genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38019304--38019589	27	10.6	27	84	1	360	40	19	8	31	1.81
38019304--38019669	27	13.6	27	79	8	273	40	20	7	31	1.81
38019329--38019724	27	14.7	27	77	8	135	39	20	7	31	1.81
38019709--38020020	27	11.6	27	90	0	473	33	21	20	23	1.97
38020465--38020529	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
38020689--38020763	27	2.8	27	84	8	98	18	24	20	37	1.94
38020695--38020789	27	3.5	26	81	8	75	22	24	17	35	1.95
38020926--38021036	31	3.5	31	84	6	127	19	17	12	50	1.77
38020926--38021051	6	20.3	6	71	15	87	20	16	12	50	1.78
38033347--38033515	43	4.0	43	73	11	125	34	26	14	24	1.93
38040709--38040822	48	2.4	48	95	0	201	28	25	21	25	1.99
38040709--38040844	48	2.8	47	82	8	166	27	25	22	25	1.99
38051119--38051529	46	8.7	47	73	14	239	27	18	28	24	1.98
38051303--38051517	48	4.5	46	77	10	144	26	18	29	25	1.98
38062555--38062691	27	5.1	27	90	0	202	19	19	21	38	1.93
38068948--38068979	16	2.0	16	93	0	55	9	9	18	62	1.52
38084564--38084700	49	2.8	48	88	4	202	20	30	21	27	1.98
38087367--38087395	14	2.0	15	93	6	51	48	10	6	34	1.64
38092065--38092107	22	2.0	22	95	0	77	13	41	16	27	1.86
38105920--38105982	33	1.9	33	96	0	117	36	6	1	55	1.35
38109404--38109440	17	2.2	17	90	0	56	18	0	2	78	0.87
38109778--38109815	19	2.0	19	89	0	58	34	23	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38109891--38109916	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
38111938--38111981	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
38117548--38117860	47	6.6	47	93	2	509	32	8	30	28	1.87
38117548--38117860	96	3.3	96	93	2	526	32	8	30	28	1.87
38117548--38117860	143	2.2	141	92	2	509	32	8	30	28	1.87
38119211--38119313	43	2.4	43	96	0	197	23	15	34	26	1.94
38119295--38119368	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
38119756--38119907	40	3.8	40	79	0	169	27	23	23	26	2.00
38124183--38124495	47	6.6	47	92	2	491	32	8	29	29	1.86
38124183--38124495	96	3.3	96	92	2	508	32	8	29	29	1.86
38126910--38127133	88	2.6	87	92	2	360	27	17	27	27	1.98
38127095--38127855	44	17.4	44	90	1	1136	27	17	32	22	1.96
38128146--38128189	17	2.6	17	89	3	63	84	0	6	9	0.79
38129374--38129411	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
38129487--38129512	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
38132946--38133043	35	2.7	36	80	17	130	36	16	10	36	1.82
38132967--38133022	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
38132952--38133043	19	5.0	19	88	7	145	36	15	10	36	1.82
38133390--38133663	45	6.1	45	75	6	241	25	28	15	30	1.96
38133603--38133759	78	2.0	78	94	0	278	24	24	19	31	1.98
38133700--38134176	87	5.5	87	93	0	792	31	27	15	25	1.96
38134144--38134308	44	3.8	44	89	0	231	26	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38142070--38142145	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
38142106--38142196	35	2.5	37	89	8	141	36	16	10	36	1.84
38142120--38142175	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
38142106--38142196	19	4.9	19	89	8	152	36	16	10	36	1.84
38142311--38142349	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
38149359--38149531	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
38149356--38149526	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
38157940--38157986	19	2.5	17	81	18	58	59	4	2	34	1.29
38157942--38157985	21	2.3	19	84	11	54	63	4	2	29	1.26
38158243--38158292	19	2.7	18	81	15	57	56	6	2	36	1.36
38158342--38158388	25	1.9	24	87	12	69	57	2	0	40	1.11
38158451--38158504	21	2.7	21	78	16	60	31	0	1	66	1.02
38165235--38165270	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
38165397--38165430	13	2.6	13	90	0	59	70	5	5	17	1.28
38165277--38165701	150	3.1	131	84	13	582	59	6	7	26	1.50
38165525--38165588	16	4.1	16	70	8	51	68	4	6	20	1.30
38165409--38165782	150	2.5	150	92	3	610	58	6	8	27	1.50
38165129--38165701	280	2.0	280	91	2	927	58	6	7	27	1.51
38165788--38165829	13	3.3	13	83	6	59	69	4	2	23	1.20
38165835--38165866	6	5.2	6	92	7	55	81	0	0	18	0.70
38165835--38165866	13	2.6	12	95	5	55	81	0	0	18	0.70
38165805--38165876	37	1.9	37	83	10	94	70	1	0	27	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38167784--38167920	72	1.9	72	90	0	220	21	27	17	33	1.96
38168458--38168495	17	2.2	17	90	9	60	47	10	10	31	1.72
38172543--38172602	26	2.3	26	97	0	111	45	6	10	38	1.64
38172693--38172741	16	3.1	16	85	8	64	2	24	0	73	0.94
38172918--38172961	19	2.2	20	92	4	72	11	15	4	68	1.36
38173665--38173750	43	2.0	43	100	0	172	20	2	6	69	1.23
38175816--38175864	24	2.0	24	96	0	89	38	16	6	38	1.73
38176486--38176545	30	2.0	30	90	6	95	58	8	3	30	1.44
38176573--38176622	22	2.3	22	78	0	55	62	8	10	20	1.52
38176579--38176641	33	1.9	33	83	6	83	60	6	12	20	1.54
38178876--38178901	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
38178877--38178910	13	2.6	13	90	0	50	35	38	17	8	1.81
38179740--38179812	25	2.9	25	77	0	74	30	20	27	21	1.98
38179808--38179860	24	2.2	25	86	3	72	37	28	18	15	1.91
38179889--38179959	26	2.9	25	81	6	74	32	22	23	21	1.98
38179998--38180234	129	1.8	129	93	0	411	34	21	24	19	1.97
38182487--38182578	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
38182713--38182796	25	3.4	24	80	9	71	25	23	22	28	1.99
38182731--38182795	25	2.6	25	90	4	96	23	24	27	24	2.00
38184020--38184127	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
38185613--38185665	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
38186831--38186873	16	2.6	17	82	14	54	58	9	4	27	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38192565--38192838	47	5.7	47	94	3	460	33	8	29	29	1.86
38192565--38192838	96	2.9	94	92	4	460	33	8	29	29	1.86
38192565--38192838	143	1.9	143	96	1	514	33	8	29	29	1.86
38193489--38193838	40	8.8	40	93	1	531	23	21	29	26	1.99
38197336--38197938	47	12.7	47	94	1	1019	32	8	29	28	1.87
38197383--38197461	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
38197336--38197938	190	3.2	188	93	1	1019	32	8	29	28	1.87
38197336--38197938	237	2.5	237	94	0	1046	32	8	29	28	1.87
38198057--38198135	37	2.1	37	85	0	104	25	20	29	25	1.99
38199779--38199886	26	4.2	26	90	0	171	32	5	24	37	1.78
38205030--38205137	26	4.2	26	90	0	171	32	5	24	37	1.78
38206626--38206678	26	2.0	26	85	7	72	33	24	18	22	1.97
38207816--38207913	27	3.6	27	77	15	101	32	9	18	39	1.82
38207879--38208062	27	6.8	26	79	6	163	28	10	21	39	1.87
38207796--38208027	54	4.3	53	77	6	187	30	9	21	38	1.85
38207880--38208029	81	1.9	81	85	5	214	28	8	22	40	1.83
38207879--38208062	81	2.3	81	81	7	205	28	10	21	39	1.87
38208051--38208128	27	2.9	25	85	12	86	38	6	24	30	1.80
38208061--38208128	27	2.5	27	90	9	120	39	4	26	29	1.75
38210027--38210501	174	2.7	174	97	0	878	29	14	24	31	1.94
38214530--38214807	46	6.0	46	90	0	387	41	13	23	21	1.89
38218558--38218588	15	2.1	15	93	0	53	22	0	12	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38223504--38223956	55	8.5	53	77	9	397	22	24	17	35	1.95
38223570--38224017	209	2.1	211	94	1	776	23	23	16	36	1.94
38223989--38224144	47	3.4	45	76	6	141	21	24	20	33	1.97
38228414--38229008	48	12.5	48	95	1	1056	34	6	28	30	1.83
38228731--38228809	28	3.1	28	60	32	68	34	6	30	29	1.82
38228972--38229043	35	2.1	35	100	0	144	30	8	31	29	1.87
38229201--38229303	37	2.8	37	95	0	179	23	20	31	25	1.98
38238896--38238975	33	2.4	34	77	10	85	30	18	22	28	1.98
38242324--38242621	40	7.5	40	88	1	404	22	23	28	25	1.99
38244865--38245080	106	2.0	106	99	0	423	26	27	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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