genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22704958--22705054	22	4.5	21	78	6	97	20	0	32	46	1.51
22704963--22705039	29	2.7	29	97	0	145	18	0	35	46	1.49
22704958--22705103	29	5.1	29	80	6	118	21	0	34	43	1.53
22705012--22705164	50	3.0	50	76	9	132	21	0	37	41	1.54
22704958--22705177	7	30.7	7	73	6	91	21	0	35	43	1.53
22705820--22705870	14	3.8	13	75	17	50	60	1	0	37	1.08
22708105--22708133	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
22709815--22709965	75	2.0	75	94	0	266	23	23	7	45	1.78
22710274--22710421	76	2.0	74	85	5	199	31	19	24	24	1.98
22717305--22717347	19	2.3	19	87	0	59	20	0	2	76	0.89
22718828--22718867	18	2.2	18	86	8	55	37	0	5	57	1.21
22724313--22724420	26	4.2	26	91	2	173	37	25	4	32	1.77
22725582--22725672	45	2.0	45	91	0	146	26	14	24	35	1.93
22728739--22728775	19	1.9	19	89	10	58	32	5	21	40	1.76
22731364--22731525	40	4.1	40	85	3	227	22	22	27	27	1.99
22731768--22731809	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
22733610--22733677	35	1.9	35	90	0	109	23	29	25	22	1.99
22738033--22738081	20	2.3	20	79	6	53	55	0	6	38	1.25
22738697--22738744	20	2.5	20	76	13	55	58	4	0	37	1.18
22741175--22741207	13	2.4	14	90	10	50	60	0	27	12	1.32
22748481--22748512	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
22748537--22748566	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749124--22749167	1	44.0	1	81	0	52	0	9	0	90	0.44
22749125--22749167	8	5.5	8	97	2	79	0	9	0	90	0.45
22749141--22749189	21	2.4	21	83	10	57	10	6	0	83	0.80
22750099--22750136	15	2.6	14	84	15	51	78	0	0	21	0.74
22753835--22753866	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
22753891--22753920	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
22755290--22755329	21	1.9	21	94	0	71	32	37	15	15	1.88
22760971--22761010	20	2.0	20	100	0	80	30	45	5	20	1.72
22761280--22761317	15	2.5	15	100	0	76	39	21	10	28	1.86
22764790--22765118	177	1.9	177	97	1	624	32	19	14	33	1.91
22765459--22765506	18	2.7	18	93	0	78	20	25	10	43	1.83
22765459--22765513	18	3.1	17	86	5	65	21	21	12	43	1.86
22772328--22772373	22	2.1	22	87	0	65	58	4	4	32	1.37
22772407--22772437	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
22777647--22777695	25	2.0	25	87	0	71	38	14	10	36	1.80
22785253--22785339	21	4.0	23	72	10	65	37	24	21	16	1.93
22785613--22785653	22	1.9	21	90	5	64	31	24	0	43	1.54
22785714--22785753	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
22786479--22786507	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22796646--22796691	19	2.3	20	88	3	67	30	0	17	52	1.45
22801218--22801257	20	2.0	20	85	9	55	37	0	15	47	1.45
22808082--22808130	20	2.5	20	78	12	57	48	6	0	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22816772--22816812	5	8.2	5	100	0	82	39	0	0	60	0.96
22824733--22824770	19	2.0	19	94	0	67	21	23	26	28	1.99
22826701--22826754	26	2.1	26	96	0	99	40	20	3	35	1.70
22828975--22829083	56	1.9	56	85	7	150	24	17	28	29	1.97
22838374--22838415	18	2.3	19	80	12	52	50	14	2	33	1.56
22843290--22843329	21	1.9	21	100	0	80	27	30	7	35	1.84
22856730--22856912	48	3.8	48	76	10	158	25	30	19	24	1.98
22856686--22857089	46	8.5	48	72	13	191	24	29	18	26	1.98
22864379--22864558	46	3.9	46	75	7	159	22	28	19	30	1.98
22872639--22872695	20	2.8	20	78	7	62	40	12	7	40	1.70
22874761--22874851	46	2.0	47	82	6	114	36	7	20	35	1.82
22883943--22883994	24	2.2	23	82	6	59	42	21	21	15	1.89
22883950--22884040	24	3.8	24	78	11	98	40	20	21	16	1.91
22883974--22884038	23	2.8	23	84	11	87	41	21	21	15	1.90
22887087--22887124	11	3.4	11	80	20	51	81	2	2	13	0.90
22889002--22889030	5	5.8	5	100	0	58	79	0	20	0	0.74
22896458--22896522	23	2.8	23	79	11	69	38	24	23	13	1.91
22896476--22896669	73	2.7	73	85	3	212	35	22	24	18	1.96
22897702--22897726	13	1.9	13	100	0	50	24	16	4	56	1.57
22898306--22898390	13	6.5	13	72	5	55	45	2	17	34	1.61
22898316--22898413	26	3.8	25	75	5	79	45	2	17	34	1.60
22898316--22898406	13	7.1	13	74	7	69	45	2	16	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22898316--22898424	52	2.1	52	81	6	123	45	1	18	33	1.60
22904384--22904410	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
22911114--22911328	108	2.0	109	85	4	292	33	27	17	21	1.95
22924313--22924359	18	2.5	19	86	6	69	70	0	2	27	0.99
22926656--22926689	12	2.8	12	90	0	50	14	14	44	26	1.84
22928358--22928399	21	2.0	21	95	0	75	54	4	21	19	1.62
22929154--22929185	14	2.2	15	94	5	57	62	3	12	21	1.43
22931570--22931672	50	2.1	50	98	0	197	24	1	22	51	1.58
22939304--22939344	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
22943880--22943920	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
22946149--22946175	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22948386--22948411	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
22950725--22950778	28	1.9	28	96	0	99	24	18	27	29	1.98
22954571--22955031	49	9.6	48	92	1	714	33	9	28	28	1.88
22955150--22955228	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22956525--22956570	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
22958934--22959058	40	3.1	40	71	15	112	37	21	20	20	1.94
22960957--22961034	40	2.0	40	84	0	102	19	15	33	32	1.93
22969093--22969275	14	12.6	15	69	13	82	44	29	2	23	1.65
22969053--22969258	73	2.8	73	92	0	331	43	29	2	24	1.67
22969146--22969276	7	18.1	7	74	16	63	46	30	0	22	1.57
22969174--22969354	22	8.3	22	66	11	86	46	29	2	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22969151--22969570	109	3.9	109	70	13	309	48	28	1	20	1.60
22969022--22969271	73	3.4	72	85	5	326	44	30	2	23	1.66
22969304--22969439	58	2.4	58	83	10	156	47	27	2	22	1.66
22969386--22969444	7	8.3	7	85	7	57	50	28	0	20	1.48
22969429--22969500	22	3.3	22	90	0	108	54	33	0	12	1.38
22969865--22969902	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
22970012--22970367	115	3.1	114	81	6	396	33	18	18	29	1.95
22970012--22970287	117	2.4	114	86	4	374	32	17	19	30	1.95
22970012--22970320	117	2.6	116	83	8	317	33	18	19	29	1.95
22970080--22970389	117	2.7	111	79	8	325	35	18	18	28	1.94
22972758--22972946	9	21.0	9	76	11	165	46	20	1	32	1.58
22972799--22972860	21	3.1	21	75	13	60	46	14	0	38	1.45
22972758--22972878	38	3.3	39	77	16	127	47	17	0	35	1.48
22975330--22975384	27	2.0	27	100	0	110	32	7	7	52	1.56
22977951--22977979	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
22981701--22981774	30	2.5	28	78	19	87	25	1	1	71	1.02
22984252--22984473	3	70.3	3	65	24	61	32	4	3	59	1.33
22984323--22984423	11	9.5	11	74	21	83	35	0	1	61	1.14
22984323--22984422	36	2.8	37	82	14	129	36	1	2	61	1.14
22984236--22984465	9	23.6	10	64	24	75	33	3	3	59	1.31
22984329--22984469	13	10.9	14	68	22	60	34	2	2	60	1.26
22995299--22995354	28	2.0	28	82	0	67	16	23	32	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23002112--23002248	42	3.3	42	78	0	148	18	24	15	41	1.89
23002117--23002230	21	5.4	21	70	8	79	18	25	14	41	1.89
23004419--23004475	24	2.3	23	82	14	62	35	19	22	22	1.96
23006443--23006482	22	1.9	20	85	10	53	40	7	12	40	1.71
23011792--23011826	18	2.0	18	94	5	63	51	0	0	48	1.00
23013682--23013713	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
23018805--23018836	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
23026787--23027181	126	3.1	125	85	2	517	30	16	15	36	1.90
23027240--23027376	36	3.9	36	73	9	131	45	14	0	40	1.45
23027346--23027400	28	2.0	27	85	7	74	40	14	0	45	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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