genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  255  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84992635--84992696	18	3.3	18	71	13	54	62	0	3	33	1.11
84993718--84993754	18	2.1	18	100	0	74	62	10	16	10	1.55
84994572--84994758	89	2.1	89	92	1	311	41	11	20	26	1.87
85000413--85000515	37	2.8	37	89	0	152	24	33	20	22	1.97
85000663--85001089	48	8.9	48	93	2	723	32	27	6	34	1.81
85004733--85005018	40	7.2	40	90	1	430	25	27	20	25	1.99
85006297--85006399	37	2.8	37	86	0	125	22	31	21	25	1.98
85006547--85006925	48	7.9	48	90	2	591	32	26	6	35	1.81
85006549--85006925	144	2.6	144	95	0	655	32	26	6	35	1.81
85009794--85009850	28	2.0	28	100	0	114	12	14	28	45	1.80
85020360--85020448	44	2.0	46	86	4	128	44	3	6	44	1.46
85022819--85023003	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
85022819--85023003	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
85028575--85028640	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
85028592--85028689	19	5.2	19	91	7	155	36	15	10	37	1.81
85028614--85028670	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
85028592--85028689	36	2.6	37	90	9	153	36	15	10	37	1.81
85028809--85028841	11	3.0	11	91	8	50	18	0	0	81	0.68
85030979--85031068	47	1.9	47	95	0	162	32	13	12	42	1.81
85033682--85034316	47	13.1	47	83	9	738	32	9	29	29	1.88
85033682--85034316	143	4.4	143	89	5	923	32	9	29	29	1.88
85034053--85034086	16	2.1	16	100	0	68	32	11	23	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85033912--85034227	157	2.0	157	94	0	551	32	9	27	30	1.88
85034010--85034133	63	2.0	63	96	0	230	33	9	27	29	1.89
85033963--85034180	110	2.0	110	94	0	382	33	9	27	30	1.88
85034435--85034513	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
85044587--85044616	7	4.4	7	91	8	53	83	0	0	16	0.65
85044591--85044616	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
85048389--85048650	47	5.6	46	70	12	144	28	20	29	21	1.98
85052831--85052875	24	2.0	24	83	12	60	26	15	17	40	1.90
85056806--85056842	17	2.2	17	100	0	74	43	21	21	13	1.87
85061502--85061643	40	3.6	40	93	2	234	25	27	23	23	2.00
85069558--85069607	13	3.4	14	77	20	57	58	0	0	42	0.98
85070048--85070086	20	2.0	20	94	0	69	35	0	7	56	1.28
85076178--85076252	34	2.2	34	79	6	82	29	20	22	28	1.98
85081207--85081384	27	6.6	27	81	3	169	29	28	14	27	1.95
85081228--85081383	82	1.9	81	85	3	215	28	28	14	27	1.95
85085719--85085923	53	3.8	54	77	7	191	22	23	18	35	1.96
85085730--85085920	55	3.5	56	79	7	191	21	23	19	36	1.95
85085905--85086026	47	2.6	47	93	0	208	27	23	13	35	1.93
85087802--85088108	155	2.0	154	92	0	515	24	19	25	30	1.98
85093946--85094085	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	17	1.95
85095706--85095841	26	5.2	26	90	0	209	37	23	5	33	1.77
85099813--85099954	27	5.3	26	88	4	158	35	23	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85099813--85099952	54	2.6	54	87	2	174	35	22	22	18	1.95
85100047--85100099	26	2.1	26	89	3	81	39	15	18	26	1.90
85100055--85100130	26	2.8	27	88	4	100	32	13	19	34	1.90
85101570--85101727	26	6.2	26	88	5	234	37	22	5	34	1.76
85101570--85101727	74	2.1	78	90	4	252	37	22	5	34	1.76
85105820--85105865	21	2.1	22	88	4	67	32	4	6	56	1.45
85132867--85132908	13	3.2	13	83	6	57	2	23	0	73	0.94
85137577--85137663	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
85138035--85138092	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
85138038--85138096	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
85138248--85138291	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
85140461--85140511	21	2.4	21	93	3	84	35	19	1	43	1.63
85140540--85140572	17	2.0	17	88	5	50	27	21	0	51	1.48
85140684--85140735	25	2.1	25	96	0	95	38	15	19	26	1.91
85141663--85141704	13	3.2	13	83	6	57	2	23	0	73	0.94
85141888--85141998	25	4.7	24	78	13	99	37	1	0	60	1.07
85141918--85141998	5	16.2	5	97	0	153	40	0	0	59	0.98
85143829--85143889	21	2.7	23	82	10	81	21	0	24	54	1.45
85148794--85148849	3	18.7	3	100	0	112	32	33	0	33	1.58
85151249--85151297	18	2.6	19	96	3	91	34	12	16	36	1.86
85151258--85151320	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
85153159--85153196	18	2.1	18	85	9	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85154763--85154827	21	3.0	21	75	4	58	32	0	3	64	1.09
85154760--85154858	43	2.2	44	82	7	112	32	0	2	65	1.04
85166631--85166687	29	2.0	29	92	0	96	61	8	1	28	1.36
85175428--85175610	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
85175429--85175612	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
85175462--85175645	79	2.3	77	80	10	201	27	21	26	25	1.99
85183574--85183755	79	2.3	81	81	7	221	24	21	27	25	2.00
85183573--85183757	40	4.7	40	82	6	225	24	21	27	26	1.99
85183574--85183790	79	2.7	78	76	12	219	25	21	27	25	1.99
85186729--85186762	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
85188351--85188419	12	5.6	12	80	13	77	7	8	2	81	0.97
85188351--85188426	6	12.3	6	74	10	55	7	7	3	80	1.02
85188353--85188411	19	3.0	20	80	14	79	6	10	1	81	0.94
85191376--85191409	17	2.0	17	88	0	50	61	23	2	11	1.43
85195011--85195300	146	2.0	146	88	5	435	35	26	12	25	1.91
85199522--85199551	14	2.1	15	93	6	53	13	0	0	86	0.57
85207616--85207819	53	3.8	53	77	11	218	34	17	25	23	1.95
85209310--85209455	44	3.1	48	75	12	160	28	28	18	24	1.98
85210037--85210075	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
85225142--85225170	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
85230088--85230121	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
85231174--85231320	57	2.6	58	85	11	182	27	31	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85231174--85231299	29	4.4	28	79	15	116	26	30	14	28	1.95
85231532--85231574	16	2.7	16	85	0	59	9	16	18	55	1.67
85235610--85235669	24	2.5	24	94	0	102	33	1	35	30	1.68
85237099--85237186	27	3.2	27	84	7	115	14	25	25	35	1.94
85239597--85239730	69	1.9	69	92	0	223	29	11	20	38	1.88
85243046--85243225	51	3.5	51	78	4	220	27	20	22	30	1.98
85242993--85243275	101	2.8	101	89	0	413	27	18	24	30	1.98
85242992--85243336	50	6.9	50	76	3	325	27	18	24	28	1.98
85245303--85245416	43	2.7	43	83	1	140	30	14	24	29	1.95
85251005--85251087	25	3.3	24	77	12	80	24	3	1	71	1.09
85252724--85252767	15	3.0	15	78	15	56	13	4	0	81	0.83
85252723--85252762	15	2.6	16	84	7	57	17	2	0	80	0.83
85252723--85252783	29	2.1	30	81	3	70	19	3	3	73	1.11
85260306--85260395	27	3.3	27	83	6	85	38	15	12	33	1.85
85260330--85260405	27	2.8	27	80	4	82	38	19	11	30	1.88
85260390--85260451	27	2.3	27	82	0	70	37	27	4	30	1.78
85260401--85260468	27	2.5	27	87	0	100	29	30	2	36	1.72
85260401--85260524	65	1.9	65	84	0	167	29	29	6	34	1.82
85260462--85260597	27	5.0	27	84	0	164	30	21	8	38	1.84
85260574--85260859	27	10.5	28	75	12	177	38	19	10	31	1.85
85260588--85260859	54	5.0	53	77	9	201	39	18	10	31	1.84
85260574--85260768	81	2.4	81	88	2	277	38	21	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85260574--85260821	81	3.0	81	82	8	274	39	20	9	30	1.84
85260897--85260969	27	2.8	26	74	15	69	36	21	19	21	1.95
85262133--85262180	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
85262219--85262275	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
85262217--85262287	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
85262228--85262282	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
85262334--85262527	25	8.0	24	85	5	225	28	19	22	29	1.98
85264738--85264859	62	2.0	62	100	0	244	36	14	29	18	1.91
85265864--85265975	56	2.0	56	100	0	224	39	8	25	26	1.85
85266236--85266317	43	1.9	43	85	5	112	28	14	25	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344