genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92529754--92529894	72	2.0	72	97	0	264	32	16	23	27	1.96
92538627--92538677	25	2.0	25	100	0	102	43	11	7	37	1.71
92539089--92539359	48	5.6	48	84	1	310	25	16	30	26	1.97
92539284--92539388	48	2.2	48	84	3	131	30	19	25	24	1.98
92539284--92539401	48	2.5	48	83	2	130	30	16	27	25	1.97
92539943--92540010	29	2.3	29	82	5	73	29	17	4	48	1.67
92543259--92543306	21	2.3	21	100	0	96	41	4	18	35	1.70
92543982--92544149	46	3.6	46	78	10	164	27	18	30	22	1.97
92546134--92546227	44	2.2	44	82	3	111	20	30	27	21	1.98
92546154--92546231	22	3.5	22	94	0	138	15	29	28	26	1.96
92550410--92550476	33	2.0	33	100	0	134	17	17	17	46	1.85
92553421--92553458	19	2.0	20	94	5	69	34	5	10	50	1.59
92553993--92554050	21	2.8	21	94	0	107	18	31	36	13	1.90
92554067--92554120	26	2.1	26	89	6	83	20	37	24	18	1.94
92557549--92557735	39	4.7	40	83	6	238	25	21	28	24	1.99
92557553--92557768	39	5.5	40	81	8	237	25	21	28	24	1.99
92557549--92557768	79	2.8	79	79	10	245	26	21	27	24	1.99
92562263--92562478	39	5.5	40	81	8	237	25	21	28	25	1.99
92562259--92562478	79	2.8	78	78	12	234	25	20	27	25	1.99
92566721--92566832	32	3.6	32	71	16	117	41	17	6	33	1.75
92566731--92566982	61	4.1	61	90	0	380	39	17	8	34	1.80
92570752--92570975	79	2.8	80	83	8	287	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92570752--92570975	40	5.7	40	85	6	287	25	27	21	25	1.99
92578203--92578427	40	5.7	40	83	5	251	26	27	21	25	1.99
92578229--92578427	79	2.5	80	84	6	244	26	26	20	26	1.99
92578203--92578420	119	1.8	120	81	6	273	26	26	20	26	1.99
92584864--92584989	19	6.9	18	85	5	157	35	14	11	38	1.83
92584864--92584977	35	3.2	35	92	3	183	36	14	11	37	1.82
92585382--92586381	207	4.8	207	93	0	1662	29	22	17	30	1.97
92586387--92586584	82	2.4	79	84	8	197	25	22	21	29	1.99
92587534--92587567	8	4.1	8	92	7	59	0	14	0	85	0.60
92587540--92587597	23	2.6	21	84	15	80	3	13	1	81	0.91
92601852--92601954	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
92606179--92606281	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
92611930--92611962	16	2.1	16	94	0	57	45	27	18	9	1.79
92612179--92612272	28	3.3	28	83	2	116	26	13	29	29	1.94
92612345--92612369	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
92616511--92616541	16	1.9	16	93	0	53	48	19	22	9	1.78
92616765--92616854	28	3.2	28	82	3	108	28	11	32	27	1.91
92616770--92616849	29	2.8	28	84	3	97	28	11	33	26	1.91
92629243--92629325	44	1.9	43	85	2	112	21	18	25	34	1.96
92633152--92633204	23	2.4	21	84	12	70	58	3	3	33	1.34
92633693--92633853	18	9.1	17	87	5	223	36	11	16	36	1.84
92633696--92633866	35	4.8	35	89	6	229	36	11	15	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92633695--92633853	53	3.0	53	93	2	257	35	11	16	36	1.84
92634159--92634207	26	1.9	26	83	4	64	26	4	0	69	1.06
92638918--92639183	40	6.7	40	93	0	462	29	20	28	21	1.98
92646406--92646663	39	6.7	39	88	6	377	30	18	29	21	1.97
92646406--92646663	114	2.2	117	89	5	393	30	18	29	21	1.97
92669114--92669171	30	1.9	30	85	0	80	17	29	31	22	1.96
92671754--92671810	30	1.9	30	88	0	87	17	21	31	29	1.96
92672709--92672785	38	2.0	38	92	0	127	25	19	35	19	1.95
92687346--92687386	21	2.0	21	90	0	64	63	2	7	26	1.33
92687446--92687513	35	2.0	34	82	2	82	58	4	11	25	1.51
92687553--92687600	12	3.8	12	76	10	51	62	4	6	27	1.38
92688111--92688146	12	2.9	12	87	4	54	27	0	2	69	1.02
92693466--92693574	37	2.9	37	91	0	164	27	31	17	23	1.97
92693721--92694149	48	8.8	48	89	6	657	31	27	6	35	1.82
92693721--92694149	98	4.4	96	92	4	666	31	27	6	35	1.82
92693721--92694149	146	2.9	144	92	4	700	31	27	6	35	1.82
92694165--92694240	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
92694119--92694312	47	4.1	47	90	0	280	26	29	10	34	1.89
92694071--92694312	94	2.6	93	84	4	290	26	28	9	34	1.89
92694907--92694949	20	2.1	20	82	4	50	44	6	4	44	1.52
92701182--92701442	40	6.6	40	80	5	271	23	26	24	26	2.00
92701182--92701442	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92701181--92701442	120	2.2	120	82	8	304	23	25	24	26	2.00
92702037--92702160	38	3.3	38	95	2	223	32	27	12	27	1.93
92706370--92707833	761	1.9	761	91	0	2421	29	25	20	24	1.99
92710138--92710398	40	6.6	40	82	5	289	24	27	23	24	2.00
92710138--92710398	80	3.3	80	84	3	321	24	27	23	24	2.00
92710994--92711080	38	2.3	38	97	0	165	31	27	14	26	1.95
92712600--92712724	43	3.0	42	75	15	123	31	21	19	28	1.97
92717337--92717361	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
92722215--92722258	21	2.1	21	86	0	61	29	27	9	34	1.87
92725317--92725367	26	2.0	26	100	0	102	25	15	15	43	1.86
92730091--92730164	22	3.3	22	68	17	62	45	1	4	48	1.29
92730070--92730144	27	3.0	27	75	12	72	50	0	2	46	1.15
92734356--92734607	40	6.3	41	85	4	329	24	20	28	26	1.99
92734356--92734607	80	3.2	80	89	1	373	24	20	28	26	1.99
92741497--92741549	4	13.8	4	79	18	51	77	0	1	20	0.87
92741471--92741545	28	2.6	29	79	16	84	76	0	4	20	0.95
92741492--92741552	23	2.5	24	82	12	72	77	0	1	21	0.86
92741496--92741549	27	2.0	28	89	10	85	77	0	1	20	0.86
92741492--92741552	27	2.4	24	78	21	70	77	0	1	21	0.86
92743842--92743927	43	2.0	43	90	0	136	48	1	26	23	1.58
92749873--92750004	61	2.2	61	87	1	185	14	27	17	40	1.88
92752902--92752953	3	17.3	3	91	0	86	1	32	0	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92753789--92753838	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
92758427--92758476	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
92759508--92759552	22	2.0	22	100	0	90	13	26	17	42	1.86
92762379--92762416	19	2.0	20	85	15	53	47	5	5	42	1.48
92762659--92762750	46	2.0	46	95	2	168	33	19	5	41	1.74
92764933--92765289	47	7.6	47	76	9	272	23	30	19	26	1.98
92764933--92765195	93	2.8	93	86	5	345	24	30	19	26	1.98
92764934--92765292	93	3.8	93	82	7	308	23	30	19	26	1.98
92764933--92765289	140	2.5	139	81	4	396	23	30	19	26	1.98
92767062--92767087	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
92779173--92779212	17	2.4	17	91	0	62	60	10	10	20	1.57
92786326--92786372	18	2.6	19	83	6	53	21	17	27	34	1.95
92792824--92792875	25	2.1	25	100	0	104	25	11	15	48	1.78
92802032--92802273	123	2.0	123	94	0	430	27	26	15	30	1.96
92808972--92809096	43	3.0	43	85	2	155	23	28	21	27	1.99
92810247--92810315	29	2.4	28	81	11	77	40	24	0	34	1.56
92815159--92815256	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
92815187--92815269	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
92815159--92815270	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
92818090--92818170	39	2.1	39	90	0	126	22	33	24	19	1.97
92822746--92822916	43	4.0	43	78	7	152	25	28	19	26	1.99
92834108--92834132	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92843638--92843689	22	2.3	23	80	3	61	53	1	1	42	1.23
92846715--92846757	20	2.0	22	86	8	63	53	13	25	6	1.65
92855622--92855651	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
92856133--92856310	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
92856134--92856289	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
92856130--92856310	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
92863655--92863681	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
92864163--92864340	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
92864164--92864319	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
92864160--92864340	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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