genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64908135--64908335	47	4.3	47	75	8	185	30	18	28	22	1.97
64922837--64922909	25	2.9	25	79	4	76	31	20	21	26	1.98
64928746--64928776	16	1.9	16	93	0	53	48	12	25	12	1.77
64929260--64929291	15	2.1	15	94	0	55	9	25	21	43	1.82
64929234--64929318	42	2.0	42	81	0	98	21	18	16	43	1.88
64929275--64929333	27	2.2	27	78	0	64	25	16	16	40	1.90
64929282--64929377	27	3.6	27	76	0	93	22	17	16	42	1.88
64929712--64929856	54	2.7	54	85	3	184	26	15	16	41	1.88
64929713--64929856	27	5.3	27	72	7	112	26	15	15	41	1.88
64930188--64930291	27	3.8	27	70	8	77	29	13	17	39	1.88
64930197--64930341	54	2.7	53	81	7	157	26	15	16	41	1.88
64929275--64931148	485	3.8	486	93	1	3065	25	13	25	35	1.93
64930674--64930833	27	5.9	27	71	7	83	25	15	17	41	1.88
64930695--64930833	54	2.6	54	79	4	156	24	15	17	42	1.88
64938761--64938866	6	17.3	6	70	14	74	50	13	16	19	1.78
64938787--64938866	31	2.6	31	85	0	115	48	13	17	20	1.80
64938985--64939044	27	2.3	26	85	2	75	36	20	23	20	1.95
64939012--64939153	67	2.1	68	88	5	205	30	21	28	19	1.97
64939371--64939547	27	6.6	27	90	0	246	41	7	20	29	1.80
64939381--64939590	81	2.6	81	83	0	249	38	8	21	31	1.83
64947673--64947711	21	1.9	20	85	15	53	38	7	10	43	1.67
64952413--64952567	43	3.6	43	88	0	238	29	30	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64952400--64952567	86	2.0	86	91	0	273	29	30	25	15	1.96
64952565--64952663	38	2.6	38	90	0	135	30	24	21	24	1.99
64956820--64956965	77	1.9	77	84	5	197	19	17	27	35	1.94
64961040--64961147	45	2.4	46	84	4	139	25	15	26	32	1.96
64961039--64961157	23	5.2	23	83	2	132	25	15	26	32	1.96
64963554--64963678	39	3.2	39	87	0	178	33	20	23	22	1.97
64971012--64971136	39	3.2	39	87	0	178	32	20	24	22	1.98
64973342--64973414	31	2.4	31	97	0	137	17	36	32	12	1.87
64976576--64976961	48	8.0	48	94	0	628	35	5	26	31	1.80
64977102--64977315	37	5.8	37	95	0	374	23	19	32	24	1.97
64978595--64978864	40	6.8	40	91	1	416	24	21	28	25	1.99
64982861--64983204	48	7.2	48	93	1	566	34	6	27	31	1.83
64982861--64983196	142	2.3	143	94	1	575	34	6	27	31	1.83
64983337--64983513	37	4.8	37	95	0	309	23	19	31	25	1.98
64984941--64985043	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
64985216--64985533	48	6.6	48	95	0	528	30	27	7	33	1.85
64992595--64992644	18	2.8	18	72	3	57	18	28	36	18	1.94
65005044--65005458	27	15.4	27	85	1	512	39	21	9	28	1.85
65005044--65005426	161	2.4	161	89	2	590	39	21	9	28	1.86
65005443--65005531	27	3.3	27	78	6	81	38	13	16	31	1.88
65011303--65011518	40	5.5	40	85	6	273	24	21	27	26	1.99
65028046--65028310	93	2.8	93	88	0	377	30	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65028038--65028302	46	5.7	46	69	17	154	31	26	18	23	1.97
65030308--65030539	49	4.7	49	87	2	293	24	18	28	29	1.98
65030308--65030547	99	2.4	100	83	2	304	24	18	27	29	1.98
65032587--65032665	39	2.0	39	97	0	149	22	39	7	30	1.82
65032780--65032909	27	4.8	27	80	3	136	25	28	10	35	1.89
65033061--65033146	45	1.9	45	90	0	136	23	23	11	41	1.87
65036095--65036121	9	3.0	9	100	0	54	33	11	11	44	1.75
65053212--65053335	51	2.4	51	81	7	146	27	14	29	28	1.95
65055220--65055357	40	3.5	40	92	3	217	24	23	28	23	2.00
65059828--65059882	15	3.8	13	81	18	56	12	7	18	61	1.53
65060488--65060523	18	2.0	18	94	0	63	25	36	16	22	1.94
65063204--65063373	42	4.0	42	87	0	232	33	29	17	20	1.95
65063205--65063370	84	2.0	84	90	0	260	32	29	17	20	1.95
65072400--65072561	40	4.1	40	80	3	164	24	19	27	29	1.99
65080356--65080483	40	3.2	40	81	5	152	23	21	27	27	1.99
65087289--65087389	42	2.4	42	79	0	112	32	29	13	23	1.94
65087375--65087465	42	2.2	42	81	0	101	30	27	15	26	1.96
65087435--65087582	37	4.0	36	84	6	181	25	30	16	28	1.96
65087435--65087573	74	1.9	74	86	4	201	25	29	16	28	1.97
65089599--65089665	32	2.1	32	94	0	116	28	28	7	35	1.84
65089731--65089852	42	2.9	42	90	0	181	29	29	18	22	1.97
65092023--65092209	51	3.7	51	81	0	178	24	17	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65092113--65092254	51	2.8	51	85	2	178	27	15	28	28	1.96
65096791--65096850	30	2.0	30	100	0	120	26	13	16	43	1.85
65099252--65099296	22	2.0	22	100	0	90	35	8	8	46	1.66
65099758--65099934	27	6.5	27	79	3	149	25	16	29	28	1.97
65099785--65099934	55	2.8	54	81	4	158	26	17	29	27	1.97
65114871--65114910	21	1.9	21	85	10	55	32	17	47	2	1.61
65115138--65115218	31	2.5	33	82	11	105	11	6	20	61	1.50
65115281--65115476	86	2.3	86	83	2	234	28	34	16	20	1.94
65115272--65115445	43	4.1	43	87	0	251	26	35	17	20	1.95
65117494--65117524	14	2.3	14	94	5	55	67	0	3	29	1.06
65119131--65119179	25	2.0	25	84	11	66	24	2	18	55	1.53
65121603--65121747	40	3.6	40	85	4	184	22	26	25	24	2.00
65124053--65124131	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
65124250--65124729	47	10.1	47	92	2	771	28	29	9	32	1.88
65124250--65124729	96	5.0	95	93	2	754	28	29	9	32	1.88
65124250--65124729	143	3.4	143	93	1	788	28	29	9	32	1.88
65128711--65128867	40	3.9	40	88	0	224	25	28	21	24	1.99
65128732--65128985	40	6.4	40	81	7	191	25	28	22	23	1.99
65128724--65128905	80	2.3	80	83	2	215	24	29	22	24	1.99
65129291--65129369	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
65129351--65129453	43	2.4	43	98	0	197	26	34	16	22	1.95
65131196--65131274	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65131393--65131920	47	11.1	47	92	2	833	28	29	9	31	1.89
65131393--65131920	96	5.5	96	93	2	868	28	29	9	31	1.89
65131393--65131920	143	3.7	144	91	3	847	28	29	9	31	1.89
65145798--65145876	37	2.1	37	85	0	104	25	30	17	26	1.97
65145995--65146262	47	5.7	47	92	0	403	27	29	9	33	1.88
65145995--65146466	141	3.5	139	78	14	518	29	28	8	33	1.87
65146231--65146286	24	2.3	24	87	3	76	35	25	0	39	1.56
65146240--65146286	24	1.9	25	91	4	78	36	27	0	36	1.57
65146184--65146334	71	2.1	71	91	1	239	31	27	5	34	1.81
65146137--65146364	118	1.9	118	93	0	393	30	27	7	34	1.85
65146090--65146434	165	2.0	169	90	3	536	30	28	7	33	1.85
65146255--65146466	49	4.4	47	89	4	298	31	27	7	33	1.85
65146270--65146464	100	2.0	98	93	2	336	30	27	8	33	1.86
65146270--65146466	47	4.1	47	86	6	223	30	27	8	33	1.86
65158229--65158737	48	10.6	48	74	3	414	29	18	28	24	1.98
65158219--65158737	96	5.4	96	85	0	660	29	17	28	24	1.98
65162583--65162850	40	6.7	40	96	0	473	30	20	27	22	1.98
65171162--65171427	40	6.7	40	94	1	455	30	20	27	21	1.98
65171162--65171427	118	2.2	120	94	1	464	30	20	27	21	1.98
65178274--65178325	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
65181923--65182076	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
65181898--65182076	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65190160--65190310	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
65191639--65191814	46	3.8	45	78	10	194	21	19	30	28	1.98
65191635--65191806	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	27	1.98
65193276--65193705	40	10.8	40	94	1	702	24	26	20	27	1.99
65201570--65201916	40	8.8	40	94	1	565	24	27	20	27	1.99
65201570--65201920	119	3.0	120	92	2	575	24	27	20	27	1.99
65204927--65205017	42	2.1	43	84	9	116	25	16	24	34	1.95
65209022--65209142	39	3.1	39	96	0	215	21	24	30	23	1.99
65211660--65211798	40	3.4	40	79	10	122	31	28	11	28	1.92
65212825--65212863	19	2.1	19	90	0	60	69	10	7	12	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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