Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  1  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
793--846
16
3.5
15
78
12
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27
24
25
22
2.00
967--1081
42
2.7
43
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30
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7577--7634
30
1.9
30
92
0
98
31
0
10
58
1.31
18926--19016
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2.0
45
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2
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28
6
27
1.82
18997--19065
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4.2
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3
129
37
37
0
24
1.56
18997--19065
33
2.1
32
97
2
129
37
37
0
24
1.56
21677--21849
52
3.3
52
80
5
186
32
28
14
23
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24971--25129
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3.0
54
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5
180
34
15
24
25
1.95
24984--25129
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2.7
53
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4
177
34
16
24
24
1.95
27747--27820
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35
52
0
12
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28215--28294
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3
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20
53
30
3
1
65
1.18
28219--28294
18
4.1
18
80
12
82
30
3
1
64
1.20
28206--28298
26
3.6
26
72
10
82
29
3
1
66
1.14
28369--28419
3
16.0
3
84
11
50
31
0
5
62
1.19
31984--32025
19
2.3
18
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4
57
69
2
2
26
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32395--32507
13
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13
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22
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0
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1.44
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1.9
35
96
0
125
11
0
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1.40
32410--32503
48
2.0
48
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4
154
13
0
46
39
1.44
32399--32476
35
2.2
34
88
4
120
12
0
48
38
1.42
32419--32507
22
3.9
22
80
13
108
14
0
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38
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36337--36404
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2.1
33
85
0
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44
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26
20
1.81
39075--39245
47
3.6
47
79
9
170
23
13
28
34
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53924--53969
23
2.0
23
88
12
69
47
10
4
36
1.58
53930--53982
23
2.2
24
83
9
65
43
15
5
35
1.70
57543--57588
22
2.1
22
100
0
92
39
13
8
39
1.75
59345--59369
2
12.5
2
100
0
50
52
48
0
0
1.00
59670--59727
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1.9
30
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82
27
15
5
51
1.64
78121--78164
12
3.8
12
87
6
54
0
11
4
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0.77
78128--78166
11
3.5
11
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3
60
0
12
2
84
0.72
78667--78787
60
2.0
60
100
0
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23
9
34
1.88
78843--78941
49
2.0
49
100
0
198
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14
12
38
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80394--80442
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89807--89836
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2.3
13
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0
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43
3
0
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1.17
91763--91817
26
2.2
25
90
3
83
32
7
23
36
1.82
107566--107608
19
2.2
20
87
4
61
46
6
18
27
1.75
115060--115104
17
2.8
16
80
12
56
6
6
4
82
0.95
115091--115128
20
2.0
20
89
5
60
5
5
7
81
0.98
115323--115379
21
2.6
23
76
17
68
36
0
3
59
1.14
115470--115506
16
2.4
16
91
8
60
59
0
2
37
1.12
115601--115644
19
2.4
18
92
3
70
38
4
0
56
1.20
115740--115783
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3
52
20
0
4
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3.8
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52
17
0
2
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3.0
22
79
12
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44
0
2
52
1.16
115789--115868
11
6.8
12
68
22
53
41
0
2
56
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115806--115861
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25
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41
0
0
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0.98
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5.5
14
76
14
59
39
2
1
56
1.21
115990--116035
20
2.2
22
88
7
69
50
2
2
45
1.26
116132--116229
33
2.8
34
75
10
101
57
1
1
40
1.12
116174--116250
22
3.4
21
75
19
66
50
2
0
46
1.15
116080--116245
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3.5
47
74
19
164
53
2
1
43
1.21
116271--116318
15
3.2
14
77
13
51
81
6
4
8
0.98
116271--116326
22
2.5
21
80
13
60
80
5
5
8
1.02
141809--141908
49
2.0
49
98
0
191
43
13
4
40
1.62
148051--148078
8
3.5
8
100
0
56
35
35
14
14
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2.0
543
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0
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20
18
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2.4
11
100
0
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15
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50
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18
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0
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16
38
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2.5
21
87
0
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30
35
9
24
1.87
179455--179480
10
2.6
10
100
0
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46
7
11
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1.69
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16.0
3
82
0
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25
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0
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1.55
183430--183491
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2.0
31
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92
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9
24
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191780--191817
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0
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20
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1.81
206203--206237
15
2.3
15
90
0
52
20
25
17
37
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
215270--215319
17
3.0
17
75
13
59
22
4
8
66
1.35
215266--215316
24
2.1
25
82
10
61
19
3
5
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1.24
217470--217534
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4.1
16
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0
85
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33
24
1.71
217512--217622
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2.6
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14
124
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30
33
1.78
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2.7
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14
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52
2
0
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52
0
0
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1.00
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1
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80
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0
44
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120
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0
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0
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8
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0
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0
0
72
0.86
240277--240315
4
9.8
4
88
0
51
58
23
0
17
1.38
250516--250591
35
2.1
35
82
4
89
14
17
17
51
1.77
254267--254316
25
2.0
26
84
4
66
34
8
20
38
1.82
256595--256881
71
4.1
71
87
4
377
48
10
2
37
1.51
262518--262552
18
2.0
18
88
5
54
31
2
2
62
1.24
262621--262650
9
3.3
9
95
0
51
26
16
20
36
1.93
265808--266111
112
2.8
112
80
7
338
50
16
9
24
1.74
271222--271287
22
3.0
22
75
16
73
42
0
1
56
1.08
271222--271272
20
2.4
21
84
12
61
41
0
0
58
0.98
273220--273285
22
2.8
23
73
13
64
45
9
3
42
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
284791--284950
78
2.1
78
87
1
232
26
6
19
47
1.74
286480--286520
21
2.0
21
100
0
82
36
9
14
39
1.79
296999--297042
23
1.9
23
86
9
63
54
11
0
34
1.36
297094--297148
9
6.1
9
76
0
56
32
10
1
54
1.46
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18
1.9
18
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11
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0
2
34
1.10
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20
2.0
20
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9
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54
0
0
45
0.99
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18
3.6
17
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12
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54
0
45
0
0.99
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6
10.8
6
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0
47
0
1.00
353088--353124
17
2.1
18
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5
58
64
0
0
35
0.94
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2.0
25
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0
100
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2.0
31
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6
6
47
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39
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39
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28
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1.9
31
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0
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5
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15
2.4
16
95
4
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54
5
21
18
1.64
378727--378817
11
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11
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13
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6
3
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1.36
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2.5
60
80
6
150
47
18
9
25
1.78
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33
2.0
33
90
6
105
23
7
18
50
1.72
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15
2.6
16
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8
55
50
0
0
50
1.00
397167--397204
19
2.0
19
89
0
58
23
23
13
39
1.90
409322--409346
12
2.1
12
100
0
50
24
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20
40
1.91
411110--411207
48
2.0
49
96
2
180
20
8
9
62
1.51
426879--426911
11
3.1
11
86
4
50
45
0
0
54
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
431560--431605
22
2.1
22
100
0
92
54
0
8
36
1.32
439294--439342
22
2.2
21
79
10
53
12
0
22
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1.26
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45
2.0
45
100
0
180
33
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17
42
1.76
446879--446906
12
2.3
12
100
0
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25
0
0
75
0.81
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2.1
17
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34
0
0
65
0.93
459109--459150
3
14.0
3
94
0
75
30
0
2
66
1.04
462711--462751
21
2.0
21
90
0
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29
21
29
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2.1
12
100
0
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24
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481815--481951
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14.6
9
90
6
202
37
31
9
21
1.86
481958--482018
17
3.4
17
68
12
50
52
13
1
32
1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          337   338   339   340   341   342   343   344