genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26743438--26743718	40	7.1	40	88	2	359	24	26	22	25	2.00
26758899--26758930	15	2.1	15	94	0	55	68	6	3	21	1.26
26765671--26765739	31	2.2	31	97	0	129	31	21	7	39	1.81
26770805--26770898	42	2.2	42	92	0	152	21	23	35	20	1.96
26773407--26773630	40	5.6	40	85	3	279	24	23	26	25	2.00
26773411--26773630	83	2.7	80	85	5	275	23	24	27	25	2.00
26781557--26781620	29	2.1	29	85	5	83	46	10	9	32	1.71
26781682--26781713	14	2.3	14	94	0	55	31	3	0	65	1.08
26783286--26783316	15	2.1	15	100	0	62	19	12	19	48	1.81
26794014--26794065	26	2.0	26	85	7	70	53	3	7	34	1.48
26800641--26800750	43	2.6	42	83	9	127	25	18	24	31	1.97
26816652--26816715	27	2.3	27	86	2	83	28	23	21	26	1.99
26823414--26823466	27	2.0	27	84	0	70	37	18	7	35	1.80
26828704--26828782	40	2.0	40	100	0	158	39	12	15	32	1.85
26840166--26840316	82	1.9	81	85	4	214	27	17	27	27	1.97
26840166--26840321	27	5.7	27	81	6	154	27	16	28	27	1.97
26840165--26840342	27	6.6	27	79	5	144	26	16	28	28	1.97
26840158--26840342	82	2.3	81	77	2	201	27	16	28	28	1.97
26868628--26868868	49	4.8	50	80	2	261	26	17	26	29	1.98
26868631--26868858	101	2.3	99	83	3	271	26	17	26	29	1.98
26868628--26868904	150	1.8	150	85	4	389	27	17	26	28	1.98
26874967--26875001	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26874962--26875001	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
26874961--26875013	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
26875047--26875116	25	2.8	25	84	0	95	28	24	22	24	1.99
26875097--26875143	24	2.0	24	83	8	60	31	21	21	25	1.98
26875337--26875420	31	2.7	31	90	1	134	32	17	26	23	1.97
26877508--26877695	49	3.8	49	80	3	207	27	18	25	28	1.98
26877503--26877696	100	1.9	99	90	1	307	27	19	24	28	1.99
26881783--26881836	27	2.0	27	81	0	63	37	9	14	38	1.79
26882036--26882225	49	3.8	50	79	1	202	27	17	25	28	1.98
26899600--26899777	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26899601--26899756	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26899597--26899777	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26907676--26907826	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
26907675--26907826	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
26907676--26907826	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
26915721--26915896	27	6.6	27	82	5	187	27	15	27	29	1.96
26915721--26915896	55	3.3	54	82	5	196	27	15	27	29	1.96
26915722--26915875	82	1.9	79	85	6	211	27	15	27	29	1.96
26915718--26915896	82	2.2	79	81	4	207	27	15	27	29	1.96
26917224--26917273	1	50.0	1	100	0	100	0	0	0	100	0.00
26919129--26919160	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
26919407--26919471	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26919587--26919677	27	3.2	28	75	4	67	21	26	19	31	1.98
26930497--26930647	82	1.9	81	87	4	223	27	16	27	27	1.97
26930496--26930673	27	6.6	27	80	5	162	26	15	28	28	1.96
26930489--26930673	82	2.3	81	78	2	210	27	15	28	29	1.96
26935041--26935074	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
26935359--26935415	30	1.9	30	85	7	80	42	12	8	36	1.74
26942626--26942651	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26942743--26942773	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
26953097--26953211	44	2.7	43	78	9	126	23	19	28	28	1.98
26953553--26953588	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
26968566--26968693	43	3.0	43	84	10	172	32	26	13	27	1.93
26975061--26975129	16	3.8	19	74	23	53	60	2	4	31	1.31
26975236--26975442	25	8.6	25	72	13	103	54	4	6	33	1.48
26975910--26976068	30	5.3	30	92	0	273	18	5	49	26	1.69
26976868--26977275	91	4.4	91	81	10	329	38	17	16	27	1.92
26977100--26977132	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
26976943--26977276	183	1.8	178	84	6	449	36	18	17	27	1.94
26976941--26977297	91	3.9	89	83	8	402	37	17	17	26	1.92
26977209--26977948	73	9.9	74	82	7	836	33	22	16	27	1.96
26977203--26977948	75	10.0	75	82	5	850	33	22	16	27	1.96
26985071--26985119	23	2.1	23	85	7	64	59	6	4	30	1.41
26985073--26985132	23	2.9	20	71	23	61	56	6	5	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26985110--26985208	25	4.0	23	74	16	83	57	5	5	32	1.42
26985088--26985208	48	2.5	50	81	8	124	57	5	4	31	1.43
26985201--26985332	25	5.6	25	74	12	100	55	3	6	35	1.40
26985805--26985858	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
26993122--26993162	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
26998525--26998557	13	2.7	13	90	9	52	0	18	0	81	0.68
26999298--26999340	18	2.4	18	88	7	61	34	0	0	65	0.93
27002693--27002773	41	2.0	41	100	0	162	50	2	2	44	1.28
27006162--27006394	115	2.0	116	99	0	459	56	15	3	24	1.55
27007183--27007224	14	3.1	14	86	3	50	19	2	2	76	1.01
27028263--27028467	40	5.1	40	84	4	218	24	27	21	25	2.00
27036339--27036471	40	3.3	40	95	2	232	27	27	21	24	1.99
27036339--27036524	80	2.3	82	84	5	238	25	26	22	24	2.00
27043222--27043324	51	2.0	51	94	0	179	29	9	26	34	1.88
27055934--27055993	29	2.1	29	96	0	111	41	13	16	28	1.86
27058317--27058350	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
27059459--27059752	38	7.0	38	73	19	171	30	23	15	30	1.95
27059515--27059715	47	4.4	47	80	11	249	31	22	14	30	1.94
27059466--27059672	85	2.4	85	95	0	360	30	23	15	30	1.95
27059584--27059722	48	2.9	48	88	1	199	30	20	15	32	1.94
27060132--27060160	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
27060914--27060969	28	2.0	28	100	0	112	14	7	32	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27063111--27063153	6	7.5	6	86	5	54	83	0	2	13	0.74
27063127--27063158	8	4.0	8	95	0	55	84	0	3	12	0.74
27070893--27071024	50	2.6	51	82	3	176	37	12	15	34	1.85
27072853--27072916	19	3.4	19	68	12	60	23	1	14	60	1.42
27072855--27072927	37	2.0	37	97	0	137	27	2	12	57	1.49
27074088--27074145	26	2.3	25	88	5	89	60	5	5	29	1.40
27076185--27076261	6	13.0	6	71	13	61	75	3	18	2	1.07
27078503--27078657	43	3.6	44	79	8	149	27	16	24	31	1.96
27101697--27101864	64	2.7	64	75	11	177	29	17	29	23	1.97
27104705--27104876	46	3.7	46	76	15	185	29	30	19	20	1.97
27104712--27104882	93	1.8	92	93	3	299	28	29	20	21	1.98
27104708--27104898	46	4.2	46	73	15	155	29	28	19	21	1.98
27112274--27112445	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
27112267--27112442	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
27115351--27115610	130	2.0	130	96	0	475	30	23	16	29	1.96
27120154--27120259	54	2.0	54	88	0	158	23	12	22	41	1.87
27145433--27145523	29	3.2	29	81	4	105	28	15	28	27	1.96
27148275--27148352	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
27148305--27148666	174	2.1	174	97	0	688	29	14	25	30	1.95
27156566--27156643	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
27156596--27156957	174	2.1	174	98	0	706	29	14	25	30	1.95
27156795--27157068	145	1.9	145	96	0	503	29	14	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164968--27165057	29	3.1	29	90	1	137	24	15	32	27	1.95
27168981--27169077	43	2.3	43	81	0	113	31	15	25	26	1.96
27168981--27169104	43	2.9	41	80	2	104	31	13	25	29	1.94
27174527--27174791	46	5.6	48	79	10	239	22	30	18	28	1.97
27174521--27174797	94	3.0	92	79	10	296	23	29	18	28	1.98
27174527--27174791	140	1.9	141	84	6	358	22	30	18	28	1.97
27178555--27178644	30	3.0	30	67	17	80	44	7	2	45	1.45
27180434--27180491	31	2.0	30	83	10	75	48	0	1	50	1.11
27180460--27180497	20	1.9	20	88	0	58	50	0	5	44	1.24
27184641--27184698	20	2.9	20	92	0	98	34	10	20	34	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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