genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68947254--68947423	46	3.7	46	76	14	179	28	29	20	21	1.98
68947259--68947429	93	1.8	93	91	2	281	28	30	21	20	1.98
68954608--68954778	93	1.8	93	89	2	272	29	28	21	21	1.98
68954605--68954775	46	3.7	46	77	14	183	29	27	21	21	1.98
68970887--68971067	40	4.5	41	82	8	214	24	22	28	24	1.99
68970936--68971090	79	2.0	79	84	7	208	25	20	28	25	1.99
68975686--68975734	5	10.0	5	75	20	50	63	0	0	36	0.95
68975690--68975738	8	5.9	8	90	9	80	63	0	0	36	0.95
68975686--68975734	13	3.8	13	84	10	73	63	0	0	36	0.95
68981625--68981847	39	5.6	39	84	7	233	25	27	21	25	1.99
68981625--68981847	79	2.8	80	82	12	248	25	27	21	25	1.99
68989595--68989817	39	5.6	39	84	7	233	25	27	21	25	1.99
68989595--68989817	79	2.8	80	82	12	248	25	27	21	25	1.99
69003106--69003320	50	4.3	50	83	5	265	26	19	25	28	1.98
69003143--69003332	99	1.9	101	86	4	278	26	18	25	29	1.98
69015388--69015559	46	3.7	45	76	11	170	22	29	19	28	1.98
69018929--69018975	23	2.0	25	84	16	64	29	2	4	63	1.25
69018929--69018971	7	5.6	7	82	17	50	27	2	2	67	1.15
69027909--69028166	38	6.8	38	79	1	266	15	23	28	33	1.95
69027953--69028166	114	1.9	114	85	1	295	15	23	28	32	1.96
69029854--69030010	57	2.8	57	79	5	167	33	22	14	29	1.93
69031667--69031954	48	6.0	48	87	1	362	26	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69031667--69031954	144	2.0	144	86	2	400	26	15	28	28	1.96
69031675--69031990	96	3.3	94	82	6	341	27	15	28	28	1.96
69031674--69031986	144	2.2	143	83	4	389	27	15	28	28	1.96
69033633--69033666	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
69035944--69035984	19	2.2	19	100	0	82	34	9	24	31	1.88
69037004--69037123	53	2.3	53	79	5	127	40	17	22	19	1.91
69042907--69043109	40	5.1	40	80	9	191	26	28	21	24	1.99
69042954--69043110	79	2.0	80	82	6	194	27	28	20	23	1.99
69050328--69050464	55	2.6	53	82	3	159	39	20	20	19	1.93
69050328--69050471	52	2.7	54	82	3	166	38	19	20	21	1.94
69054631--69054751	43	2.8	43	82	9	149	31	28	18	22	1.97
69062525--69062597	29	2.6	29	82	6	87	26	16	31	26	1.96
69070222--69070296	29	2.6	29	89	2	98	25	14	33	26	1.94
69071401--69071449	19	2.6	19	90	0	71	24	8	26	40	1.83
69074324--69074596	46	6.0	46	90	3	372	40	14	23	21	1.90
69074339--69074619	137	2.1	137	86	4	388	41	15	22	20	1.89
69074882--69074914	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
69076693--69076820	43	3.0	42	82	8	125	32	28	17	22	1.96
69079678--69079800	48	2.5	50	85	5	153	34	28	18	18	1.95
69085566--69085690	46	2.7	46	92	0	196	23	22	26	28	1.99
69089232--69089336	42	2.5	41	80	7	111	26	22	16	34	1.95
69100711--69100735	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69101631--69101750	56	2.2	55	89	1	177	26	12	23	37	1.90
69108721--69108971	27	9.3	26	80	7	109	30	11	19	39	1.86
69108761--69109101	27	12.7	27	84	4	370	32	9	19	38	1.85
69109417--69109472	28	2.0	28	86	3	78	25	37	16	21	1.93
69109530--69109563	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
69110636--69110752	29	4.0	29	87	0	144	27	28	15	29	1.96
69115052--69115346	27	11.0	28	79	9	262	31	10	20	37	1.87
69115052--69115365	54	5.8	54	84	3	321	31	10	20	37	1.87
69115052--69115349	81	3.7	81	82	4	345	31	10	20	37	1.87
69117597--69117671	20	3.8	20	89	6	102	38	8	18	34	1.80
69117598--69117654	9	5.8	10	76	15	57	38	7	19	35	1.79
69117721--69117831	26	4.4	26	89	3	165	28	19	22	28	1.98
69134833--69135010	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
69134834--69134989	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
69134830--69135010	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
69138678--69138873	46	4.2	45	77	10	180	30	17	28	23	1.97
69138682--69138940	140	1.9	140	80	8	312	30	17	27	25	1.97
69139326--69139398	34	2.1	34	89	0	110	45	21	17	15	1.85
69139334--69139400	34	2.0	34	93	0	116	43	22	19	14	1.87
69143260--69143381	61	2.0	61	95	0	217	48	5	15	30	1.68
69146073--69146106	16	2.1	16	94	0	59	76	8	5	8	1.15
69159958--69160267	47	6.6	47	89	3	426	28	29	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69169121--69169160	7	5.9	7	94	5	73	30	0	45	25	1.54
69169121--69169160	20	2.0	21	95	5	73	30	0	45	25	1.54
69169517--69169561	19	2.4	19	96	0	81	66	4	0	28	1.11
69170145--69170360	107	2.0	108	96	0	398	40	9	6	43	1.61
69175809--69175891	41	2.0	41	100	0	166	39	12	16	31	1.85
69180583--69180629	19	2.5	18	80	16	51	51	0	2	46	1.13
69180729--69180783	27	2.0	27	100	0	110	45	7	10	36	1.67
69183398--69183450	24	2.2	23	83	12	63	16	3	5	73	1.17
69183518--69183695	21	8.7	21	69	21	94	40	2	2	55	1.25
69183476--69183554	34	2.3	34	78	6	97	41	0	1	56	1.07
69183634--69183692	20	3.1	18	82	9	55	37	1	1	59	1.18
69183853--69183909	21	2.8	20	78	7	69	63	0	1	35	1.05
69189192--69189235	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
69191818--69191847	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
69194226--69194452	44	5.2	43	66	8	161	27	22	22	27	1.99
69194002--69194505	88	5.8	88	90	1	771	29	22	23	25	1.99
69194002--69194523	262	2.0	261	88	1	742	29	22	23	25	1.99
69194801--69195018	44	4.8	45	71	17	153	33	16	19	30	1.94
69194764--69195078	140	2.2	140	85	5	438	33	17	20	28	1.95
69198730--69198912	100	1.8	100	90	2	296	26	18	24	30	1.98
69198735--69198922	49	3.8	49	80	8	193	28	18	23	29	1.98
69207462--69207708	49	5.0	50	82	4	284	25	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69207462--69207745	150	1.9	150	85	2	392	26	18	26	28	1.98
69210639--69210709	30	2.4	30	82	0	88	21	29	23	25	1.99
69213943--69213992	22	2.4	22	80	6	59	14	28	36	22	1.92
69214983--69215022	7	5.9	7	88	5	64	55	0	0	45	0.99
69215062--69215091	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
69215263--69215302	21	2.0	20	95	5	71	70	2	0	27	1.01
69215261--69215333	30	2.5	30	90	2	112	64	4	0	31	1.12
69215249--69215302	21	2.9	19	80	17	60	66	1	0	31	1.02
69215248--69215365	9	12.0	10	68	25	58	61	3	0	35	1.13
69215407--69215498	21	4.3	21	77	20	84	57	0	0	42	0.98
69215419--69215490	23	3.3	22	84	9	87	61	0	0	38	0.96
69215423--69215510	43	2.0	45	84	8	119	56	2	0	40	1.11
69215419--69215491	22	3.4	20	81	18	85	60	0	0	39	0.97
69215584--69215638	28	1.9	29	85	10	78	78	3	9	9	1.08
69233743--69233918	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
69233740--69233911	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
69244477--69244642	82	2.0	82	97	0	314	39	22	10	28	1.86
69252900--69253007	50	2.2	50	84	3	146	18	25	11	45	1.82
69255383--69255444	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
69275438--69275481	15	2.9	15	80	10	54	34	4	4	56	1.40
69277419--69277459	22	2.0	22	90	9	68	24	12	2	60	1.43
69278916--69278940	11	2.3	11	100	0	50	24	16	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69279769--69279816	22	2.2	22	96	0	87	35	29	8	27	1.86
69282944--69282969	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
69282910--69282964	25	2.3	23	81	12	65	40	0	1	58	1.09
69285045--69285113	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
69285045--69285113	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
69285094--69285184	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
69290576--69290609	14	2.3	15	90	5	52	55	11	20	11	1.67
69298964--69299072	47	2.3	47	100	0	218	32	7	29	31	1.85
69299048--69299094	22	2.1	22	100	0	94	36	0	27	36	1.57
69299001--69299141	69	2.0	69	98	0	273	34	5	28	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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