genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91782888--91782925	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
91788780--91788948	46	3.6	45	76	15	166	28	19	29	22	1.98
91788780--91789043	47	5.6	46	75	10	205	28	18	30	23	1.97
91788822--91789045	47	4.8	47	78	9	210	28	18	30	22	1.97
91788874--91789043	93	1.8	94	81	8	213	28	17	30	24	1.97
91790813--91790896	30	2.8	30	83	3	107	30	35	23	9	1.87
91795707--91795772	18	3.8	17	73	13	53	18	7	3	71	1.23
91796030--91796061	14	2.2	15	94	5	57	12	12	9	65	1.47
91798409--91798961	4	138.2	4	87	0	710	43	23	6	26	1.77
91807142--91807169	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
91821962--91822095	49	2.7	48	80	8	133	24	26	19	29	1.98
91821960--91822274	47	6.6	47	70	14	170	25	28	17	28	1.98
91834200--91834328	49	2.8	45	83	9	147	23	29	21	25	1.99
91838063--91838141	39	2.0	39	100	0	158	26	17	20	35	1.95
91847748--91847833	30	2.9	31	79	5	88	32	20	3	43	1.69
91853941--91854098	77	2.1	77	96	0	289	21	16	24	37	1.93
91860384--91860427	22	1.9	24	86	9	65	40	13	0	45	1.44
91877627--91877751	29	4.3	29	86	4	164	25	12	30	31	1.93
91877631--91877739	58	1.9	57	92	1	182	24	12	33	29	1.93
91881420--91881477	30	1.9	30	100	0	116	55	20	13	10	1.68
91885627--91885716	19	4.5	19	74	16	74	31	4	2	62	1.27
91885619--91885744	44	2.9	44	94	3	211	31	3	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91885690--91885956	52	5.2	51	74	12	197	30	4	4	60	1.36
91885690--91885968	50	5.4	52	73	11	173	29	4	5	61	1.36
91885690--91885956	26	10.3	25	72	11	166	30	4	4	60	1.36
91899780--91899813	15	2.3	15	100	0	68	52	5	11	29	1.61
91901301--91901343	6	7.3	6	84	5	61	79	0	2	18	0.85
91906551--91907113	282	2.0	282	96	0	1027	28	18	20	32	1.96
91909686--91909744	6	9.7	6	96	3	109	15	0	0	84	0.62
91915652--91915836	48	3.9	48	84	2	212	32	28	17	21	1.96
91915653--91915841	96	2.0	95	87	6	274	33	28	17	20	1.95
91916386--91916434	21	2.4	20	83	12	64	44	22	4	28	1.71
91923504--91923529	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
91926108--91926151	21	2.1	21	95	0	79	27	25	31	15	1.96
91926636--91926714	40	2.0	40	90	5	124	15	15	35	34	1.89
91933381--91933420	18	2.3	18	86	4	55	10	27	45	17	1.80
91933836--91933913	40	2.0	40	89	0	120	12	15	34	37	1.86
91935568--91935596	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
91940216--91940902	293	2.3	294	77	9	675	36	13	10	39	1.79
91942243--91942297	22	2.5	22	100	0	110	41	7	10	40	1.68
91952520--91952544	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
91955861--91955893	16	2.0	17	88	5	50	42	9	0	48	1.35
91959307--91959352	22	2.0	22	84	12	58	34	0	4	60	1.16
91965318--91965437	60	2.1	57	87	4	168	40	14	15	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91966790--91966857	27	2.6	26	77	13	77	63	1	2	32	1.18
91966871--91966908	18	2.2	18	90	4	60	36	0	7	55	1.29
91967787--91967836	23	2.2	23	85	7	66	58	8	8	26	1.54
91969162--91969230	34	2.0	34	94	0	120	37	10	15	36	1.82
91975918--91976185	46	5.8	46	71	13	199	29	29	20	20	1.98
91975972--91976130	47	3.4	47	71	14	157	30	30	18	20	1.96
91975926--91976190	93	2.8	93	89	0	404	28	29	21	20	1.98
91979487--91979547	30	2.0	30	100	0	122	42	6	3	47	1.45
91980302--91980441	39	3.6	39	93	0	217	35	24	26	13	1.92
91983796--91983944	31	4.8	31	91	1	228	24	26	20	28	1.99
91983920--91984048	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
91985305--91985405	39	2.6	40	84	6	127	37	24	24	12	1.91
91985324--91985387	21	3.2	21	73	13	80	40	23	23	12	1.88
91990225--91990281	29	2.0	29	96	0	105	31	24	19	24	1.98
91992756--91992810	26	2.0	28	86	10	78	60	0	0	40	0.97
91992757--91992822	29	2.4	27	82	12	73	60	1	0	37	1.06
91994966--91995089	59	2.1	60	83	7	155	36	19	8	36	1.81
92005898--92005938	20	2.0	20	95	0	73	17	4	31	46	1.69
92017187--92017374	40	4.7	40	87	0	270	19	20	28	31	1.97
92025087--92025257	40	4.3	40	91	0	261	18	19	28	34	1.95
92025087--92025299	40	5.3	40	86	2	243	19	20	26	32	1.97
92026682--92026851	40	4.3	40	88	0	225	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92045849--92046018	40	4.3	40	87	0	216	25	28	21	24	1.99
92053729--92053951	40	5.6	40	83	3	227	25	28	21	24	1.99
92053883--92053960	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
92063457--92063506	26	2.0	25	84	4	64	52	8	6	34	1.55
92063534--92063575	21	2.0	22	85	4	59	59	9	2	28	1.41
92064583--92064618	18	2.1	17	89	5	54	63	8	8	19	1.47
92064646--92064709	27	2.4	27	83	0	83	25	26	32	15	1.95
92065268--92065301	17	2.0	17	100	0	68	17	5	11	64	1.45
92065477--92065512	18	1.9	19	94	5	65	69	0	30	0	0.89
92072140--92072219	32	2.5	31	70	21	76	22	1	5	71	1.13
92072165--92072219	17	3.4	17	72	10	51	25	1	3	69	1.15
92071843--92072683	156	5.5	153	87	7	1138	26	5	7	59	1.47
92072452--92072520	31	2.2	31	81	0	84	20	5	4	69	1.27
92073444--92073648	96	2.1	98	83	7	258	39	1	17	41	1.60
92073736--92074272	126	4.3	126	91	1	837	33	17	21	27	1.96
92077216--92077597	116	3.3	116	93	1	651	47	9	3	39	1.54
92077984--92078026	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
92079822--92079873	11	4.9	11	81	9	63	40	0	30	28	1.57
92079822--92079872	20	2.5	20	87	6	66	39	0	31	29	1.57
92079822--92079885	31	2.1	31	85	5	85	40	1	28	29	1.66
92080932--92080969	15	2.4	16	86	4	51	31	5	0	63	1.17
92081485--92081525	13	3.2	13	78	0	55	70	0	9	19	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92081473--92081525	26	2.1	26	96	3	99	73	0	7	18	1.06
92082597--92082678	32	2.6	32	84	3	103	50	18	2	29	1.60
92082622--92082667	16	2.8	17	74	9	51	47	15	2	34	1.57
92085272--92085310	20	2.0	20	94	0	69	35	30	2	30	1.71
92085401--92085517	43	2.7	43	82	1	137	29	24	16	29	1.96
92108118--92108188	20	3.4	21	72	16	58	35	1	4	59	1.26
92109706--92109744	20	2.0	20	89	0	60	51	2	0	46	1.14
92113532--92113582	26	2.0	25	84	3	66	39	0	7	52	1.30
92124424--92124543	42	2.9	42	73	2	125	31	24	14	30	1.94
92138606--92138636	13	2.4	13	94	0	53	9	9	6	74	1.23
92150744--92150934	96	2.0	96	90	2	303	12	35	17	34	1.88
92153370--92153832	47	9.8	47	90	2	721	28	28	8	33	1.86
92153370--92153831	143	3.2	140	91	3	719	29	28	8	33	1.86
92153370--92153832	237	2.0	237	93	1	804	28	28	8	33	1.86
92157565--92157589	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
92158134--92158312	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
92158136--92158291	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
92158132--92158312	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
92162268--92162352	17	5.4	17	63	21	58	38	17	18	24	1.92
92162267--92162357	31	2.9	31	91	0	155	38	18	18	24	1.93
92162323--92162522	48	4.2	48	79	6	199	32	19	23	25	1.98
92162327--92162517	96	2.0	96	81	2	222	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92162492--92162728	42	5.6	41	74	8	190	29	16	22	31	1.95
92162590--92162727	43	3.2	43	73	11	122	30	15	23	31	1.95
92162490--92162745	85	3.0	84	77	6	275	28	15	23	31	1.95
92166219--92166255	18	2.1	18	89	0	56	29	10	8	51	1.65
92178248--92178332	43	2.0	43	82	13	104	30	29	15	24	1.95
92185752--92185792	18	2.2	19	83	12	50	7	0	21	70	1.11
92192337--92192367	15	2.1	15	93	0	53	29	0	41	29	1.56
92198788--92198850	25	2.4	27	87	7	87	57	3	12	26	1.51
92201811--92201849	19	2.1	19	90	4	62	41	7	10	41	1.68
92202877--92202903	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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