genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30067103--30067167	30	2.2	30	85	0	85	21	23	30	24	1.99
30069155--30069378	40	5.6	39	84	8	272	24	28	23	23	1.99
30069155--30069378	83	2.8	80	87	5	335	24	28	23	23	1.99
30075981--30076011	10	3.1	10	95	0	53	38	19	0	41	1.51
30078984--30079215	40	5.8	40	93	1	315	24	20	28	26	1.99
30096389--30096476	20	4.4	20	91	0	122	22	29	26	21	1.99
30096399--30096475	10	7.7	10	70	11	59	22	29	27	20	1.98
30098861--30098964	38	2.7	38	78	0	136	34	18	13	33	1.90
30101221--30101258	16	2.4	16	95	0	67	31	2	23	42	1.68
30106440--30106602	43	3.8	43	78	8	138	28	14	23	32	1.94
30115434--30115642	40	5.2	40	84	6	269	25	25	23	24	2.00
30115434--30115642	83	2.6	80	86	5	269	25	25	23	24	2.00
30121620--30121954	48	6.9	48	72	9	223	26	16	27	29	1.97
30121620--30121955	96	3.5	95	77	5	262	26	16	27	29	1.97
30131896--30132276	48	7.9	48	79	2	388	26	17	28	27	1.98
30131896--30132277	144	2.6	146	84	4	479	26	17	28	26	1.98
30136865--30137018	39	3.9	38	79	6	137	19	24	17	38	1.93
30136887--30137000	40	2.9	40	83	6	135	18	26	18	36	1.94
30139231--30139273	11	4.1	10	80	11	50	51	27	4	16	1.64
30140101--30140165	34	1.9	34	90	3	105	27	18	23	30	1.97
30142696--30142854	43	3.7	42	79	13	164	31	28	17	22	1.97
30142691--30142853	86	1.9	85	83	6	213	32	28	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30145282--30145664	40	9.6	40	91	2	556	27	27	20	24	1.99
30148754--30148811	29	2.0	29	100	0	116	44	20	13	20	1.85
30156103--30156145	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
30159481--30159623	51	3.0	49	85	8	172	29	28	18	23	1.98
30159542--30159706	43	3.9	43	80	6	174	31	30	16	21	1.95
30166113--30166173	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30169581--30169770	67	2.9	65	79	9	201	24	30	16	29	1.96
30172258--30172297	20	2.0	20	95	0	71	35	20	7	37	1.81
30175595--30175785	27	7.2	26	78	9	154	38	20	9	31	1.85
30175595--30175784	53	3.6	53	81	5	204	38	20	9	32	1.84
30175746--30175826	42	1.9	42	89	0	126	37	22	11	29	1.89
30178805--30179563	27	28.1	27	82	4	861	28	22	8	40	1.84
30179568--30179764	54	3.6	54	86	2	270	36	18	19	25	1.95
30179568--30179763	27	7.3	27	84	0	230	35	18	19	26	1.95
30179962--30180044	27	3.1	25	86	8	103	20	22	20	36	1.95
30180346--30180419	27	2.8	26	79	6	76	17	24	21	36	1.95
30180537--30180656	6	19.8	6	78	14	131	19	18	14	48	1.81
30180538--30180651	24	4.7	24	89	4	149	18	18	14	48	1.82
30183278--30183351	26	2.9	26	74	9	71	33	14	8	43	1.75
30185823--30186002	46	3.9	46	76	12	188	28	31	19	21	1.97
30185835--30186006	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.98
30219796--30219969	46	3.8	46	77	10	183	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30219790--30219961	93	1.8	93	88	0	263	20	20	30	28	1.98
30221365--30221411	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
30221461--30221557	26	3.8	26	91	1	135	26	21	21	29	1.99
30221461--30221557	51	1.9	51	85	4	133	26	21	21	29	1.99
30225112--30225182	29	2.5	29	86	6	92	30	25	12	30	1.93
30232226--30232296	29	2.5	29	88	6	101	30	26	12	29	1.93
30239616--30239662	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
30239712--30239861	26	5.8	26	90	4	225	28	20	22	29	1.98
30239712--30239861	53	2.9	52	89	4	225	28	20	22	29	1.98
30247720--30247767	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
30247803--30247849	20	2.3	20	85	7	60	34	12	19	34	1.89
30247901--30248048	26	5.7	26	90	4	221	27	20	22	29	1.98
30253897--30254062	46	3.6	44	72	15	131	28	28	21	21	1.98
30253897--30254066	93	1.8	93	88	0	259	28	28	21	21	1.98
30253897--30254082	46	4.0	44	69	16	101	29	29	20	21	1.98
30255569--30255760	27	7.1	27	82	8	180	40	20	9	29	1.85
30255569--30255760	54	3.6	53	80	8	217	40	20	9	29	1.85
30255570--30255733	81	2.0	81	83	4	206	39	21	9	28	1.85
30257350--30257376	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
30259932--30260030	27	3.7	27	85	5	137	44	23	4	28	1.71
30259932--30260045	54	2.1	54	83	3	149	43	20	6	29	1.76
30259932--30260045	27	4.2	27	83	4	133	43	20	6	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30260011--30260082	27	2.7	27	80	0	90	40	15	12	31	1.84
30265119--30265270	42	3.7	41	75	8	137	30	17	23	28	1.97
30267201--30267359	33	4.8	33	96	0	273	27	27	21	23	1.99
30267201--30267387	33	5.9	31	88	7	211	27	25	22	24	2.00
30267338--30267397	28	2.2	27	78	3	66	28	21	26	23	1.99
30267201--30267397	99	2.0	98	83	6	251	28	24	22	24	1.99
30267757--30267809	27	2.0	27	88	0	79	26	24	18	30	1.98
30267864--30267916	27	2.0	27	81	7	63	39	15	13	32	1.85
30267874--30267955	29	2.9	28	82	8	87	36	9	14	39	1.79
30267882--30268035	27	5.6	28	80	5	111	31	8	17	42	1.79
30267909--30268170	27	9.6	27	76	6	158	30	8	19	42	1.80
30267854--30268148	54	5.4	54	74	5	211	32	8	18	40	1.82
30267882--30268086	81	2.5	81	77	6	191	32	7	17	42	1.77
30268101--30268186	27	3.2	27	88	0	82	31	11	19	37	1.88
30268184--30268258	27	2.8	27	85	0	105	33	24	14	28	1.94
30270269--30270378	33	3.3	33	87	0	157	30	26	20	22	1.99
30270321--30270391	33	2.3	30	84	13	92	26	28	22	22	1.99
30270762--30270861	27	3.7	26	73	6	83	24	20	19	37	1.94
30270868--30270920	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
30270883--30271093	54	3.9	54	78	4	210	31	8	18	42	1.79
30270883--30271093	27	7.8	27	79	3	145	31	8	18	42	1.79
30270967--30271123	53	2.9	53	80	2	154	29	7	21	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30270968--30271118	27	5.6	27	83	3	110	28	6	21	43	1.77
30271160--30271235	27	2.8	27	79	0	89	32	22	13	31	1.92
30273249--30273356	33	3.3	33	86	0	144	29	26	19	24	1.98
30273287--30273366	33	2.7	28	75	18	81	26	26	23	23	2.00
30273740--30273840	27	3.8	26	75	6	94	23	20	19	35	1.96
30273856--30274148	27	10.9	27	77	7	175	31	9	19	39	1.83
30273862--30274148	54	5.3	53	78	3	229	31	8	19	40	1.82
30274138--30274210	27	2.7	27	84	0	101	31	23	15	30	1.95
30278640--30278722	26	3.2	26	92	0	139	36	22	8	32	1.85
30285483--30285531	12	4.1	11	82	15	53	20	4	2	73	1.10
30289641--30289912	40	6.8	40	92	0	445	29	20	27	22	1.98
30300122--30300182	29	2.1	28	90	3	95	29	29	11	29	1.92
30300280--30300487	104	2.0	104	99	0	407	26	14	23	35	1.94
30302111--30302175	28	2.3	28	89	0	94	33	27	7	30	1.85
30302281--30302370	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
30302291--30302381	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
30302281--30302395	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
30306550--30306731	40	4.6	40	79	6	183	26	28	19	24	1.99
30313797--30313928	40	3.3	40	85	3	178	28	28	18	24	1.98
30319380--30319409	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
30319827--30319916	27	3.2	28	78	7	103	18	24	23	33	1.97
30319837--30319927	27	3.2	28	79	4	85	20	26	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30320967--30321003	16	2.3	16	90	0	56	5	18	21	54	1.64
30325140--30325215	29	2.7	29	81	6	84	25	31	14	28	1.95
30325167--30325230	29	2.2	28	78	8	65	29	29	10	29	1.91
30345893--30346062	40	4.3	40	84	1	198	23	21	30	25	1.99
30345915--30346097	79	2.3	80	80	1	199	25	20	29	24	1.99
30348174--30348253	39	2.1	39	97	0	151	40	18	20	21	1.92
30353329--30353642	47	6.6	47	91	3	484	33	8	29	28	1.86
30353329--30353639	146	2.2	144	91	2	502	32	8	29	28	1.87
30353514--30353592	25	3.3	25	61	10	65	34	6	27	31	1.82
30358774--30358798	12	2.1	12	100	0	50	8	20	40	32	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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