genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25986101--25986144	22	2.0	22	100	0	88	13	22	9	54	1.67
25987296--25987368	28	2.6	28	93	0	101	30	0	35	34	1.58
25987320--25987413	29	3.3	27	86	7	116	28	2	35	34	1.69
25987324--25987403	14	5.6	14	72	8	72	26	2	36	35	1.70
25987473--25987599	7	17.6	7	68	15	53	19	0	31	48	1.55
25987473--25987527	21	2.5	22	77	8	60	21	0	25	52	1.47
25987515--25987554	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
25987834--25987908	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
25988021--25988055	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
25988561--25988599	13	2.9	14	84	7	62	25	33	0	41	1.56
25990958--25991007	23	2.2	23	96	0	91	36	16	14	34	1.88
25991140--25992106	241	4.0	241	97	0	1812	34	17	14	32	1.91
25991140--25992106	481	2.0	481	97	0	1810	34	17	14	32	1.91
25992545--25992672	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
25992562--25992639	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
25992558--25992670	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
25998220--25998267	21	2.3	21	92	0	78	22	20	56	0	1.43
25999657--25999683	14	1.9	14	100	0	54	14	14	22	48	1.81
26004389--26004436	18	2.8	18	81	6	64	25	2	2	70	1.09
26007979--26008027	22	2.2	23	85	10	66	38	6	28	26	1.80
26016430--26016507	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
26016460--26016960	173	2.9	174	96	0	932	29	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26023171--26023266	49	2.0	49	85	2	131	37	17	10	34	1.84
26033578--26033602	9	2.8	9	100	0	50	44	24	0	32	1.54
26036147--26036217	16	4.4	16	81	0	88	33	7	29	29	1.84
26036147--26036217	32	2.2	32	89	0	106	33	7	29	29	1.84
26036199--26036292	44	2.1	44	84	4	116	32	6	25	35	1.81
26039716--26039901	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
26047761--26047946	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
26060266--26060291	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
26061195--26061277	43	1.9	43	97	0	157	39	3	21	34	1.71
26061720--26061807	33	2.7	32	87	5	131	36	14	23	25	1.93
26064463--26064725	40	6.6	40	87	3	316	25	20	27	26	1.99
26064502--26064760	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	25	1.99
26072429--26072684	40	6.4	40	88	3	311	25	19	26	27	1.99
26072461--26072719	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	25	1.99
26075905--26075999	44	2.2	44	85	7	124	33	26	16	23	1.96
26085006--26085063	16	3.8	15	75	8	55	63	1	3	31	1.21
26092580--26092694	56	2.0	57	83	5	144	48	5	3	42	1.42
26092600--26092719	56	2.1	56	83	3	143	51	4	5	39	1.43
26095536--26095648	35	3.2	35	62	18	88	24	9	24	40	1.85
26095535--26095681	72	2.0	72	100	0	294	23	9	26	40	1.85
26095757--26095813	22	2.6	21	81	10	62	26	22	15	35	1.94
26105415--26105445	16	1.9	16	100	0	62	83	0	12	3	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26108183--26108247	29	2.3	29	81	2	69	43	4	24	27	1.74
26108718--26108843	43	2.9	44	88	2	166	26	18	23	32	1.97
26110926--26111079	29	5.4	29	71	15	108	33	21	1	42	1.64
26112550--26112717	18	9.7	17	67	15	69	29	12	12	45	1.79
26112556--26112714	17	9.1	18	67	16	77	30	11	11	46	1.76
26116706--26116877	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
26116710--26116882	46	3.7	46	78	13	183	21	20	28	29	1.98
26127159--26127649	78	5.9	86	78	13	373	29	16	19	34	1.94
26127229--26127725	77	6.3	77	79	8	489	28	16	19	35	1.93
26127334--26127725	157	2.5	156	83	6	474	28	16	20	33	1.95
26127244--26127713	234	2.0	235	82	6	581	29	16	20	33	1.95
26127913--26127999	30	3.0	29	86	6	122	32	17	4	45	1.68
26127911--26128007	30	3.3	29	76	13	99	37	15	4	43	1.66
26129466--26129567	18	5.9	17	66	12	55	25	13	14	46	1.82
26129498--26129566	17	4.0	16	75	14	57	26	15	15	42	1.88
26129460--26129615	52	3.0	49	75	16	145	29	12	12	44	1.80
26129498--26129567	18	4.0	17	75	12	61	27	15	15	41	1.88
26130429--26130488	24	2.4	25	81	13	70	33	0	3	63	1.11
26130429--26130495	21	3.6	18	76	19	57	35	0	2	61	1.12
26132139--26132198	30	1.9	32	83	12	81	28	1	3	66	1.17
26137390--26137462	35	2.1	35	97	0	137	26	15	8	50	1.71
26139071--26139096	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26139374--26139413	21	1.9	21	84	0	53	42	0	0	57	0.98
26139392--26139537	58	2.5	58	85	5	188	43	1	3	52	1.27
26148527--26148583	26	2.2	26	96	0	105	38	19	17	24	1.93
26149112--26149136	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26158847--26158895	25	1.9	26	91	4	82	24	4	22	48	1.67
26161227--26161322	26	3.7	26	81	1	111	41	17	13	27	1.87
26161227--26161334	53	2.1	53	82	1	128	42	16	14	25	1.87
26162458--26162598	46	3.1	46	64	20	123	25	22	9	42	1.83
26162458--26162639	91	2.0	91	97	0	346	26	24	9	39	1.86
26168095--26168139	22	2.0	23	86	4	65	66	11	13	8	1.44
26169992--26170032	19	2.0	20	86	13	57	46	0	0	53	1.00
26176853--26176921	17	4.2	16	70	15	52	37	1	2	57	1.22
26178923--26179003	32	2.5	32	83	0	90	16	17	35	30	1.92
26187239--26187267	14	2.0	15	93	6	51	48	6	6	37	1.57
26196755--26196847	24	3.9	24	73	5	82	18	21	20	39	1.92
26200165--26200318	74	2.1	75	93	1	265	33	8	7	50	1.61
26204229--26204314	29	3.1	27	70	20	63	44	3	1	51	1.26
26205660--26205950	146	2.0	146	97	0	555	36	13	16	34	1.87
26213209--26213241	10	3.0	11	87	12	50	54	0	0	45	0.99
26213209--26213254	21	2.1	22	88	4	67	54	2	0	43	1.12
26217317--26217345	7	4.3	7	95	4	51	89	0	10	0	0.48
26218070--26218127	29	2.0	30	83	10	75	34	13	5	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26218289--26218329	21	2.0	20	86	9	57	31	17	2	48	1.60
26218946--26219413	246	1.9	246	85	5	642	42	11	8	38	1.71
26220262--26220299	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
26222662--26222709	21	2.3	21	88	0	69	18	41	0	39	1.51
26223091--26223135	22	2.1	21	91	4	72	37	42	4	15	1.67
26226020--26226071	13	4.0	12	79	16	50	1	26	0	71	0.97
26226425--26226472	14	3.4	14	77	13	53	66	0	0	33	0.92
26228207--26228321	43	2.7	42	80	7	126	25	18	27	28	1.98
26242747--26242909	28	5.8	28	81	2	143	34	23	14	26	1.93
26245487--26245572	14	6.1	14	81	0	100	32	18	15	33	1.92
26247692--26247763	35	2.1	35	100	0	144	38	8	20	31	1.83
26251140--26251181	20	2.1	20	100	0	84	38	14	4	42	1.66
26255298--26255328	13	2.4	13	100	0	62	22	22	0	54	1.44
26256996--26257173	47	3.8	47	85	5	227	32	25	20	22	1.98
26260194--26260431	48	4.9	48	78	7	257	24	27	20	27	1.99
26260194--26260434	96	2.5	96	86	5	333	24	27	19	27	1.99
26263845--26263933	28	3.2	28	96	0	160	34	25	7	31	1.85
26264044--26264105	28	2.2	29	88	2	90	20	22	24	32	1.98
26264053--26264116	28	2.2	28	86	2	83	23	26	18	31	1.98
26266356--26266380	13	1.9	13	100	0	50	56	16	28	0	1.41
26269402--26269443	21	2.0	21	90	0	66	35	2	16	45	1.61
26274936--26275041	52	2.0	52	100	0	212	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26276317--26276347	13	2.4	13	100	0	62	48	0	29	22	1.51
26288290--26288469	48	3.9	47	71	10	127	25	21	23	28	1.99
26296252--26296311	30	2.0	30	90	6	95	26	25	8	40	1.84
26300091--26300209	55	2.2	55	81	3	132	24	31	24	20	1.98
26302941--26303000	29	2.0	30	83	3	77	40	3	25	31	1.72
26303659--26303808	67	2.3	64	80	8	160	29	16	28	26	1.96
26303798--26303944	50	3.0	50	88	1	224	27	17	26	28	1.98
26305786--26305821	12	2.8	13	83	8	56	16	5	2	75	1.12
26313578--26313743	38	4.3	38	85	1	197	33	25	20	21	1.97
26327083--26327121	19	2.1	19	85	9	53	69	0	7	23	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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