genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23765373--23765417	22	2.0	22	95	0	81	22	4	20	53	1.63
23782041--23782208	46	3.6	47	79	7	191	26	21	29	23	1.99
23783246--23783275	15	2.0	15	93	0	51	26	10	20	43	1.83
23786610--23786673	32	2.0	32	82	14	78	29	25	0	45	1.54
23786632--23786682	18	2.7	19	79	11	52	25	23	0	50	1.49
23787873--23787938	35	1.9	34	84	9	89	37	9	1	51	1.43
23794143--23794198	20	2.5	23	83	13	73	19	5	0	75	1.00
23794143--23794198	8	6.3	9	76	15	55	19	5	0	75	1.00
23794148--23794208	20	3.1	19	76	9	59	19	4	1	73	1.10
23794234--23794288	23	2.3	24	84	12	78	38	0	1	60	1.08
23794243--23794323	38	2.3	34	87	12	110	38	0	0	61	0.96
23794266--23794323	15	3.6	16	82	15	66	37	0	0	62	0.96
23794234--23794340	20	5.3	21	76	22	97	39	0	0	59	1.04
23794257--23794337	19	4.3	19	73	20	64	39	0	0	60	0.97
23794244--23794374	56	2.3	56	80	12	128	44	0	0	55	0.99
23794403--23794470	22	3.1	22	83	12	79	44	1	1	52	1.19
23794432--23794475	22	2.1	22	91	8	74	43	0	0	56	0.99
23794592--23794636	19	2.4	19	100	0	90	48	0	8	42	1.34
23794592--23794651	19	3.2	19	90	2	68	48	0	8	43	1.33
23794655--23794706	21	2.5	21	83	0	68	57	0	5	36	1.23
23795687--23795729	20	2.1	20	83	12	52	37	6	4	51	1.50
23797288--23797390	30	3.4	30	85	4	136	25	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23803548--23803593	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
23803555--23803599	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
23810279--23810312	14	2.4	14	100	0	68	44	17	0	38	1.49
23811178--23811225	25	1.9	25	86	0	69	33	16	22	27	1.96
23813821--23813881	32	1.9	32	86	6	88	52	3	1	42	1.27
23813976--23814041	33	2.0	33	82	8	82	53	0	1	45	1.09
23814013--23814103	20	4.2	20	81	13	101	57	2	0	40	1.11
23814013--23814108	44	2.2	41	83	7	111	57	3	0	39	1.15
23816071--23816205	66	2.0	66	100	0	270	34	27	13	25	1.93
23816557--23816618	16	3.5	16	69	23	52	16	58	1	24	1.47
23816553--23816640	38	2.3	38	100	0	176	13	57	2	26	1.48
23816553--23816640	19	4.6	20	69	9	76	13	57	2	26	1.48
23816573--23816651	22	3.8	22	73	20	89	11	58	3	26	1.50
23817076--23817257	92	2.0	92	91	2	294	23	21	9	45	1.81
23817264--23817320	29	2.0	28	93	3	96	17	19	22	40	1.91
23822389--23822446	24	2.4	24	82	5	73	41	3	1	53	1.28
23822802--23822882	40	2.2	37	83	16	98	58	4	0	37	1.20
23823913--23823952	20	2.0	20	85	5	53	52	5	0	42	1.23
23829876--23830047	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
23829868--23830037	46	3.7	46	78	13	195	30	30	19	20	1.97
23832040--23832095	21	2.6	21	74	2	58	12	33	33	19	1.89
23839093--23839177	13	5.5	16	69	23	56	17	8	1	72	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23842265--23842398	48	2.8	48	94	1	225	8	18	15	56	1.65
23843094--23843157	18	3.6	18	80	14	78	17	4	21	56	1.59
23845147--23845191	14	3.2	14	93	0	72	37	17	8	35	1.81
23845305--23845440	47	2.9	47	74	14	118	58	5	2	33	1.35
23845380--23845440	22	2.8	22	80	12	63	59	3	3	34	1.30
23845398--23845440	22	2.0	23	86	13	65	60	4	2	32	1.30
23845649--23845751	22	4.4	23	70	20	63	56	5	6	31	1.49
23845649--23845763	23	5.0	22	74	19	92	55	5	6	32	1.49
23845834--23845876	23	1.9	22	90	4	68	53	2	6	37	1.41
23845858--23845904	18	2.5	18	82	6	58	59	2	2	36	1.21
23845842--23845930	20	4.2	20	75	13	72	55	3	4	37	1.37
23845924--23845962	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
23846834--23846871	12	3.1	12	85	14	51	10	13	0	76	1.02
23847392--23847594	98	2.1	98	99	0	397	26	21	20	31	1.98
23848008--23848363	87	4.0	90	81	7	367	37	18	16	27	1.92
23848282--23848504	75	3.1	72	84	5	313	32	20	17	30	1.95
23854816--23854906	46	2.0	45	89	4	139	30	27	19	21	1.98
23855317--23855377	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
23863348--23863408	22	2.8	22	80	12	63	59	3	3	34	1.30
23863366--23863408	22	2.0	23	86	13	65	60	4	2	32	1.30
23863566--23863621	29	2.0	28	82	10	69	48	3	8	39	1.52
23863598--23863718	22	5.3	23	73	18	78	54	4	7	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23863595--23863732	24	5.8	23	75	16	113	53	4	7	34	1.48
23863615--23863732	22	5.0	22	74	23	82	55	5	6	32	1.48
23863808--23863868	23	2.6	23	82	15	72	54	3	4	37	1.39
23863832--23863875	17	2.6	16	82	10	52	56	2	2	38	1.24
23863837--23863901	20	3.4	19	74	18	71	53	3	4	38	1.37
23863833--23863909	9	8.2	9	72	20	52	53	3	3	38	1.38
23863895--23863933	18	2.0	20	85	9	55	61	2	2	33	1.23
23863954--23864001	15	3.0	16	81	9	62	60	4	0	35	1.16
23864798--23864835	12	3.1	12	85	14	51	10	13	0	76	1.02
23869396--23869425	11	2.6	12	89	10	53	6	23	0	70	1.11
23869505--23869564	16	3.6	17	76	13	63	40	5	0	55	1.22
23869505--23869564	32	1.9	33	83	10	81	40	5	0	55	1.22
23876229--23876273	19	2.4	18	82	10	56	17	13	8	60	1.58
23879340--23879402	33	1.9	32	83	6	81	34	4	0	60	1.18
23884807--23884851	1	45.0	1	100	0	90	0	0	0	100	0.00
23897775--23897883	24	4.5	24	78	15	116	34	29	12	22	1.92
23897782--23897873	46	1.9	49	91	6	154	35	28	13	22	1.92
23897787--23897890	27	4.1	27	78	17	116	32	27	14	25	1.94
23897774--23897890	27	4.7	25	78	17	113	33	29	13	23	1.93
23906022--23906058	5	7.4	5	93	0	65	21	0	0	78	0.75
23908048--23908194	28	5.3	28	81	4	174	27	25	12	34	1.93
23908065--23908194	55	2.3	56	90	1	190	28	23	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23917759--23917798	13	3.0	13	82	7	53	60	0	5	35	1.19
23919573--23919617	17	2.4	19	82	14	58	60	8	13	17	1.58
23926365--23926424	16	3.6	17	76	13	63	55	0	5	40	1.22
23926365--23926424	32	1.9	33	83	10	81	55	0	5	40	1.22
23926504--23926533	11	2.6	12	89	10	53	70	0	23	6	1.11
23931101--23931138	12	3.1	12	85	14	51	76	0	13	10	1.02
23931938--23931985	15	3.0	16	81	9	62	35	0	4	60	1.16
23932006--23932044	18	2.0	20	85	9	55	33	2	2	61	1.23
23932038--23932102	20	3.4	19	74	18	71	38	4	3	53	1.37
23932064--23932107	17	2.6	16	82	10	52	38	2	2	56	1.24
23932071--23932131	23	2.6	23	82	15	72	37	4	3	54	1.39
23932207--23932325	23	5.0	22	75	18	98	31	6	5	56	1.47
23932207--23932345	24	5.8	23	75	16	106	34	7	4	53	1.48
23932532--23932674	22	6.0	22	67	20	74	32	2	6	58	1.35
23932532--23932584	25	2.3	22	83	9	61	32	3	3	60	1.32
23932634--23932682	22	2.2	23	85	3	64	28	4	6	61	1.38
23955957--23956046	30	3.0	30	100	0	180	26	23	16	33	1.96
23956665--23956775	42	2.6	41	76	17	118	24	17	29	28	1.97
23958435--23958644	40	5.3	40	92	0	305	26	28	20	24	1.99
23958438--23958697	80	3.3	80	85	2	256	25	28	21	25	1.99
23958433--23958697	120	2.2	118	80	4	298	26	27	20	24	1.99
23963733--23963860	49	2.6	49	80	4	141	25	26	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23963734--23963955	98	2.3	95	80	6	234	24	25	19	30	1.98
23963830--23963959	46	2.7	47	79	3	136	22	26	20	30	1.98
23975181--23975332	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
23975181--23975332	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
23983492--23983643	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
23983492--23983643	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
23991798--23991949	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
23991798--23991949	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
24010394--24010509	46	2.5	47	80	13	141	23	31	18	27	1.97
24024880--24024949	22	3.3	20	78	20	63	57	5	2	34	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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