genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111961792

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59004711--59005073	78	4.7	77	91	1	555	24	24	18	32	1.97
59004219--59004995	365	2.1	368	87	2	1150	25	24	17	32	1.97
59004883--59005009	41	3.2	41	62	17	104	24	26	18	30	1.98
59004336--59005219	443	2.0	442	92	1	1457	25	23	17	32	1.97
59006398--59006476	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59006595--59007056	47	9.7	47	93	2	755	29	29	8	32	1.87
59006595--59007056	96	4.9	96	93	2	758	29	29	8	32	1.87
59006595--59007056	143	3.2	141	92	3	764	29	29	8	32	1.87
59009730--59009832	52	2.0	52	100	0	206	33	11	7	47	1.69
59017551--59017583	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
59017551--59017584	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
59017841--59017916	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
59017870--59017967	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
59017877--59017967	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
59019846--59020030	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
59019827--59020030	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
59025039--59025081	18	2.6	16	79	13	50	58	2	4	34	1.32
59025240--59025403	14	10.7	15	71	20	92	59	1	6	31	1.34
59025247--59025403	3	52.0	3	72	16	112	60	1	6	31	1.32
59027400--59027441	15	2.7	15	88	7	57	59	2	38	0	1.10
59029837--59029879	21	2.0	21	100	0	86	32	9	27	30	1.88
59040306--59040475	45	3.9	45	82	5	181	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59044753--59045155	55	7.6	54	77	10	400	23	23	16	35	1.95
59044753--59045147	108	3.7	108	88	4	522	23	23	17	35	1.95
59045033--59045203	47	3.5	47	72	13	173	26	22	14	36	1.92
59044762--59045202	108	4.2	104	90	4	488	24	24	16	35	1.95
59049848--59049897	22	2.2	23	85	3	66	72	0	6	22	1.07
59052119--59052157	18	2.2	18	86	9	53	38	5	2	53	1.37
59056380--59056480	32	3.2	32	72	10	100	27	4	5	61	1.40
59070501--59070580	30	2.7	30	78	7	99	26	20	11	42	1.85
59070531--59070634	30	3.5	30	71	15	81	25	25	15	33	1.95
59070531--59070662	60	2.2	60	80	9	144	24	25	13	36	1.92
59070680--59070749	29	2.4	29	82	0	95	22	28	14	34	1.93
59074035--59074102	35	1.9	35	100	0	136	58	16	7	17	1.59
59098031--59098110	30	2.7	30	78	7	99	26	20	11	42	1.85
59098061--59098164	30	3.5	30	71	15	81	25	25	15	33	1.95
59098061--59098192	60	2.2	60	80	9	144	24	25	13	36	1.92
59098210--59098278	29	2.4	28	78	7	84	23	28	14	33	1.94
59098210--59098286	29	2.6	28	74	22	77	22	27	15	35	1.94
59101562--59101629	35	1.9	35	100	0	136	58	16	7	17	1.59
59111703--59111735	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
59112189--59112236	21	2.3	22	78	10	55	25	31	6	37	1.81
59117148--59117335	40	4.7	40	84	3	245	27	26	20	25	1.99
59117115--59117335	80	2.8	79	86	5	279	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59122597--59122629	13	2.4	14	85	10	50	18	18	15	48	1.81
59131284--59131318	16	2.1	16	89	5	52	31	5	5	57	1.46
59134867--59135020	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
59142805--59142958	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
59151406--59151575	39	4.4	39	82	5	218	29	4	22	43	1.72
59151503--59151585	39	2.1	39	86	0	112	32	2	20	44	1.64
59151830--59151867	20	1.9	20	89	10	60	21	0	23	55	1.44
59152722--59152885	46	3.5	46	76	11	199	22	19	28	29	1.98
59152774--59152936	47	3.5	46	77	11	197	22	19	30	28	1.97
59152718--59152944	93	2.4	93	96	0	409	22	18	29	28	1.98
59155653--59155806	84	1.8	84	81	5	195	30	16	24	29	1.96
59158995--59159039	20	2.3	19	88	7	63	17	26	24	31	1.97
59158995--59159117	40	3.1	40	75	8	108	19	25	21	34	1.96
59158995--59159069	20	3.8	19	76	13	62	21	24	22	32	1.98
59160428--59160612	27	6.8	27	86	1	244	40	22	14	22	1.90
59169739--59169988	40	6.3	40	87	4	317	23	20	27	28	1.99
59178206--59178455	40	6.3	40	87	4	317	23	20	27	28	1.99
59180203--59180406	95	2.1	96	85	5	272	41	22	20	16	1.90
59180552--59180613	27	2.3	27	85	0	79	25	19	17	37	1.94
59201079--59201168	46	2.0	46	88	4	137	24	28	18	27	1.98
59201446--59201636	94	2.0	93	97	1	364	40	19	10	29	1.85
59205846--59205887	20	2.0	21	86	9	59	59	2	28	9	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59211168--59211234	20	3.3	20	85	0	98	34	11	20	32	1.90
59211285--59211464	25	7.2	25	91	4	258	29	18	23	28	1.98
59211648--59211712	33	2.0	32	85	5	87	35	13	26	24	1.93
59213077--59213247	49	3.6	47	79	11	152	23	31	19	25	1.98
59213119--59213293	49	3.6	49	81	12	161	23	30	20	26	1.98
59217989--59218042	24	2.2	24	93	0	90	35	1	7	55	1.39
59222933--59222978	24	1.9	24	90	0	74	50	10	4	34	1.57
59225512--59225558	2	23.5	2	95	0	85	51	2	46	0	1.13
59243177--59243520	174	2.0	174	91	1	564	26	13	25	34	1.93
59249846--59249891	22	2.1	22	95	0	83	30	8	28	32	1.87
59261634--59261894	46	5.7	46	75	12	232	25	27	18	29	1.98
59261633--59261894	94	2.8	92	83	3	278	25	27	17	29	1.98
59261637--59261894	140	1.9	136	82	6	322	25	27	17	29	1.98
59270063--59270104	7	5.6	7	84	15	57	33	26	2	38	1.69
59270063--59270104	17	2.8	14	89	10	57	33	26	2	38	1.69
59276883--59276924	22	1.9	22	100	0	84	21	14	19	45	1.85
59297883--59298128	49	5.0	49	83	2	312	28	27	17	26	1.98
59297900--59298128	100	2.3	98	84	3	314	29	27	17	25	1.97
59298375--59298428	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
59302626--59302675	7	7.1	7	86	8	75	46	42	0	12	1.41
59309070--59309527	47	9.6	47	90	3	691	31	8	30	29	1.88
59309070--59309527	192	2.4	188	91	2	709	31	8	30	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59309071--59309527	239	1.9	239	94	0	806	31	8	30	29	1.88
59309646--59309724	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
59315481--59315510	15	2.1	15	93	6	53	20	10	30	40	1.85
59322946--59323072	27	4.7	27	88	0	191	22	19	20	37	1.95
59322928--59323072	54	2.7	54	84	1	193	24	20	19	35	1.95
59332251--59332396	27	5.4	27	83	0	184	26	20	18	34	1.95
59344339--59344427	28	3.1	28	83	3	115	28	14	31	25	1.95
59344339--59344413	29	2.6	28	87	4	105	28	14	32	25	1.95
59347899--59347972	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
59352075--59352105	16	1.9	16	93	0	53	51	16	19	12	1.76
59352323--59352411	28	3.1	28	83	3	106	28	12	32	26	1.92
59352323--59352399	29	2.7	28	86	4	100	29	12	31	25	1.93
59366340--59366409	18	3.9	18	83	3	88	47	12	18	21	1.82
59366342--59366405	24	2.7	23	77	15	60	46	12	18	21	1.82
59366724--59366829	27	4.0	27	90	2	151	39	17	14	28	1.89
59366724--59366829	53	2.0	54	86	1	151	39	17	14	28	1.89
59366741--59366922	97	1.9	96	85	3	249	38	20	12	29	1.88
59366837--59366922	27	3.2	27	86	6	129	36	19	13	30	1.91
59366767--59366899	70	1.9	70	84	3	178	39	21	10	28	1.87
59371513--59371664	27	5.6	27	93	3	241	26	14	28	30	1.95
59371513--59371664	55	2.8	55	93	0	250	26	14	28	30	1.95
59373220--59373262	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59373730--59373855	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
59381885--59382010	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
59386150--59386204	26	2.2	25	84	12	69	41	1	9	47	1.46
59390346--59390387	17	2.5	17	100	0	84	28	23	11	35	1.91
59396559--59396670	28	4.0	29	82	4	131	27	14	31	26	1.95
59396557--59396664	57	1.9	56	84	5	146	27	12	32	26	1.93
59399605--59399782	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
59399606--59399761	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
59399602--59399782	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
59417974--59418143	46	3.7	46	72	16	156	23	19	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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