genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77792310--77792388	25	3.2	25	94	0	131	75	0	3	20	0.95
77792313--77792372	30	1.9	33	90	10	99	73	0	3	23	0.98
77792307--77792403	15	6.3	14	73	21	70	78	0	4	17	0.91
77796168--77796225	28	2.1	28	86	0	80	22	13	22	41	1.89
77796386--77796472	43	2.0	43	97	0	165	29	16	13	40	1.87
77798284--77798332	18	2.7	18	75	9	55	61	6	6	26	1.43
77804292--77804430	34	4.1	34	74	3	129	42	11	12	33	1.79
77804289--77804441	66	2.3	68	85	2	202	43	11	12	32	1.77
77807246--77807471	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
77815246--77815494	40	6.7	40	78	15	223	24	21	26	27	1.99
77820044--77820165	38	3.2	38	88	5	176	27	28	21	22	1.99
77823933--77823967	16	2.1	18	89	10	56	62	5	5	25	1.40
77830322--77830346	10	2.5	10	100	0	50	32	12	20	36	1.89
77841088--77841131	23	1.9	23	85	0	61	70	6	9	13	1.33
77844436--77844533	51	1.9	50	81	6	117	28	14	15	41	1.86
77847427--77847467	21	2.0	21	85	4	57	60	2	0	36	1.10
77847655--77847697	11	3.7	11	78	9	50	37	2	2	58	1.24
77847713--77847745	16	2.0	17	88	5	50	33	6	3	57	1.38
77847907--77847978	32	2.2	32	82	0	90	30	20	22	26	1.98
77849330--77849359	15	2.1	15	93	6	53	66	16	16	0	1.25
77859187--77859394	28	7.5	28	95	2	350	25	13	28	31	1.94
77859187--77859394	55	3.8	55	95	1	362	25	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77867406--77867613	28	7.5	28	95	2	350	25	13	28	31	1.94
77867406--77867613	55	3.8	55	95	1	362	25	13	28	31	1.94
77870618--77870824	46	4.5	46	78	5	188	24	31	16	26	1.97
77872829--77873004	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
77872825--77872997	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
77880040--77880241	52	3.9	52	84	2	255	28	15	25	30	1.96
77880040--77880252	26	8.2	26	83	1	221	29	15	24	30	1.96
77882857--77882907	25	2.0	25	84	0	66	39	11	11	37	1.79
77884606--77884670	21	3.0	22	73	15	71	16	18	23	41	1.90
77885539--77885606	22	3.1	22	80	4	84	20	22	16	41	1.90
77890650--77890689	21	1.9	21	85	10	55	40	2	20	37	1.66
77898892--77899006	27	4.2	27	75	8	108	25	18	26	30	1.98
77901507--77901545	17	2.2	18	86	4	53	35	5	2	56	1.35
77901535--77901579	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
77903223--77903256	15	2.1	17	89	10	54	41	0	0	58	0.98
77903327--77903376	26	1.9	26	95	0	91	46	2	24	28	1.64
77904419--77904478	30	1.9	32	83	10	79	35	1	0	63	1.05
77904506--77904555	15	3.3	15	76	17	50	30	0	0	70	0.88
77904687--77904742	22	2.6	22	78	10	62	57	3	1	37	1.27
77917947--77917973	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
77939191--77939357	40	4.2	40	83	5	106	24	27	23	23	2.00
77939214--77939357	40	3.6	40	85	5	193	22	26	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77941081--77941379	40	7.6	40	88	4	360	24	20	28	27	1.99
77941081--77941379	79	3.8	79	86	4	356	24	20	28	27	1.99
77941081--77941414	79	4.3	79	83	6	333	25	20	28	26	1.99
77949019--77949360	40	8.6	40	90	2	476	24	20	27	27	1.99
77950761--77950910	26	5.8	26	90	0	239	27	22	23	26	2.00
77950751--77950910	52	3.1	52	95	1	288	26	23	21	28	1.99
77951832--77952088	27	9.4	27	80	4	151	35	8	18	37	1.82
77951809--77952061	54	4.6	54	76	5	213	33	9	19	37	1.84
77951910--77952088	81	2.2	81	78	4	198	34	7	20	37	1.80
77952038--77952223	27	6.9	27	85	2	196	40	6	23	29	1.80
77952039--77952223	81	2.3	81	81	5	221	40	6	23	29	1.80
77952219--77952294	27	2.8	27	83	0	89	31	9	19	39	1.83
77953806--77953897	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
77953920--77954025	31	3.4	31	96	0	185	29	17	24	28	1.98
77955070--77955120	26	2.0	26	88	7	77	43	9	13	33	1.77
77962101--77962158	26	2.2	26	96	0	107	37	12	18	31	1.88
77974566--77974759	49	3.9	49	78	6	194	29	24	18	26	1.98
77977179--77977276	27	3.6	27	82	8	110	34	21	25	18	1.96
77977168--77977276	54	2.0	53	85	5	148	37	20	24	17	1.93
77984010--77984050	16	2.6	16	84	3	57	24	2	9	63	1.37
77985011--77985121	27	4.2	26	82	5	132	38	20	23	17	1.93
77986404--77986470	25	2.7	23	88	11	89	20	35	5	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77986414--77986477	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
77987928--77987983	15	3.7	15	75	17	62	60	14	14	10	1.58
77990981--77991177	50	4.0	49	80	5	207	27	28	19	24	1.98
77990995--77991178	101	1.8	99	85	2	260	28	28	19	23	1.98
77993952--77994016	27	2.3	28	82	10	71	36	26	4	32	1.77
77995140--77995311	47	3.7	47	79	13	201	21	19	29	29	1.98
77995196--77995365	46	3.7	47	80	13	217	20	18	30	30	1.97
77995149--77995357	93	2.2	93	94	1	366	21	19	30	29	1.97
78000192--78000226	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
78003328--78003427	29	3.5	29	84	1	130	26	17	29	28	1.97
78003313--78003427	29	4.0	29	82	6	128	27	15	27	28	1.96
78012586--78012740	43	3.6	42	82	9	181	23	18	28	30	1.97
78013036--78013067	13	2.3	15	89	10	50	28	0	12	59	1.34
78014775--78014832	30	1.9	30	89	0	89	34	10	27	27	1.89
78015157--78015330	46	3.7	46	73	17	144	29	20	29	21	1.98
78016506--78016547	22	2.0	22	86	13	61	14	35	23	26	1.93
78022451--78022581	47	2.8	47	80	10	160	29	20	28	21	1.98
78035122--78035262	40	3.6	39	83	8	169	23	27	23	25	2.00
78036425--78036505	37	2.2	37	93	0	135	30	25	12	30	1.92
78036434--78036507	37	2.0	37	100	0	148	29	24	13	32	1.93
78043132--78043299	40	4.2	40	80	1	149	25	27	23	23	2.00
78043195--78043299	41	2.6	39	82	7	129	23	26	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78044486--78044561	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
78056363--78056579	47	4.6	47	90	1	326	32	8	29	28	1.87
78056698--78056803	37	2.9	37	92	0	167	26	18	27	27	1.98
78064338--78064468	55	2.6	49	76	18	135	28	14	25	32	1.95
78064369--78064503	55	2.4	56	86	2	191	28	14	24	33	1.94
78064372--78064530	55	2.9	55	83	4	160	27	13	25	33	1.94
78065792--78065824	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
78068378--78068448	27	2.6	27	79	0	88	30	7	25	36	1.83
78069806--78069832	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
78073456--78073630	40	4.4	40	91	2	273	22	20	30	25	1.98
78073857--78073900	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
78081615--78081791	40	4.4	40	88	2	259	23	20	29	25	1.99
78082018--78082061	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
78084478--78084581	18	5.4	18	68	13	64	37	12	9	40	1.76
78084455--78084591	39	3.5	39	86	0	202	36	12	10	40	1.77
78084441--78084591	78	1.9	78	89	0	230	37	12	9	39	1.77
78084734--78084825	44	2.1	44	85	4	123	36	25	18	19	1.94
78092760--78092990	24	9.6	24	75	9	96	35	28	12	24	1.91
78092782--78092990	48	4.4	48	80	3	233	35	27	11	24	1.90
78092783--78092986	96	2.1	96	95	0	363	36	26	11	25	1.90
78092822--78092996	24	7.2	25	78	11	145	37	26	10	24	1.89
78096881--78096919	14	2.8	14	96	0	69	35	2	23	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78105672--78105896	40	5.7	40	85	5	269	25	27	22	24	2.00
78105674--78105896	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
78107027--78107146	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78112985--78113209	40	5.7	40	83	8	255	26	28	21	24	1.99
78112985--78113209	79	2.8	79	82	5	247	26	28	21	24	1.99
78112987--78113207	119	1.9	120	82	6	288	25	28	21	24	1.99
78114336--78114455	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78114754--78114840	39	2.2	39	87	0	129	36	6	11	44	1.67
78115420--78115469	4	13.0	4	80	16	61	0	26	0	74	0.83
78115426--78115469	11	4.0	11	100	0	88	0	27	0	72	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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