genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17499003--17499170	37	4.6	36	77	10	133	44	5	33	16	1.70
17499107--17499215	37	3.0	34	79	15	94	41	2	35	20	1.67
17500349--17500696	37	9.4	36	77	9	283	39	4	37	18	1.71
17500349--17500695	111	3.1	108	77	6	338	39	4	37	18	1.71
17501720--17501986	37	7.2	37	76	3	180	41	3	35	19	1.68
17512443--17512533	24	3.8	24	94	0	146	28	21	16	32	1.95
17513362--17513412	24	2.1	24	100	0	102	35	27	3	33	1.75
17513825--17513932	13	8.1	13	70	18	71	36	20	2	40	1.67
17513811--17513932	40	3.1	40	90	1	183	34	21	3	40	1.69
17514373--17514415	21	2.0	21	100	0	86	44	23	0	32	1.54
17519035--17519093	22	2.6	21	76	12	55	44	15	20	20	1.87
17519054--17519131	23	3.4	23	75	7	70	35	16	21	25	1.94
17519519--17519585	32	2.1	32	94	0	116	10	38	2	47	1.53
17520616--17520699	8	10.0	8	72	19	55	69	1	2	27	1.09
17521391--17521415	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17521560--17521630	35	2.0	35	91	0	115	30	11	2	54	1.50
17521778--17521818	21	2.0	21	85	9	57	48	2	4	43	1.37
17521807--17521866	25	2.3	26	75	16	63	23	5	3	68	1.24
17535926--17535982	15	4.0	15	77	13	57	73	0	26	0	0.83
17535954--17535987	15	2.2	15	89	5	50	58	0	38	2	1.13
17536341--17536416	36	2.1	36	97	0	143	19	11	22	46	1.82
17537120--17537161	21	2.0	21	85	0	57	19	16	38	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17538007--17538067	26	2.4	26	91	2	97	50	9	8	31	1.65
17537999--17538067	26	2.8	25	86	4	95	49	10	8	31	1.67
17537895--17538191	96	3.1	95	89	1	459	48	17	7	27	1.73
17538103--17538163	25	2.4	26	86	2	79	52	11	6	29	1.62
17538103--17538173	26	2.8	25	83	6	81	50	14	7	28	1.68
17543051--17543080	15	2.0	15	100	0	60	40	40	6	13	1.71
17543183--17543319	62	2.2	61	88	3	195	46	20	9	23	1.79
17543641--17543698	6	9.7	6	84	0	80	65	13	1	18	1.35
17543641--17543710	12	5.8	12	89	0	86	62	12	4	20	1.46
17543641--17543698	18	3.2	18	90	0	89	65	13	1	18	1.35
17543641--17543710	18	3.9	18	86	0	77	62	12	4	20	1.46
17543715--17543752	16	2.3	16	95	4	67	57	23	0	18	1.40
17547298--17547335	19	2.0	20	89	5	60	76	2	0	21	0.91
17548158--17548240	39	2.1	39	100	0	166	57	4	4	32	1.41
17548172--17548234	20	3.2	20	68	28	62	57	4	6	31	1.45
17548691--17548743	7	7.0	7	80	16	52	64	0	0	35	0.94
17548691--17548759	15	4.5	16	75	12	65	63	0	0	36	0.94
17567259--17567289	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17567256--17567295	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
17567481--17567732	55	4.7	54	83	5	275	21	25	18	35	1.95
17567528--17567728	108	1.8	110	90	4	327	22	25	18	33	1.96
17572080--17572195	24	4.8	24	82	1	124	31	19	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17572523--17572568	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
17576784--17576850	21	3.2	22	83	6	79	23	26	38	10	1.87
17578548--17578616	34	2.0	34	100	0	138	55	17	4	23	1.60
17580896--17580931	18	1.9	19	88	5	56	66	2	30	0	1.06
17585101--17585127	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
17586696--17586741	24	1.9	24	82	8	58	36	17	21	23	1.94
17590045--17590081	16	2.4	15	90	4	56	27	0	0	72	0.84
17590045--17590084	15	2.7	14	85	11	53	27	0	0	72	0.85
17590129--17590172	21	2.1	21	86	0	61	43	0	6	50	1.29
17590391--17590465	35	2.2	32	86	6	96	38	8	4	49	1.51
17590407--17590475	32	2.2	32	87	5	97	37	4	4	53	1.41
17590426--17590527	45	2.3	45	89	0	150	39	8	3	48	1.53
17590577--17590818	105	2.2	108	77	12	262	47	7	7	37	1.59
17590623--17590829	105	2.0	106	83	2	265	47	6	8	37	1.60
17590869--17591043	93	1.9	92	83	7	228	48	0	4	46	1.27
17591078--17591102	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
17591328--17591388	30	2.1	29	81	6	70	22	13	11	52	1.72
17595296--17595343	5	9.6	5	82	8	62	18	0	2	79	0.84
17595297--17595340	20	2.1	21	91	4	72	15	0	2	81	0.78
17595307--17595349	13	3.4	13	84	12	54	23	0	0	76	0.78
17595843--17595882	12	3.3	12	78	0	53	25	42	17	15	1.88
17595835--17595882	24	2.0	24	100	0	96	25	41	16	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17604260--17604311	16	3.2	16	83	5	52	44	1	21	32	1.63
17604487--17604574	26	3.5	25	69	14	65	54	0	0	45	0.99
17607330--17607378	11	4.5	11	76	0	53	18	12	10	59	1.60
17613930--17614067	45	3.1	45	84	4	165	26	21	18	33	1.97
17613943--17614061	23	5.3	23	61	9	57	28	23	16	31	1.96
17616216--17616245	16	1.9	15	93	6	51	80	0	20	0	0.72
17616747--17616800	27	2.0	27	89	3	83	66	0	1	31	1.02
17616736--17616791	8	7.0	8	75	13	53	62	0	1	35	1.06
17617509--17617557	22	2.3	22	89	3	73	38	4	0	57	1.18
17617617--17617657	11	3.6	11	83	6	55	17	0	2	80	0.82
17623013--17623139	35	3.5	35	88	5	164	31	9	25	33	1.88
17623013--17623183	75	2.4	75	84	7	212	32	10	22	33	1.88
17623016--17623181	35	4.6	35	83	10	158	32	10	22	33	1.89
17626237--17626281	19	2.4	18	82	13	56	20	8	2	68	1.27
17630355--17630529	46	3.8	46	77	15	171	29	30	20	20	1.97
17630364--17630534	93	1.8	93	89	0	270	28	30	20	20	1.98
17632269--17632376	53	2.0	53	94	0	189	32	11	17	38	1.85
17632961--17632995	18	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
17633482--17633522	18	2.2	19	95	4	75	31	0	4	63	1.15
17633490--17633541	26	2.0	25	82	10	61	34	3	3	57	1.35
17637044--17637070	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
17638867--17638993	61	2.1	61	96	0	236	37	17	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17639581--17639627	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
17641054--17641100	8	6.1	8	82	9	53	55	0	0	44	0.99
17641055--17641101	15	3.1	15	78	0	58	57	0	0	42	0.98
17641088--17641139	19	2.6	21	72	12	54	57	0	1	40	1.10
17641187--17641238	23	2.2	23	86	3	68	44	0	3	51	1.19
17641330--17641397	15	4.4	15	72	17	50	29	0	1	69	0.98
17641357--17641395	7	5.6	7	82	11	53	28	0	0	71	0.86
17641356--17641397	21	2.0	21	90	0	66	28	0	0	71	0.86
17642288--17642328	20	2.0	21	86	13	59	46	4	9	39	1.58
17652714--17652749	18	1.9	18	88	5	54	33	0	5	61	1.19
17654396--17654461	31	2.2	31	83	8	82	50	21	4	24	1.67
17655050--17655196	38	4.0	38	75	10	171	20	8	23	46	1.78
17655082--17655141	20	3.1	20	65	18	54	25	10	20	45	1.81
17655068--17655123	18	3.0	18	66	19	51	23	7	19	50	1.72
17655524--17655583	15	4.0	15	75	0	66	23	6	28	41	1.79
17662931--17662965	17	2.1	17	88	0	52	42	0	2	54	1.15
17662924--17662968	19	2.3	21	75	21	53	48	0	2	48	1.13
17665088--17665209	51	2.4	51	90	0	190	28	24	14	31	1.95
17674784--17674827	14	2.8	16	86	10	56	63	4	0	31	1.14
17678745--17678795	22	2.3	22	87	12	77	41	11	19	27	1.86
17684222--17684550	109	3.0	109	97	0	604	42	7	7	41	1.61
17686043--17686077	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17686282--17686348	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
17686227--17686440	25	8.9	25	71	17	105	55	4	6	34	1.44
17686397--17686440	23	1.9	23	90	9	72	61	0	2	36	1.09
17696245--17696285	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17700301--17700377	27	2.8	26	77	15	77	57	7	5	29	1.49
17700301--17700391	29	3.4	26	77	14	87	56	6	4	32	1.45
17700753--17700811	22	2.6	23	74	10	59	55	3	6	33	1.43
17701669--17701701	17	1.9	17	93	0	57	9	0	3	87	0.63
17703183--17703222	19	2.0	20	85	4	55	50	0	22	27	1.50
17703425--17703461	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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