genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75027319--75027483	37	4.2	37	74	15	127	47	12	18	21	1.82
75027359--75027483	25	4.7	25	68	16	90	46	12	18	23	1.82
75027296--75027376	43	1.9	42	85	7	110	50	13	17	18	1.78
75027296--75027483	62	3.1	60	81	11	215	47	12	18	21	1.81
75027602--75027657	27	2.1	26	83	3	67	33	21	25	19	1.97
75028000--75028247	27	9.2	27	78	6	207	26	21	17	35	1.95
75027999--75028247	54	4.6	54	78	2	239	26	21	17	34	1.95
75027998--75028249	81	3.1	81	85	0	315	25	21	17	35	1.95
75028231--75028320	27	3.3	27	70	4	74	28	12	24	34	1.91
75028297--75028375	27	2.9	27	81	3	97	30	8	20	40	1.83
75028278--75028483	54	3.8	53	82	6	150	31	9	19	39	1.84
75028340--75028500	27	6.0	27	86	1	216	32	8	19	39	1.81
75028339--75028503	54	3.0	54	90	2	251	33	7	20	38	1.81
75030233--75030345	59	1.9	58	94	1	199	38	10	25	25	1.88
75030471--75030648	6	28.8	6	73	16	141	48	14	18	18	1.81
75030483--75030648	31	5.5	31	72	18	154	47	15	18	18	1.83
75030525--75030642	25	4.4	25	75	15	112	46	15	18	19	1.84
75030491--75030648	62	2.6	62	78	15	188	47	15	18	18	1.83
75030759--75030834	37	2.1	37	100	0	152	32	21	27	18	1.96
75030804--75030859	27	2.1	26	83	3	67	33	21	25	19	1.97
75030770--75030955	100	1.9	96	87	6	275	33	19	26	20	1.97
75031200--75031452	81	3.1	81	86	1	310	25	20	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75031200--75031449	27	9.3	27	82	0	239	25	20	18	35	1.95
75031487--75031718	27	8.7	27	80	7	127	30	8	20	40	1.81
75031487--75031718	53	4.3	52	83	6	259	30	8	20	40	1.81
75031487--75031727	80	3.0	78	82	6	243	31	8	19	40	1.82
75031542--75031727	27	7.0	27	83	5	227	32	7	18	41	1.79
75035941--75035994	23	2.5	21	81	6	63	59	14	0	25	1.36
75035960--75035992	11	3.1	11	86	8	50	51	18	0	30	1.46
75036821--75036853	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
75037920--75038012	28	3.3	28	87	3	134	35	27	6	30	1.82
75038128--75038207	27	2.9	27	88	5	115	21	25	21	32	1.98
75038128--75038232	55	1.9	56	82	5	133	19	24	20	35	1.96
75043128--75043188	28	2.2	28	91	5	97	32	29	8	29	1.86
75043294--75043383	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
75043294--75043408	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
75044795--75044916	43	2.9	42	75	11	131	31	16	22	28	1.96
75050795--75050861	34	2.0	34	82	5	84	34	22	16	26	1.95
75051171--75051223	26	2.0	26	82	7	63	22	16	20	39	1.92
75052479--75052579	24	4.2	24	82	9	125	22	34	3	38	1.73
75056918--75057039	43	2.9	42	77	7	129	30	14	25	29	1.95
75060868--75060908	19	2.1	20	86	4	57	29	7	9	53	1.60
75072851--75072895	23	2.0	23	95	0	81	37	28	6	26	1.82
75075837--75076021	40	4.7	40	83	7	218	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75075837--75076021	79	2.3	82	82	9	222	25	27	22	24	2.00
75085350--75085492	40	3.6	39	84	10	177	23	23	26	26	2.00
75093352--75093555	40	5.1	40	90	1	293	23	23	27	26	2.00
75096372--75096507	43	3.2	43	77	4	132	27	16	26	28	1.97
75103446--75103488	20	2.1	21	86	4	61	39	0	20	39	1.53
75104039--75104153	43	2.7	43	84	2	151	26	16	25	32	1.96
75104039--75104179	43	3.3	42	78	4	140	29	15	23	31	1.95
75107090--75107157	29	2.3	29	87	5	93	26	29	14	29	1.95
75106979--75107306	174	1.9	174	96	0	611	30	24	15	30	1.95
75107259--75107337	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
75135134--75135168	16	2.2	16	94	0	61	60	14	17	8	1.58
75135387--75135486	29	3.4	29	84	0	128	31	13	28	28	1.93
75137701--75137733	17	1.9	17	93	0	57	39	0	9	51	1.34
75138603--75138662	29	2.0	29	83	3	75	41	5	23	30	1.75
75139322--75139472	68	2.3	64	81	10	162	27	15	29	27	1.96
75139391--75139573	67	2.8	64	77	8	183	29	15	30	24	1.96
75148133--75148389	67	3.9	64	76	9	218	29	16	29	24	1.96
75155379--75155540	42	3.8	42	82	4	177	29	23	16	30	1.96
75155379--75155538	85	1.9	85	84	6	218	29	23	16	30	1.96
75158220--75158331	43	2.6	43	91	0	188	31	30	25	13	1.93
75158324--75158407	38	2.2	38	86	0	123	29	27	21	21	1.98
75177754--75177937	67	2.8	64	76	8	185	28	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75180456--75180533	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
75189228--75189438	38	5.7	38	77	10	168	23	20	29	26	1.99
75191271--75191348	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
75191301--75191628	174	1.9	174	92	1	559	30	14	24	30	1.95
75202767--75202817	23	2.3	22	82	3	57	43	7	17	31	1.78
75203185--75203242	29	2.0	29	82	0	71	34	1	17	46	1.58
75203740--75203780	16	2.6	16	81	11	57	26	0	0	73	0.84
75203746--75203787	22	2.0	20	90	9	66	28	0	0	71	0.86
75203857--75204179	142	2.3	138	80	8	361	54	9	10	25	1.64
75216100--75216269	89	1.9	89	84	4	227	20	21	21	36	1.95
75222660--75222829	40	4.3	40	89	0	225	26	28	20	24	1.99
75222658--75222882	80	2.8	79	82	3	245	26	28	20	24	1.99
75222814--75222891	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
75227626--75227655	9	3.4	9	95	4	53	33	13	30	23	1.93
75231917--75231959	20	2.2	20	100	0	86	58	11	9	20	1.61
75232069--75232111	22	2.0	22	85	0	59	46	6	9	37	1.63
75234921--75234968	19	2.5	19	86	6	62	37	4	6	52	1.46
75244219--75244327	28	3.9	28	75	4	94	22	14	7	55	1.64
75244953--75244989	18	2.1	18	89	0	56	27	18	21	32	1.97
75248917--75248957	17	2.4	17	87	4	55	21	19	34	24	1.97
75250453--75250490	13	2.9	14	84	11	53	55	15	5	23	1.61
75256504--75256624	40	3.0	40	77	4	127	14	18	28	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75263638--75263703	28	2.4	28	89	2	98	24	16	19	39	1.92
75265061--75265087	11	2.5	11	100	0	54	40	25	14	18	1.89
75271833--75271964	40	3.3	40	87	2	185	24	21	28	26	1.99
75279197--75279328	40	3.3	40	87	2	185	24	21	28	26	1.99
75281652--75281707	25	2.2	25	96	0	103	35	26	23	14	1.93
75283934--75283988	24	2.3	24	96	0	101	27	27	18	27	1.98
75286072--75286232	80	2.0	80	93	0	277	32	21	18	27	1.96
75286113--75286232	40	3.0	41	68	22	126	32	22	18	26	1.97
75286893--75286935	15	2.9	15	79	6	52	27	0	34	37	1.57
75287019--75287154	7	18.7	7	73	8	67	20	0	30	49	1.49
75287391--75287465	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
75287580--75287614	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
75291560--75291609	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
75291742--75292228	241	2.0	241	97	0	929	34	17	14	33	1.91
75292675--75292752	9	8.3	9	77	8	84	44	21	1	32	1.60
75292675--75292737	27	2.3	27	88	0	99	44	22	1	31	1.62
75298292--75298337	21	2.2	21	84	0	56	23	21	52	2	1.58
75301516--75302370	425	2.0	426	93	0	1460	27	17	11	43	1.83
75304688--75304820	50	2.7	50	82	3	153	28	27	16	27	1.97
75310290--75310427	40	3.5	40	90	3	199	22	26	24	26	2.00
75313847--75313979	50	2.7	50	88	3	180	27	27	17	27	1.98
75320266--75320336	37	1.9	37	97	0	133	23	11	36	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75330001--75331224	611	2.0	611	96	0	2250	39	22	11	26	1.88
75331379--75331479	41	2.5	41	100	0	202	30	30	16	21	1.96
75333166--75333253	25	3.5	25	83	6	115	36	25	14	23	1.93
75335634--75335664	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
75336286--75336411	67	1.9	67	93	0	216	23	30	12	32	1.92
75340542--75340574	17	2.0	16	94	5	57	18	0	3	78	0.87
75341008--75341096	38	2.3	38	94	0	151	15	20	40	23	1.91
75341024--75341089	21	3.3	21	61	16	50	13	16	42	27	1.86
75344310--75344442	47	2.8	49	81	9	157	21	30	19	28	1.98
75352536--75352752	112	1.9	112	96	0	398	23	29	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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