genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67991015--67991052	6	6.0	6	88	11	58	18	0	0	81	0.69
67991756--67991827	29	2.5	28	78	19	76	33	5	2	58	1.36
67991767--67991830	29	2.2	28	86	8	85	35	6	1	56	1.34
67991893--67991945	25	2.0	25	85	7	70	30	9	1	58	1.40
67991906--67992004	24	4.1	24	72	16	80	30	8	4	57	1.46
67991875--67992004	24	5.2	25	68	19	69	30	6	3	58	1.42
67992233--67992285	26	2.0	26	82	7	63	22	11	3	62	1.45
68004139--68004321	96	1.9	95	87	3	269	27	18	24	29	1.98
68004139--68004283	51	3.0	50	70	12	131	28	18	23	28	1.98
68004305--68004515	97	2.2	97	93	0	359	28	15	27	28	1.96
68004541--68004677	41	3.2	41	64	15	107	35	17	18	27	1.94
68004528--68004723	86	2.3	86	92	0	329	32	17	20	29	1.95
68006487--68006773	137	2.1	137	96	0	529	31	24	19	25	1.98
68007021--68007073	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
68008558--68008667	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
68011177--68011354	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
68011198--68011353	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
68022391--68022568	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68022392--68022547	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68022388--68022568	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68025032--68025112	22	3.3	23	86	8	83	32	6	23	38	1.80
68025032--68025134	25	4.2	25	84	12	112	33	5	22	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68025052--68025134	25	3.3	26	88	9	113	34	7	20	37	1.80
68038887--68039032	41	3.6	41	81	1	177	20	22	27	29	1.99
68044413--68045147	47	15.3	47	95	2	1245	32	8	29	29	1.87
68044414--68045147	96	7.6	96	95	2	1273	32	8	29	29	1.87
68044414--68045147	49	15.3	49	94	3	1275	32	8	29	29	1.87
68052678--68053197	47	11.1	47	85	3	733	33	11	29	25	1.91
68052747--68052821	22	3.3	22	69	10	60	33	9	30	26	1.88
68052695--68053197	94	5.4	94	94	0	855	33	11	29	26	1.91
68052678--68053243	141	4.0	141	85	3	825	33	11	29	25	1.91
68053075--68053150	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
68053097--68053171	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
68054747--68055063	40	7.9	40	92	1	503	23	22	28	25	1.99
68055098--68055179	29	2.9	28	76	3	83	25	17	26	30	1.97
68055071--68055179	57	1.9	57	84	3	148	24	19	26	29	1.98
68055101--68055190	29	3.2	28	72	10	76	24	17	27	30	1.97
68058881--68059400	47	11.1	47	87	3	742	33	11	29	25	1.91
68058898--68059400	94	5.4	94	96	0	882	33	11	29	26	1.91
68059300--68059374	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
68061107--68061131	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
68064120--68064161	22	2.0	22	85	4	59	35	4	7	52	1.50
68066495--68066553	30	2.0	30	82	0	73	61	0	25	13	1.33
68066547--68066584	19	2.1	19	85	9	53	65	2	23	7	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68068266--68068291	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
68074659--68074740	29	2.9	29	81	1	85	29	31	10	28	1.91
68074691--68074755	29	2.2	29	83	0	85	32	32	9	26	1.88
68074976--68075018	16	2.7	16	85	7	52	9	20	13	55	1.66
68079171--68079248	29	2.7	29	82	4	77	30	25	15	28	1.96
68079473--68079515	16	2.7	16	92	0	68	9	20	18	51	1.74
68080751--68080781	16	1.9	16	93	0	53	16	9	22	51	1.73
68089556--68089667	26	4.3	26	90	4	172	34	6	22	36	1.79
68091451--68091737	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	32	1.97
68097366--68097541	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
68097364--68097541	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
68097365--68097520	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
68097361--68097541	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
68106651--68106828	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68106652--68106807	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68106648--68106828	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68108841--68108873	17	1.9	17	93	0	57	30	24	12	33	1.91
68115720--68115748	15	1.9	15	100	0	58	20	17	20	41	1.90
68132104--68132140	19	1.9	19	94	0	65	24	40	21	13	1.89
68150263--68150480	79	2.8	80	81	7	232	26	22	27	23	2.00
68150263--68150447	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	24	2.00
68154468--68154518	23	2.3	22	89	3	75	23	23	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68154468--68154556	23	3.9	23	75	12	67	26	21	17	33	1.96
68154514--68154568	24	2.2	25	83	3	76	29	21	14	34	1.93
68158570--68158603	13	2.6	13	100	0	68	5	38	26	29	1.80
68160347--68160394	15	2.9	15	80	17	51	72	4	2	20	1.11
68165226--68165343	43	2.8	41	81	7	128	33	13	22	31	1.92
68167017--68167167	39	3.9	39	91	0	248	27	24	21	27	1.99
68175588--68175702	29	4.0	29	85	6	146	28	29	14	26	1.95
68175912--68175962	8	6.4	8	82	14	61	5	19	21	52	1.66
68175912--68175962	24	2.1	24	88	0	75	5	19	21	52	1.66
68177685--68177738	25	2.0	28	82	10	69	33	1	20	44	1.62
68177827--68177993	48	3.5	48	78	6	194	32	19	25	22	1.97
68179546--68179854	47	6.5	48	86	5	339	28	29	17	25	1.97
68179546--68179902	48	7.5	47	85	4	366	28	28	17	26	1.97
68185106--68185173	34	2.0	34	94	0	118	27	22	16	33	1.95
68187470--68187757	48	6.0	48	83	4	348	26	29	17	26	1.98
68192178--68192292	43	2.7	42	81	2	140	27	13	26	33	1.93
68195228--68195322	40	2.4	40	84	7	113	30	13	26	29	1.94
68196350--68196530	54	3.4	53	80	5	195	39	19	9	30	1.84
68196350--68196528	27	6.7	27	81	7	177	40	19	9	30	1.83
68196485--68196894	27	15.2	27	84	4	452	37	17	18	26	1.92
68196508--68196894	81	4.8	81	84	4	503	37	16	18	26	1.92
68196873--68196938	27	2.4	27	75	9	71	21	18	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68197098--68197180	27	3.1	26	86	5	103	19	20	21	38	1.93
68197224--68197271	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
68197191--68197384	98	2.0	98	93	0	334	18	19	28	33	1.95
68197422--68197465	23	1.9	23	81	9	54	20	27	20	31	1.97
68206328--68206512	79	2.3	81	83	7	218	24	27	22	25	2.00
68206328--68206512	40	4.7	40	83	6	216	24	27	22	25	2.00
68207640--68207759	56	2.1	56	96	0	222	22	23	10	44	1.83
68208326--68208364	16	2.5	15	84	12	51	66	2	30	0	1.05
68210230--68210689	46	10.0	46	89	2	620	40	14	22	22	1.90
68210230--68210689	137	3.3	138	91	2	692	40	14	22	22	1.90
68210230--68210689	91	5.0	92	89	2	602	40	14	22	22	1.90
68213555--68213981	185	2.3	188	94	1	752	31	10	29	28	1.90
68213555--68213981	47	9.1	47	95	1	734	31	10	29	28	1.90
68214144--68214222	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
68216485--68216530	21	2.2	21	96	0	83	21	26	36	15	1.93
68217558--68217733	47	3.8	46	79	7	196	23	29	18	28	1.97
68224558--68224929	46	7.9	47	75	10	262	23	28	19	28	1.98
68224750--68224924	94	1.9	92	88	4	262	21	28	20	29	1.98
68227781--68227844	32	2.0	32	96	0	119	28	25	4	42	1.75
68230137--68230218	42	1.9	42	82	7	103	35	28	14	21	1.93
68230101--68230218	43	2.8	42	74	7	112	32	27	17	22	1.97
68233684--68233727	22	2.0	21	86	8	61	34	4	22	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68239715--68240063	38	9.1	38	90	1	509	22	22	25	30	1.99
68248780--68248957	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68248801--68248956	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68254589--68254636	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
68258372--68258460	44	2.0	44	95	0	160	29	19	26	24	1.98
68260496--68260590	41	2.3	40	85	5	120	17	31	16	33	1.93
68260496--68260594	40	2.4	41	86	5	130	17	30	17	35	1.93
68262623--68262740	47	2.6	44	77	10	121	43	12	12	31	1.80
68262721--68262816	45	2.1	45	82	0	111	37	13	20	28	1.91
68263141--68263191	23	2.1	25	82	7	61	52	5	5	35	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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