genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8493833--8494115	130	2.2	130	82	7	349	32	17	20	30	1.95
8493833--8494115	129	2.2	130	82	7	349	32	17	20	30	1.95
8496223--8496271	23	2.3	23	86	10	68	8	18	55	18	1.67
8503325--8503482	43	3.7	43	77	14	123	32	25	17	24	1.96
8507093--8507180	38	2.3	39	80	7	90	36	5	7	50	1.56
8507918--8507944	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8512393--8512474	39	2.0	40	95	4	148	42	7	2	47	1.44
8513716--8513826	54	2.1	54	89	3	170	23	40	4	31	1.75
8519167--8519223	29	1.9	30	89	3	89	19	1	22	56	1.51
8522584--8522714	60	2.2	61	87	1	183	23	31	19	25	1.98
8524779--8524833	25	2.2	25	93	0	92	23	29	25	21	1.99
8527734--8527786	22	2.4	23	81	6	56	28	33	9	28	1.88
8531918--8531944	12	2.2	12	100	0	54	48	29	7	14	1.71
8537496--8537530	18	1.9	18	94	0	61	54	0	5	40	1.24
8541064--8541111	18	2.6	18	96	3	87	41	0	4	54	1.20
8541270--8541312	21	2.0	21	86	8	61	53	2	2	41	1.26
8543375--8543417	22	1.9	23	85	4	61	41	2	6	48	1.43
8545374--8545405	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
8545374--8545404	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
8547268--8547301	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
8551533--8551615	41	2.0	41	92	0	139	48	10	14	26	1.77
8554164--8554205	21	2.1	21	87	12	63	71	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555329--8555368	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
8555380--8555428	20	2.4	21	76	10	66	61	0	6	32	1.21
8555605--8555638	6	5.7	6	92	0	50	14	20	17	47	1.83
8555807--8555997	18	10.6	18	75	10	104	35	12	15	37	1.84
8555796--8555979	36	5.1	36	74	12	148	37	11	14	35	1.83
8555796--8555997	72	2.8	72	79	8	182	36	11	14	36	1.84
8555807--8555997	54	3.5	53	75	11	165	35	12	15	37	1.84
8556036--8556070	18	1.9	18	88	0	52	34	14	17	34	1.90
8557966--8558038	25	2.9	24	80	8	74	27	26	23	23	2.00
8557995--8558049	25	2.2	25	81	12	60	30	27	18	23	1.97
8560656--8561084	226	1.9	226	90	0	680	27	17	17	38	1.91
8574357--8574400	21	2.1	21	91	0	70	36	25	13	25	1.92
8576784--8576827	21	2.2	20	83	4	52	68	0	4	27	1.09
8577103--8577194	27	3.5	26	80	3	94	60	2	6	30	1.34
8582837--8582897	18	3.4	17	73	10	50	24	3	1	70	1.11
8583750--8584228	246	1.9	247	90	2	759	31	18	18	31	1.95
8589661--8589836	46	3.8	46	77	12	189	20	20	29	29	1.98
8589657--8589829	93	1.9	93	92	0	292	20	20	30	28	1.98
8592805--8592861	30	1.9	29	89	3	87	12	14	15	57	1.65
8595597--8595769	46	3.8	45	79	13	190	21	19	29	28	1.98
8595590--8595761	93	1.8	93	92	2	292	22	20	29	28	1.98
8601880--8601989	53	2.1	53	98	1	213	44	12	7	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8604324--8604547	99	2.3	99	83	0	270	33	18	11	36	1.87
8605035--8605079	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
8606863--8607315	46	9.8	46	90	1	631	41	14	24	19	1.89
8606873--8607315	138	3.2	138	92	0	717	41	14	23	19	1.89
8612465--8612569	39	2.7	39	93	0	174	29	20	24	24	1.99
8614317--8614404	39	2.3	38	82	5	104	29	20	27	22	1.99
8622450--8622574	39	3.2	39	91	2	189	29	20	25	24	1.99
8625684--8625987	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
8633198--8633253	27	2.1	27	93	0	94	26	17	17	37	1.93
8641928--8641953	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
8644955--8645119	26	6.3	27	77	6	126	29	15	25	29	1.96
8645015--8645115	52	1.9	52	85	0	139	28	13	24	32	1.94
8658388--8659420	536	1.9	537	83	1	1338	33	18	15	33	1.92
8661765--8662083	134	2.4	134	87	0	431	30	19	12	37	1.89
8664516--8664566	10	5.2	10	73	4	50	35	0	1	62	1.06
8671682--8671802	43	2.9	42	86	2	170	23	21	33	22	1.98
8671694--8671882	43	4.6	41	78	5	132	24	20	30	24	1.99
8672365--8672397	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
8676405--8676545	60	2.4	59	82	9	171	26	19	26	27	1.99
8682838--8682958	43	2.9	42	80	2	143	23	20	33	21	1.97
8683521--8683553	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
8684254--8684294	22	1.9	21	85	14	57	48	12	0	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8687710--8687784	11	6.8	11	82	0	69	4	9	30	56	1.50
8689990--8690039	18	2.7	18	81	3	64	44	8	10	38	1.68
8693821--8693865	21	2.1	21	91	0	72	40	31	11	17	1.85
8704049--8704174	60	2.1	61	81	10	143	41	15	15	27	1.87
8704633--8704695	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
8706678--8706833	77	2.0	77	97	1	296	37	14	11	36	1.82
8712673--8712701	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
8714606--8714631	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8718439--8718468	14	2.1	14	93	0	51	63	0	13	23	1.29
8725451--8725941	46	10.7	46	89	0	671	41	14	22	21	1.89
8732242--8732272	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8732817--8732909	18	5.2	18	89	2	125	29	22	16	32	1.95
8732817--8732909	36	2.6	36	92	0	150	29	22	16	32	1.95
8736962--8736992	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8737918--8738015	38	2.5	38	83	8	117	56	1	4	38	1.25
8737844--8738013	10	16.8	10	69	20	97	55	1	3	40	1.25
8738242--8738281	20	2.0	20	85	5	53	35	2	2	60	1.24
8757586--8757632	19	2.5	19	72	3	51	36	10	2	51	1.49
8758305--8758370	13	5.1	13	77	3	71	37	22	7	31	1.82
8758305--8758370	26	2.5	26	82	4	89	37	22	7	31	1.82
8759066--8759115	26	2.0	25	84	4	64	42	8	2	48	1.44
8764539--8764602	26	2.4	28	82	12	80	54	4	20	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766206--8766389	67	2.9	63	78	7	199	30	17	29	22	1.97
8767578--8767660	28	3.0	27	84	7	103	56	3	14	25	1.54
8775813--8775845	16	2.1	16	94	0	57	33	27	0	39	1.57
8777370--8777482	48	2.4	48	89	4	167	24	15	26	33	1.95
8782051--8782223	46	3.7	46	78	13	178	27	20	28	23	1.99
8782054--8782322	46	5.8	45	72	12	147	27	19	28	24	1.98
8787460--8787503	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
8798515--8798893	132	2.9	134	82	2	435	23	23	16	36	1.94
8798515--8798946	67	6.5	67	80	3	388	23	23	16	37	1.94
8803871--8804048	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
8803892--8804047	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8811575--8811752	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
8811596--8811751	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8813984--8814111	43	3.0	44	74	5	136	32	27	12	28	1.93
8822092--8822234	58	2.5	57	82	8	157	29	17	6	46	1.72
8824722--8824767	21	2.2	21	84	7	58	65	2	0	32	1.05
8829900--8829941	16	2.6	16	81	11	50	0	50	0	50	1.00
8830165--8830191	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
8830165--8830211	18	2.6	18	80	12	51	6	12	0	80	0.88
8840893--8841014	50	2.5	49	84	5	151	26	22	14	36	1.93
8841010--8841039	5	6.0	5	100	0	60	0	40	20	40	1.52
8850607--8850661	29	1.9	28	96	3	101	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8853350--8853378	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
8855882--8855915	17	2.1	17	89	10	54	26	14	0	58	1.36
8856976--8857001	13	2.0	13	100	0	52	23	15	0	61	1.33
8858723--8858789	33	2.0	33	94	0	116	40	20	13	25	1.89
8859687--8859723	7	5.4	7	90	3	58	62	0	0	37	0.96
8861808--8861854	23	2.0	24	95	4	87	34	12	8	44	1.73
8866058--8866106	21	2.3	21	100	0	98	18	8	30	42	1.79
8867315--8867353	12	3.2	12	78	7	51	5	5	12	76	1.11
8867315--8867386	22	3.1	23	80	8	65	8	6	11	73	1.24
8868970--8869014	19	2.4	19	81	7	56	62	2	0	35	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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