genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10515373--10515405	17	1.9	17	93	0	57	63	3	3	30	1.24
10515365--10515406	20	2.1	20	90	0	66	64	2	2	30	1.19
10515535--10515654	58	2.1	58	83	9	147	60	1	8	29	1.35
10515670--10515776	34	3.2	32	73	13	85	72	0	6	19	1.11
10515825--10515910	41	2.1	41	85	8	113	59	3	1	36	1.22
10515896--10515938	14	2.7	16	79	20	54	51	0	2	46	1.13
10515902--10515939	14	2.7	14	95	0	67	52	0	2	44	1.14
10518153--10518196	20	2.2	20	87	0	61	45	18	4	31	1.69
10519823--10519921	46	2.1	46	81	1	117	31	5	11	52	1.58
10533181--10533366	73	2.5	73	98	0	354	27	6	24	41	1.79
10537606--10537791	73	2.5	73	98	0	354	27	6	25	40	1.80
10550026--10550089	9	6.7	9	77	12	56	57	1	1	39	1.17
10550036--10550095	20	3.1	19	76	7	57	58	1	1	38	1.18
10550550--10550618	10	7.3	9	75	15	52	37	2	1	57	1.22
10556898--10556944	10	4.8	10	77	15	53	19	0	4	76	0.95
10556899--10556964	9	7.1	9	75	17	55	19	1	6	72	1.13
10556900--10556944	19	2.3	21	81	14	60	20	0	4	75	0.97
10556899--10556975	29	2.7	26	78	15	66	23	1	5	70	1.15
10558757--10558827	37	1.9	37	88	0	106	36	2	25	35	1.71
10560551--10560766	46	4.6	45	75	13	147	29	18	29	22	1.98
10567759--10567799	21	2.0	21	85	4	57	46	4	7	41	1.53
10570331--10570366	13	2.8	13	100	0	72	30	8	19	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10575605--10575657	23	2.2	24	77	16	56	28	1	9	60	1.38
10592620--10592672	26	2.0	27	88	3	81	56	0	0	43	0.99
10592620--10592677	27	2.2	24	82	11	62	53	1	0	44	1.10
10595418--10595456	19	2.1	19	95	0	69	30	5	7	56	1.49
10596639--10596665	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
10601417--10601457	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
10608538--10608713	46	3.8	45	78	12	196	20	21	29	28	1.98
10608535--10608705	93	1.8	93	92	0	288	20	22	29	27	1.98
10613090--10613217	39	3.3	39	83	2	168	31	18	26	23	1.98
10613099--10613252	78	2.0	77	84	3	202	29	18	27	24	1.98
10621224--10621347	39	3.2	39	93	1	196	29	21	25	22	1.99
10629347--10629468	38	3.2	38	85	2	172	29	20	26	23	1.99
10629349--10629497	77	1.9	76	82	4	183	27	21	27	23	1.99
10630619--10630664	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
10636490--10636517	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
10645679--10645704	12	2.2	12	100	0	52	38	15	23	23	1.92
10646017--10646094	38	2.1	38	100	0	156	23	8	24	43	1.82
10646108--10646174	34	2.0	34	90	0	107	26	31	17	23	1.97
10657128--10657160	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
10658909--10658957	26	1.9	26	87	4	73	16	22	22	38	1.92
10662587--10662634	22	2.2	22	82	14	55	45	2	2	50	1.25
10663183--10663207	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10665069--10665109	21	2.0	21	100	0	82	56	24	14	4	1.58
10665090--10665185	41	2.4	41	89	1	149	36	25	21	16	1.94
10666696--10666728	13	2.5	13	100	0	66	36	33	0	30	1.58
10666758--10666787	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
10669478--10669507	5	6.0	5	92	0	51	43	0	0	56	0.99
10670966--10671004	19	2.1	18	85	4	51	28	2	0	69	1.02
10670979--10671023	19	2.4	19	84	0	54	24	2	2	71	1.09
10670981--10671034	6	8.7	6	80	8	54	24	1	1	72	1.05
10677102--10677144	16	2.8	16	86	6	63	0	58	0	41	0.98
10678086--10678119	15	2.4	14	90	5	50	38	2	2	55	1.30
10678175--10678216	21	2.0	21	85	0	57	38	2	7	52	1.42
10678174--10678216	17	2.5	18	85	7	54	37	2	6	53	1.41
10678513--10678546	18	1.9	18	88	5	52	32	8	2	55	1.45
10699404--10699446	16	2.8	16	86	6	63	0	58	0	41	0.98
10700381--10700414	15	2.4	14	90	5	50	38	2	2	55	1.30
10701764--10702092	131	2.6	130	87	3	461	27	16	19	36	1.93
10710560--10710584	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
10718352--10718895	46	11.8	46	91	1	750	40	14	23	21	1.90
10718361--10718895	139	3.9	138	90	1	759	40	14	23	21	1.90
10718353--10718902	185	3.0	185	92	1	854	40	14	23	21	1.90
10721241--10721274	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
10723163--10723428	103	2.6	103	89	3	408	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10730184--10730449	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
10735285--10735605	162	2.0	162	92	1	536	35	19	21	23	1.96
10744672--10744724	26	2.0	26	96	0	97	41	11	28	18	1.85
10751749--10751779	2	15.5	2	93	0	53	51	45	0	3	1.17
10752241--10752281	21	2.0	21	85	0	55	41	14	24	19	1.89
10756115--10756274	43	3.7	43	75	6	126	33	23	17	26	1.96
10759048--10759088	18	2.3	18	84	12	50	39	21	2	36	1.67
10767917--10767958	21	2.1	21	86	8	61	57	4	2	35	1.33
10769900--10769969	33	2.1	34	83	5	88	38	2	2	55	1.29
10770267--10770304	14	2.9	13	81	11	51	65	0	0	34	0.93
10776519--10776568	18	2.7	18	82	17	59	66	2	0	32	1.03
10776521--10776563	20	2.2	20	86	0	59	62	2	0	34	1.08
10789617--10789642	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
10790680--10790723	4	11.0	4	100	0	88	25	0	25	50	1.50
10793428--10793491	24	2.6	24	80	14	69	37	1	14	46	1.53
10793815--10793885	37	1.9	36	81	13	83	59	2	0	38	1.12
10799798--10799963	53	3.1	53	86	4	201	26	15	27	30	1.96
10805818--10806601	390	2.0	390	100	0	1568	34	22	11	31	1.90
10806532--10806702	47	3.6	47	80	6	159	29	27	18	24	1.98
10809467--10809943	235	2.0	235	94	0	828	35	8	22	33	1.84
10813997--10814054	17	3.6	17	73	15	52	60	0	1	37	1.07
10814529--10814661	18	7.5	17	86	5	176	37	12	11	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10814529--10814670	35	4.0	35	93	2	230	38	12	10	38	1.78
10817808--10817838	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
10817825--10817893	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
10822010--10822034	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
10822063--10822107	19	2.4	19	82	10	58	71	0	28	0	0.87
10822781--10823257	235	2.0	235	93	0	812	34	9	23	32	1.86
10823362--10823394	6	5.5	6	92	0	57	18	21	15	45	1.85
10823362--10823400	18	2.2	18	85	0	51	17	25	12	43	1.85
10831780--10831808	10	3.0	10	95	5	51	79	0	20	0	0.74
10835728--10835779	11	4.9	11	79	9	63	28	26	0	44	1.55
10835718--10835779	20	2.9	21	86	13	83	29	25	0	45	1.54
10838329--10838584	46	5.4	45	89	7	298	35	13	22	29	1.92
10838270--10838584	98	3.3	94	85	9	413	34	13	22	29	1.92
10838270--10838584	144	2.2	144	92	0	513	34	13	22	29	1.92
10838548--10838693	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
10839734--10839877	49	2.9	49	91	1	216	23	14	29	31	1.94
10842414--10842456	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
10842841--10843222	116	3.3	116	92	0	640	40	3	8	47	1.51
10842944--10843226	54	4.9	59	69	21	190	41	3	7	46	1.50
10846240--10846778	126	4.3	126	90	0	828	26	21	17	33	1.96
10846880--10847055	96	1.8	98	83	4	241	40	14	2	43	1.58
10865277--10865325	26	1.9	25	87	4	71	44	0	12	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10867376--10867438	18	3.4	18	80	12	67	49	0	0	50	1.00
10868232--10868319	43	2.0	43	82	4	106	47	3	2	46	1.31
10869211--10869251	20	2.0	22	90	9	68	31	4	4	58	1.40
10872532--10872572	16	2.5	17	84	11	59	60	0	0	39	0.96
10887542--10887664	35	3.5	35	84	0	156	32	24	10	32	1.89
10888893--10888922	8	3.6	8	95	4	51	40	33	0	26	1.57
10891220--10891246	12	2.2	12	100	0	54	92	7	0	0	0.38
10896456--10896547	44	2.1	45	95	2	168	38	13	17	31	1.88
10898877--10899049	46	3.7	46	76	13	183	21	21	27	29	1.98
10898874--10899044	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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