genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85068197--85068848	99	6.6	102	88	7	967	5	32	2	59	1.34
85068197--85068848	192	3.3	194	89	6	992	5	32	2	59	1.34
85069068--85069116	18	2.8	17	84	6	53	4	30	0	65	1.11
85073761--85074091	3	108.7	3	68	13	133	30	8	3	57	1.45
85074042--85074091	20	2.5	20	86	3	64	34	2	0	64	1.05
85074143--85074199	3	18.0	3	75	10	51	31	7	1	59	1.34
85074146--85074202	17	3.2	17	75	5	51	31	7	1	59	1.34
85078362--85078386	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
85095178--85095204	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
85097413--85097471	8	7.2	8	75	11	57	84	1	1	11	0.77
85097413--85097487	6	12.3	6	83	10	82	81	2	2	13	0.91
85099152--85099212	3	19.7	3	80	12	70	62	3	4	29	1.32
85103844--85103892	24	2.0	24	100	0	98	32	8	20	38	1.82
85106360--85106386	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
85109247--85109285	6	6.5	6	93	0	69	17	30	0	51	1.46
85111761--85111788	12	2.3	12	100	0	56	7	7	0	85	0.73
85122400--85122435	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
85122911--85123092	28	6.5	28	96	0	312	26	13	28	31	1.94
85132208--85132475	40	6.7	40	97	0	491	31	20	27	21	1.98
85135263--85135298	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
85135772--85135953	28	6.5	28	96	0	312	26	13	28	31	1.94
85138365--85138404	19	2.1	19	100	0	80	30	5	20	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85140730--85140767	18	2.1	19	85	5	51	34	0	7	57	1.28
85142683--85142733	25	2.1	24	85	7	68	58	1	1	37	1.20
85144529--85144564	18	2.1	18	94	5	65	22	30	33	13	1.93
85144535--85144573	18	2.2	18	90	0	60	20	35	35	7	1.81
85153172--85153246	37	2.0	37	92	0	123	32	6	16	45	1.73
85159680--85160027	187	1.9	186	88	0	534	29	21	29	19	1.98
85160681--85160713	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
85162242--85162313	6	11.7	6	91	5	90	16	2	5	75	1.12
85162242--85162322	12	6.6	12	90	2	90	16	3	6	74	1.17
85162242--85162322	18	4.4	18	84	6	90	16	3	6	74	1.17
85172563--85172607	20	2.2	20	84	11	56	44	15	4	35	1.67
85173510--85173541	16	2.0	16	93	0	55	25	15	12	46	1.81
85174959--85175129	46	3.7	46	75	10	177	29	26	19	23	1.98
85174964--85175134	93	1.8	93	92	0	288	29	27	19	22	1.98
85179609--85179646	18	2.1	18	85	14	51	34	2	5	57	1.35
85180509--85180679	46	3.7	46	75	13	179	29	27	19	22	1.98
85180514--85180684	93	1.8	93	93	0	297	29	28	19	22	1.98
85192227--85192258	13	2.5	13	94	0	55	34	15	6	43	1.72
85192539--85192643	42	2.4	43	78	7	115	35	23	17	23	1.95
85200119--85200236	43	2.8	41	83	6	137	33	20	18	27	1.96
85201905--85201947	14	3.0	14	78	15	52	72	4	18	4	1.20
85204774--85204798	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85205346--85205524	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
85205348--85205503	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
85205344--85205524	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
85211952--85211990	20	2.0	20	85	10	53	64	0	17	17	1.30
85212743--85212767	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
85213308--85213485	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
85213309--85213464	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
85213305--85213485	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
85213390--85213496	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
85217128--85217223	44	2.2	44	83	3	113	15	32	20	31	1.94
85220497--85220524	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
85223452--85223515	13	4.9	13	80	0	83	28	7	26	37	1.84
85224596--85224641	22	2.1	22	84	15	60	58	0	0	41	0.98
85228720--85228900	90	2.1	88	82	9	219	39	14	9	35	1.80
85228986--85229119	9	14.7	9	68	16	71	60	1	4	33	1.26
85228986--85229128	19	7.8	18	70	17	80	59	1	4	34	1.25
85229024--85229128	28	3.8	28	77	14	83	58	1	5	34	1.33
85229374--85229436	18	3.4	18	74	8	63	31	1	3	63	1.19
85243395--85243583	40	4.7	40	90	0	297	24	22	26	26	2.00
85246893--85246953	30	2.0	30	100	0	122	26	6	19	47	1.74
85248121--85248214	6	15.3	6	71	16	68	48	15	18	17	1.81
85248142--85248214	31	2.4	31	90	0	110	47	16	19	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85248333--85248392	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
85248718--85248902	54	3.4	54	84	0	253	42	8	20	29	1.81
85248718--85248895	81	2.2	81	88	0	257	42	8	20	29	1.81
85248718--85248895	27	6.6	27	85	2	223	42	8	20	29	1.81
85251436--85251489	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
85252572--85253009	219	2.0	220	89	2	666	26	13	28	30	1.94
85254875--85254919	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
85254948--85255050	28	3.5	28	70	21	75	25	21	28	25	1.99
85254940--85255075	61	2.2	61	84	6	168	26	19	25	28	1.98
85260511--85260555	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
85260584--85260690	28	3.7	28	70	21	76	26	20	28	25	1.99
85260576--85260720	61	2.4	61	82	8	152	26	20	25	26	1.99
85263227--85263347	43	2.8	43	91	0	188	33	25	12	28	1.92
85264651--85264696	20	2.3	20	81	7	58	50	21	4	23	1.67
85268417--85268472	25	2.2	24	79	17	69	60	1	3	33	1.24
85269117--85269159	21	2.0	21	95	0	77	44	0	0	55	0.99
85269117--85269160	11	4.1	11	88	5	72	43	0	0	56	0.99
85284202--85284445	49	4.9	48	77	8	247	27	27	19	25	1.99
85288627--85288744	41	2.8	41	78	6	114	27	16	25	30	1.97
85294313--85294354	22	2.1	19	86	13	57	50	0	4	45	1.23
85297730--85297905	40	4.4	40	89	3	239	24	21	28	25	1.99
85305497--85305761	40	6.7	40	83	7	256	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85314450--85314488	19	2.1	18	85	9	51	30	2	17	48	1.61
85315011--85315174	43	3.8	42	73	12	145	27	18	25	28	1.98
85315454--85315513	30	2.0	30	96	0	111	35	6	23	35	1.81
85317535--85317629	24	3.8	24	83	12	104	33	20	24	22	1.97
85322177--85322270	43	2.2	43	86	0	125	36	25	12	25	1.92
85339055--85339090	18	2.1	18	89	5	56	19	38	25	16	1.92
85343116--85343242	47	2.7	47	88	2	184	33	25	16	23	1.96
85350499--85350616	40	3.0	40	86	6	168	22	27	22	28	1.99
85358484--85358588	40	2.6	40	88	5	158	20	29	23	26	1.99
85361916--85362005	47	1.9	47	93	0	153	33	26	16	23	1.96
85364591--85364775	47	3.9	47	89	0	280	33	12	27	26	1.93
85364980--85365129	37	4.1	37	93	0	255	24	19	30	26	1.98
85366355--85366391	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
85367109--85367167	30	1.9	32	83	16	81	42	3	18	35	1.67
85370135--85370206	36	2.0	36	94	0	126	34	18	9	37	1.83
85370533--85370596	6	10.5	6	72	3	56	6	20	1	71	1.15
85370531--85370596	18	3.6	19	81	6	73	6	21	1	71	1.16
85379251--85379760	27	18.9	27	86	3	510	43	22	16	17	1.87
85379251--85379734	54	9.0	54	85	0	572	43	23	15	16	1.87
85379251--85379734	81	6.0	81	86	0	601	43	23	15	16	1.87
85379751--85379886	27	5.0	27	84	0	164	23	14	22	39	1.91
85380186--85380258	18	4.1	18	80	0	65	23	21	12	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85382310--85382334	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
85382690--85382751	7	8.7	7	87	3	79	48	35	0	16	1.46
85382701--85382742	22	1.9	22	95	0	75	47	33	0	19	1.49
85383395--85383703	48	6.4	46	81	6	235	26	21	30	22	1.98
85383427--85383698	96	2.8	93	79	9	278	26	20	30	22	1.98
85383427--85383697	144	1.9	144	84	1	364	26	20	30	22	1.98
85390910--85390959	18	2.6	19	90	9	75	30	18	8	44	1.78
85393119--85393270	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
85393119--85393270	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
85401278--85401483	27	7.5	27	92	3	196	31	28	13	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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