12	18	45	1.83
86171954--86172176	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
86171954--86172176	39	5.7	40	86	8	266	24	26	22	26	2.00
86179930--86180113	40	4.7	40	83	11	195	25	26	22	26	2.00
86179930--86180113	79	2.3	82	82	13	217	25	26	22	26	2.00
86181856--86181962	40	2.7	40	94	0	187	30	28	20	20	1.98
86188536--86188800	40	6.6	40	95	0	467	32	29	20	18	1.96
86196503--86196537	18	2.0	18	88	5	54	20	11	11	57	1.64
86201160--86201391	49	4.7	49	82	3	293	29	26	18	25	1.98
86201160--86201391	101	2.3	98	84	7	299	29	26	18	25	1.98
86214988--86215291	47	6.4	47	91	1	428	34	8	29	27	1.86
86218646--86218729	27	3.1	27	81	1	80	35	20	21	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86218866--86219066	27	7.4	27	89	1	285	23	20	18	36	1.95
86218866--86219066	109	1.8	109	92	0	339	23	20	18	36	1.95
86220436--86220469	17	2.0	18	88	11	54	58	20	17	2	1.51
86224609--86224773	42	3.9	42	77	10	140	26	25	16	31	1.96
86228865--86228962	35	2.8	35	84	0	133	30	8	17	43	1.78
86228938--86229017	35	2.3	35	82	4	90	30	7	20	42	1.79
86228865--86229039	70	2.5	70	77	4	165	30	9	18	40	1.83
86232627--86232693	35	1.9	35	100	0	134	25	19	17	37	1.94
86233451--86233585	68	2.0	69	86	1	191	42	4	5	48	1.45
86238840--86238909	21	3.2	21	68	18	61	38	27	14	20	1.91
86251971--86252054	27	3.1	26	76	6	69	40	22	17	19	1.91
86252226--86252317	27	3.4	27	83	3	105	26	18	16	39	1.91
86252211--86252317	54	2.0	54	85	3	144	26	17	18	37	1.93
86255868--86255933	28	2.4	28	89	0	96	27	24	22	25	2.00
86256088--86256174	27	3.3	26	75	9	86	36	21	20	20	1.95
86256338--86256509	27	6.4	27	86	0	245	25	19	19	35	1.95
86256339--86256509	54	3.2	54	90	0	270	25	19	18	35	1.95
86261087--86261130	23	1.9	23	100	0	88	43	11	4	40	1.61
86263644--86263770	47	2.8	45	82	5	157	28	29	17	25	1.97
86286473--86286655	79	2.3	81	83	7	223	24	21	27	26	1.99
86286474--86286657	40	4.6	39	81	9	194	23	21	28	26	1.99
86286526--86286690	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86293856--86294005	42	3.6	42	76	12	132	28	24	16	31	1.96
86298106--86298285	35	5.1	35	78	2	182	30	9	18	41	1.83
86300361--86300431	24	3.0	24	89	0	106	35	1	38	25	1.65
86301847--86301958	27	4.1	27	83	7	138	16	24	21	37	1.94
86301847--86301958	54	2.1	54	88	3	163	16	24	21	37	1.94
86304341--86304368	12	2.3	12	100	0	56	21	42	28	7	1.79
86305364--86305430	35	1.9	35	100	0	134	25	19	17	37	1.94
86306189--86306320	68	2.0	66	84	3	174	41	4	5	48	1.46
86306255--86306311	16	3.6	16	72	13	55	43	5	0	50	1.24
86312510--86312770	47	5.6	47	97	0	477	33	8	28	29	1.87
86312651--86313011	120	3.0	121	88	8	510	34	8	27	30	1.86
86312604--86313093	167	2.9	167	97	0	917	33	7	27	30	1.85
86312771--86312939	47	3.6	47	95	0	302	34	7	27	30	1.85
86312510--86313144	214	3.0	211	84	9	870	33	8	28	29	1.86
86312745--86312798	26	2.1	26	100	0	108	35	7	24	33	1.83
86312938--86313144	47	4.4	47	89	0	297	32	8	30	28	1.87
86312698--86313057	120	3.0	120	88	8	488	34	8	26	30	1.86
86313263--86313341	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
86315206--86315308	43	2.4	43	98	0	197	22	16	35	25	1.94
86315290--86315363	29	2.6	29	86	4	96	25	17	32	24	1.97
86315682--86315857	40	4.4	40	82	3	169	25	22	26	26	2.00
86319398--86319839	47	9.4	47	94	0	731	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86319960--86320031	37	1.9	37	86	5	101	18	19	34	27	1.95
86331923--86332048	27	4.6	27	79	6	130	28	17	26	27	1.98
86331922--86332075	55	2.9	52	80	7	157	27	16	27	27	1.97
86331923--86332078	82	1.9	81	85	3	215	27	16	28	27	1.97
86332030--86332099	27	2.6	27	79	4	70	22	14	32	30	1.94
86331915--86332099	82	2.3	81	78	2	210	27	16	28	28	1.97
86339970--86340121	27	5.6	26	79	7	135	26	15	28	28	1.96
86339965--86340118	55	2.9	52	80	7	157	27	16	28	27	1.97
86339970--86340121	82	1.9	81	83	4	198	26	15	28	28	1.96
86340073--86340142	27	2.6	27	79	4	70	22	14	32	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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