genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46097625--46097775	43	3.5	42	81	5	160	25	15	25	32	1.96
46099607--46099673	28	2.4	28	90	5	100	28	11	25	34	1.91
46104470--46104624	28	5.5	28	77	3	141	41	16	22	19	1.90
46104468--46104601	56	2.4	56	86	5	189	39	16	25	18	1.91
46104566--46104642	29	2.7	28	80	6	82	51	16	12	18	1.75
46109533--46109710	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
46112893--46113064	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
46112840--46113062	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
46112920--46113087	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
46127433--46127479	20	2.3	20	92	0	85	31	14	29	23	1.95
46129784--46129824	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
46132264--46132306	21	2.1	20	86	4	59	41	20	18	18	1.90
46132596--46132713	42	2.8	43	76	6	125	27	20	24	27	1.99
46132596--46132713	43	2.8	41	73	8	112	27	20	24	27	1.99
46133691--46133784	41	2.3	41	88	0	134	22	24	26	26	2.00
46134499--46134618	41	2.9	41	87	0	177	27	26	21	24	1.99
46134874--46134926	27	2.0	27	92	0	88	35	15	11	37	1.83
46134883--46135117	27	8.6	27	81	3	193	28	5	19	46	1.73
46134910--46135117	54	3.8	54	84	1	236	27	4	19	47	1.70
46134910--46135118	81	2.6	81	80	6	226	27	4	20	47	1.70
46134883--46135162	81	3.4	81	76	3	188	28	6	19	45	1.75
46134925--46135161	27	8.8	27	78	6	185	27	5	20	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46140959--46141078	55	2.2	55	93	1	204	35	22	13	29	1.92
46145210--46145372	25	6.5	25	87	1	227	28	14	10	47	1.76
46146204--46146380	45	4.0	45	88	2	259	22	20	28	29	1.98
46151412--46151581	38	4.4	38	87	4	216	35	25	19	19	1.95
46156245--46156467	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
46156245--46156467	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
46164724--46164761	19	2.1	19	90	5	60	55	0	15	28	1.41
46165847--46166019	41	4.2	41	90	1	265	22	20	5	51	1.68
46165858--46166015	83	1.9	83	93	2	273	23	20	5	50	1.70
46167388--46167718	27	12.3	27	85	0	437	39	18	9	32	1.83
46167388--46167701	54	5.8	54	91	0	493	40	19	8	31	1.82
46167388--46167789	81	5.0	80	81	3	410	39	19	9	31	1.84
46167680--46167772	27	3.4	27	73	2	80	37	20	10	31	1.87
46167751--46167827	27	2.9	27	76	7	75	33	27	7	31	1.85
46167821--46168339	81	6.4	81	83	2	587	36	18	17	26	1.93
46167821--46168339	27	19.3	27	81	2	533	36	18	17	26	1.93
46168676--46168725	22	2.3	22	82	0	64	22	28	20	30	1.98
46168882--46168963	27	3.0	26	82	8	92	19	21	21	36	1.95
46169078--46169156	31	2.5	31	89	0	113	18	20	13	46	1.83
46169078--46169165	6	14.3	6	71	17	65	19	19	14	46	1.84
46171108--46171437	27	12.3	27	85	0	437	38	20	9	31	1.84
46171108--46171437	54	6.1	54	91	0	509	38	20	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46171345--46171491	27	5.4	27	71	9	84	37	19	10	32	1.86
46171486--46171538	27	2.0	27	84	0	70	33	24	7	33	1.84
46171543--46172005	27	17.1	27	82	0	496	36	18	18	26	1.94
46172353--46172411	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
46172576--46172650	28	2.8	26	80	9	78	21	21	20	37	1.95
46172765--46172844	31	2.6	31	89	0	115	21	18	13	46	1.84
46172793--46172852	6	9.8	6	79	16	70	18	20	15	46	1.84
46192481--46192631	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
46200695--46200845	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
46206166--46206498	1	333.0	1	90	0	477	93	1	2	2	0.43
46206664--46206712	1	49.0	1	87	0	71	93	2	4	0	0.39
46223775--46223811	12	3.1	12	84	0	56	29	8	13	48	1.71
46228706--46228734	14	2.1	14	100	0	58	41	24	6	27	1.80
46232366--46232496	56	2.3	56	86	0	172	34	22	13	29	1.92
46234551--46234616	28	2.4	28	84	5	89	24	13	33	28	1.93
46234931--46235457	27	19.6	27	78	3	438	39	19	8	31	1.83
46234952--46235390	80	5.5	80	80	5	404	40	18	7	33	1.80
46234952--46235433	134	3.6	136	79	5	462	39	19	8	32	1.81
46241414--46241585	46	3.7	45	78	10	186	22	19	29	29	1.98
46244447--46244503	28	2.0	28	89	0	87	22	14	35	28	1.93
46244820--46245317	27	18.6	27	77	4	407	40	18	8	32	1.81
46244845--46245279	80	5.4	80	80	5	405	40	17	8	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46247059--46247088	15	2.1	15	93	6	53	16	13	33	36	1.88
46249198--46249322	27	4.7	27	80	8	130	38	22	9	29	1.86
46249188--46249366	54	3.3	53	75	5	162	39	21	8	30	1.83
46249358--46249539	27	6.7	27	87	0	247	31	20	6	41	1.77
46249331--46249502	81	2.1	81	79	2	184	35	19	5	38	1.76
46249774--46249825	27	2.0	26	84	3	68	17	28	21	32	1.96
46249864--46249923	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
46250042--46250144	6	16.8	6	75	15	77	20	18	11	49	1.78
46250042--46250132	37	2.5	37	85	3	121	20	18	12	48	1.80
46250815--46251267	27	16.9	27	79	4	369	39	18	8	33	1.81
46250800--46251267	54	8.7	54	80	6	423	39	19	8	33	1.81
46250873--46251267	81	4.9	80	81	4	447	40	18	8	32	1.81
46251249--46251313	27	2.4	27	84	0	76	41	15	13	29	1.86
46251770--46251802	11	3.0	11	100	0	66	27	0	18	54	1.44
46260646--46260804	86	1.9	85	81	4	194	33	23	14	28	1.94
46261610--46261670	30	2.0	30	100	0	122	36	9	16	37	1.82
46265012--46265060	18	2.7	18	81	6	64	42	14	20	22	1.88
46265073--46265117	23	1.9	24	90	4	74	24	46	2	26	1.64
46265367--46265582	81	2.7	81	87	2	326	43	18	12	25	1.85
46265369--46265574	27	7.6	27	87	2	288	43	18	13	24	1.86
46267504--46267624	46	2.6	46	98	0	233	23	32	9	34	1.86
46267652--46267991	47	7.2	47	94	0	581	26	27	10	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46267612--46267992	94	4.1	94	91	1	577	26	28	11	34	1.90
46267749--46267824	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
46267890--46267965	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
46279621--46279751	56	2.3	56	85	2	174	32	22	14	29	1.94
46280991--46281071	28	2.9	28	81	1	99	28	14	32	24	1.95
46281371--46281896	27	19.6	27	78	4	404	39	18	9	32	1.83
46281953--46282445	242	2.0	242	98	0	950	27	15	23	34	1.94
46284100--46284324	40	5.6	40	82	5	274	27	28	21	23	1.99
46284125--46284324	83	2.5	80	84	5	258	28	28	20	22	1.99
46287670--46287699	15	2.1	15	93	6	53	16	13	33	36	1.88
46289782--46289905	27	4.6	27	76	12	103	39	21	8	29	1.84
46289803--46289936	27	5.0	26	76	10	110	38	20	9	30	1.85
46289861--46289948	27	3.3	26	76	17	74	43	20	9	27	1.82
46289774--46289951	54	3.3	54	79	5	200	39	21	9	29	1.85
46289928--46290122	27	7.2	27	86	0	255	30	23	8	38	1.84
46291674--46291843	93	1.8	93	96	0	313	28	29	21	21	1.98
46291665--46291840	46	3.8	46	79	14	209	28	29	20	21	1.98
46298936--46299105	93	1.8	93	96	0	313	28	29	21	21	1.98
46298927--46299102	46	3.8	46	79	14	209	28	29	20	21	1.98
46300427--46300486	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
46300640--46300702	25	2.5	25	94	0	108	19	22	12	46	1.83
46300661--46300723	6	10.3	6	74	16	58	17	19	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46300605--46300702	31	3.4	30	73	16	98	20	19	12	47	1.81
46301342--46301835	81	6.1	80	83	4	514	40	18	8	33	1.80
46301354--46301837	27	18.0	27	79	7	457	39	18	8	33	1.81
46301799--46301879	27	3.0	27	85	3	101	37	16	18	28	1.92
46301815--46301879	26	2.4	27	82	5	78	38	16	18	26	1.92
46302335--46302360	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
46307676--46307774	41	2.3	42	79	11	103	32	25	19	23	1.97
46318330--46318378	18	2.7	18	80	0	62	40	14	22	22	1.90
46318391--46318435	23	1.9	24	90	4	74	24	46	2	26	1.64
46318688--46318891	27	7.6	27	86	4	270	43	19	14	23	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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