Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   

This is table  295  of  344  ( 41197 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98424384--98424430
19
2.5
19
89
6
69
27
21
8
42
1.81
98428817--98428941
61
2.0
60
89
7
187
32
16
13
38
1.87
98429545--98430689
44
26.1
44
74
9
860
31
18
24
26
1.98
98429559--98430672
132
8.5
132
91
1
1792
31
18
24
26
1.98
98429559--98430641
523
2.1
524
93
1
1837
31
18
24
26
1.98
98430958--98431099
13
11.5
13
76
20
121
37
48
0
14
1.43
98430967--98431025
9
6.1
9
85
14
82
35
52
0
11
1.38
98430958--98431108
31
4.9
31
81
16
197
37
49
0
13
1.43
98431029--98431110
35
2.3
35
86
12
123
37
47
0
14
1.45
98434939--98434968
11
2.9
10
90
9
51
30
0
0
70
0.88
98436031--98436111
31
2.6
30
77
9
83
44
13
7
34
1.72
98436746--98436800
20
2.8
20
71
23
53
56
0
1
41
1.10
98448400--98448592
75
2.6
75
92
0
325
26
20
18
34
1.96
98460839--98460895
27
2.1
27
86
3
78
57
5
5
31
1.43
98461174--98461237
31
2.1
30
91
5
103
45
4
10
39
1.60
98461185--98461251
31
2.2
31
83
0
80
50
5
8
34
1.58
98461698--98461757
24
2.5
24
86
8
77
60
0
8
31
1.27
98461699--98461757
23
2.6
23
87
12
79
59
0
8
32
1.28
98464880--98465053
87
2.0
86
93
3
296
33
27
5
33
1.79
98465238--98465298
13
4.6
13
74
10
61
36
1
1
60
1.16
98465696--98465755
30
1.9
33
83
12
83
51
3
0
45
1.17
98475089--98475113
12
2.1
12
100
0
50
40
0
8
52
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98476867--98476906
16
2.5
16
95
0
71
55
20
20
5
1.62
98477516--98477561
20
2.3
21
82
14
62
26
17
28
28
1.98
98479937--98479962
12
2.2
12
100
0
52
0
7
15
76
0.99
98482809--98482876
21
3.2
21
70
12
66
23
26
35
14
1.94
98485206--98485236
15
2.1
15
100
0
62
19
19
0
61
1.35
98485238--98485428
44
4.3
44
97
0
346
50
12
0
36
1.45
98485372--98485440
23
3.1
23
67
19
56
50
13
0
36
1.41
98485582--98485661
36
2.2
36
86
2
106
26
32
23
17
1.97
98485747--98485880
20
6.6
20
70
18
80
58
2
13
25
1.46
98485869--98485922
23
2.3
23
93
3
90
57
3
16
22
1.55
98487455--98487870
90
4.6
90
89
2
597
51
13
6
27
1.67
98487455--98487870
179
2.3
180
84
5
572
51
13
6
27
1.67
98487504--98487917
179
2.3
178
85
5
489
51
14
7
27
1.67
98488527--98488758
113
2.0
114
86
4
326
32
21
19
27
1.97
98494941--98495082
40
3.6
39
84
3
169
33
17
28
20
1.95
98497773--98497808
18
2.0
18
88
0
54
33
0
0
66
0.92
98503876--98504643
155
4.8
158
76
10
609
31
9
21
37
1.85
98503948--98504643
316
2.2
320
79
8
709
31
9
21
37
1.85
98512981--98513038
23
2.7
21
76
10
71
41
0
13
44
1.44
98517525--98517565
6
6.5
6
83
10
55
78
2
0
19
0.87
98517511--98517560
20
2.4
21
90
6
75
70
2
0
28
0.99
98517528--98517567
20
2.0
20
90
0
62
75
5
0
20
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98517585--98517643
9
6.6
9
86
7
84
25
8
22
44
1.81
98518326--98518369
19
2.3
19
100
0
88
68
27
0
4
1.09
98522652--98522697
18
2.5
19
86
10
60
23
6
0
69
1.11
98524435--98524575
75
1.9
75
91
2
230
29
21
13
34
1.92
98524514--98524638
62
2.0
62
95
0
223
30
22
12
35
1.90
98526191--98526215
9
2.8
9
100
0
50
24
32
12
32
1.91
98527278--98527346
18
3.4
19
75
22
52
57
1
0
40
1.07
98527309--98527354
22
2.0
24
83
8
60
47
4
0
47
1.21
98527277--98527379
43
2.5
43
78
6
106
55
2
0
41
1.15
98527308--98527411
43
2.6
41
79
10
99
52
2
0
43
1.22
98532765--98533041
100
2.8
100
93
1
484
40
10
10
38
1.74
98533073--98533109
15
2.4
15
90
4
56
40
2
0
56
1.13
98537081--98537139
28
2.1
28
96
0
109
22
27
28
22
1.99
98538623--98538656
17
2.0
17
88
0
50
23
14
5
55
1.61
98539729--98539769
18
2.4
17
87
4
55
43
2
2
51
1.28
98541152--98541838
342
2.0
342
98
0
1338
33
12
20
33
1.90
98544150--98544209
16
3.8
16
84
2
59
30
28
5
36
1.78
98544572--98544621
20
2.6
19
81
6
55
38
0
2
60
1.09
98545322--98545406
41
2.1
41
91
4
136
38
5
17
37
1.74
98547528--98547562
17
2.0
18
94
5
63
42
11
28
17
1.83
98560849--98560886
19
2.0
19
94
0
67
34
10
23
31
1.89
98566275--98566321
15
3.1
15
81
0
58
59
0
10
29
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98573029--98573058
14
2.1
14
100
0
60
13
16
6
63
1.50
98576913--98576947
16
2.2
16
94
0
61
34
28
5
31
1.81
98580359--98580410
16
3.2
16
78
10
61
30
0
3
65
1.10
98580929--98581112
90
2.0
90
83
2
217
42
17
7
32
1.77
98581180--98581296
10
12.3
10
71
18
72
63
1
4
30
1.24
98581187--98581288
38
2.6
38
77
14
100
61
1
4
31
1.28
98581208--98581375
19
8.8
19
72
10
94
61
2
4
31
1.30
98581173--98581354
55
3.3
55
79
11
169
61
1
4
31
1.27
98581528--98581571
18
2.4
19
92
3
72
43
4
0
52
1.22
98581548--98581611
26
2.4
27
80
15
80
35
3
0
60
1.12
98583403--98583458
26
2.2
26
83
6
69
32
1
3
62
1.23
98584617--98584654
16
2.5
15
88
12
60
15
0
2
81
0.80
98586318--98586356
15
2.7
15
84
4
53
53
0
2
43
1.14
98592605--98592648
15
3.0
15
90
3
63
54
0
15
29
1.42
98596882--98596989
33
3.4
33
69
24
97
36
0
12
51
1.39
98596880--98596998
60
2.0
60
91
3
195
34
0
12
52
1.39
98597391--98597438
19
2.4
20
82
6
62
62
2
0
35
1.07
98609546--98609586
18
2.3
18
88
12
59
46
7
0
46
1.30
98617386--98617562
89
2.0
89
96
0
327
27
20
10
41
1.85
98620626--98620655
7
4.3
7
95
0
51
43
0
10
46
1.37
98620621--98620655
14
2.5
14
85
0
52
45
0
11
42
1.40
98621169--98621211
15
2.6
17
78
17
54
51
0
2
46
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98621214--98621339
9
13.4
9
67
20
62
60
2
6
30
1.34
98621287--98621335
18
2.7
19
87
9
75
65
2
4
28
1.22
98621287--98621339
9
5.9
9
78
8
63
62
1
3
32
1.24
98624415--98624485
16
4.4
16
90
0
115
30
22
7
39
1.81
98627452--98627506
25
2.2
25
90
0
83
40
14
7
38
1.74
98632067--98632119
25
2.1
25
89
0
79
39
16
5
37
1.73
98636899--98636932
15
2.1
17
89
10
54
61
2
2
32
1.26
98644033--98644095
14
4.5
13
75
11
54
66
6
3
23
1.29
98644692--98644814
60
2.0
61
93
3
212
21
28
21
29
1.98
98648157--98648203
17
2.7
18
81
15
55
72
4
4
19
1.18
98653317--98653547
3
74.7
3
68
12
58
59
3
9
27
1.46
98653435--98653480
19
2.3
20
88
3
67
65
2
2
30
1.16
98655302--98655359
27
2.1
27
96
0
107
36
17
5
41
1.72
98664455--98664495
22
2.0
21
85
9
57
43
7
0
48
1.30
98668675--98668718
22
2.0
22
86
0
61
31
2
0
65
1.05
98671920--98672187
132
2.0
133
98
0
520
33
36
10
19
1.86
98674017--98674047
8
3.9
8
100
0
62
74
25
0
0
0.82
98675213--98675298
31
2.9
30
77
10
95
39
11
8
40
1.71
98675214--98675271
29
1.9
30
86
6
82
41
10
8
39
1.70
98682113--98682183
35
2.0
36
84
13
94
36
5
0
57
1.22
98682239--98682263
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
98684280--98684332
26
2.0
26
88
0
79
33
20
7
37
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98685943--98685972
11
2.6
12
94
5
53
23
0
0
76
0.78
98686202--98686251
19
2.7
18
81
12
57
70
6
10
14
1.33
98688936--98688981
3
15.3
3
82
8
58
32
4
0
63
1.14
98689110--98689150
7
6.0
7
78
16
50
39
0
2
58
1.11
98689242--98689290
3
16.3
3
89
0
62
26
0
4
69
1.06
98689246--98689290
18
2.5
18
92
0
72
24
0
4
71
1.05
98689242--98689296
15
3.6
14
78
9
56
27
0
3
69
1.05
98689246--98689296
18
2.8
18
82
5
68
25
0
3
70
1.04
98689373--98689403
16
1.9
16
93
0
53
19
0
6
74
1.03
98693898--98693953
26
2.2
26
96
3
105
33
14
7
44
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344